가. 청구인은 2007.10.19.부터 OOO에서 OOO 이라는 상호로 벽돌 제조업을 영위하고 있는 개인업체로 청구인은 2017.6.20. 2016년 귀속 종합소득세를 확정신고하면서, 「조세특례제한법」제7조 중소기업에 대한 특별세액감면OOO을 적용하여 신고하였다.

나. 2017.7.25. 청구인은 2016년 제1기·제2기 부가가치세 과세기간에 매출세금계산서를 중복하여 발행하였다는 사유로 부가가치세 과세표준 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 감액하는 경정청구(매출과 매입을 동시 감액하여 환급세액은 없음)를 하였으나, 처분청은 청구인이 매출을 OOO원 이하로 낮추어 30%의 중소기업특별세액감면율 적용받기 위한 것으로 보아 2017.11.6. 청구인의 경정청구를 거부처분하였다.

다. 처분청은 2016년 귀속 청구인의 매출액은 OOO원이고, 「조세특례제한법」제7조 제1항의 바호「하수·폐기물처리(재활용포함), 원료재생 및 환경복원업」(이하 “폐기물처리업”이라 한다)에 해당하여 중기업에 해당하는 중소기업특별세액의 감면율(15%)을 적용하여야 한다고 보아 2017.12.5. 청구인에게 2016년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2017.12.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 폐기물 배출업체로부터 처리비용을 지급받기로 하고 폐기물운반업체인 OOO(주)의 폐기물운반과정을 거쳐 벽돌 등의 제조공장으로 반입하여 폐기물을 특수처리하여 벽돌 등을 생산하여 왔는바, 그 중 폐기물 배출업체 4개소에 관련하여 영업수주 활동은 OOO(주)가 하여 왔으므로 청구인으로서는 배출업체에 대한 명확한 정보, 신용상태를 모르는 상태에서 거래품목이 폐기물이라는 특수성 때문에 배출자로부터 폐기물을 반입 받고, 거래금액OOO을 후불로 지급받게 되면 부실채권이 발생할 위험이 매우 크기 때문에 OOO(주)로부터 폐기물 반입 이전에 일정금액 이상을 현금으로 이행담보증금을 지급하는 조건으로 지급하자고 제안하고 합의한 후 현재까지 선수금을 지급받으며 거래하고 있다.

OOO(주)로부터 담보보증금을 받아 놓았다가 배출업체로부터 폐기물 배출비용이 입금되면, 그 입금액을 동일한 금액으로 OOO(주)에게 송금하여 반환하는 형식으로 거래를 하였다.

따라서, OOO(주)가 입금한 금액은 어떠한 용역이나 재화의 공급으로 수령한 것이 아니라 담보보증금이므로 이중으로 발급한 매출세금계산서상의 금액을 매출금액에서 제외하는 것이 타당하다.

(2)「조세특례제한법 시행령」부칙 제22조에 명시되어 있는 법률 제13560호「조세특례제한법」개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 위 개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 소기업으로 보아야 하며, 청구인은 위 경과규정에 따라 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 보아야 하므로 중소기업특별세액 과다 감면을 원인으로 하여 과세처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인이 부실채권 위험 때문에 보증금을 받았다고 주장하는 폐기물 배출자는 OOO 등 대기업 및 공공기관으로 부실채권의 가능성이 사실상 없는 반면에, 보증금을 받지 않은 다른 배출자 중 OOO 등은 위 폐기물 배출자에 비하여 수입금액이 훨씬 적어 부실 위험이 높음에도 위 폐기물 배출자에 대해서만 폐기물 처리 보증금을 폐기물 운반업체인 OOO로부터 지급받았다는 청구주장은 타당하지 아니하고, OOO가 월중 수시로 청구인에게 입금하면 월말 혹은 월초에 폐기물 배출자가 청구인에게 입금하여 청구인은 폐기물 배출자로부터 받은 동일한 금액을 OOO(주)에게 입금하였으나, 청구인이 보증금이라고 주장하는 대금이 매출대금이 아닌 보증금이라는 직접적인 증거는 없다.

(2) 청구인이 OOO(주)와 폐기물 배출자에게 매출세금계산서를 발행하고, OOO(주)는 청구인이 폐기물 배출자에게 발행한 공급가액과 같은 금액으로 청구인에게 매출세금계산서를 발행하였으나, 청구인은 OOO 종합감사 직후 OOO(주)에게 발행한 매출세금계산서 중 약 OOO원을 취소하는 수정세금계산서 발행하였고, OOO(주)도 청구인에게 발행한 약 OOO원을 취소하는 수정세금계산서 발행하였으므로 청구인이 처분청의 감사시 지적받은 중소기업특별세액 부당감면에 따른 과세를 피할 목적으로 매출액을 줄였다고 볼 수 있다.

(3) 청구인의 주요 매출은 벽돌 제조가 아닌 폐기물처리와 관련되므로 중소기업특별세액감면 적용시 업종은 폐기물처리업으로 보아야 한다.

(가) 청구인의 업종을 폐기물처리업으로 보는 판단은「중소기업기본법 시행령」별표3의 소기업 규모 기준(폐기물처리업 30억원, 제조업 120억원 이하) 적용시 주된 업종은 사업자등록증이나 공장등록증 등에 따르는 것이 아니라 통계청장이 고시한 한국표준산업분류에 따르며, 한국표준산업분류는 생산단위가 수행하는 주된 산업활동의 종류에 따라 결정되고, 주된 산업활동은 부가가치, 산출액 등에 따라 결정되어야 한다.

청구인이 발행한 매출세금계산서, 계약서 등을 확인한 결과 청구인의 매출액OOO원이 폐기물처리와 관련된 매출액OOO에 해당하므로 청구인이 영위한 업종은 제조업이 아닌 폐기물처리업으로 보는 것이 타당하다.

(나) 청구인은 폐기물을 재활용하여 벽돌을 제조하고 있으므로 사업내용이 폐기물처리와는 별개이며, 한국표준산업분류표상에도 “재생된 원료로 특정의 제품을 제조하는 경우에는 제조업으로 규정하고 있다”고 주장하나, 한국표준산업분류표상의 폐기물처리에 대한 해석은 관련법인「폐기물관리법」에 따라야 하며, 동법 제2조에 의하면 폐기물재활용(재생 포함)은 폐기물 처리에 해당된다.

「폐기물관리법」과 청구인의 폐기물 관리 공정을 살펴보면, OOO에 반입되는 폐기물은「폐기물관리법」상의 폐기물에 해당하고, 폐기물을 분쇄, 파쇄하여 재활용하는 것은 폐기물 처분(파쇄)과 재활용에 해당하여 폐기물 처리에 해당하며, 한국표준산업분류표상의 “재생된 원료로 특정의 제품을 제조하는 경우에는 제조업으로 규정하고 있다”는 규정은 산업의 분류는 생산단위가 수행하는 주된 산업활동(부가가치, 산출액 등)에 따라 결정되므로 재생된 원료로 제품을 제조하여 발생한 부가가치, 산출액 등이 재생과 관련한 부가가치 보다 더 많을 경우에 적용할 수 있는 것이다.

(4)「조세특례제한법 시행령」부칙 제22조에 따르더라도 2016년 청구인의 매출액이 OOO원을 초과하여 경과규정 적용대상에 해당하지 않는다고 보아야 할 것이다.

청구인은 2015년 귀속 종합소득세 신고시 소기업에 해당하므로 위 경과규정을 근거로 2016년도에도 소기업에 해당한다고 주장하나, 위 경과규정은 개정규정에 의하면 소기업에 해당하지 않지만 종전규정에 의하면 소기업에 해당할 경우에 적용할 수 있는 것이다.

따라서, 중소기업특별세액감면 적용시 청구인의 주요 업종은 폐기물처리업으로 2016년 매출액이 OOO원으로 OOO원을 초과하여 개정 규정을 적용할 경우 소기업에 해당하지 아니하고, 경과 규정을 적용할 경우에도 OOO원을 초과하여 소기업에 해당하지 아니하므로 중소기업특별세액 감면율(15%)를 적용하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점금액을 부가가치세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

(2) 청구인이 2016년에 영위한 업종을 제조업이 아닌 폐기물처리업으로 보아 중기업에 해당하는 중소기업특별세액 감면율(15%)을 적용한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

1. 감면 업종

마. 제조업

바. 하수ㆍ폐기물 처리(재활용을 포함한다), 원료재생 및 환경복원업

2. 감면 비율

다. 소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업 등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 30

바. 중기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업 등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 15

(2) 조세특례제한법 시행령

제6조【중소기업에 대한 특별세액감면】⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 "대통령령으로 정하는 소기업"이란 중소기업 중 매출액이 업종별로「중소기업기본법 시행령」 별표 3을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업을 말한다. 이 경우 "평균매출액등"은 "매출액"으로 본다.

(3) 부칙

제22조【소기업의 범위에 관한 경과조치】법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다.

(4) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5-26959호로 개정되기 이전)

제6조【중소기업에 대한 특별세액감면】⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 "대통령령으로 정하는 소기업"이란 중소기업 중 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자로서 기획재정부령으로 정하는 자의 수가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하는 기업을 말한다. 다만, 매출액이 100억원 이상인 경우에는 소기업으로 보지 아니한다.

1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것

2. 작물재배업ㆍ어업ㆍ축산업ㆍ광업ㆍ건설업ㆍ출판업ㆍ물류산업 또는 운수업중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 50명 미만일 것

3. 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것

(5) 중소기업기본법 시행령

별표3 주된 업종별 평균매출액등의 소기업 규모 기준

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 심판청구서 및 처분청의 심리자료 등에 의하면 아래와 같은 사실들이 나타난다.

(가) 청구인이 경정청구를 제기하자 처분청이 검토한 경정청구검토서를 보면 “폐기물 배출자는 OOO로 대기업 및 공공기관으로 대손가능성이 없는 반면에, 경정청구와 관련 없는(보증금을 미리 받지 않음) 배출자 중 OOO 등은 위 OOO 등 배출자에 비해 수입금액이 훨씬 적어 대손가능성이 오히려 높으므로 OOO(청구인)가 경정청구 관련 배출자에 대해서만 폐기물 처리비용 보증금을 OOO(주)로 받았다는 청구주장은 타당하지 않다”고 기재되어 있다

(나) 청구인은 OOO(주)와 배출자에게 매출세금계산서를 발행하고, OOO(주)는 청구인이 배출자에게 발행한 공급가액과 같은 금액으로 청구인에게 매출세금계산서를 발행하였다.

(다) 청구인은 감사기간 직후 OOO(주)에게 발행한 세금계산서 중 OOO원을 취소하는 수정세금계산서를 발행하였고, OOO(주)도 청구인에게 발행한 OOO원을 취소하는 수정세금계산서를 발행하였다.

(라) 청구인의 2016년 귀속 매출내역 중 폐기물 처리 관련 매출은 아래 <표1>과 같다.

(마) 청구인이 OOO와 폐기물 처리에 관한 계약을 체결하면서, OOO(주)와는 폐기물 운반에 관한 계약을 체결하였으나, OOO(주)는 청구인의 요청에 따라 OOO(주)가 처리비를 청구인에게 보증금을 지급하고, 청구인은 보증금만큼 OOO(주)에게 세금계산서 발행하였으며, 폐기물 운반 이후 OOO(주)와 청구인은 각각 대금을 OOO로부터 수취하고 매출세금계산서를 발행하여 이중으로 발급되어 청구인은 OOO(주)로부터 미리 지급받은 보증금을 OOO(주)에게 반환하고 세금계산서를 수취하였으므로 OOO(주)의 보증금 지급은 폐기물 처리에 대한 대가가 아니므로 매출세금계산서 발행 대상이 아니라고 주장하며 제출한 선수금조건 거래사실확인서의 주요내용은 다음과 같다.

(바) 2014.2.24. 청구인이 OOO(주) 및 OOO와 체결한 폐기물 처리 계약서의 주요내용은 다음과 같다.

(사) 2016.6.1. 청구인이 OOO(주) 및 OOO와 체결한 용역 도급계약서의 주요내용은 다음과 같다.

(아) 청구인이 운영하는 OOO의 2015～2016년도의 종업원 및 매출액은 아래 <표2>와 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 OOO(주)로부터 폐기물 반입 이전에 일정금액 이상 현금으로 이행담보증금을 지급하는 조건으로 지급하자고 제안하여 합의한 후 OOO(주)로부터 담보보증금을 받아 놓았다가 배출업체로부터 폐기물 배출비용이 입금되면, 그 입금액을 동일한 금액으로 OOO(주)에게 송금하여 반환하는 형식으로 거래를 하였다고 주장하나, 청구인이 부실채권 위험 때문에 보증금을 받았다고 주장하는 폐기물 배출자는 OOO 등 대기업 및 공공기관으로 부실채권의 가능성이 사실상 없는 반면에, 보증금을 받지 않은 다른 배출자 중 OOO 등은 위 폐기물 배출자에 비하여 수입금액이 훨씬 적어 부실 위험이 높음에도 위 폐기물 배출자에 대해서만 폐기물 처리 보증금을 폐기물 운반업체인 OOO(주)로부터 지급받았다는 청구주장은 신빙성이 부족한 점, 청구인은 OOO 종합감사 직후 OOO(주)에게 발행한 매출세금계산서 중 약 OOO원을 취소하는 수정세금계산서를 발행하였고, OOO(주)도 청구인에게 발행한 약 OOO원을 취소하는 수정세금계산서 발행하였으므로 처분청의 감사시 지적받은 중소기업특별세액 부당감면에 따른 과세를 피할 목적으로 매출액을 줄였다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인이 발행한 세금계산서, 계약서 등에 의하면 청구인의 2016년 귀속 매출액 OOO원 중 최소 OOO원이 폐기물처리와 관련된 매출액에 해당하므로 2016년에 청구인이 영위한 업종은 제조업이 아닌 폐기물처리업으로 보여지고 개정된 「조세특례제한법 시행령」제6조를 적용할 경우 폐기물처리업은 매출액기준으로 OOO원 미만 사업자를 소기업으로 보도록 규정되어 있는바, 청구인의 2016년 귀속 매출액이 OOO원을 초과하므로 소기업으로 보기 어려운 점, 「조세특례제한법 시행령」제6조 개정이전의 규정을 적용하더라도 청구인의 2016년 귀속 매출이 OOO원으로서 종전 소기업 기준인 매출 OOO원을 초과하여 소기업이 아니라 중기업으로 해당되는 점 등에 비추어 청구인이 2016년에 영위한 업종은 제조업이 아닌 폐기물처리업으로서 중기업에 해당하는 중소기업특별세액 감면율(15%)을 적용하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.