2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2000. 7. 14. 네덜란드 법인인 Renault Group BV가 70.1% 지분을 투자하여 설립한 외국인투자기업인 자동차 제조회사로서, 2003. 12. 19. 재정경제부장관으로부터 전자제어식 엔진(이하 ‘이 사건 엔진’이라 한다)이 고도의 기술을 수반하는 사업에 해당한다는 이유로 조세감면을 승인받았다.

나. 원고는 2003 사업연도부터 이 사건 엔진으로 발생한 소득을 정비용 엔진의 대리점 판매가격을 기준으로 정하여 신고하여 법인세를 감면받았다.

다. 서울지방국세청장은 2012. 8. 13. 부터 2013. 1. 16.까지 원고에 대하여 2007-2011 사업연도 법인세 통합조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시한 후 2013. 2. 4. 이 사건 엔진의 시가를 정비용 엔진의 대리점 판매가격이 아니라 국외특수관계자에 대한 OEM 수출가격을 기준으로 정하여 2008-2010 사업연도의 법인세 감면세액을 취소하고, 가산세를 부과한다는 내용의 세무조사 결과통지를 하였다.

라. 원고는 2013. 3. 6. 과세전적부심사청구를 하였는데, 국세청장은 2013. 5. 27. 정비용 엔진의 대리점 판매가격이나 국외특수관계자에 대한 OEM 수출가격 모두 이 사건 엔진의 시가로 보기 어렵고 다만 최종제품 매출액에 투입된 부품 중 감면해당 부품액 비율을 곱하여 계산한 금액을 시가로 적용하여 감면소득으로 계산(이하 ‘원가 비례법’이라 한다)한 후 과세할 여지가 있다는 취지의 결정을 하였다.

마. 피고는 위 과세전적부심사결정 취지에 따라 원가비례법으로 감면소득 및 감면세액을 재계산하여 2013. 6. 21. 별지1 목록 기재와 같이 2008-2010 사업연도 법인세를 경정·고지하였다(이하 조세심판원에서 취소된 금액을 제외한 잔존세액에 대한 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 2013. 9. 16. 조세심판을 청구하였는데, 조세심판원은 2015. 1. 20. 원고가 원가비례법에 따라 감면소득을 계산하여 법인세 신고를 하는 것을 기대하기 어려운 사정이 있다는 이유로 납부불성실가산세 부분을 취소하고 원고의 나머지 청구는 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5, 6, 7, 14호증, 을 제1 내지 3호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

(1) 원고

① 피고가 이 사건 엔진의 시가를 계산하는데 사용한 원가비례법은 핵심부품인 엔진의 마진율이 다른 부품과 동일한 마진율로 계산되고 비감면대상인 다른 부품의 원가변동에 따라 엔진관련 감면사업 소득이 영향받는 문제가 발생되는 점 등에 비추어 볼 때 감면사업의 소득을 계산하는데 비합리적이고, 오히려 원고의 주장과 같이 정비용 엔진의 대리점 판매가격을 기준으로 산정하여야 한다.

② 원고는 국세청에 감면사업의 소득 계산방법에 관하여 질의를 하여, 국세청의 회신 취지대로 대리점 판매가격을 기준으로 계산하였고, 이후 피고는 원고의 계산방법을 알고도 문제를 제기하지 아니하였다. 이처럼 원고는 피고의 유권해석을 신뢰하고 이에 따라 감면대상 사업의 소득을 신고하여 왔는데 피고가 갑자기 원가비례법을 적용하여 이 사건 처분을 하였으므로 이는 신의성실원칙에 반한다.

③ 이 사건 세무조사는 2011. 8.경 있었던 자료제출요구(이하 ‘1차 조사’라 한다)와 동일한 과세기간(2008-2010년), 동일한 세목(법인세)에 관하여 이루어진 것으로 중복세무조사에 해당하므로, 이 사건 세무조사에 기초한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고

① 정비용 엔진의 대리점 판매 수량이 너무 적고 거래조건 역시 독립된 사업조건에 따라서 이행된 것이 아니므로 그 판매가격을 시가로 볼 수 없고 그 외에 이 사건 엔진에 대한 객관적인 시장거래가격이 존재하지 아니하므로, 원가비례법에 따라 이 사건 엔진의 시가를 산정한 것은 정당하다.

② 원고의 질의에 대하여 과세관청은 일반적인 견해를 표명하였을 뿐 대리점 판매가격을 기준으로 계산하라고 공적인 견해표명을 한 사실이 없고, 원고의 감면소득 계산방법이 과세관청의 견해와 부합하지 아니하므로 신의성실원칙 위반이 아니다.

③ 피고의 1차 조사를 세무조사라고 할 수 없으므로 이 사건 세무조사는 중복세무조사가 아니고, 설령 1차 조사를 세무조사로 볼 수 있다고 하더라도 이 사건 세무조사는 중복세무조사의 예외적 허용사유에 해당하므로 이 사건 세무조사에 기초한 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수 없다.

나. 관련 법령

별지2 기재와 같다.

다. 판단

(1) 원가비례법에 따른 시가 산정의 위법 여부

구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제121조의2 제2항 은 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 관하여 법인세를 감면하도록 규정하고 있으나 그 소득의 계산방법에 관하여 명시적으로 규정하고 있지 아니하므로 과세관청은 합리적인 방법으로 이를 계산할 수 있다.

감면대상 소득의 계산을 위한 매출액을 독립된 사업자간 통상거래조건에 따라 그 부품을 매매할 때의 시가를 적용하여 계산할 수 있다 할 것이므로, 먼저 위와 같은 시가가 존재하는지 여부에 대하여 살피건대, 감면대상 사업으로 발생한 소득은 이 사건 엔진의 판매로 발생한 소득인데, 원고는 이 사건 엔진을 장착한 자동차를 판매하여 수익을 얻었지 독립한 자동차 제조업자에게 이 사건 엔진을 판매하지는 아니하였으므로 이 사건 엔진의 현실적인 시가는 존재하지 아니한다 할 것이다.

그렇다면 원고 주장과 같이 정비용 엔진의 대리점 판매가격을 이 사건 엔진의 시가로 볼 수 있는지 살피건대, 갑 제8, 11, 12, 24 내지 27호증, 을 제4 내지 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 고려하면, 정비용 엔진의 대리점 판매가격을 시가로 보기 어렵다.

① 원고는 권장소비자 가격에서 유통마진을 차감한 가격으로 부품대리점에 이 사건 엔진을 판매하고 있으나, 매수인인 부품대리점은 대리점계약에 따라 원칙적으로 원고가 생산한 순정부품만을 판매해야 할 의무가 있고 부품의 가격을 결정할 권한이 없으므로, 부품대리점이 독립된 사업자라거나 부품가격에 관한 조건이 통상거래조건이라고 보기 어렵다.

② 이 사건 엔진의 판매는 자동차 판매와 연동되어 있지만 정비용 엔진의 판매는 정비수요가 발생할 때 예외적으로 이루어지므로 가격산정 요인이 다르다.

③ 2008-2010 사업연도 사이에 완성차에 탑재하여 판매된 엔진수량이 434,996대임에 비하여 정비용으로 판매된 엔진수량은 12대에 불과하여 정비용 엔진의 대리점 판매가격의 대표성이 있다고 보기 어렵다.

④ 원고의 정비용 엔진가격 결정에 따라 감면사업이 매출액에서 차지하는 비중보다 감면사업에서 발생하는 소득이 과다하게 되어 원고가 세금을 부당하게 많이 감면받을 우려가 있다.

다음으로, 피고의 계산방법이 이 사건 엔진의 시가를 평가하는 데 적법한지 여부에 관하여 살피건대, 피고는 완성자동차 판매가×이 사건 엔진 원가/완성차의 원가의 방법으로 엔진의 매출액을 산출한 다음 이 사건 엔진의 판매원가를 공제하여 이 사건 엔진의 판매로 발생한 소득을 계산하였는데 위와 같은 원가비례법은 이 사건 엔진의 판매가 자동차 판매와 연동된 것이라는 점, 위에서 보는 바와 같이 이 사건 엔진의 합리적인 시장가격을 정할 수 없는 상황에서 불가피한 것으로 보이는 점, 엔진과 비엔진 부품의 마진율이 각각 65%, 54%로 마진율의 차이가 과다하다고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면 위법하다고 보기 어렵다.

(2) 신의성실원칙 위반 여부

일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하여 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바( 대법원 2009. 10. 29. 선고 2007두7741 판결 등 참조), 과세관청의 의사표시가 일반론적인 견해표명에 불과한 경우에는 위 원칙의 적용이 부정되고( 대법원 2001. 4. 24. 선고 2000두5203 판결 등 참조), 여기에서 말하는 견해표명이라 함은 과세관청의 과세요건규정의 해석, 적용 및 과세요건사실의 인정에 관한 견해표명을 뜻한다 할 것이다( 대법원 1989. 11. 28. 선고 88누8937 판결 ).

갑 제3, 10, 13호증의 각 기재에 의하면, 원고는 2004. 2.경 국세청장에게 이 사건 엔진이 대부분 자동차 제조를 위한 반제품으로 사용되고 극히 일부만이 정비 목적으로 개별적으로 판매되는 사정을 언급하며 감면사업 및 비감면사업의 매출액 계산방법을 질의한 사실, 위 질의서에는 매출액 계산방법으로 원가비례법과 정비목적으로 개별로 판매되는 매출단가에 자동차 판매에 소요된 엔진 등의 부품수량을 곱하는 방법이 제시된 사실, 국세청은 2004. 4. 23. 감면대상 소득의 계산을 위한 매출액은 독립된 사업자간 통상거래조건에 따라 그 부품을 매매할 때의 시가를 적용하여 계산하는 것이라고만 회신한 사실, 원고가 조세감면을 적용하지 아니하여 2003 사업연도 법인세신고를 한 이후 2004. 10. 29. 이 사건 엔진에서 발생한 소득에 대하여 조세감면을 적용하여 법인세 감면을 요구하는 법인세 경정청구를 하였는데, 처분청은 2005. 1. 3. 감면대상 엔진 매출액은 당해 기술이 소요되는 공정이 주로 국내에서 이루어지지 아니하고 당해 기술에 따른 경제적, 기술적 파급효과가 미미하므로 조세특례제한법 제116조의2 제2항 의 규정을 충족하지 못한 것으로 판단되므로 전액 감면대상에서 제외한다고 하면서 원고의 경정청구를 거부하면서 감면대상 매출액의 산정방법은 적정하다고 판단한 사실, 원고가 2005. 3. 30. 국세심판을 청구하였는데, 국세심판원은 2006. 3. 17. 이 사건 엔진이 조세감면대상에 해당한다는 이유로 처분청의 경정청구 거부처분을 취소하면서 감면세액계산을 다툼 없는 사실로 정리한 사실을 인정할 수 있다.

살피건대, 국세청의 위 회신은 일반적인 견해로서 정비용 엔진의 대리점 판매가격이 이 사건 엔진의 시가에 해당한다는 견해를 표명한 것이라 볼 수 없는 점, 또한 원고의 법인세 경정청구 및 그 거부처분 쟁송과정에서 처분청이 감면대상 매출액의 산정방법은 적정하다고 하였거나 감면세액을 다투지 아니하였다고 하더라도 그것이 사건에서의 쟁점이 아니었고 과세관청이 결과적으로 조세감면 혜택을 부여하지 아니하려고 하였던 점에 비추어 볼 때 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하였다고 볼 수 없는 점, 가사 피고의 공적 견해표명이 있었다 하더라도 원고가 이를 신뢰하여 그에 따른 행위를 하고 이에 따라 이익이 침해되었다고 인정할 수 없는 점( 대법원 2009. 12. 24. 선고 2007두5004 판결 등) 등을 종합하면, 원고의 신의칙 위반 주장은 이유 없다.

(3) 위법한 중복세무조사에 해당하는지 여부

갑 제4, 16 내지 21호증의 각 기재, 증인 소외인의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 2011. 8. 22. 원고에게 법인세법 제122조 의 질문, 조사권 및 국세청 및 지방세무관서 감사규정 제19조에 따라 중부지방국세청장의 정기종합 감사(2011. 8. 22.부터 2011. 9. 9.)와 관련하여 각 연도별 감면소득과 기타소득의 일관성이 없으니 2006-2010년 소득구분계산서의 계산근거를 제출하라고 요구한 사실, 원고는 2011. 8. 25. 감면소득 계산을 위한 기초자료와 계산근거, 연도별 매출액과 감면소득의 수치, 감면소득이 연도별로 변동하는 이유 등에 관한 자료를 제출하였고, 2011. 8. 30. 세무자문 담당 회계사와 함께 북부산세무서에서 감사담당공무원들에게 30분에서 1시간 동안 이에 관하여 설명을 한 사실, 이후 서울지방국세청장이 2012. 8. 13.부터 2013. 1. 16.까지 2007-2011 사업연도 법인세 통합조사를 실시하여 이 사건 엔진의 감면매출액, 감면 매출원가 등 감면소득에 관하여 이 사건 세무조사를 한 사실을 인정할 수 있다.

먼저 위 2011. 8.경의 자료제출요구 등 1차 조사가 세무조사에 해당하는지에 관하여 살피건대, 세무조사는 과세관청이 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 납세의무자 등에게 질문을 하거나 해당장부·서류 또는 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 것을 의미한다( 국세기본법 제81조의2 제2항 제1호 참조). 그런데 위 1차 조사는 그 목적이 과세표준이나 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것이 아니라 세무행정의 적정성 판단을 위하여 원고가 한 감면소득과 기타소득 구분의 일관성 여부를 살펴보기 위한 것이고, 과세에 필요한 자료수집 등 일련의 행위가 이루어지지 않았으며 실제로 조사 후 세금이 부과되지 아니한 점, 원고는 과거 법인세 신고자료를 수정하여 해명자료로 제출하였고 세무공무원들 앞에서 설명한 시간도 1시간 이내이며 이후 추가적인 조사가 이루어지지 아니한 점, 세무공무원은 직무수행에 필요한 경우 질문, 조사, 제출요구를 할 수 있는 등 개별세법에서 질문, 조사권을 인정하고 있는 점, 중복세무조사를 금지하고 있는 입법취지 등을 종합하면, 일회적인 질문 내지 설명청취를 모두 세무조사라고 볼 수는 없고, 만일 원고 주장과 같이 모든 질문 내지 자료제출요구를 세무조사로 본다면, 부실하거나 허위의 자료제출 내지 답변에 대하여 향후 정식의 세무조사가 불가능해지는 불합리한 사정이 생기는 점, 납세자 등에 대하여 납세자의 사무실 등에서 직접 접촉한 사실이 없는 점, 세무조사를 하기 위해서는 납세자 권리헌장을 교부하거나, 사전통지, 결과통지 등을 할 의무가 있는데 위 1차 조사당시에는 그러한 절차가 진행된 바 없었고, 세무조사 개시결정도 없었던 점, 이로 인하여 원고의 영업의 자유나 프라이버시가 침해되었다고 보기 어려운 점 등을 종합하면, 위 1차 조사가 세무조사에 해당한다고 볼 수 없으므로 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

그리고 이 사건 처분은 원고가 제출한 자료를 토대로 감면소득의 계산방법만 달리한 것으로서 세무조사와 직접적인 관련이 있다고 볼 수 없으므로 설령 이 사건 세무조사가 중복세무조사가 되어 위법하다고 하더라도 이 사건 처분까지 위법해진다고 볼 수 없다.

결국 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.

[별지 생략]

판사 한영표(재판장) 신수빈 신동웅

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