2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지피고가 2013. 2. 4. 원고에게 한 2008년 제1기 부가가치세 0000원(가산세 포함), 2008년 제2기 부가가치세 0000원(가산세 포함), 2009년 제1기 부가가치세 000원(가산세 포함), 2009년 제2기 부가가치세 0000원(가산세 포함), 2010년 제1기 부가가치세 000원(가산세 포함)의 각 부과처분을 취소한다.

가. 원고는 1999. 4. 13.부터 2012. 6. 30.까지 'ㅇㅇ주유소'라는 상호로 유류 도・소매업을 하였다. 원고는 2008년 제1기부터 2010년 제1기까지 부가가치세 과세기간 중 "주식회사 ㅇㅇ에너지(이하ㅇㅇ에너지'라 한다)로부터 2008년 제1기 0000원, 2008년",제2기 0000원, 2009년 제1기 0000원, 2009년 제2기 0000원, 2010년 제1기 0000원의 매입세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 교부받아 매출세액을 공제하여 부가가치세 과세표준 및 세액을 신고하였다.

나. 피고는 2013. 2. 4. 원고에게 "ㅇㅇ에너지는 자료상이므로, 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이다."는 이유로, 2008년 제1기 부가가치세 0000원(가산세 포함), 2008년 제2기 부가가치세 0000원(가산세 포함), 2009년 제1기 부가가치세 0000원(가산세 포함), 2009년 제2기 부가가치세 0000원(가산세 포함), 2010년 제1기 "부가가치세 0000원(가산세 포함)을 각 경정・고지하였다(이하이 사건 처분'이라 한다).",다. 원고는 이에 불복하여 2013. 5. 8. 이의신청을 하였으나, 2013. 6. 7. 피고로부터 기각결정을 받았다. 원고는 2013. 8. 29. 심판청구를 하였으나, 2014. 5. 29. 조세심판원으로부터 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 7, 9호증(가지번호 포함), 을 제1, 2, 3, 7호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 일반대리점과 거래를 할 수 있는 주유소이고, ㅇㅇ에너지를 방문하여 법인등기부등본, 사업자등록증, 석유판매업등록증 등을 확인하여 정상업체임을 확인한 점, ㅇㅇ에너지에 주문하면 ㅇㅇ에너지는 운송기사를 통해 유류를 공급하였고, 원고는 운송기사로부터 출하전표를 수령한 후 ㅇㅇ에너지 명의의 예금계좌로 유류대금을 송금하는 등 정상적인 거래를 한 점, ㅇㅇ에너지에 송금한 금액은 원고에게 반환되지 아니한 점, 중부지방국세청장은 ㅇㅇ에너지와 원고를 사실과 다른 세금계산서 수취혐의로 고발하였는데, 서울지방검찰청은 무혐의 처분을 한 점, 중부지방국세청장은 ㅇㅇ에너지에 대하여 2009년 및 2010년의 거래부분 중 일부를 자료상으로 확정하였으므로, 실질거래일 수 있고, 적어도 2008년도 거래는 실질거래로 인정하여야 하는 점 등을 고려할 때, 이 사건 세금계산서는 실질거래로 교부되었으므로, 매입세액을 불공제한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 원고는 거래를 시작하기 전에 ㅇㅇ에너지의 사무실을 방문하여 영업이사인 BBB, 대표자 CCC를 만났고, 공급계약 체결당시 ㅇㅇ에너지의 사업자등록증, 석유판매업 등록증, 법인등기부등본, 유류탱크 임차계약서 등을 확인한 점 등을 고려할 때, 원고는 거래시 주의의무를 다하였고, ㅇㅇ에너지를 실제 유류공급자로 믿고 거래한 데에 과실이없으므로, 이 사건 세금계산서를 매입세액으로 공제해야 할 것이니, 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 사실과 다른 세금계산서에 관하여

(가) 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항은 "세금계산서의 기재 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다."고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 '과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다'고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이고(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 참조), 부가가치세법에 의하여 공급하는 사업자로부터 세금계산서를 교부받고 공급받는 사업자에게 세금계산서를 교부하며 나아가 부가가치세를 납부하여야 하는 자는 공급하는 사업자 또는 공급받는 사업자와 명목상의 법률관계를 형성하고 있는 자가 아니라 공급하는 사업자로부터 실제로 재화 또는 용역을 공급받거나 공급받는 자에게 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 거래행위를 한 자라고 보아야 한다(대법원 2003. 1. 10. 선고 2002도4520 판결 참조). 또한, 부가가치세 납세의무자가 매입세액 공제의 근거로 제출한 세금계산서가 실물 거래 없이 허위로 작성되었다거나 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지매입인지 여부 또는 세금계산서의 기재내용의 진위가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 세금계산서에 기재된 공급자와의 거래가 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는 세금계산서에 기재된 공급자와의 거래가 실제로 있었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439

(나) 돌이켜 이 사건을 보건대, 갑 제9, 10, 21호증(가지번호 포함), 을 제2, 3, 4,

10 내지 13, 15 내지 20, 22 내지 25호증(가지번호 포함)의 각 기재와 증인 DDD, EEE의 각 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정되는 다음과 같은 사정, 즉

① 중부지방국세청의 세무조사 결과에 의하면, 이 사건 세금계산서의 유류는 서류상

"2008년 주식회사 ㅇㅇ포유(이하ㅇㅇ포유'라 한다), ㅇㅇ에너지, 원고 순으로, 2009년",이후 주식회사 ㅇㅇ페트로(이하 'ㅇㅇ페트로'라 한다), ㅇㅇ에너지, 원고 순으로 각 공

급되었는데, ㅇㅇ포유, ㅇㅇ페트로 등 ㅇㅇ에너지의 상위대리점과 ㅇㅇ에너지는 모두

실물거래 없이 매출세금계산서를 가공으로 발행한 자료상으로 확인된 점, ㅇㅇ에너지

는 유류 저장시설이나 운송장비를 보유하거나 사용한 적이 없는 점, ② ㅇㅇ에너지의

대표이사인 EEE는 유류업에 종사한 이력이 없었고, ㅇㅇ페트로 등 상위업체에 전화

주문을 넣는 것 외에 유류가 어떤 유통과정을 거치는지에 대하여 제대로 모르고 있는

점, ㅇㅇ에너지는 주유소로부터 계좌이체를 통해 유류대금의 2% 정도를 수수료로 공제

한 나머지를 상위업체에 지급한 다음 주유소에 출하전표와 세금계산서를 발행해주었을

뿐이므로, ㅇㅇ에너지가 상위업체로부터 실제로 유류를 매입한 것이라고 보기 어려운

점, ③ 이 사건 세금계산서의 유류와 관련한 정유사들의 출하내역에 그 거래처나 도착

지가 원고의 주유소나 유성에너지가 아니고, 도착지 업체 중 원고에게 유류를 판매한

업체를 찾을 수 없는 점, ④ 정유사가 발행하는 출하전표는 정유사에 등록된 운반차량

이 저유소에서 유류를 수령하였을 때 정유사가 차량기사에게 교부하는 것으로서, 출하

일시, 유종, 유량, 주문자, 도착지, 차량번호, 차량기사 등이 기재되고, 차량기사에게 2

장을 교부하면 차량기사가 도착지인 주유소에 교부하는 것인 점, 이와 같이 정유사 발

행의 출하전표는 정상적인 유통경로를 거쳐 유류가 거래된 것이라는 점을 확인시켜 주

는 중요한 자료인데, ㅇㅇ에너지는 정유사 발행의 출하전표를 교부하지 않고 이를 회

수하였고, 이에 원고는 유통경로가 표시되지 않은 출하전표만을 보관한 점, 또한 정유

사가 발행한 정상적인 출하전표에는 출하장, 온도, 밀도, 황함량과 발행시간이 초단위

로 기재되어 있는 반면, ㅇㅇ에너지 발행한 출하전표에는 이러한 내용이 기재되어 있

지 않은 점, ⑤ 원고는 "ㅇㅇ에너지가 2008년도분 거래에 관하여는 자료상으로 고발되

지 않았으므로, 매입세액 공제되어야 한다."고 주장하나, 유류거래 중 대리점 간의 거

래인 수평거래는 '석유 및 석유대체연료 사업법'(2009. 1. 30. 법률 제9370호로 개정되

기 전의 것) 제39조 제1항 제7호, 동 시행령(2009. 4. 30. 대통령령 제21462호로 개정

되기 전의 것) 제43조 제1항 제7호에서 금지하는 '유통질서 저해행위'에 해당하므로,

2009. 5. 1. 이전의 경우 정유사 발행 출하전표는 유류의 유통과정을 보여주는 중요한

자료로 기능하였는데, 원고는 ㅇㅇ에너지로부터 이를 수령・보관하지 않은 점, ⑥ 원고

는 정유사로부터 직접 구입하는 유류가격에 비하여 리터 당 약 10 ~ 15원 정도 저렴

한 금액만을 ㅇㅇ에너지에게 지급하였던 점 등을 고려할 때, "원고가 ㅇㅇ에너지로

부터 이 사건 세금계산서상 거래에 따른 유류를 공급받았다고 보기 어렵다."는 사실이

상당한 정도로 증명되었다고 봄이 타당하므로, 납세의무자인 원고가 장부와 증빙 등

자료를 제시하지 못하고 있는 이상 이 사건 세금계산서는 그 공급자가 허위로 기재된

세금계산서에 해당한다.

(2) 정당한 사유에 관하여

(가) 실제 공급하는 사업자와 세금계산서상 공급자가 다른 세금계산서는 그 기재

내용이 사실과 다른 것으로서 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못

하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액은 공제 내

지 환급받을 수 없고, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실

이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 증명하여야 하며(대법원

1997. 6. 27. 선고 97누4920 판결 참조), 나아가 세금계산서의 발행 및 교부 경위, 공

급받은 재화 또는 용역의 가격, 당해 재화 또는 용역이 공급된 구체적인 경로 및 과정

등에 비추어 실제 공급자가 누구인지, 세금계산서의 명의상 공급자가 자료상은 아닌지

에 관하여 수급자가 의심을 가질 만한 충분한 사정이 있었을 경우 그 수급자가 명의상

공급자의 사업장 소재지나 사업시설 등을 실제로 확인하지 않고 공급자의 사업자등록

증, 당해 재화 또는 용역의 판매허가서, 그 판매내역서 등을 확인한 것만으로는 실제

공급자의 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다고 보기 어렵다.

(나) 돌이켜 이 사건을 보건대, 갑 제5 내지 8호증(가지번호 포함)의 각 기재에

의하면, 원고는 ㅇㅇ에너지로부터 사업자등록증, 석유판매업등록증, 법인등기부등본 등

을 받은 사실, 거래계약서를 작성하였고, 유류를 공급받은 직후 ㅇㅇ에너지의 법인계좌

로 유류대금을 송금한 사실, 유류대금에 해당하는 세금계산서를 교부받은 사실을 인정

할 수 있다.

그러나 갑 제9, 10, 21호증(가지번호 포함), 을 제2, 3, 4, 7, 11, 15, 22 내지

25호증(가지번호 포함)의 각 기재와 증인 DDD, EEE의 각 일부 증언에 변론 전체

의 취지를 종합하면 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 유류업계의 복잡한 공급 구조

와 면세유 등을 이용한 무자료 거래가 예전부터 사회문제로 대두되어 있어, 통상적인

주유소 운영자라면 유류공급업체가 실제 공급자인지에 대하여 특히 주의를 기울일 필

요가 있었던 점, 원고는 1999년경부터 석유업에 종사했으므로 그 동안의 경험을 통해

유류 공급의 정상적인 구조와 유통경로, 업계의 일반적 거래 형태나 방식 및 유류업계

에 널리 퍼진 자료상 거래의 실태와 위험성에 관하여 알고 있었을 것인 점, ② 출하전

표는 정상적인 유통경로를 거쳐 유류가 거래된 것이라는 점을 확인시켜 주는 중요한

자료인데, ㅇㅇ에너지는 정유사 발행의 출하전표를 교부하지 않고 이를 회수하여 갔는

바, 무자료 거래라고 의심해 볼 수 있었던 점, ③ 원고는 ㅇㅇ에너지로부터 수령한 출

하전표는 내용상 통상적인 것과 다른 점, 저유소 위치, 출하시간 등을 확인해야 예상

운송소요시간과 실제 운송소요시간을 비교하여 유류의 정품 여부를 확인할 수 있는바,

ㅇㅇ에너지가 실제 공급자가 아닐지도 모른다고 의심할 만한 정황이 있었던 점, ④

ㅇㅇ에너지는 2007. 10. 1. 개업하였으므로, 신설 대리점이 시세보다 저렴한 유류를

공급하겠다고 할 경우 유통과정을 의심할 여지가 있었던 점 등을 고려할 때, 원고는

이 사건 세금계산서가 사실과 다르다는 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다고 보기

어렵다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.