구 소득세법(2009. 1. 30. 법률 제9346호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 및 그 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21301호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다), 시행규칙(2009. 4. 14. 기획재정부령 제71호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행규칙’이라 한다)에 의하면, 양도소득세 비과세 대상인 1세대 1주택에 부수하는 토지를 분할하여 양도하는 경우에 그 양도하는 부분의 토지는 1세대 1주택에 부수되는 토지로 보지 아니하며, 다만 그 주택 및 부수토지의 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 등에 의하여 수용이 된 경우에는 당해 주택(그 부수토지를 포함한다)과 그 수용일로부터 2년 내에 양도하는 잔존토지 및 잔존주택(그 부수토지를 포함한다)은 1세대 1주택에 포함되는 것으로 규정되어 있다( 법 제89조 제1항 제3호 , 시행령 제154조 제1항 본문, 시행규칙 제72조 제2항 ). 그러나 이 경우 2년 내에 잔존토지 및 잔존주택을 양도하지 못한 데에 정당한 사유가 있는 경우에는 2년을 경과한 후에 양도하더라도 비과세 대상인 1세대 1주택에 해당하는 것으로 보는 규정은 따로 존재하지 아니한다.

위와 같은 법령 규정의 체계와 내용, 그리고 조세법령의 엄격해석 원칙, 1세대 1주택에 대한 양도소득세 비과세는 예외적인 특례인 점 등에 비추어 보면, 1세대 1주택에 해당하는 주택이 수용에 의하여 양도되었더라도 그로부터 2년이 경과한 이후에 부수토지가 양도된 경우에는 2년 기간 내에 양도하지 못한 데에 부득이한 사유가 있었는지 여부와 상관없이 양도소득세 비과세대상인 1세대 1주택의 부수토지에 해당한다고 볼 수 없다 .

원심판결 이유에 의하면, 이 사건 토지는 이 사건 주택이 수용된 때로부터 2년 이상이 경과한 후에 양도되었음이 분명하다. 따라서 상고이유의 주장과 같이 비록 이 사건 토지가 당시 도시계획사업구역으로 지정되어 개발행위 및 건축허가가 제한되어 있었다는 등의 사정이 있어 이를 처분하는 데 사실상의 제한사유가 있었다고 하더라도, 그 양도 시기가 주택의 수용일로부터 2년 이상이 경과한 뒤인 이상, 앞에서 본 법리에 비추어 볼 때 이를 이미 양도된 주택의 부수토지로서 양도소득세 비과세 대상에 해당하는 것이라고 할 수는 없다.

원심이 이 사건 토지의 양도가 양도소득세 비과세 대상에 해당하지 않는다는 법령상의 근거로 보유기간 및 거주기간의 제한에 대한 예외 사유를 규정한 시행령 제154조 제1항 단서 제2호 (가)목 을 들고 있는 점은 적절하지 못하지만, 양도소득세 과세대상이 된다고 본 결론에 있어서는 정당하다. 원심판결에는 상고이유의 주장과 같이 판결 결과에 영향을 미친 법리 오해 등의 위법이 있다 할 수 없다.

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.