2. 소송비용은 원고가 부담한다.

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증, 갑 제2호증, 갑 제6호 증, 갑 제10호증, 갑 제12호증, 갑 제18호증, 을 제1호증 내지 을 제4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 2005. 6. 14. 석유류 도ㆍ소매업, 주유소 경영업 등을 목적으로 설립된 법인으로서 2007. 12. 13.부터 대전 중구 EE동에서 'FF주유소'를 운영하다가 2010. 3. 31. 폐업하였는데, 2008년 제1기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 DD에너지(이하 " DD에너지"라고 한다)로부터 2008. 1. 13.부터 2008. 3. 31.까지 사이에 19장 총 공급 가액 537,527,272원 상당의 세금계산서(이하 "이 사건 세금계산서"라고 한다)를 수취하여 위 과세기간의 매출세액에서 위 세금계산서의 매입세액 상당액을 공제한 다음 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다.

나. 부산지방국세청장은 2008. 5.경 위 DD에너지에 대한 유통과정추적조사를 실시한 결과, DD에너지가 실물거래 없이 세금계산서를 발행한 자료상으로 보아서 피고에게 원고에 대한 과세자료를 통보하였다. 이에 피고는 이 사건 세금계산서 중 공급가액 456,909,090원은 실제 매입이 없었던 가공매입이고, 80,618,182원은 매입사실은 있으나 공급처가 다른 위장매입이라는 이유로 위 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해 당한다고 판단하여 구 부가가치세법(2008. 12. 26. 법률 제9286호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제1의2호의 규정에 따라 관련 매입세액을 불공제하여 2009. 6. 15. 원고에 대하여 2008년 제1기분 부가가치세 91,083,990원을 부과하였다(이하 "이 사건 처분"이라고 한다).

다. 원고는 이에 불복하여 2009. 7. 15. 국세청에 심사청구를 제기하였으나, 2010. 5. 4. 위 심사청구는 기각되었다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 실제로 DD에너지로부터 유류를 공급받고 세금계산서를 수취하였으므로 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없고, 가사 사실과 다른 세금 계산서라고 하더라도, 원고는 DD에너지의 명의위장사실을 알지 못하였고, 알지 못한 데에 과실이 없는 선의의 거래당사자인바, 피고가 이 사건 세금계산서 관련 매입세액의 공제를 부인하여 한 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증 내지 갑 제9호증(갑 제5호증의 1 제외), 갑 제17호증, 을 제5호증 내지 을 제10호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있고, 이에 반하는 갑 제5호증의 1, 갑 제11호증, 갑 제15호증의 14의 각 기재는 믿지 아니하고, 갑 제13호증 내지 갑 제 17호증(갑 제15호증의 14를 제외한 각 가지번호 포함)의 각 기재만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하다.

(1) DD에너지는 2007. 6. 19. 석유판매업등록을 마친 후 2007. 7. 1. 업종을 유류도매업으로 하여 사업자등록을 한 뒤 2008. 4. 24. 폐업한 사업자인데, 위 사업기간 중 전국 어느 저유소에서도 DD에너지 명의로 유류를 출하 받은 적이 없었고, 석유판매업등록을 위하여 부산탱크터미널 주식회사의 저장시설인 저유소와 수송 차량 등에 대한 임대차계약을 체결하였으나 그 저유소와 수송 차량 등을 사용한 사실이 전혀 없었다.

(2) 위 DD에너지의 실제 사업자인 장HH는 실물거래 없이 허위 세금계산서를 교부받거나 교부하면서 이익을 얻는 소위 자료상을 하기로 마음먹고, DD에너지를 개업하여 '이GG'이라는 가명을 사용하면서 전무라는 직책으로 활동하였는데, 2007. 7.경부터 실물거래 없이 주유소들에게 DD에너지 명의의 매출세금계산서를 교부하고 그에 대한 일정 수수료를 지급받는 자료상 거래를 하였고, 이러한 거래를 할 주유소를 확보하는 것이 원활하지 않자 무자료 비과세 유류 유통업자 조진호 등에게 연락하여 주유소에 무자료 유류가 배달되도록 하였다.

(3) 한편, 정상적인 유통경로를 거쳐서 유류가 주유소에 배달되는 때에는 정유사의 저유소 등에서 출하당시 발행된 출하전표(출하일시, 거래처명, 출하지, 도착지, 수송장비, 품목 및 출하량, 온도, 비중 등이 기재됨) 4장 중 1장은 주문자가, 1장은 저유소가 각 보관하며, 2장은 해당 유류 운반차량의 운전자에게 교부되어 유류가 배달된 거래처 주유소의 서명을 받아서 그 중 1장은 운전사가, 나머지 1장은 주유소에 교부되는데, 원고는 이 사건 세금계산서와 관련하여 위와 같이 저유소에서 정상적으로 발행된 출하전표를 거의 수취하지 않았다(뒤에서 인정하는 바와 같이 공항석유상사로부터 유류를 공급받은 2009. 3. 19.자 출하전표 3매를 제외한 나머지 출하전표는 DD에너지가 허위로 작성하여 교부한 것이다). DD에너지는 직원으로 하여금 출하전표 양식을 대량으로 구입하여 보관하면서 컴퓨터와 도트프린터를 이용하여 그곳에 출하처와 운전기사를 임의대로 기재하고 유류의 온도 등이 기재되지 않은 허위 내용의 출하전표를 작성하도록 한 다음 이를 필요로 하는 거래 주유소에 세금계산서와 함께 우편으로 보내 주었다.

(4) 부산지방국세청장은 DD에너지가 실제로 유류를 공급함이 없이 허위 세금계산서를 교부한 자료상으로 보아 수사당국에 고발하였고, 그 결과 위 장HH는 2010. 3. 25. 서울고등법원(2009노2687호)에서 원고를 비롯한 각 주유소들에게 총 공급가액 21,090,909원의 허위매출세금계산서를 교부하고, 공급가액 33,813,257,915원의 허위매입세금계산서를 교부받았다는 이유로 징역 1년 6월 및 벌금 7,000,000,000원을 선고받았으며, 위 판결은 대법원에서 상고기각되어 2010. 7. 22. 확정되었다.

(5) 원고는 DD에너지로부터 이 사건 세금계산서를 수취한 이후인 2008. 6. 3. DD에너지의 예금계좌로 원고의 MM계좌를 통하여 4회에 걸쳐 100,000,500원, 1,090,500원, 100,000,500원, 2,880,500원을, 같은 날 원고의 다른 KK은행 예금계좌를 통하여 2회에 걸쳐 83,320,500원, 88,190,000원을, 2008. 6. 4. 위 MM계좌를 통하여 3회에 걸쳐 100,000,500원, 18,860,500원, 90,550,500원 등 총 합계 584,894,000원을 각 송금하였다.

(6) 원고의 실질적인 운영자인 심BB은 세무당국으로부터 조사를 받을 당시 위와 같이 송금한 경위와 관련하여 자신이 보유한 주식회사 CC바이오메드(이하 "CC바이오메드"라고 한다)의 비상장 주식을 담보로 DD에너지로부터 5억 원가량의 유류를 외상매입을 하였고, 2008. 1.부터 금고에 유류를 판매한 돈을 모아두고 있다가 위와 같이 DD에너지에 현금으로 송금하였다고 주장하였다. 그런데 원고가 2007. 12. 30. DD에너지와 체결하였다는 계약서(갑 제3호증의 1)에는 위 CC바이오메드의 비상장 주식[위 회사의 2007. 12. 31. 당시 총 자산은 2,374,697,544원, 자본 총액은 1,213,516,299원이며, 원고의 실질적 사업자인 심BB과 그의 동생 심재훈, 부(父) 심창규의 주식보유비울은 10.68%이다] 등 담보에 대한 아무런 기재가 없고, 오히려 위 계약서의 내용에 의하더라도 DD에너지가 공급한 유류대금에 대하여는 당일 DD에너지의 통장으로 지급함을 원칙으로 한다고 기재되어 있다.

(7) 이 사건 처분 과정에서 원고가 제출한 DD에너지 명의의 출하전표들에는 정유사의 로고나 출하 당시의 유류온도, 인수자의 서명날인이 없고, 다만 그 중 2008. 3. 19.자 출하전표 3매는 에스케이 에너지 대전경질유 물류센터에서 정상적으로 발행된 것이지만, 위 출하전표들에는 DD에너지의 기재가 없이 위 물류센터에서 주식회사 공항석유로 유류가 출하된 것으로 기재되어 있다. 원고는 유류를 공급받을 당시 정유사 로고가 찍히지 않은 탱크로리 차량으로 유류를 공급받기도 하였고 DD에너지로부터 받은 출하전표에 기재된 운송차량의 차량번호는 피고의 차적 조회결과 존재하지 않는 차량번호임이 밝혀졌다.

(8) 원고는 2008년도 거래처원장에 이 사건 세금계산서 상당의 유류를 DD에너지로부터 매입한 것으로 기재하였다가 피고로부터 세무조사를 받은 이후에 공인회계사로부터 법인세 선고시 위 세금계산서 상당액을 손금에 산입할 경우 가산세를 납부해야 한다는 말을 듣고 2008. 12. 31. DD에너지로부터의 매입금액 중 피고가 가공거래로 본 456,909,090원을 상품매입금액에서 공제하였고 위 거래처원장 작성의 이전 단계에서 그때그때 기계적으로 작성된 원시장부는 존재하지 않는다.

(9) 이에 따라 피고는 원고가 DD에너지로부터 교부받은 이 사건 세금계산서 중 2008. 3. 21.자 공급가액 80,618,182원의 세금계산서는 2008. 3. 19. 공항석유로부터 경유 60,000리터를 공급받고 교부받은 것으로 보아 실지 거래가 있었다고 판단한 뒤 나머지 공급가액 456,909,090원의 세금계산서는 모두 실제 거래가 없음에도 발행된 가공 세금계산서로 판단하였다.

라. 판단

(1) 이사건세금계산서가사실과다른세금계산서인지여부

(가) 부가가치세법상 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다는 의미는 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이라고 할 것이다.

(나) 과연 원고가 이 사건 세금계산서상의 공급자인 DD에너지로부터 실제로 유류를 공급받았는지 여부에 관하여 보건대, 위 인정사실에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ① DD에너지는 처음부터 실물거래 없이 허위세금계산서 거래만을 목적으로 설립되었고, 과세당국에 의하여 실물거래가 전혀 없이 세금계산서만을 발행하거나 수취한 자료상으로 고발되어 그 실제 운영자인 장HH가 허위 매입ㆍ매출 세금계산서를 수수ㆍ교부하였다는 이유로 유죄판결을 받아 확정된 점, ② DD에너지는 이 사건 과세기간 동안에 전국 어느 저유소에서도 유류를 출하받은 사실이 없을 뿐만 아니라 석유판매사업자등록을 받으면서 신고한 저유시설이나 수송차량 등을 전혀 사용한 적이 없었던 점, ③ DD에너지는 가공 매입세금계산서를 수취하고 무자료 유류 유통업자로 하여금 무자료 유류를 물색하여 공급하도록 하였을 뿐 실제 유류를 매입한 사실이 없는 바, 매입한 유류가 없는 상황에서 DD에너지가 원고 등 다른 주유소에 대하여 실제로 자신의 유류를 공급하였다고 볼 수는 없는 점 등을 비롯하여 기타 앞서 본 출하전표의 작성경위 등을 종합하면, 원고는 DD에너지로부터 유류를 매입함이 없이 가공세금계산서를 교부받았거나 유류를 DD에너지가 아닌 다른 제3자로부터 매입하였다고 보아야 할 것이므로 결국 이 사건 세금계산서 모두는 공급사실의 존재 또는 공급자가 허위로 기재된 세금계산서로 봄이 상당하다.

(2) 공급가액 456,909,090원의 세금계산서에 관한 판단

(가) 원고는 DD에너지로부터 이 사건 세금계산서 상당의 유류를 실제로 공급 받았다고 주장하고 있으나, 원고의 주장에 부합하는 듯한 갑 제5호증의 1, 갑 제11호증, 갑 제15호증의 14의 각 기재는 이를 믿기 어렵고, 갑 제5호증(갑 제5호증의 1 제외), 갑 제9호증, 갑 제13호증 내지 갑 제17호증(갑 제15호증의 14를 제외한 각 가지번호 포함)의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하며 달리 인정할 증거가 없다.

(나) 오히려, 앞에서 인정한 사실관계에 나타난 다음과 같은 사정들 즉, ① 원고는 DD에너지와 거래 당시 CC바이오메드의 비상장 주식을 담보로 제공하고 외상 거래를 하였다고 주장KK, DD에너지와 체결하였다는 계약서에 의하더라도 담보설정에 관련된 기재가 전혀 없을 뿐만 아니라 오히려 유류대금은 당일 지급하기로 약정하였던 것으로 보이고, 2008. 4. 24. 직권폐업된 자료상 영업을 한 장HH가 직접적인 현금거래를 하지 않은 채 비상장 주식을 담보로 받아가며 원고와 장기거래를 하기로 약정한다는 것은 쉽게 납득하기 어려운 점, ② 원고는 DD에너지와 예전부터 거래를 해 오던 관계가 아님에도 불구하고 적정한 시가를 평가하기 매우 어렵고 현금으로 교환하기도 어려운 비상장 주식을 담보로 최초 거래부터 5억 원 상당의 외상거래를 한다는 것은 경험칙상 이례적인 것이고, 더욱이 위 주식들이 원고 명의로 되어 있는 주식도 아닐 뿐만 아니라 총자산이 24억 원 정도인 CC바이오메드 전체 발행주식의 10%에 불과한 주식에 대하여 DD에너지 측이 그 가치를 5억 원가량으로 평가하여 담보로 제공받았다는 것도 쉽게 수긍하기 어려운 점, ③ DD에너지는 처음부터 자료상을 목적으로 설립되었고, 원고가 DD에너지로부터 받은 출하전표에 기재된 유류운송차량의 차량번호에 대하여 피고가 조사한 결과 존재하지 않는 차량으로 밝혀진 점, ④ 원고는 위와 같이 주식을 담보로 DD에너지와 거래가 종료된 지 2개월 정도 지난 이후에 유류대금 명목으로 이틀 사이에 5억 원이 넘는 돈을 현금으로 송금하였고, 그 방법도 5억 원을 한꺼번에 입금한 후 변제한 것이 아니라 1억 원가량을 송금하여 예금잔고가 없어지면 다시 1억 원가량을 현금 입금한 후 다시 1억 원가량을 송금하는 형태를 취하였는바, 이와 같이 계속적인 거래관계에서 원고가 현금을 모아 두었다가 일시에 5억 원 이상을 위와 같이 변제한다는 것도 매우 이례적이고, 결국 이는 DD에너지에 대한 세무조사가 개시되어 원고가 DD에너지로부터 가공세금계산서를 수취한 사실이 드러나게 될 처지에 이르게 되자 사후적으로 이 사건 세금계산서에 대하여 실제 유류매입이 있었던 것처럼 금융자료를 만들기 위해서 위와 같이 비정상적인 송금을 하였던 것으로 보이는 점, ⑤ 이에 더하여 원고는 DD에너지와 거래할 때마다 기재한 원시장부를 전혀 보유하고 있지 않고, 원고의 법인등기부상 대표이사는 조AA였지만 실질적인 운영은 심BB에 의하여 이루어졌으며 FF주유소의 개업 직후부터 자료상인 DD에너지로부터 위와 같은 방식의 출하전표 및 세금계산서를 수취하였던 점 등에 비추어 보면, 원고는 이 사건 세금계산서를 교부받을 당시 자료상인 DD에너지와 사이에 실물거래 없이 가공거래를 하였던 것으로 인정된다.

(다) 따라서 원고가 DD에너지로부터 이 사건 세금계산서에 기재된 바와 같이 실제로 유류를 구입하고 그 대금을 지불하였다고 볼 수 없으므로, 공항석유로부터 실지 유류를 공급받은 것으로 피고가 인정한 80,618,182원을 제외한 공급가액 456,909,090원은 가공거래로 봄이 상당하므로 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 원고가선의의거래당사자인지여부에관한판단

(가) 앞서 본 바에 의하면, DD에너지로부터 받은 공급가액 456,909,090원의 세금계산서는 실물거래 없이 발행된 세금계산서라고 할 것이므로, 이 부분에 대하여 명의위장 사실을 알지 못한 선의의 거래 당사자라는 원고의 주장은 더 나아가 살펴 볼 필요도 없이 이유 없다.

(나) 다만 이 사건 세금계산서 중 명의위장 거래로 인정되는 나머지 80,618,182원의 세금계산서에 관해서 살피건대, 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고 알지 못하였음에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 입증하여야 한다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결 등 참조).

(다) 그러므로 원고가 위 세금계산서의 명의 위장 사실을 알지 못하였고, 아울러 알지 못한 데에 과실이 없는지 여부에 대하여 살피건대, 원고의 주장에 부합하는 듯한 갑 제5호증의 1, 갑 제11호증, 갑 제15호증의 14의 각 기재는 이를 믿기 어렵고, 갑 제5호증(갑 제5호증의 1 제외), 갑 제9호증, 갑 제11호증, 갑 제13호증 내지 갑 제 17호증(각 가지번호 포함)의 각 기재만으로는 이를 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정 할 증거가 없다.

오히려, 앞에서 인정한 사실관계에 나타난 다음과 같은 사정 즉, ① 원고는 유류의 인수 당시 출하전표를 직접 교부받은 것이 아니라 그 이후에 세금계산서와 함께 DD에너지 명의의 출하전표를 교부받는 등 비정상적인 거래를 하였음에도 DD에너지의 진정성 및 실제 공급자가 맞는지 여부에 대하여 확인을 게을리하였다고 보이는 점, ② 원고는 DD에너지의 기재가 없는 출하전표를 교부받기도 하였으며, 출하전표에는 그 기재사항 중 일부가 누락되어 있었던바, 출하전표의 내용을 검토하지 아니한 점, ③ 또한 원고는 정유사 로고가 찍히지 않은 탱크로리 차량으로 유류를 공급받기도 하였고, 출하전표에 기재된 유류운송차량의 차량번호는 조회결과 존재하지 않는 차량번호인바, 비정상적인 거래가 만연한 유류거래를 함에 있어 원고는 차량번호를 출하전표와 대조하여 보는 등 적절한 주의를 기울이지 않았다고 보이는 점 및 앞서 본 바와 같은 거래경위, 제반사정 등을 종합하여 보면, 원고가 위 세금계산서의 명의 위장 사실을 알지 못하였고, 아울러 알지 못한 데에 과실이 없다고 보기 어렵다.

(3) 소결론

따라서 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 또한 공급 받는 자인 원고가 선의ㆍ무과실이라는 사정을 인정하기에 부족하므로, 피고가 이 사건 세금계산서 상당의 매입세액을 공제하지 아니한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로, 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.