2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 1995.4.26. 기계설비공사업・전기공사업 등을 영위하기 위하여 설립된 회사이고, 정AA은 원고 설립 당시부터 2007.5.10.까지 원고의 대표이사로 재임하였다.

나. 정AA은 2008.8.29. 서울중앙지방법원 2007고합753, 2008고합282(병합), 2008고합384(병합) 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(횡령) 등 사건에서 아래와 같은 범죄사실 등으로 징역 3년에 집행유예 5년 및 벌금 500만 원의 유죄판결을 선고받았고, 위 판결은 2009.6.24. 확정되었다.

○ 피고인 정AA의 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(횡령)

피고인 정AA은 원고의 회계부장으로 근무하던 김BB과 공모하여, 피고인 정AA은 대표이사로, 김BB은 회계부장으로 원고의 자금을 공동 관리・보관하던 중 원고가 XX코리아로부터 공급받은 물품의 대금을 과다계상하거나 그 물품 공급사실을 가장한 다음 과다계상된 물품대금 내지 위장 공급된 물품대금을 XX코리아에 지급하고 이를 현금 등으로 반환받는 방법으로 원고의 자금을 횡령하기로 마음먹고,

가. 2006.12.31.경 원고 사무실에서, XX코리아로부터 매수한 산소분석기 4대의 시가(수입대금 및 운송료, 통관료 등 수입 부대비용 일체) 합계는 000원 상당에 불과하였음에도 마치 그 매수가격이 000원인 것처럼 작성된 세금계산서를 수수하는 방법으로 그 매수가격을 과다계상하여 위 매수대금 명목으로 위 원고 소유의 자금 000원을 XX코리아에 지급한 다음, 실제 매수가격과의 차액 000원 상당을 반환받은 것을 비롯하여, 2005.10.1.경부터 위 일시경까지 총 20회에 걸쳐 같은 장소에서, 매수대금을 과다지급한 다음 실제 매수대금과의 차액을 반환받는 방법으로 합계 000원의 비자금을 조성한 다음 그 즈음 위 비자금 전액을 사적인 용도에 사용하고,

나. 2006.6.30. 위 원고 사무실에서, XX코리아로부터 시가 000원 상당의 OO 계측기 관련 용역을 제공받은 사실이 없음에도 불구하고 마치 그와 같은 용역을 제공받은 것처럼 세금계산서를 수수하면서 원고 소유의 자금 000원을 XX코리아에 지급한 다음 이를 다시 반환받은 것을 비롯하여, 2005.4.10.경부터 위 일시경까지 총 10회에 걸쳐 같은 장소에서, XX코리아로부터 공급받지 아니한 물품 또는 용역의 매입대금을 지급하였다가 반환받는 방법으로 합계 000원의 비자금을 조성한 다음 그 즈음 위 비자금 전액을 사적인 용도에 사용함으로써, 원고 소유의 자금 합계 000원(그 중 정AA이 2005년에 횡령한 000원을 '이 사건 횡령금'이라 한다)을 횡령하였다.

다. 피고는 위 형사판결의 결과에 따라 원고가 XX코리아로부터 산소분석기, OO 계측기 관련 용역 등과 관련하여 사실과 다른 매입세금계산서를 수취한 것으로 보아, 2011.6. 1. 원고에게 기 손금산입된 위 매입세금계산서상 매입액(2005 사업연도분 000원, 2006 사업연도분 000원 합계 000원)을 손금불산입하여 2005 사업연도 법인세 000원, 2006 사업연도 법인세 000원을 경정・고지하였다.

라. 또한, 피고는 위 손금불산입된 금액이 모두 사외 유출되어 정AA에게 귀속된 것으로 보아 2005 사업연도 000원, 2006 사업연도 000원 합계 000원을 정AA에 대한 상여로 소득처분(이하 '이 사건 소득처분'이라 한다)을 하고, 2011.6.1. 원고에게 위 소득처분에 따른 소득금액변동통지(이하 2005년 귀속 상여로 처분한 소득금액 000원에 관한 소득금액변동통지 부분을 '이 사건 소득금액변동통지'라 한다)를 하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2011.8.30. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2012.5.21. 위 심판청구를 기각하였다.

바. 한편 정AA은 2005년 발생한 근로소득에 대하여 연말정산을 통해 2005년 귀속 종합소득세를 납부하였고, 이에 관하여 별도로 과세표준 확정신고를 하지는 않았다.

[인정 근거] 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소득금액변동통지의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 소득금액변동통지에 따른 원고의 원천징수의무는 그 원천납세의무자인 정AA의 소득세 납세의무를 전제로 하는 것으로서 위 소득세 납세의무가 부과제척기간의 도과로 소멸하면 원고의 원천징수의무도 당연히 존재하지 않는다. 그런데 피고는 2005 사업연도에 사외 유출된 소득금액을 정AA에게 귀속된 것으로 보아 정AA에 대한 상여로 소득처분을 하고 이에 따라 이 사건 소득금액변동통지를 하였는바, 이 사건 소득처분으로 인한 정AA의 종합소득세 부과제척기간의 기산일은 2006.6.1.이고, 구 국세기본법(2005.12.29. 법률 제7796호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제3호에 따라 위 종합소득세의 부과제척기간은 5년이므로, 2011.6.1.에 한 이 사건 소득금액변동통지는 원천납세의무자의 종합소득세가 부과제척기간의 도과로 소멸한 이후에 이루어진 것으로서 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

법인세법의 규정에 따라 법인의 대표자에 대한 인정상여로 소득처분되는 금액은 당해 법인이 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 소득금액을 지급한 것으로 보게 되나 이는 그 소득금액을 현실적으로 대표자에게 지급하는 것을 의미하는 것이 아니라 법으로 의제하는 것에 불과하므로, 위와 같은 소득금액변동통지서를 받은 법인의 원천징수의무가 성립하려면 그 성립시기인 위 소득금액변동통지서를 받은 때에 소득금액을 지급받은 것으로 보아야 할 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 성립되어 있어야 하며, 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 그 소득세에 대한 부과제척기간의 도과 등으로 이미 소멸하였다면 법인의 원천징수의무도 성립할 수 없으므로, 그 후에 이루어진 소득금액변동통지는 위법하다(대법원 1989.3.14. 선고 85누451 판결, 대법원 2010.1.28. 선고 2007두20959 판결 등 참조).

한편, 구 국세기본법 제26조의2 제1항에 의하면 국세는 같은 항 각 호에서 규정하는 부과제척기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없고, 국세의 부과제척기간에 관하여 그 제1호는 '납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급・공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간', 제2호는 '납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간', 제3호는 '제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간'으로 각 규정하고 있다.

원고는 이 사건 소득처분으로 인한 정AA의 종합소득세의 부과제척기간이 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에 의하여 5년이므로 그 부과제척기간이 도과된 이후에 이루어진 이 사건 소득금액변동통지는 위법하다고 주장함에 대하여, 피고는 원천납세의무자인 정AA은 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니하였을 뿐만 아니라 정AA의 위와 같은 행위는 위 제26조의2 제1항 제1호에서 정한 '납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우'에 해당하므로, 그 종합소득세에 대한 부과제척기간은 위 제26조의2 제1항 제1호 또는 제2호에 의하여 7년 또는 10년에 해당하여 이 사건 소득금액변동통지는 부과제척기간이 도과되기 전에 이루어진 것이므로 적법하다고 주장한다. 따라서 이 사건 소득처분으로 인한 정AA의 2005년 귀속 종합소득세 부과제척기간이 위 제26조의2 제1항 각 호에서 정하고 있는 10년, 7년, 5년 중 어디에 해당하는지에 관하여 보기로 한다.

위 인정 사실에 의하면 정AA이 원고가 XX코리아로부터 물품을 매수하는 과정에서 허위의 세금계산서를 수취하여 원고의 장부상 매입액을 과다계상한 것은 그 경위에 비추어 단지 이 사건 횡령금을 빼돌린 사실을 은폐하기 위한 것일 뿐, 이 사건 횡령금에 대하여 향후 피고의 소득처분이 이루어질 것까지 예상하여 그로 인해 자신에게 귀속될 상여에 대한 소득세를 포탈하기 위한 것으로 보기는 어려우므로(대법원 2010. 1. 28. 선고 2007두20959 판결, 대법원 2010. 4. 29. 선고 2007두11382 판결 참조), 이 사건 소득처분으로 인한 정AA의 종합소득세에 관하여는 부과제척기간을 10년으로 보는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 소정의 '납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우'에 해당한다고 볼 수는 없다.

또한, 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제70조 제1항, 제73조 제1항은 근로소득만 있는 자가 연말정산을 통하여 소득세를 납부한 경우에는 과세표준 확정신고 의무를 면제하고 있는데, 그 취지가 근로소득만 있는 거주자는 정부가 원천징수의무자로 하여금 해당 근로소득세를 원천징수하여 이를 납부하게 한 후 연말정산을 하는 방법으로 그 세액을 확정・징수하고 있어 당해 소득의 귀속자가 별도로 신고하여야 할 실질적인 필요가 없으므로 이 같은 경우에는 종합소득과세표준 확정신고절차를 면제하여 줌으로써 납세의무자의 편의를 도모하려는 데에 있는 점에 비추어 보면, 원천징수의무자가 소득세법 등 관계 법령에 정한 절차에 따라 당해 근로자의 근로소득세를 원천징수하고 나아가 연말정산까지 마쳐 소득세가 납부되었다면 이는 적어도 절차적으로는 당해 근로자가 종합소득과세표준 확정신고절차를 이행한 것과 동일한 효과가 있다고 봄이 타당하다. 앞서 본 바와 같이 정AA이 2005년 귀속 근로소득에 대한 원천징수 및 연말정산을 통하여 소득세를 납부한 이상 그 과정에서 이 사건 횡령금이 근로소득에 포함되어 있지 않다고 하더라도 이는 근로소득을 과소신고한 경우에 준하는 것으로 볼 것이지 부과제척기간을 7년으로 보는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호 소정의 '납세자가 법정신고기간 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우'에 해당한다고 볼 수는 없다.

결국, 2005년 과세연도에 귀속되는 이 사건 횡령금에 대한 종합소득세 부과제척기간은 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에 의하여 5년으로 봄이 상당하므로 위 소득세를 부과할 수 있는 날부터 5년간의 기간이 만료된 후에는 위 소득세를 부과할 수 없다고 할 것이다.

한편 구 국세기본법 제26조의2 제4항, 구 국세기본법 시행령(2006.4.28. 대통령령 19461호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항 제1호에 의하면 종합소득세와 같이 과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한의 다음날이 국세를 부과할 수 있는 날이고, 구 소득세법 제70조 제1항에 의하면 종합소득세에 대한 신고기한은 그 과세기간의 다음 연도 5월 31일까지이므로, 정AA의 2005년도 종합소득세에 관한 5년의 부과제척기간은 2006.6.1.부터 진행한다고 할 것인데, 이 사건 횡령금에 대한 이 사건 소득금액변동통지는 그 기산일인 2006.6.1.로부터 부과제척기간 5년이 지난 후임이 역수상 명백한 2011.6.1.에 이루어진 것이므로 무효라 할 것이다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.