2. 항소비용은 원고가 부담한다.

피고가 2006. 7. 5. 원고에 대하여 한 양도소득세 2,819,436,100원, 증권거래세 94,736,700원의 부과처분을 모두 취소한다.

가. 원고는 2002. 10. 15. 소외 1과 소외 2에게 명의신탁하였던 소외 3 주식회사의 주식 8,005주(이하, ‘이 사건 주식’이라고 한다)를 소외 4 주식회사(이하, ‘소외 회사’라고 한다)에게 주당 20,000원씩 총 160,100,000원에 양도한 후 2002. 11. 4. 피고에게 소외 1과 소외 2가 이 사건 주식을 양도한 것으로 하여 양도소득세를 신고, 납부하였다.

나. 피고는 이 사건 주식은 원고가 소외 1과 소외 2에게 명의신탁한 주식으로 실제 양도자는 원고인데, 원고의 자녀들인 소외 5와 소외 6이 소외 회사의 총발행주식 의 51%와 48% 등 합계 99%를 소유하고 있으므로 원고와 소외 4 주식회사는 부당행위계산부인규정의 적용대상인 특수관계자에 해당한다는 이유로 이 사건 주식의 1주당 가액을 2,151,762원으로 평가한 다음 그에 따른 양도차익을 산정하여 2006. 7. 5. 원고에게 양도소득세 2,819,436,100원(신고불성실가산세 170,962,000원, 납부불성실가산세 924,259,000원 포함), 증권거래세 94,736,700원을 경정하여 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 갑제1호증의 1, 2, 갑제2호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 소외 회사의 주식을 소유하고 있지 않았으므로 소득세법 시행령 제98조 제1항 제1호 내지 제3호 에 해당하는 자들의 주식의 합계가 총발행주식수의 100분의 50이상이더라도 특수관계자에 해당되지 아니하고, 소외 회사의 대표자도 아니다. 따라서, 원고는 소외 회사의 특수관계자가 아님에도 불구하고 특수관계자로 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 과세관청은 당해 거주자가 주주도 아니고 직접 출자하지도 아니한 법인은 비록 소득세법 시행령 제98조 제1항 제1호 내지 제3호 에 해당하는 자들의 주식의 합계가 총발행주식수의 100분의 50이상이더라도 당해 거주자는 소득세법 시행령 제98조 제1항 제4호 소정의 특수관계자에 해당되지 아니한다는 유권해석을 해 오다가 2003. 4. 30. 그 유권해석을 변경하고 원고에게 이 사건 처분을 하였는바, 이는 국세기본법 제18조 제3항 에 규정된 소급과세금지의 원칙을 반하여 위법하다.

(3) 가산세는 그 의무해태를 정당화 할 사유가 있는 경우에는 부과할 수 없는 것인데 원고의 양도소득세납부의무해태가 발생한 것은 과세관청의 기존의 유권해석의 변경에 따른 것이므로 이를 정당화 할 사유가 있는 경우라고 할 수 있으므로 원고에 대한 가산세 부과는 위법하다.

나. 관련법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 특수관계자 해당 여부

원고가 이 사건 주식의 실질적 소유자로서 소외 1과 소외 2에게 이를 명의신탁하였다가 소외회사에게 양도한 사실은 앞서 살펴 본 바와 같다.

한편, 명의신탁된 주식이 양도된 경우 실질적으로 주식을 양도한 사람은 주식의 실질적 소유자인 명의신탁자라고 할 것이므로 주식을 양도한 사람이 특수관계 있는 자에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서는 실질과세의 원칙상 주식의 실질적 소유자인 명의신탁자를 기준으로 하여야 한다( 대법원 1993. 11. 23. 선고 93누3974 판결 참조).

따라서, 원고는 이 사건 주식의 실질적 소유자로서 소외회사와 특수관계에 있는 자에 해당한다고 할 것이므로 원고의 첫 번째 주장은 이유 없다.

(2) 소급과세 여부

앞서 살펴 본 바와 같이 원고는 이 사건 주식의 실질적 소유자로서 소외회사와 특수관계 있는 자에 해당하는바, 피고의 소득세법 시행령 제98조 제1항 제4호 소정의 특수관계에 있는 자에 해당하는지 여부에 대한 유권해석의 변경과 상관없이 원고의 이 사건 주식 양도는 부당행위계산부인규정의 적용대상이 된다고 할 것이므로 원고의 두 번째 주장도 이유 없다.

(3) 가산세 부과의 적법성 여부

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다( 대법원 1991. 11. 26. 선고 91누5341 판결 , 대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결 , 대법원 2008.2.1. 선고 2007두2524 판결 등 참조).

앞서 본 사실관계에 의하면, 원고가 이 사건 조항의 특수관계자에 해당하지 아니한다고 보고 한 위 양도소득세의 신고 및 납부는 이 사건 조항의 해석에 대한 착오나 오해에 기인한 것으로서 원고의 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하므로 원고의 세 번째 주장도 이유 없다.

(4) 소결론

따라서, 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 제1심 판결은 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 관계법령 생략]