가.신OOO(합하여 이하 “청구인들”이라 한다)은 2009.5.29. 및 2009.6.9. 아래 <표1>과 같이 각자가 소유하고 있던 주식회사 OOO의 발행주식(이하 “쟁점주식”이라 한다)을 양도하고, OOO이「 소득세법」제104조 제1항 제4호 나목 소정의 “중소기업”에 해당한다고 보아, 10%의 세율을 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였다.

나. 처분청은 주식관련 기획점검을 실시하여, 자산총액이OOO인 OOO가 2008.12.31. 현재 OOO의 발행주식 중 107,113주(32.16%)를 보유하였는바, OOO이 「 중소기업기본법」제2조 및 같은 법 시행령 제3조 제2호 [별표2] 소정의 실질적인 독립성 요건을 구비하지 아니하여 “중소기업”에 해당하지 아니한다고 보아, 쟁점주식의 양도에 대하여「 소득세법」제104조 제1항 제4호 다목 소정의 일반 주식에 대한 세율인 20%을 적용하여, 아래 <표1>과 같이 청구인들에게 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 신OOO은 이에 불복하여 2011.1.27. 이의신청을 걸쳐 2011.4.27. 심판청구를 제기하였고, 서OOO은 이의신청을 거치지 아니하고 2011.6.16. 심판청구를 제기하였다.

OOOOOOOOOO OOOOO OOOO OOOO (OO : O, O)

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

「 소득세법」제104조 제1항 제4호 나목 소정의 중소기업에 대하여,같은 법 시행령 제167조의8은 “주식양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 「 중소기업기본법」제2조의 규정에 의한 중소기업에 해당하는 기업”이라고 규정하였는바, OOO이 중소기업에 해당하는지 여부는 2008.12.31.을 기준으로 판단하여야 하나, 이 경우 2007.12.31. 현재 자산총액OOO 이상인 법인이 OOO의 주식 중 30% 이상을 보유하였다면 OOO은 중소기업에 해당하지 아니하게 된다고 해석하여야 하며, OOO의 2007.12.31. 현재 자산총액은OOO에 불과한 점, OOO은 2008.11.4. OOO로부터 OOO의 주식 107,113주를 취득하였다가 2009.3.23.에게 OOO에게 이를 전량 매도하여 이 건 양도일(2009.5.29. 및 2009.6.9.)당시에는 OOO의 주식을 전혀 보유하지 아니한 점, 자산규모가 5천억원 이상인 법인이 30% 이상을 출자한 법인을 중소기업에서 제외하는 취지는, 형식만 중소기업일 뿐 실질적으로는 대기업에서 경영하는 회사에게 혜택을 주지 아니하기 위한 것이라고 볼 수 있는데, OOO은 적대적 인수합병을 목적으로 OOO의 주식을 보유하였다가 여의치 아니하자 약 5개월만에 이를 매도하였는바, OOO을 중소기업에서 제외함은 입법의 취지에도 부합되지 아니하는 점 등을 종합하였을 때, 쟁점주식이 중소기업의 주식에 해당하지 아니한다고 보아 20%의 세율을 적용하여서는 아니된다.

나. 처분청 의견

OOO이 중소기업에 해당하는지 여부는 쟁점주식의 양도일이 속한 사업연도의 직전 사업연도 종료일인 2008.12.31.현재 OOO의 발행주식 중 32.17%를 소유한 OOO의 자산총액이 5천억원 이상인지 여부에 따라 달라지는데, 「소득세법 시행령」제167조의8은 “ 「 중소기업기본법」제2조 소정의 중소기업에 해당하는지 여부는 주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일을 기준으로 판단”하여야 한다고 규정하였고, 2008.12.31. 당시에 적용되는「중소기업기본법시행령」(2007.9.10. 대통령령 제20260호로 개정된 것) 제3조 제1호 나목, 제2호 [별표2]에 의하더라도 직전 사업연도 말일 현재대차대조표에 표시된 자산총액이 5천억원 이상인 법인이 발행주식 총수의 100분의 30이상을 소유하였다면, 중소기업에서 제외된다고 해석할 수 있는 점,「중소기업기본법 시행령」(2005.12.27. 대통령령 제19189호로 개정되기 전의 것) 제3조에 의하더라도 발행주식 총수의 30%이상을 보유한 법인이 “주권상장법인 또는 협회등록법인으로서자산총액(직전사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이5천억원 이상”이면 중소기업에 제외되는데, OOO은 1976.7.8. 상장된 법인으로 위 규정에 의하더라도 OOO은 중소기업에 해당하지 아니하는 점 등을 종합하였을 때, 쟁점주식의 양도에 대하여는 일반 주식의 양도소득세율(20%)을 적용하여야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식 양도당시OOOO이 「소득세법 시행령」 제167조의8에서 규정하는 중소기업에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

4. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장 및 제160조 제6항에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등

양도소득 과세표준의 100분의 30

나.중소기업의 주식등

양도소득 과세표준의 100분의 10

다.그 밖의 주식등

양도소득 과세표준의 100분의 20

(2) 소득세법 시행령 제167조의8【중소기업의 범위】법 제104조 제1항 제4호 가목에서 “대통령령이 정하는 중소기업”이라 함은주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 「 중소기업기본법」제2조의 규정에 의한 중소기업에 해당하는 기업을 말한다.

(3) 중소기업기본법 제2조【중소기업자의 범위】① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

1. 다음 각 목의 사항을 고려하여 그 규모가 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것

가. 업종의 특성

나. 상시 근로자 수

다. 자산규모

라. 매출액 등

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것

② 중소기업은 대통령령으로 정하는 구분기준에 따라 소기업(소기업)과 중기업(중기업)으로 구분한다.

③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 중소기업시책별 특성에 따라 특히 필요하다고 인정하면 「중소기업협동조합법」이나 그 밖의 법률에서 정하는 바에 따라 중소기업협동조합이나 그 밖의 법인·단체 등을 중소기업자로 할 수 있다.

(4) 중소기업기본법 시행령(2007.9.10. 대통령령 제20260호로 개정된 것)제9조【유예 제외】법 제2조제3항 단서에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

1. 법 제2조 제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우

2. 창업한 중소기업이 창업일이 속하는 달부터 12개월이 되는 달 말일 이전에 제3조 제1호의 기준을 초과하게 되는 경우

3. 중소기업이 제3조 제2호에 해당되지 아니하는 경우

제3조【중소기업의 범위】「중소기업기본법」(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

나. 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인. 이 경우 외국법인의 자산총액을 원화로 환산할 경우에는 직전 사업연도 말일 현재의 종가환율 또는 직전 사업연도의 평균환율을 적용하여 환산한 금액 중 적은 것으로 한다.

2. 소유 및 경영의 실질적인 독립성이 별표 2의 기준에 적합한 기업

[별표 2] 중소기업의 소유 및 경영의 실질적인 독립성 기준(제3조 제2호 관련)

1. 제3조 제1호 나목의 규정에 의한 법인이 발행주식( 「상법」 제370조의 규정에 의한 의결권 없는 주식을 제외한다) 총수의 100분의 30이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것

2. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항의 규정에 의한 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들은 위 <표1>과 같이 2009.5.29. 및 같은 해 6.9. 쟁점주식을 양도하였고, 양도소득세 신고시 OOO이 중소기업에 해당한다고 보아 10%의 세율을 적용하였다.

(2)OOOOOOOOOO은 2008.11.4. OOO로부터 OOO의 주식 107,113주(32.17%)를 취득하였다가 2009.3.23. OOO에게 전량 매도하여, 이 건 양도일 당시(2009.5.29. 및 같은 해 6.9.)에는 OOO의주식을 보유하지 아니하였다.

(3) 2008사업연도말(2008.12.31.) 기준 OOO의 주주현황은청구인신OOO(15.77%), 청구인 서OOO(34.72%), OOO(32.17%), 주식회사 OOO(17.34%)으로, 2009.3.23. 기준 OOO의 주주현황은 청구인 신OOO(15.77%), 청구인 서OOO(34.72%), OOO(32.17%), 주식회사 OOO(17.34%)으로 각각 나타나는바, 2008사업연도말 현재 및이 건 양도일 당시 청구인들이 OOO의 총발행주식 중 50.49%를 보유한 지배주주로 보인다.

(4) OOO의 감사보고서상 대차대조표에 의하면 2007사업연도말(2007.12.31.) 현재 자산총액은 OOO 2008사업연도말(2008.12.31.) 현재 자산총액은OOO으로 각각 나타난다.

(5)「 소득세법」제104조 제1항 제4호 나목,같은법 시행령 제167조의8은 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 중소기업에 대하여 “주식양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 「 중소기업기본법」제2조의 규정에 의한 중소기업에 해당하는 기업”이라고 규정하였고, 「 중소기업기본법」제2조, 같은 법 시행령 제3조 제2호 [별표2]는 “소유 및 경영의 실질적인 독립성”과 관련하여 “자산총액이 5천억원 이상인 법인이 발행주식 총수의 100분의 30이상을 소유하여서는 아니된다”고 규정하면서, 자산총액의 산정시점과 관련하여 “직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다”고 명시하고 있다.

(6) 중소기업을 판단하는 기준 중 독립성 요건의 판단시점과 관련된 질의에대하여 중소기업청은 “ 「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호 나목의규정에서 자산총액은 같은 조 나목에 의거하여 직전 사업연도 말일 현재 재무상태표에 표시된 자산총액을 말합니다. 즉, 2011.12.31. 현재의 중소기업 판단에 있어서 자산총액은 2010.12.31. 기준으로 작성된 재무상태표상에 표시된 자산총액을 적용하여야 합니다.”라고 회신(중소기업청 정책총괄과-915, 2011.8.10.)하였다.

(7) 위와 같은 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대,

(가) 「중소기업기본법」 제2조 제1항에서 중소기업자는 다음 각호의 요건을 모두 충족하는 기업을 영위하는 자로 한다고 규정하면서 그 제1호에서 종업원 수, 자산규모 등의 규모 요건을, 제2호에서 독립성 요건을 각각 규정하였고, 같은 법 시행령 제2조 제3항 본문에서 중소기업이 규모의 확대등으로 중소기업에 해당하지않게 된 경우(제1호 요건 미충족시)에는 그 사유가발생한 연도의 다음연도부터 3년간은 중소기업으로 본다고 규정하였고, 그 단서에서 ‘대통령이 정하는 사유’로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우(제2호의 요건 미충족시)에는 그러하지 아니하다고 규정하였으며, ‘대통령령이 정하는 사유’와 관련하여서는 같은 법 시행령 제9조에서 3가지 요건을 규정하고 있는데, 이 건과 관련하여 문제가 되는 요건은 같은 조 제3호의 요건 즉, 주식발행법인이 제3조 제2호 〔별표2〕의 독립성 요건 중 제1호의 요건인 “제3조 제1호 나목의 규정에 의한 법인(직전사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액이 5천억원 이상인 법인)이 발행주식총수의 30%이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것”을 충족하였는지 여부이다.

위 규정에 따라 이 건을 살펴보면, 2008.11.4. OOO이 OOO의 지분 32.17% 취득하였으나, OOO의 직전 사업연도(2007년말) 자산총액이 5천억원 미만이므로 OOO은 2008.12.31.까지는 독립성 요건을 상실하지 아니하여 중소기업에 해당한다고 볼 수 있고, OOO의 직전 사업연도(2008년말) 자산총액이 5천억원 이상이 된 2009.1.1.부터 OOO은 독립성 요건을 상실하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되었다고 보여진다.

그런데, OOO이 2009.3.23. OOO의 지분을 전부 양도하였으므로 OOO은 2009.3.24.부터 독립성 요건을 회복하여 다시 중소기업에 해당하게 되었고, 쟁점주식의 양도일인 2009.5.29. 및 2009.6.9. 현재로 보면, 직전 사업연도말(2008년말) 자산총액이 5천억원 이상인 법인OOO이 OOO의 지분을 전혀 소유하고 있지 아니하므로 쟁점주식 양도일 현재 OOO은 「 중소기업기본법」제2조의 중소기업에 해당된다고 판단된다.

(나) 한편, 「소득세법 시행령」 제167조의8에서 법 제104조 제1항 제4호 가목에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업에 해당하는 기업을 말한다고 규정하였는바, 위 규정을 법 문언대로 해석하면, 청구인들이 쟁점주식을 양도한 날이 속하는 사업연도(2009년)의 직전사업연도 종료일(2008.12.31.) 현재 주식발행법인인 OOO은 「중소기업기본법」 제2조의 중소기업에 해당한 사실을 알 수 있다.

(다) 따라서, 쟁점주식 양도일 현재 OOO이 중소기업에 해당하지 아니한다고 보아 쟁점주식의 양도에 대하여「 소득세법」제104조 제1항 제4호 다목 소정의 일반 주식에 대한 세율인 20%을 적용한 이 건 과세처분은 잘못이라고 판단되고, 쟁점주식에 대하여는 같은 호 나목 소정의 “중소기업의 주식등”에 대한 세율인 10%의 세율을 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.