2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

피고가 2004. 12. 10. 원고에 대하여 한 취득세 338,590,580원, 동 가산세 67,718,110원, 농어촌특별세 37,244,950원, 등록세 507,885,870원, 동 가산세 101,577,170원, 지방교육세(교육세의 오기로 보인다) 111,734,880원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

주문과 같다.

가. 엘지정보통신 주식회사(이하 ‘엘지정보통신’이라고 한다)는 1999. 3. 31. 학교법인 한국산업기술대학으로부터 서울 금천구 가산동 219-5 대 21,786㎡ 및 그 지상 철근콘크리트조 스라브지붕 3층 교육연구시설 1층 2,231.97㎡, 2층 2,187.97㎡, 3층 2,167.14㎡, 지하층 818.98㎡, 옥탑 84.96㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)를 330억 원에 취득하였다.

나. 엘지정보통신은 1999. 4. 2.경 피고에게, 이 사건 부동산의 취득과 관련하여 취득세, 등록세, 농어촌특별세, 교육세(이하 ‘취득세 등’이라고 한다)를 신고하면서 이 사건 부동산 중 임대 부분(건물 연면적 11,677.87㎡ 중 3,161.21㎡ 임대, 토지 21,786㎡ 중 10,946㎡ 임대)을 제외한 나머지 부분(건물 8,516.66㎡, 토지 10,840㎡, 안분 취득가액 합계 16,929,529,150원, 이하 ‘이 사건 쟁점 부동산’이라고 한다)은 지방세법(1999. 2. 5. 법률 제5758호로 개정되고 2000. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제282조 의 규정에 의한 기업부설 연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라는 이유로, 이 사건 쟁점 부동산에 해당하는 취득세 등을 감면하여 줄 것을 신청하였다.

다. 피고는 1999. 4. 2. 원고의 위 신청을 받아들여, 원고에 대하여 이 사건 쟁점 부동산의 취득과 관련한 취득세 338,590,580원, 농어촌특별세 67,718,110원, 등록세 507,885,870원, 교육세 101,577,170원을 감면하였다.

라. 한편, 엘지정보통신은 2000. 9. 4. 엘지전자 주식회사(이하 ‘구 엘지전자’라고 한다)에 흡수합병되었고, 구 엘지전자는 2002. 4. 2. 법인을 분할하면서 존속 법인의 상호를 주식회사 엘지이아이(이하 ‘엘지이아이’라고 한다)로 하였고, 신설 법인의 상호를 엘지전자 주식회사(이하 ‘신 엘지전자’라고 한다)로 하였다. 이 과정에서 이 사건 부동산에 관하여 2002. 4. 2. 분할을 원인으로 한 신 엘지전자 명의의 소유권이전등기가 경료되었다.

마. 엘지이아이는 2003. 3. 4. 원고(당시 상호는 주식회사 엘지씨아이)에 흡수합병되었다.

바. 신 엘지전자는 2003. 3. 21. 위 같은 동 219-5 대 21,786㎡ 토지에서 분할된 같은 동 219-24 대 10,558㎡ 지상에 지하 4층, 지상 9층의 건물(엘지전자정보통신 가산동 단말통합연구소)을 신축하는 건축허가를 받았다. 이에 신 엘지전자는 이 사건 부동산 중 건물 부분을 멸실하고 위 건축허가 대상 건물을 신축하여 2004. 10. 14. 신 건물의 사용승인을 받은 다음, 2004. 11. 17. 한국산업기술진흥협회장으로부터( 기술개발촉진법 제16조 의 규정에 의하여 과학기술부장관으로부터 권한을 위임 받음) 신 건물에 관하여 기술개발촉진법 시행령 제15조 제1항 의 규정에 의한 기업부설 연구소임을 인정받았다.

사. 한편, 원고는 이 사건 부동산을 취득하고 4년이 경과한 후에도 지방세법 제120조 제3항 에 의한 취득세 신고 납부와 제150조의2 제3항 에 의한 등록세 신고 납부를 하지 않았고 농어촌특별세법 및 교육세법에 의한 농어촌특별세 및 교육세 신고 납부도 하지 않았다. 이에 피고는 2004. 12. 10. 원고에게, 취득세 등이 감면된 이 사건 쟁점 부동산을 4년 이내에 기업부설 연구소용으로 이용하지 아니하여 감면요건이 불이행되었음을 이유로, 지방세법 제282조 , 같은 법 시행령(2004. 12. 30. 대통령령 제18610호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제228조 의 규정을 적용하여 감면된 취득세 등과 동 세액에 대한 가산세를 부과하여, 취득세 338,590,580원, 동 가산세 67,718,110원, 등록세 507,885,870원, 동 가산세 101,577,170원과 농어촌특별세 37,244,950원(가산세 3,385,000원 포함), 교육세 111,734,880원(가산세 10,157,710원 포함)을 부과하는 이 사건 부과처분을 하였다.

[인정근거] 갑 제1 내지 4호증, 갑 제7호증의 1, 2, 갑 제8호증, 갑 제9호증의 1, 2, 을 제1 내지 9호증(가지 번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지.

2. 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

다음과 같은 사유로 이 사건 부과처분은 위법하다.

⑴ 지방세법 제282조 (이하 ‘이 사건 법률조항’이라고 한다)는 ‘대통령령이 정하는 기업부설 연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제’하도록 규정하여 취득세 등의 감면요건으로 기업부설 연구소의 개념, 인적·물적 기준만을 대통령령에 위임하고, 유예기간 및 추징요건에 대하여는 별도로 위임하지 않고 있다. 그럼에도 불구하고, 지방세법 시행령 제228조 (이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라고 한다)는 위 기업부설 연구소의 개념을 정의하면서 감면요건 또는 추징요건으로 4년이라는 유예기간을 설정함으로써, 모법의 위임범위를 넘어 아무런 위임근거 없이 추징요건을 창설적으로 규정하였으므로 위헌 무효이다.

⑵ 법인의 분할은 그 경제적 동일성이 유지되는 점과 기업의 기술개발지원을 위한 이 사건 법률조항의 입법 취지에 비추어 보면, 법인이 분할된 경우에는 유예기간이 분할 시로부터 기산된다 할 것이고, 단지 분할을 원인으로 한 소유권이전등기가 경료되었다는 사유만으로 감면받은 세액을 추징할 수 없다.

나. 관련 법령

별지 관련 법령 기재와 같다.

다. 판단

⑴ 이 사건 시행령 조항의 무효 주장에 관하여

㈎ 조세의 감면에 관한 규정은 조세의 부과 · 징수의 요건이나 절차와 직접 관련되는 것은 아니지만, 조세란 공공경비를 국민에게 강제적으로 배분하는 것으로서 납세의무자 상호간에는 조세의 전가관계가 있으므로 특정인이나 특정계층에 대하여 정당한 이유 없이 조세감면의 우대조치를 하는 것은 특정한 납세자군이 조세의 부담을 다른 납세자군의 부담으로 떠맡기는 것에 다름 아니므로 조세감면의 근거 역시 법률로 정하여야만 하는 것이 국민주권주의나 법치주의의 원리에 부응하는 것이다. 그런데, 조세감면의 우대조치는 조세평등주의에 반하고 국가나 지방자치단체의 재원의 포기이기도 하여 가급적 억제되어야 하고 그 범위를 확대하는 것은 결코 바람직하지 못하므로 특히 정책목표 달성에 필요한 경우에 그 면제혜택을 받는 자의 요건을 엄격히 하여 극히 한정된 범위 내에서 예외적으로 허용되어야 한다( 헌법재판소 1996. 6. 26. 93헌바2 결정 참조). 또한, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다( 대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 참조).

㈏ 한편, 헌법 제75조 는 "대통령은 법률에서 구체적으로 범위를 정하여 위임받은 사항……에 관하여 대통령령을 발할 수 있다"라고 규정함으로써 위임입법의 근거를 마련함과 동시에 위임은 반드시 구체적 · 개별적으로 행하여질 것을 요구하고 있는바, 법률에 미리 대통령령으로 규정될 내용 및 범위의 기본사항을 구체적으로 규정하여 둠으로써 행정권에 의한 자의적인 법률의 해석과 집행을 방지하고 의회입법의 원칙과 법치주의를 달성하고자 하는 헌법 제75조 의 취지에 비추어 볼 때 위 "구체적으로 범위를 정하여"란 법률에 대통령령 등 하위법규에 규정될 내용 및 범위의 기본사항이 가능한 한 구체적이고도 명확하게 규정되어 있어서 누구라도 당해 법률 그 자체로부터 대통령령 등에 규정될 내용의 대강을 예측할 수 있음을 의미한다 할 것이고, 위 예측가능성의 유무는 당해 특정조항 하나만을 가지고 판단할 것이 아니라 관련 법조항 전체를 유기적 · 체계적으로 종합 판단하여야 하며 각 대상법률의 성질에 따라 구체적 · 개별적으로 검토하여야 할 것이다( 헌법재판소 1995. 10. 26. 선고 93헌바62 결정 참조). 그리고 위임의 구체성 · 명확성의 요구 정도는 그 규율대상의 종류와 성격에 따라 달라질 것이지만 특히 처벌법규나 조세법규와 같이 국민의 기본권을 직접적으로 제한하거나 침해할 소지가 있는 법규에서는 구체성 · 명확성의 요구가 강화되어 그 위임의 요건과 범위가 일반적인 급부행정의 경우보다 더 엄격하게 제한적으로 규정되어야 하는 반면에, 규율대상이 지극히 다양하거나 수시로 변화하는 성질의 것일 때에는 위임의 구체성 · 명확성의 요건이 완화될 수도 있을 것이며, 그 밖에 조세감면규정의 경우에는 법률의 구체적인 근거 없이 대통령령에서 감면대상 · 감면비율 등 국민의 납세의무에 직접 영향을 미치는 감면요건 등을 규정하였는가 여부도 중요한 판단기준으로 삼을 수 있을 것이다( 헌법재판소 1997. 2. 20. 95헌바27 결정 참조).

㈐ 이 사건 법률조항은 ‘대통령령이 정하는 기업부설연구소’용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세 및 등록세를 면제하고, 연구소 설치 후 2년 내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있다. 이에 따라 이 사건 시행령 조항은 위 법률조항의 ‘대통령령이 정하는 기업부설연구소’를 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법(2005. 12. 30. 법률 제7809호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제1항 제2호 의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술부장관의 인정을 받은 것으로 규정하고 있다. 한편, 기술개발촉진법 시행령(2004. 12. 3. 대통령령 제18594호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제1항 에 의하면, 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호 에서 정하는 기업부설 연구소는 구체적으로 일정한 인적·물적 시설을 갖춘 기업부설 연구기관으로서 과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 의미한다.

살피건대, 위 법령 규정들에 의하면 이 사건 법률조항은 핵심 산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업을 지원하기 위한 목적으로 일정한 인적·물적 시설을 갖춘 기업부설 연구소를 설립하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 정책적으로 그 취득세 및 등록세를 면제하여 주는 전형적인 조세감면규정의 하나라고 할 것이다. 그런데, 이 사건 법률조항은 취득세 및 등록세를 면제받을 수 있는 ‘기업부설 연구소’의 개념을 대통령령에 위임하고 있고, 이에 따라 이 사건 시행령 조항은 위 ‘기업부설 연구소’로 인정받기 위하여는 ① 위 기술개발촉진법령의 기준에 해당하는 기업부설 연구소로서 과학기술부장관의 인정을 받을 것과 ② 당해 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내 위 ①항의 요건을 갖출 것을 요구하고 있다. 이 사건 시행령 조항이 규정하고 있는 위 ①항의 요건은 기업부설 연구소의 인적·물적 시설의 기준을 의미하는 것으로서, 위와 같은 기준은 시대상황에 맞게 수시로 변경될 수 있는 사항인 점 및 앞서 본 이 사건 법률조항과 위 기술개발촉진법 규정의 내용, 이 사건 법률조항의 입법취지 등을 종합하면, 위 ①항의 요건에 대하여는 구체적인 범위가 정하여져서 대통령령에 위임되고 있음을 충분히 인정할 수 있다. 다만, 이 사건 시행령 조항이 정하고 있는 위 ②항의 요건이 이 사건 법률조항의 위임의 범위를 일탈하였는지에 관하여는 논란이 있으므로 아래에서 살펴본다.

㈑ 이 사건 법률조항의 본문은 일응 ‘기업부설 연구소용으로 사용한다는 목적’을 가지고 부동산을 취득하면 그 당시에 즉시 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 그 단서는 연구소 설치 후 2년 내에 연구소의 폐지 또는 용도 전용 등 연구소 설치 후의 사정변경이 있으면 취득세 및 등록세를 추징한다고 규정하고 있는바, 위 본문은 ‘취득세 및 등록세의 감면요건’을, 그 단서는 ‘취득세 및 등록세의 추징요건’을 각 규정하고 있다고 할 수 있다. 그런데, 앞서 본 바와 같이 이 사건 법률조항이 취득세 및 등록세를 면제하는 이유는 일정 수준의 기업부설 연구소의 설립을 장려하기 위한 정책적인 목적을 달성하기 위한 것이므로, 위와 같은 취득세 및 등록세의 면세 혜택을 향유하기 위하여는 ‘일정 기간 내 기업부설 연구소의 설립’이 전제가 되어야 함은 당연한 논리적 귀결이라고 할 것이다. 왜냐하면, 만일 위와 같은 전제가 인정되지 않는다고 하면, ‘연구소를 설립한다는 목적’만을 신고함으로써 취득세 및 등록세를 면제받은 후 ① 연구소를 설립하지 않은 채 당해 부동산의 소유권을 이전하는 경우 또는 ② 연구소를 무한정 설립하지 않는 경우에도 단지 이 사건 법률조항 단서가 규정하고 있는 추징 요건에 해당하지 않는다는 이유로 취득세 및 등록세의 면제 상태를 그대로 유지하는 것은 조세평등원칙에 비추어 매우 부당하고 이는 입법자가 의도하는 바도 아니기 때문이다.

그렇다면, 입법자는 기업부설 연구소의 설립을 더욱 적극적으로 장려할 목적으로, 부동산을 취득할 당시에 취득세 및 등록세를 납부하게 한 다음 과학기술부장관이 인정하는 기업부설 연구소가 설립된 이후 환급하는 방식 등을 취하지 않고, 기업부설 연구소를 설립할 목적을 밝히기만 하면 일단 부동산 취득세 및 등록세의 납부를 면제하고 실제 기업부설 연구소의 설립에 필요한 기간을 정한 다음 그 기한까지 연구소가 설치되지 않으면 비로소 취득세 및 등록세를 부과하는 방식을 택하고 있다고 보인다. 나아가 입법자는 앞서 본 바와 같이 ‘과학기술부장관이 인정하는 기업부설 연구소의 인적·물적 설비 기준’이 시대상황에 맞게 수시로 변경될 수 있고 이에 맞추어 ‘기업부설 연구소의 설립에 실제 필요한 기간’ 역시 변경될 수밖에 없다는 점을 고려하여 ‘기업부설 연구소의 설립에 필요한 기간’을 일률적으로 법률에 규정하는 것은 바람직하지 않다고 판단하고 이에 대해서도 이 사건 법률조항 중 ‘대통령령이 정하는 기업부설 연구소’ 부분에 위임한 것으로 해석하여야 할 것이다.

요컨대 입법자는, ‘연구소 설치 이후의 연구소 폐쇄 또는 용도 변경 등의 사정 변경’은 수시로 변동하거나 매우 세부적인 사항이 아니라 그 의미가 명확하고 확정적인 점을 고려하여 이 사건 법률조항 단서에서 직접 추징요건으로 규정하고 있으나, 이 사건 법률조항 본문에서는 취득세 및 등록세의 감면 요건으로서 ‘일정 기간 내 연구소 설치’를 당연히 전제한 다음 그 설치기한은 연구소의 규모에 따라 수시로 변경될 수 있다는 점을 고려하여 이를 대통령령(이 사건 시행령)에 위임하고 있는 것이다. 따라서, 이 사건 법률조항의 취득세 및 등록세 감면 요건은 ‘과학기술부장관이 인정하는 기업부설 연구소 설립 목적의 부동산 취득’ 및 ‘위 연구소용 부동산 취득 후 4년 이내의 실제 설립’인바, 기업부설 연구소가 위 기간 내에 설립되지 않으면(해제조건) 종국적으로 감면요건이 이행되지 못하게 되어 취득세 면제의 효과는 위 해제조건의 성취 시점인 ‘당해 부동산 취득일로부터 4년을 경과한 시점’부터 소멸한다고 할 것이다.

한편 위와 같은 이 사건 법률조항의 해석에 비추어 보면, 기업부설 연구소용 부동산을 취득하여 취득세 및 등록세를 면제받은 후 4년의 유예기간 내에 위 연구소를 설치하지 못한 이 사건의 경우는 지방세법 제120조 제3항 및 제150조의2 제3항 에서 각 정하고 있는 ‘이 법에 의하여 취득세 및 등록세를 과세면제 받은 후 당해 과세물건이 취득세 및 등록세 부과대상이 된 때’에 해당한다고 할 것이다. 그런데 위 지방세법 규정들에 의하면, 위와 같이 다시 취득세 및 등록세 부과대상이 된 경우에는 그 사유발생일로부터 30일 이내에 취득세 및 등록세를 신고 납부하도록 되어 있는바, 원고는 이 사건 부동산을 취득하고 4년이 경과한 후에도 30일 이내에 취득세 및 등록세 신고를 하지 않았으므로 위 유예기간 경과시점을 기준으로 한 이 사건 신고불성실 가산세 부과 처분은 적법하다. 또한, 농어촌특별세법(1999. 2. 5. 법률 제5758호로 개정되고 2000. 1. 1. 시행되기 전의 것) 제7조 , 제11조 에 의하면 지방세법에 의한 취득세에 대한 농어촌특별세는 당해 취득세를 신고 납부할 때 함께 신고 납부하여야 하고 이를 이행하지 않을 경우 가산세가 부과되고, 교육세법(1999. 12. 3. 법률 제6032호로 개정되기 전의 것) 제9조 , 제11조 에 의하면 지방세법에 의한 등록세에 대한 교육세는 당해 등록세를 신고 납부할 때 함께 신고 납부하여야 하고 이를 이행하지 않을 경우 가산세가 부과되는바, 앞서 본 바와 같이 원고가 4년이 경과한 후에도 30일 이내에 취득세 및 등록세 신고는 물론 농어촌특별세 및 교육세 신고 납부를 하지 않았으므로 각각에 대한 가산세 부과 처분 역시 적법하다고 할 것이다.

㈒ 결국 위와 같은 이 사건 법률조항의 입법취지, 이 사건 취득세의 감면 방식, 이 사건 법률조항과 관련 기술개발촉진법 규정의 내용 등에 비추어 볼 때, ‘기업부설 연구소의 설립에 실제 필요한 기간’을 4년으로 정한 이 사건 시행령 규정은 예측 가능한 사항으로서 이 사건 법률 규정의 위임 범위를 벗어났다고 할 수 없으므로, 이 사건 시행령 규정이 무효라는 주장은 이유 없다.

⑵ 법인 분할 시 취득세 및 등록세에 대한 유예기간의 기산일 주장에 관하여

앞서 본 바와 같이 이 사건 부동산을 본래 취득한 엘지정보통신은 2000. 9. 4. 구 엘지전자에 흡수합병되었고, 구 엘지전자는 2002. 4. 2. 존속법인의 상호를 엘지이아이로, 신설법인의 상호를 신 엘지전자로 분할되었는데 이 과정에서 이 사건 부동산의 소유권이 신 엘지전자에게 이전되었으며, 엘지이아이는 2003. 3. 4. 다시 원고에게 흡수합병되었다.

살피건대, 회사합병이 있는 경우에는 피합병회사의 권리 · 의무는 사법상의 관계나 공법상의 관계를 불문하고 그의 성질상 이전을 허용하지 않는 것을 제외하고는 모두 합병으로 인하여 존속한 회사에게 승계되는 것으로 보아야 할 것이므로( 대법원 2004. 7. 8. 선고 2002두1946 판결 참조), 엘지정보통신을 흡수합병한 구 엘지전자는 이 사건 쟁점 부동산에 과학기술부장관의 인정을 받은 기업부설 연구소를 4년 이내에 설치하여야 하고 이를 이행하지 않을 경우 지방세법 제15조 (법인의 합병으로 인한 납세의무의 승계)에 의하여 이 사건 쟁점 부동산에 대한 취득세 등을 납부할 의무를 부담한다. 그런데 구 엘지전자는 원고(분할 당시 엘지이아이) 및 이 사건 쟁점 부동산의 소유권을 이전받은 신 엘지전자로 다시 분할되었고 이 사건 쟁점 부동산에 기업부설 연구소가 위 부동산 취득시로부터 4년 이내에 설치되지 않았으므로, 법인의 분할시 연대납세의무를 규정한 지방세법 제18조 와 이 사건 법률조항에 의하여 원고는 이 사건 쟁점 부동산에 관한 취득세 등을 납부할 의무를 부담한다고 할 것이나, 단지 기업분할을 원인으로 하여 이 사건 쟁점 부동산의 소유권이 이전되었다는 사유만으로는 이 사건 취득세 및 등록세의 면제효력이 소멸하는 것은 아니라고 할 것이다.

한편, 기업 분할시 연구소 설치의무 유예기간의 기산점이 변경된다는 원고의 주장은 실정법상 아무런 근거가 없을 뿐만 아니라 원고의 주장을 따를 경우 기업분할을 거듭하면 위 유예기간이 무한정 연장될 수밖에 없어 유예기간 설정 제도의 의의가 상실되어 매우 부당하다는 점에 비추어 이를 받아들이지 않는다.

3. 결론

결국, 감면요건이 불이행되었음을 사유로 한 이 사건 부과처분은 적법하다고 할 것이므로 위 처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 없다. 따라서 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 더 이상 유지될 수 없어 이를 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.