상고비용은 원고의 부담으로 한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2001.6.20.경부터 ○○기계라는 상호로 차량 및 기계부품 제조업 등을

영위하는 개인사업자이다.

나. 원고는 ○○정밀로부터 2002년 제2기 부가가치세 과세기간 중 공급가액 합계

28,527,000원(매입세액 합계 2,852,700원)의 매입세금계산서 3매와 2003년 제1기 부가가치세 과세기간 중 공급가액 합계 120,676,000원(매입세액 합계 12,067,600원)의 매입세금계산서 6매 등 합계 9매의 매입세금계산서(이하 이 사건 세금계산서라고 한다)를 교부받아, 이를 근거로 위 각 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2002년 2기 및 2003년 제1기 부가가치세 신고를 하고, 위 2002년분 매입세금계산서 3매의 공급가액 합계 28,527,000원을 필요경비에 산입하여 2002년도 귀속 종합소득세 신고를 한 후, 이를 납부하였다.

다. 그러나 피고는 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성된 것으로 보아, 위 매입세액 합계액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 위 공급가액 합계액을 필요 경비에 산입하지 아니하며, 여기에 가산세를 합하는 방법으로 세액을 경정한 다음, 2004. 2. 9. 원고에 대하여 추가로 2002년 제2기분 부가가치세 3,963,820원, 2003년 제1기분 부가가치세 15,197,930원 및 2002년도 귀속 종합소득세 6,314,930원을 각 부과하였고(이하 이 사건 처분이라 한다), 위 처분서는 같은 달 10, 원고에게 송달되었다.

라. 원고는 2004. 4. 19. 피고에게 이의신청하였으나, 2004. 7. 9. 기각되었고, 다시 2004. 10. 7. 국세심판원에 심판청구하였으나, 2005. 5. 16. 기각되었다.

[인정근거 : 갑 1호증, 갑 2호증의 4,5,6, 갑 3호증의 1, 갑 4호증, 갑 5호증, 갑 6호증의 2, 갑 8호증의 3 내지 6의 각 기재와 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고는, ①원고는 발주업체인 ○○기계 주식회사로부터 원료를 조달받아 자체 가공한 후 이를 이공기계 주식회사에 납품하여 오면서 자체 가공이 불가능한 물량중 상당부분은 ○○정밀에게 하도급을 주어 제작하게 하였고 이러한 경위로 ○○정밀과의 거래를 하고 있었는데, 당시 ○○기계를 운영한 원고의 남편 서○○은 신용불량자로 등록되어 금융거래가 불가능하였고, 세진정밀의 실질적인 대표자인 김○○ 역시 종전 사업부도로 통장거래를 할 수 없었던 상황이어서 ○○기계와 ○○정밀은 주로 현금으로 결제를 하였으므로 실제 거래가 있었다는 점에 대한 정밀한 근거를 제시하지는 못하나, ○○정밀의 실질적인 대표자인 김○○가 원고와 실제 거래를 하였다고 진술하고 있는 점, 이 사건 세금계산서의 금액을 인정하지 않을 경우 원고의 2003년도 상반기 총매출액은 185,574,210원, 총매입액은 20,334,070원이어서 부가가치율은 89%가 되고 이는 다른 기간의 평균 부가가치율 34%에 비하여 지나치게 높게 되는 점, 검찰은 김○○, 김○○, 서○○의 각 진술과 증거자료에 의하여 김○○, 김○○에 대하여 이 사건 세금계산서와 관련하여 무혐의처분을 한 점 등을 비추어 보면 이 사건 세금계산서가 허위로 작성된 것이 아님을 충분히 인정할 수 있고, ② 비록 이 사건 세금계산서에 공급자가 ○○정밀의 명목상의 대표자에 불과한 김○○으로 기재되어 있기는 하나, 원고는 당시 ○○정밀의 실질적인 경영자가 누구인지 알 수 없었으므로, 이 사건 세금계산서를 허위의 세금계산서로 판단한 이 사건 처분은 위법하다고 주장하고, (2) 이에 대하여 피고는, ① 이 사건 세금계산서는 실물 거래 없이 허위로 작성된 것일 뿐 아니라, ② ○○정밀의 실질적인 대표자는 김○○임에도 이 사건 세금계산서에는 명의상 대표자인 김○○으로 기재되어 있어, 이 사건 세금계산서는 허위의 세금계산서에 해당하고, 따라서 이 사건 처분은 적법하다고 주장한다.

나.관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1)소의 김○○은 2002.12.20.경 ○○정밀이라는 상호로 경남 ○○군 ○○면 ○○리 684를 사업장소재지로 하여 전자부품제조업에 관한 사업자등록을 하였다.

(2) 김○○은 2002. 10. 2. 소의 노○○로부터 보증금 없이 월세 100,000원으로 정하여 위 경남 ○○군 ○○면 ○○리 684 소재 점포를 임차하였는데 면적이 약 20평에 불과하여 협소하다는 이유로 입주하지 아니하다가 2002. 12. 30. 임대차계약을 해지한후, 평소 친분관계가 있던 조○○의 허락을 얻어 별도의 임대차계약을 체결하지 아니한 채 조○○가 운영하는 ○○정밀이 위치한 마산시 ○○동 110-15에서 이 사건 세금계산서를 포함한 세금계산서를 발행하여 왔다.

(3) 마산세무서장은 2003. 11. 17.경 ○○정밀이 아무런 사업도 영위하고 있지 않음을 이유로 직원으로 ○○정밀을 폐업처리하고, ○○정밀을 운영하는 김○○에 대하여 자료상 혐의자 조사를 실시하였는데, ○○정밀로부터 세금계산서를 교부받은 ○○정밀을 운영하는 조○○, ○○정밀을 운영하는 임○○, 주식회사 ○○기계의 대표이사 안○○가 2003. 11.경 자신들이 교부받은 세금계산서가 모두 실물 거래 없이 허위로 발행된 세금계산서임을 인정하였고, 다만 원고의 남편 서○○만이 2003. 11.29. ○○정밀과 거래를 함에 있어서 자신이 신용불량자인 까닭에 통장거래를 하지는 아니하였으나 현금을 지급하고 입금표를 받았고, 최종 잔액 지급시에는 1,000,000원권 수표 3장과 현금 244,000원을 지급하는 등으로 실제로 ○○정밀과 정상적인 거래를 하였으므로 이 사건 세금계산서는 허위의 세금계산서가 아니라고 주장하였으나, ○○정밀의 대표자인 김○○은 2003. 12. 2. 마산세무서 조사과에서 ○○정밀이 2002년 제2기 부가가치세 과세기간 중 발행한 세금계산서는 이 사건 세금계산서 중 3매 뿐이고, 2003년 제1기 부가가치세 과세기간 중 발행한 세금계산서 중 6매를 포함하여 모두 14매인데, 이 사건 세금계산서 중 6매를 제외한 나머지 세금계산서 8매는 ① ○○정밀을 운영하는 조○○에게 교부한 세금계산서 1매 9,350,000원, ② ○○정밀을 운영하는 임○○에게 교부한 세금계산서 4매 합계 22,790,000원, ③ 주식회사 ○○기계(대표이사 안○○)에게 교부한 세금계산서 3매 합계 82,500,000원이며, 이는 모두 실물 거래 없이 허위로 발행한 세금계산서임을 인정하였다.

(4) 이에 마산세무서장은 ○○정밀이 실물 거래 없이 허위의 세금계산서를 발행하였다고 판단하고, 피고에게 이를 통보하는 한편 2003. 12. 30. 김○○을 형사고발하였다.

(5) 김○○은 2004. 6. 2. 경찰에서 피의자신문을 받으면서 "2002. 12.경부터 2003. 2.경까지 김○○와 동업하여 ○○정밀을 경영하였는데, 당시 명의상으로만 대표이사로 되어 있었고 모든 관리업무는 김○○가 하였기 때문에 ○○정밀, ○○기계, ○○정밀, 주식회사 ○○기계 등에게 허위의 세금계산서가 발행된 사실은 알지 못하나, 다만 이에 대하여는 본인이 대표로서 책임을 져야 한다"는 취지로 진술을 번복하였고, 이에 김○○는 2004. 6. 14. 경찰에서 피의자신문을 받으면서 "2002. 10.경부터 2003. 가을경까지 사회생활을 하다가 알게 된 김○○과 동업으로 ○○정밀을 운영하였는데, ○○정밀이 발행한 세금계산서 중 ○○기계에게 교부한 세금계산서는 허위로 발급된 것이 아니며, 허위의 세금계산서를 발행할 때 전화로 김○○에게 보고를 하고 그 승낙을 얻어 발행하였는데, 김○○이 신경을 쓰지 않은 탓인지 지금은 기억을 못하고 있다"라는 취지로 진술하였으며, 서○○ 역시 2004. 8. 10. 경찰에서 참고인조사를 받으면서 "통장거래를 하지 아니하고 현금거래를 하였기 때문에 세무서에서 믿지 못하고 있으나, 원고가 교부받은 세금계산서는 모두 정상적인 물품거래에 의한 세금계산서가 맞다"는 취지로 진술하였다.

(6) 계속하여 김○○는 2004. 9. 15. 창원지방검찰청에서 피의자신문을 받으면서 "사업자등록을 하기 이전인 2002. 10.경부터 마산시 ○○동 ○○○-○○에서 영업을 하였고, 그 영업의 내용은 주로 휴대폰 단말기 케이스의 지저분한 부위를 손으로 다듬어 납품하는 것이었는데, ○○정밀의 연간 매출액은 약 3억원 가량, 상시 종업원 수는 약 7명 가량이었으며, ○○기계에게 교부한 세금계산서는 정상적인 물품거래에 의한 세금계산서가 맞는데, 자신은 이를 입증할 자료를 가지고 있지 않으며, 다만 원고는 그 내역서가 있을 것으로 생각된다"고 진술하였고, 이에 창원지방검찰청은 이 사건 세금계산서와 관련하여 김○○ 및 김○○에 대하여 실물 거래없이 허위 세금계산서를 발행한 것으로 볼 증거가 부족하다는 취지로 혐의없음 처분을 하는 한편, ○○정밀이 발행한 나머지 세금계산서에 관하여는 피의자인 김○○이 소재불명이라는 이유로 기소중지 처분을 하였다.

[인정근거 : 앞서 든 각 증거, 갑 7호증의 1 내지 20, 갑 13호증, 갑 15호증의 1내지 8, 10 내지 13, 갑 16호증의 1 내지 20, 을 3호증의 각 기재]

라. 판단

(1) 소득세법상 소득액 확정의 기초가 되는 매출수익과 필요경비라든지 부가가치세나 특별소비세의 과세표준 산정기초가 되는 매출, 매입액에 관한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에게 있고, 필요경비나 매입세액에 관한 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임도 과세관청에게 있다고 할 것이나(대법원 1987. 3. 24. 선고 85누515 판결 참조), 필요경비나 매입세액의 공제는 납세의무자에게 유리할 것일뿐 아니라 필요경비나 매입세액의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증하게 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 할 것이므로(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 참조), 과세관청인 피고가 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 일용의 입증을 한 경우에는 납세의무자인 원고에게 이와 상반되는 주장과 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합된다고 할 것이다.

돌이켜 이 사건에 관하여 살피건대, 앞서 인정한 바와 같은 다음과 같은 사정, 즉 ① ○○정밀이 발행한 세금계산서 중 원고에게 교부한 이 사건 세금계산서를 제외한 나머지 세금계산서는 모두 허위로 발행된 세금계산서임을 김○○가 인정한 점, ② ○○정밀의 대표자인 김○○은 마산세무서에서 조사를 받으면서 이 사건 세금계산서를 포함한 ○○정밀이 발행한 모든 세금계산서가 허위로 발행된 것임을 인정하였던 점(비록 김○○은 그후 경찰에서 조사를 받으면서 이에 관한 진술을 번복하기는 하였으나 ○○정밀이 허위의 세금계산서를 발행하였다는 점에 대하여 전혀 몰랐다고 진술하고 있어 김○○의 승낙을 얻어 허위의 세금계산서를 발행하였다는 김○○의 진술과 부합되지 아니할 뿐 아니라 자신이 그 책임을 지겠다고 지술한 후 종적을 감추고 도주하였으므로 그 번복된 진술을 믿기 어렵다), ③ 김○○는 검찰에서 세진정밀의 연간 매출액은 약 3억 원 가량, 상시 종업원 수는 약 7명 가량이었다고 진술하고 있기는 하나, ○○정밀이 실제 영업을 하였다는 사실을 인정할 만한 객관적인 자료가 없는 점, ④ 원고는 발주업체인 ○○기계 주식회사로부터 원료를 조달받아 자체 가공한 후 이를 ○○기계 주식회사에 납품하여 오면서 자체 가공이 불가능한 물량 중 상당부분을 ○○정밀에게 하도급을 주어 제작하게 하였고 이러한 경위로 ○○정밀과의 거래를 하고 있었다고 주장하나, 김○○의 진술에 의하면 ○○정밀은 주로 휴대폰 단말기 케이스의 지저분한 부위를 손으로 다듬어 납품하는 정도의 영업을 한 것에 불과하여, 원고가 ○○정밀과 거래를 해야 할 특별한 사유는 없었던 것으로 보이는 점, ⑤ 원고는 이 사건 처분 이후 이 사건 소송에 이르기까지 실제 작성 시기를 알 수 없는 입금표(갑 제7호증의 1 내지 20)를 제출하였을 뿐 ○○정밀과의 거래사실을 입증할 수 있는 계약서 등의 거래 당시에 작성된 객관적인 증빙자료를 전혀 제출하지 못하고 있는 점, ⑥ 김○○는 원고에게 교부한 세금계산서는 실제 거래에 따라 발행된 것으로서 허위의 세금계산서가 아니라고 진술하고 있기는 하나, 이를 입증할 아무런 자료도 가지고 있지 않다고 스스로 인정하고 있는 점 등을 종합하여 보면 이 사건 세금계산서는 실물거래가 없는 허위의 세금계산서임이 상당한 정도로 입증되었다고 할 것이다.

(2) 그러므로, 이 사건 세금계산서에 대응하는 실물거래가 실제로 있었다는 점에 대하여는 원고가 이를 입증할 필요가 있다고 할 것이고, 이에 부합하는 듯한 증거로는 갑 7호증의 1 내지 20, 갑 15호증의 10, 11, 12, 13의 각 기재가 있으나, 갑 7호증의 1 내지 20은 원고가 ○○정밀로부터 받은 입금표라고 되어 있으나 그 작성 시기를 객관적으로 알 수 없고 이 사건 세금계산서를 발행한 김○○의 진술을 믿기 어려우며, 그 품목에 기재된 내용이 열처리 치구 Assembly 외, 사처리 설비 보수공사 외, 연마기 Assembly, 포카바 수리, 철판기공대금, 테프론 가공 등이어서 김○○의 진술에 따른 ○○정밀의 영업 내용과는 일부 부합되지 않는 것으로 보이는 점에서, 김○○의 진술이 기재된 갑 15호증의 10은 앞서 (1)의 ②항에서 본바와 같이 그 진술이 번복된 것이고 김○○의 진술과 부합되지 아니하며 자신이 그 책임을 지겠다고 한 후 도주하였다는 점에서, 서○○의 진술이 기재된 갑 15호증의 12는 서○○은 원고의 남편이어서 원고의 진술을 반복하는 정도에 불과하다는 점에서, 김○○의 진술이 기재된 갑 15호증의 11, 13은 김○○ 스스로 자신의 진술이 진실됨을 입증할 자료가 없다고 인정하고 잇다는 점에서, 각 이를 모두 믿기 어렵고, 나머지 증거만으로는 이를 인정하기에 부족하다.

(3) 결국, 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성된 것으로 보고 이 사건 세금계산서 상의 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고, 그 공급가액을 필요경비에 산입하지 아니한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.