피고가 2010. 11. 1. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 양도소득세 000원의 부과 처분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 85%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

이 법원의 판결 이유 중 '1. 처분의 경위'부터 '2. 처분의 적법 여부' 중 '가. 원고의 주장 요지' 및 '나. 판단, (1) 원고가 분할 전 토지의 명의신탁자인지 여부'까지는 제1심 판결의 해당 부분(제4쪽 마지막 행부터 제5쪽 제4행까지)과 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용하고, 제1심 판결문 제5쪽 제5행 이하의 판단 부분을 아래 2.항과 같이 고쳐 쓴다.

2. 고쳐 쓰는 부분

[(2) 이 사건 제1, 2 토지의 양도일이 1990. 9. 30.인지 여부

(가) 구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조는 "자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다 고 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전부개정되기 전의 것) 제53조 제1항은 "법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다 고 규정하면서, 그 제1호에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부 ・ 등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다 고 규정하고 있다.

(나) 이 사건에서 갑 제l호증의 1, 2, 갑 제3, 4호증의 각 1 내지 4, 갑 제5, 6, 18, 19호증, 을 제3호증의 각 기재, 제1심 증인 이AA, 이BB의 각 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음의 사실을 인정할 수 있다.

1) 원고는 1989. 12. 2. 분할 전 토지를 택지로 개발하기 위하여 이AA 명의로 취득한 후, 1990. 8. 28. 분할 전 토지 중 440평을 가분할하여 이BB에게 대금 000원(평당 000원)에 매도하였고, 이BB으로부터 계약 당일 계약금 000원, 1990. 9. 15. 중도금 000원, 1990. 9. 30. 잔금 000원을 각 지급받음으로써 위 매매대금 000원 전액을 지급받았다.

2) 원고는 이BB으로부터 위 매매대금을 모두 지급받았음도, 분할 전 토지에 대한 택지개발이 완료되지 않았고 분할 전 토지의 매수자들 사이에 매수 부분이 확정 되지도 않은 상태였기 때문에 440평 부분을 분할하여 이BB 명의로 소유권이전등기를 경료해 주지 못하였다. 이에 원고는 이BB의 요구에 의하여 1991. 6. 4. 이AA 명의로 '1990년 10월 분할 전 토지 중 440㎡(공유면적 10% 포함)를 이BB에게 매각하였음을 확인함께라고 기재된 「토지 매각 확인서」를 인증받아 이BB에게 교부하였다[갑 제1호증의 2(인증서) ; 다만 위 「토지 매각 확인서」상 440㎡는 440평의 오기로 보인다].

3) 이BB은 분할 전 토지에 대한 정지작업비, 도로개설 및 포장비, 상 ・ 하수도 및 전기 시설비, 축대 설치비 등 택지조성비용의 분담금으로 000원 이상을 원고에게 지급하였고, 장차 택지로 개발이 완료된 후 위 매수 면적에 해당하는 토지에 대한 소유권확보를 담보하기 위하여, 1996. 12. 3. 분할 전 토지 중 1,270/4,743 지분[원고 매수 면적 약 1,454㎡(≒440평)에서 도로 면적 184㎡를 뺀 나머지 1,270㎡에 해당하는 지분이다]에 관하여 근자당권자 이BB, 채무자 원고, 채권최고액 000원(이는 위 매매대금 및 택지조성비용 분담금과 이전등기 시까지의 토지가격상승분을 감안하여 정해진 금액이다)으로 된 근저당권 설정등기를 경료받았다.

4) 그 후 분할 전 토지에 관한 택지조성공사가 완료되자 원고를 비롯하여 분할 전 토지 중 일부를 각각 매수한 매수인들 사이에 매수 위치 및 면적 확정에 관한 합의가 성립되었는데, 이BB은 이 사건 제1, 2 토지 부분을 취득하는 것으로 결정되었다. 이 사건 제1, 2 토지의 면적은 합계 998㎡(= 이 사건 제1 토지 525㎡ + 이 사건 제2 토지 471㎡)로서 당초 매수 면적 약 1,454㎡(≒440평)에 미달하지만, 이는 분할 전 토지가 택지로 개발되는 과정에서 설치된 도로, 녹지, 우물 등의 면적을 감안하여 당초 매수 면적이 감보되었기 때문이다.

5) 이BB은 분할 전 토지가 1998. 8. 3. 이 사건 각 토지 등으로 분할 된 후에도 이 사건 제1, 2 토지에 관하여 소유권이전등기를 경료받지 않고 있다가, 2006. 7. 6. 원고를 채무자로 한 채권최고액 000원의 위 근저당권 설정등기를 말소 하면서, 종전 소유 명의자인 이BB으로부터 이 사건 제1 토지에 관하여는 딸인 오BB 명의로, 이 사건 제2 토지에 관하여는 아들인 오CC 명의로 각 2006. 6. 28.자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 경료받았다. 이BB은 위와 같은 이전등기를 하면서 이 사건 제1토지의 거래가액을 개별공시지가에 의하여 산정한 가액(000/㎡ x 525㎡ = 000원)에 가까운 000원으로, 이 사건 제2토지의 거래가액 역시 개별공시지가에 의하여 산정한 가액(000원/㎡ x 417㎡ = 000원)에 가까운 000원으로 각 신고하였으나, 그 과정에서 원고와 사이에 아무런 대금정산을 하지 않았고, 위 각 이전등기 후 오DD, 오CC이 이 사건 제1, 2 토지를 이BB으로부터 증여받았다는 이유로 그들 명의로 증여세를 납부하였다.

(다) 위 인정사실과 같이, 원고는 1990. 8. 28. 이BB에게 이 사건 제1, 2 토지에 해당하는 분할 전 토지 일부 440평을 매도하고 이BB으로부터 1990. 9. 30. 그 매매대금을 모두 지급받았으며, 분할 전 토지 중 이BB의 매수 부분 440평은 택지조성공사를 거쳐 이 사건 제1, 2 토지로 확정된 점, 이BB이 1990. 9. 30. 원고에게 위 매수 부분에 대한 잔금을 지급한 후 추가로 매매대금을 지급하였다거나 매매대금을 정산한 적은 없는 점, 이BB이 원고에게 지급한 택지조성비용 분담금은 토지 매매대금과 별도로 이미 매수한 토지의 가치를 증가시키기 위하여 지출한 토지개발비용에 해당 한다고 할 수 있는 점(원고도 분할 전 토지를 먼저 분양한 후 수분양자들로부터 택지 조성비용을 받아 택지를 조성하였다고 주장한다), 이BB의 매수 부분에 관한 이전등기는 위와 같은 택지조성공사 및 그에 따른 토지분할 등의 작업으로 인하여 지연된 것에 불과한 점 등의 사정을 종합하여 보면, 원고가 이BB에게 매도한 토지의 매매대금은 이미 1990. 9. 30. 청산되었다고 할 것이므로, 그 양도시기는 1990. 9. 30.이라고 보아야 한다. (설령 1990. 9. 30. 당시 매매 대상 토지의 위치 및 면적이 확정되지 아니하여 그때를 양도시기로 볼 수 없다고 하더라도, 늦어도 분할 전 토지로부터 이 사건 제 1, 2 토지가 분할된 1998. 8. 3.에는 매매 대상 토지의 위치 및 면적이 확정되고 그 대금도 모두 청산되었다고 할 것이므로, 그때를 양도시기로 볼 수 있다고 할 것이다.)

따라서 이 사건 각 부과처분 중 원고가 2006. 7. 6. 비로소 오DD, 오CC에게 이 사건 제1, 2 토지를 양도하였음을 전제로 한 2006년 귀속 양도소득세 부과처분은 위법 하다.

(라) 한편, 구 국세기본법(1990. 12. 31. 법률 제4277호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제2호는 양도소득세는 이를 부과할 수 있는 날로부터 2년의 기간이 만료 된 날 후에는 부과할 수 없으나, 다만 사기 기타 부정한 행위로써 이를 포탈하거나 환급 ・ 공제받은 경우에는 이를 부과할 수 있는 날로부터 5년의 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다는 취지로 규정하고 있고, 구 소득세법 제100조 제1항은 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다음연도 5월 1일부터 5월 31일까지 신고하여야 한다는 취지로 규정하고 있다. 한편 원고의 이BB에 대한 토지 양도시기는 1990. 9. 30.이라고 할 것이므로, 피고로서는 원고의 이BB에 대한 토지 양도에 따른 양도소득세를 부과하고자 할 경우 양도소득과세표준 신고기한인 1991. 5. 31.의 다음날부터 최장 5년의 기간 내에 부과하여야 하는바, 설령 이 사건 각 부과처분 중 2006년 귀속 양도소득세 부과처분을 원고의 이BB에 대한 토지 양도에 따른 양도소득세 부과처분으로 본다고 하더라도, 이는 양도소득세 부과 제척기간이 훨씬 도과한 후에 귀속연도를 잘못 파악하여 이루어진 것으로서 위법하다고 할 것이다. (앞서 본 바와 같이 설령 원고의 이BB에 대한 토지 양도시기를 1998. 8. 3.로 보더라도 제척기간이 도과하였음은 마찬가지이다.)

(3) 이 사건 제3 토지의 양도로 인한 소득이 원고에게 귀속되었는지 여부

원고가 1989. 12. 2. 이AA 명의로 분할 전 토지를 취득할 당시 소외 회사는 아직 설립되지도 아니한 사실, 이 사건 제3 토지가 안EE에게 양도될 때까지 분할 전 토지 및 그로부터 분할된 이 사건 제3토지에 관한 등기부상 소유 명의자에 변동이 없었던 사실, 분할 전 토지에 관하여 원고를 채무자로 한 다수의 근저당권이 설정된 사실은 앞서 인정한 바와 같고, 갑 제3호증의 3, 갑 제10, 18호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 제3토지에 관하여 1997. 11. 28. 근저당권자 이FF, 채무자 원고, 채권최고액 000원으로 된 근저당권 설정등기가 경료된 사실, 원고는 국세청장에 대한 심사청구절차에서 '원고가 과점주주로 있는 소외 회사가 원고의 채무를 변제하기 위하여 원고 및 근저당권자 이FF를 대신하여 안EE에게 이 사건 제3 토지를 000원에 매도하고 위 매매대금을 수령하여 그 중 000원을 이FF에게 송금하였다'고 주장한 사실, 이 사건 제3 토지를 안EE에게 양도할 당시 소외 회사의 대표이사는 김GG이었으나, 원고가 소외 회사의 과점주주 겸 이사로서 소외 회사를 실질적으로 운영하고 있던 사실을 인정할 수 있다.

위와 같은 사실에다가 이 사건 제3 토지가 안EE에게 양도되기 전에 소외 회사가 원고로부터 이 사건 제3 토지를 취득하여 그 실질적인 소유자였다는 점을 인정할 수 있는 아무런 객관적인 자료가 없는 점을 보태어 보면, 이 사건 제3 토지를 안EE에게 양도하고 그로 인한 소득을 얻은 자는 원고라고 할 것이고, 갑 제2호증의 1, 2(이 사건 제3 토지에 관한 소외 회사 명의의 매매계약서 및 영수증), 갑 제7 내지 9, 13 내지 16호증(소외 회사의 법인세 과세표준 및 세액 신고서 등)의 각 기재만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하며(원고는 소외 회사가 이 사건 제3 토지의 양도로 인한 소득을 수입금액으로 산정하여 법인세를 신고 ・ 납부하였다고 주장하면서 그 증거로 갑 제7 내지 9, 13 내지 16호증을 제출하고 있으나, 설령 원고 주장 사실이 인정된다고 하더라도 그로 인하여 위와 같은 사실인정이 방해되는 것은 아니다), 달리 반증이 없다.

따라서 이 사건 각 부과처분 중 원고에 대하여 이 사건 제3 토지의 양도에 따른 2007년 귀속 양소소득세를 부과한 처분은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(4) 소결

이 사건 각 부과처분 중 이 사건 제1, 2 토지에 관한 2006년 귀속 양도소득세 000원의 부과처분은 위법하므로 취소되어야 하고, 이 사건 제3 토지에 관한 2007년 귀속 양도소득세 000원의 부과처분은 적법하다.]

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소하고, 이 사건 각 부과처분 중 2006년 귀속 양도소득세 000원의 부과처분을 취소하며, 원고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각한다.