경상북도 경주시 OO동 OOOO에서 소재하던 청구법인(1999.4.30. 현 주소지로 본점 이전)은 유료양로원 건립을 목적으로 1996.8.8. 경상북도 경주시 OO동 O OOOO 임야 363,074㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하였다가, 분할 후 지분이전 등으로 그 O 54,341.36㎡를 1997.6.14.～1997.11.29. 기간O 청구외 OOO 등에게 소유권 이전하였고, 다시 1999.2.9 청구외 OOO에게 31,998㎡를, 1999.2.27. 청구외 OO교회에 32,002㎡를, 1999.9.29. 청구외 OO산업주식회사(이하 “OO산업”이라 한다)에게 211,674.84㎡를 각각 소유권 이전하였으며, 33,057.8㎡에 대하여는 1997.11.15.(1997.11.11. 매매예약) 청구외 OOO에게 소유권이전 가등기를 하였다.

청구법인은 1999.3.31. 법인세 수정신고를 하면서 쟁점토지 O OO산업에 양도한 토지 O 49,587㎡(이하 “쟁점1토지”라 한다)를 1997.12.20.자로 양도한 것이라고 하면서 양도가액은 150,000,000원, 취득가액은 831,127,707원으로 신고하였는 바, 청구법인의 변경전 주소지를 관할하는 경주세무서장은 1999년 9월 청구법인에 대한 특별조사를 실시하여 청구법인이 쟁점1토지를 실지로 양도한 시기는 청구법인이 신고한 1997.12.20.이 아닌 1999.9.29.(등기부등본상 소유권이전 등기일)로 인정하고 수정신고된 양도가액 150,000,000원을 익금불산입, 취득가액 831,127,707원을 손금불산입 유보처분 하였으며, 청구법인이 위 쟁점토지를 취득한 후 정당한 사유 없이 2년 이내에 고유목적사업(유료양로원 건립)에 사용하지 아니하였으므로 쟁점토지를 비업무용으로 보아 이와 관련된 차입금지급이자 1997.1.1～1997.12.31.사업연도(이하 “1997사업연도”라 한다)분 330,573,982원, 1996.1.1～1996.12.31.사업연도(이하 “1996사업연도”라 한다)분 284,260,016원을 각각 손금불산입하고 기타사외유출로 처분하여 2000.1.3. 청구법인의 주소지를 관할하는 처분청에 법인세과세표준 및 세액결정결의서를 통보하였으며, 이에 따라 처분청은 2000.1.12. 청구법인에게 1997사업연도분 법인세 430,795,130원을 고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2000.4.6. 이의신청을 거쳐 2000.9.5. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 유료양로원 건립 목적으로 1996.8.8. 쟁점토지를 취득하여 경주시에 유료양로원 건립 사업승인서 및 건축허가서를 3차례나 제출하였으나, 토지구획정리사업의 공정미비로 인한 진입로 미확보 및 자연경관 훼손 등으로 건축허가가 기각되어 사실상 사업을 할 수 없는 상황이었기 때문에 부득이 양도하게 된 것이므로 쟁점토지를 비업무용부동산으로 보아 과세한 처분은 정정되어야 한다.

(2) 쟁점1토지는 청구법인에게 토지매입자금을 빌려준 부지의 권리자인 청구외 OOO의 대리인 청구외 OOO이 OO산업과 매도매수계약을 체결하고 잔금 전부를 1997.12.20. 지급받았으나, 쟁점1토지에 근저당 및 다수의 이해관계인들의 압류 및 가압류 등이 있어 소유권 이전 등기를 못하고 이를 해결한 후인 1999년 9월경에야 비로소 소유권이전을 하게 된 것이며, 위 부동산매매에 대한 세무신고를 뒤늦게 수정신고하게 된 것은 잔금지급 후 6개월 이내에 위 근저당 및 가압류 등을 해지하지 못할 경우에는 본 계약을 해약할 수 있도록 한 특약이 있었기 때문인 바, 이러한 이유에 비추어 처분청의 법인세 등의 부과처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지를 취득한 후 정당한 사유 없이 2년 이내에 고유목적 사업에 사용하지 아니하였으므로 이를 비업무용으로 보아 이와 관련된 차입금지급이자를 전액 손금불산입하여 법인세를 부과한 처분은 정당하다.

(2) 쟁점1토지의 실지 양도시기는 등기부등본 등 관련공부에 의해 확인되고 있는 소유권이전 등기일인 1999.9.29.로 보는 것이 정당하다고 판단되므로 당초 처분은 정당하다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁점

(1) 청구법인이 양도한 쟁점토지가 비업무용부동산에 해당되는지 여부 및

(2) 쟁점1토지의 실지 양도시기를 1999.9.29.로 보아 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

법인세법 제18조의3【지급이자의 손금불산입】 ① 다음 각호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 O 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금 O 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것

법인세법시행령 제43조의2【지급이자의 손금불산입】 ① 법 제18조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산(이하 “비업무용부동산등”이라 한다)을 말한다.

1. 부동산 취득후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산

법인세법 시행규칙 제18조【지급이자의 손금불산입】② 영 제43조의 2 제1항 및 동조 제3항의 규정에 의한 비업무용 부동산 등은 부동산 (제4항 제12호에 규정된 매매용 부동산을 제외한다)을 취득한 후 1년(건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 2년) 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유 없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 한다.

소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】 ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급 약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여

(가) 처분청과 청구법인이 제시한 자료를 근거로 청구법인이 쟁점토지를 취득하여 양도한 경과를 살펴보면,

청구법인은 1996.8.8 쟁점토지를 취득하였다가 ① 1997.5.23. 쟁점토지에서 8필지(OOOOOO부터 OOOOOO까지) 174,272㎡를 분할한 후, ② 그 O 54,341.36㎡를 1997.6.14.～1997.11.29.기간 O 지분이전 등에 의하여 청구외 OOO 등에게 소유권 이전하였고, ③ 분할 후의 OOOOOO(188,802㎡)의 토지에서 1998.1.14.자에 OOOOOOO(61,805㎡), 1998.4.10자에 OOOOOOO(31,998㎡) 및 OOOOOOO(62,997㎡)를 다시 분할한 후, ④ 1999.2.9. 청구외 OOO에게 위 OOOOOOO 31,998㎡를 소유권 이전하였으며, ⑤ 재분할 후의 OOOOOO(32,002㎡)를 1999.2.27. (1999.2.22. 매매원인) 청구외 OO교회에 소유권 이전하였고, ⑥ 쟁점토지의 약 58.3%에 해당하는 211,674.84㎡를 1999.9.29. 청구외 OO산업주식회사(이하 “OO산업”이라 한다)에게 소유권 이전하였으며, ⑦ 잔여토지 33,057.8㎡에 대하여는 1997.11.15. 청구외 OOO에게 소유권이전 가등기를 하였음을 알 수 있다.

(나) 청구법인은 유료양로원 건립을 위하여 경주시에 사업승인서 및 건축허가서를 3차례나 제출하였으나 토지구획정리사업의 공정미비로 인한 진입로 미확보 및 자연경관 훼손 등으로 건축허가가 기각되어 사실상 사업을 할 수 없는 상황에서 쟁점토지를 양도한 것이므로 처분청이 쟁점토지는 비업무용부동산으로 본 것은 잘못이라고 주장하고 있으나,

전시한 법인세법시행규칙 제18조 제2항에서 토지의 경우 취득 후 2년 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유 없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산을 비업무용부동산으로 규정하고 있는 바, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 유료양로원 건립 등 고유목적사업에 사용하지 아니한 이유를 보면 단순한 건축허가를 획득하지 못한 것일 뿐 도시계획의 변경 등과 같이 정당한 사유가 있었던 것은 아니며, 청구법인은 달리 정당한 사유가 있었다는 증빙을 심리일 현재까지 제시하지 못하고 있으므로 처분청이 쟁점토지를 비업무용부동산으로 보아 이와 관련된 차입금지급이자를 전액 손금불산입하여 법인세를 부과한 처분은 정당하다고 하겠다.

(2) 쟁점(2)에 대하여

(가) 청구법인이 쟁점1토지를 1997.12.20.자에 양도한 것이라고 하면서 양도가액은 150,000,000원, 취득가액은 831,127,707원으로 하여 1999.3.31. 법인세 수정 신고한 사실에 대하여 과세관청은 쟁점1토지의 양도시기를 청구법인이 신고한 1997.12.20.이 아닌 1999.9.29.(등기부등본상 소유권이전등기일)로 인정하고 수정 신고된 양도가액 150,000,000원을 익금불산입, 취득가액 831,127,707원을 손금불산입 유보 처분하였는 바,

청구법인은 쟁점1토지를 양도함에 있어 1997.12.20. OO산업과는 이미 실질적인 매매거래가 종결되었으나 쟁점1토지와 관련된 근저당권설정, 다수의 이해관계인들에 의한 압류조치 등 미해결 현안이 많아 등기가 지연되어 1999년 9월경에야 비로소 소유권이전을 하게 된 것이므로 처분청의 처분은 부당하다는 주장이다.

(나) 살피건대, 전시한 소득세법 시행령 제162조 제1항을 보면 자산의 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날이며, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급 약정일이고, 잔금지급 약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급 약정일로부터 등기 접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 하는 것인 바,

① 쟁점1토지를 매수하였다는 OO산업은 청구법인이 잔금을 지급 받았다고 주장하는 1997.12.20.로부터 무려 11개월이나 지난 1998.11.11.자에 사업자등록을 한 법인으로서 개시대차대조표상에도 쟁점토지를 취득하고 토지계정에 계상한 사실이 없는 점, ② 청구법인을 회계감사한 OO회계법인의 1997사업연도 감사보고서상에도 쟁점토지의 양도사실은 나타나고 있지 아니한 점, ③ 청구법인이 OO산업에 쟁점토지 O 211,674.84㎡를 양도하면서 1999.9.22. 경주시에 신고한 토지거래매매계약서(4매)를 보면 총 매매대금을 1,551,510,000원으로, 계약일자를 1999.1.18.자로, 잔금일자를 1999.2.2.자로 되어 있으며, 등기부등본을 보면 소유권 이전등기일이 1999.9.29.자로 확인되는 점, ④ 특히, 청구법인이 주장하는 잔금지급일을 확인할 수 있는 객관적이고 명백한 입증자료를 청구법인이 달리 제시하지 못하고 있는 점등을 종합적으로 고려할 때 쟁점1토지의 양도시기를 청구법인이 신고한 1997.12.20.이 아닌 1999.9.29.(등기부등본상 소유권이전등기일)로 인정하고 수정 신고된 양도가액 150,000,000원을 익금불산입, 취득가액 831,127,707원을 손금 불산입 유보처분한 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 하겠다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.