2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○-○, ○○-○, ○○-○ ○○아파트 ○동 ○○○호를 보유하다가 위 아파트에 대하여 재건축사업이 시행되자 이를 ○○동 ○○아파트재건축조합(이하 '이 사건 조합'이라고 한다)에 출자하였는데, 이 사건 조합은 2000. 11. 24. 구 주택건설촉진법(2003. 5. 29. 법률 제6916호로 전문 개정되기 전의 것) 제33조 제1항 소정의 사업계획의 승인을 얻어 2001. 2. 21. 아파트재건축공사에 착수하고, 2001. 11. 20. 원고를 재건축으로 건립될 예정인 ○○카운티(이하 '이 사건 재건축아파트'라고 한다)의 ○○○동 ○○○호(이하 '이 사건 쟁점 아파트'라고 한다)의 입주자로 선정하였으며, 2002. 11. 27.부터 2002. 11. 29.까지 사이에 이 사건 재건축아파트 중 조합원에게 공급하고 남은 잔여아파트 20세대에 관하여 일반분양계약을 체결하고 계약금을 납부받았고, 2003. 10. 31. 이 사건 쟁점 아파트에 대하여 임시사용승인을 얻었다.

나. 원고는 2004. 11. 12. 이 사건 쟁점 아파트를 950,000,000원에 양도한 뒤, 2005. 5. 27. 양도소득세 과세표준확정신고를 하고 그 세액 135,789,620원을 납부하였다.

다. 원고는, 원고가 이 사건 조합의 조합원으로서 취득한 이 사건 쟁점 아파트가 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제1항 제1호 소정의 2001. 5. 23.부터 2003. 6. 30.까지의 신축주택취득기간(이하 '신축주택취득기간'이라고 한다)이 경과한 2003 10. 31. 임시사용승인을 받았다고 하더라도, 이 사건 조합이 이 사건 재건축아파트 중 조합원에게 공급하고 남은 잔여 아파트를 신축주택취득기간 내인 2002. 11. 27.부터 2002. 11. 29.사이에 조합원 외의 자에게 일반분양하고 계약금을 납부받았으므로, 이 사건 쟁점 아파트는 그 양도소득세가 전액 감면되는 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호 소정의 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택에 해당한다고 주장하면서 2005. 5. 31. 피고에게 위와 같이 납부한 2004년도 귀속 양도소득세 135,789,620원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

라. 이에 대하여 피고는, 이 사건 쟁점 아파트가 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제2호 소정의 자기가 건설한 신축주택에 해당함을 전제로, 이 사건 쟁점 아파트의 임시사용승인이 신축주택취득기간이 경과한 2003. 10. 31. 있었으므로, 이 사건 재건축아파트의 일반분양분이 신축주택취득기간 내에 매매계약이 체결되고 계약금이 납부되었다고 하더라도, 이 사건 쟁점 아파트의 양도소득은 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 소정의 양도소득세의 과세특례에 해당하지 않는다는 이유로 원고의 경정청구를 2005. 7. 18. 거부하였다(이하 '이 사건 처분'이라고 한다).

[인정근거] 다툼없는 사실, 갑1 내지 6호증의 각 기재

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호, 구 조세특례제한법 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18044호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제3항 제2호는, 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 '주택조합등'이라고 한다)의 조합원(도시재개발법 제34조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받는 주택이더라도, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 '잔여 주택'이라고 한다)에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 받은 사실이 있는 경우에는 그 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 전액 감면하도록 규정하고 있으므로, 이 사건 쟁점 아파트의 양도소득은 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호 소정의 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 양도소득으로서 양도소득세의 과세특례에 해당함에도, 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

○ 조세특례제한법 제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것)

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

○ 조세특례제한법 부칙2002. 12. 11. 법률 제6762호

제1조 (시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략)

제2조 (일반적 적용례)

② 이 법중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

제29조 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치)

①이 법 시행전에 종전의 제99조제1항 또는 제99조의3제1항의 규정에 의하여 주택건설업자외 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조제1항 또는 제99조의3제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

② 제99조의3제1항제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의3제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제99조의3신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례

③ 법 제99조의3제1항제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.(2003. 6. 30. 대통령령 제18044호로 개정되기 전의 것)

1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 "주택조합등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서"잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조의3제1항제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시재개발법 제34조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

○ 소득세법 제89조 비과세양도소득

다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. (2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것)

3. 대통령령이 정하는 일세대 일주택(거주용건물의 연면적 ㆍ 가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

○ 소득세법 시행령 제156조고급주택의 범위

법 제89조제3호에서 "거주용건물의 연면적 ㆍ 가액 및 시설등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다. (2002. 12. 30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것)

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용하는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것

다. 판단

구 조세특례제한법 제99조의3 제1항은 거주자가 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 다만 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하면서, 그 제1호에서 신축주택취득기간 중 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하여 취득한 신축주택(주택조합 등을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다)을 규정하며, 그 위임에 따라 구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제3항은 그 제1호에서 잔여 주택으로서 신축주택취득기간 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택을 규정하고, 그 제2호에서 조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택, 다만 주택조합 등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다고 규정하는바, 위 제2호는 주택조합 등의 재건축아파트 등의 경우에 일반 분양분은 신축주택 취득기간 내에 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하면 조세특례제한법(1999. 8. 31. 법률 제5996호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항 제2호 소정의 양도소득세의 과세특례에 해당함에 반하여, 동일한 아파트의 조합원 분양분은 양도소득세의 과세특례에 해당하지 아니하여 과세형평성의 문제가 발생하므로, 이를 시정하기 위하여 1999. 8. 31. 법률 제5996호로 조세특례제한법 제99조 제1항 제2호가 개정되어 '주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다'는 부분이 포함되고 이에 따라 1999. 10. 30. 대통령령 제16584호로 조세특례제한법 시행령이 개정되면서 신설된 규정과 동일한 취지의 것이다.

그리고 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항은 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되었으나, 그 개정된 법률 부칙 제29조 제1항은 그 경과조치로서, 이 법 시행 전에 종전의 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 신축주택을 이 법 시행 후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 그 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용하며, 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다고 규정하고, 구 소득세법 제89조 제3호(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)의 위임에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택의 기준을 정한 구 소득세법 시행령 제156조 제2호(2002. 12. 30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것, 그 시행시기가 2002. 10. 1.부터 2002. 12. 31.까지로서 이 사건 조합이 이 사건 재건축 아파트의 잔여 아파트를 일반 분양하고 계약금을 납부받은 2002. 11. 27.부터 2002. 11. 29. 사이에 적용되는 시행령이다)는 공동주택의 고급주택의 기준을 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다는 조세법률주의의 원칙에 반하는 것으로서 허용될 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있다.