2. 항소비용은 원고가 부담한다.

가. 공사의 도급관계

1) OO지구 토지구획정리조합(이하 '이 사건 조합'이라고 한다)은 1994. 9. 23. BB종합건설 주식회사(이하 'BB건설'라고 한다)에게 이 사건 조합이 부산 기장군 기장읍 OO리 및 OO리 일원에서 시행하는 토지구획정리사업에 관한 토지구획정리 공사를 000원(부가가치세 별도)에 도급주었는데，BB건설이 위 공사를 수행 하다가 1996.경 부도나자 BB건설과 사이에 기성고율을 전체공사의 53.14%(이하 'BB 건설 기성부분'이라고 한다)로 확정하였다.

2) 원고는 2000. 1. 28. 이 사건 조합으로부터 위 토지구획정리공사 중 BB건설 기성부분을 제외한 나머지 공사(이하 '이 사건 잔여공사'라고 한다)를 공사대금 000원(부가가치세 별도)，공사기간 2000. 2. 14.부터 2000. 10. 14.까지로 정하여 수급하였다.

나. 2000년도 법인세 및 2000년도 1기분 부가가치세의 신고 ㆍ 납부

1) 원고는 이 사건 조합에게 품목을 '동 ㆍ 서부지구 토지구획정리사업공사'라고 각 기 재한 2000. 3. 31.자 공급가액 000원， 2000. 6. 30.자 공급가액 000원의 각 세금계산서를 발행 ㆍ 교부하고， 위 공급가액 합계 000원 및 그에 대한 부가가치세액을 각 익금과 매출세액에 포함하여 2000년도 법인세와 2000년도 1기분 부가가치세를 신고 ㆍ 납부하였다.

2) 그런데 피고 산하 서부산세무서장은 2003. 8.경 이 사건 조합으로부터 '이 사건 잔여공사를 000원에 원고에게 도급하였고 그 공사대금을 체비지의 잔여분으로 지급하기로 약정하였다'라는 내용의 확인서를 교부받은 뒤 원고가 발행한 위 세금 계산서의 공급가액 합계액 중 000원이 가공매출이라는 등의 이유로 원고의 2000년도 법인세를 경정하였다.

다. 2003년도 법인세 및 2003년도 1기분 부가가치세의 경정고지

1) 한편， 원고는 이 법원 2005가합3260호로 이 사건 조합이 이 사건 잔여공사대금 으로 원고에게 지급하기로 약정한 체비지를 임의로 처분하였으니 이 사건 조합은 원고 에게 그로 인한 손해를 배상하거나 이 사건 잔여공사대금으로 체비지 매매대금 중 이 사건 조합이 원고의 하도급업체들에게 직불한 대금 등을 공제한 나머지 금액을 지급 하여야 한다고 주장하면서 이 사건 조합 등을 상대로 하여 그 이행을 구하는 소를 제기 하였다.

2) 위 소송의 내용을 알게 된 피고 산하 동래세무서장은 원고에 대한 세무조사를 하면서 이 사건 조합의 상무이사로 조합장 사망 이후 이 사건 조합을 관리하고 있는 박HH로부터 '원고로부터 이 사건 잔여공사에 관련된 세금계산서를 수취한 바 없고 2000년도에 수취한 세금계산서는 이 사건 공사 중 BB건설 기성부분에 대한 것이다' 라는 내용의 확인서를 작성받은 뒤，2007. 10. 12. 원고가 2000년도에 신고 ㆍ 납부한 것은 BB건설 기성부분에 대한 것이고 이 사건 잔여공사와 관련된 부가가치세와 법인세는 신고 ㆍ 납부되지 않았으며 원고가 용역을 공급한 시기를 2003년으로 판단하여 2008. 1. 7. 원고에게 2003년도 법인세 000원 및 2003년도 1기분 부가가치세 000원을 각 경정고지하였다(이하 '이 사건 과세 처분'이라고 한다).

라. 이 사건 각 처분에 관한 행정소송의 경과

1) 원고는 이 사건 과세처분에 불복하여 2008. 3. 3. 조세심판원장에게 이 사건 과세처분에 대한 심판청구를 제기하였는데， 조세심판원장은 2008. 5. 20. 위 심판청구를 기각하였다.

2) 원고는 그 후 부산지방법원 2008구합3037호로 동래세무서장을 상대로 부가가치세및 자료파생법인세취소청구의 소를 제기하였으나 2008. 12. 11. 원고의 청구를 기각한다는 내용의 원고 패소 판결을 선고받았고，원고가 부산고등법원 2009누195호로 항소하였으나 항소기각 판결이 선고되었으며，원고가 대법원 2009두11577호로 상고 하였으나，2009. 10. 15. 상고기각 판결이 선고됨으로써 위 판결은 확정되었고，이 사건 과세처분은 위와 같은 재판절차를 통하여 정당한 것으로 확정되었다.

마. 이 사건 과세처분의 직권취소

1) 원고는 2010. 5. 10. 피고 산하 부산지방국세청에 이 사건 과세처분을 취소하여 달라는 내용의 민원을 제기하면서 위 행정소송과정에서는 제출하지 않았던 하도급자 OO건설 주식회사(이하 'OO건설'이라고 한다)와 사이에 체결한 하도급계약서 및 OO 건설에 대금을 결제한 내역으로 대금지출결의서， 입금표， 대체전표， 원고 명의의 보통 예금통장 등의 자료를 추가로 제출하였다.

2) 부산지방국세청은 원고가 제출한 증빙서류를 검토한 결과 원고의 주장이 타당 하여 이 사건 과세처분이 이중과세에 해당할 가능성이 있다고 판단하였고，'재결의 기속력은 취소 • 경정 등 인용결정에 대하여만 인정될 뿐，기각결정이나 각하결정에는 인정되지 않으므로 당초 처분을 직권으로 취소하거나 변경할 수 있다'는 내부의견에 따라 이 사건 과세처분을 직권으로 취소하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1호증의 1 내지 3， 갑 제2 내지 8호증，을 제1 내지 5호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 청구원인에 관한 판단

가. 원고의 주장

원고는， 원고가 이 사건 과세처분의 위법함을 다투며 제1의 라.항 기재 각 행정 소송을 제기하는 과정에서 이 사건 과세처분이 이중과세로서 위법하여 취소되어야 할 것임에도 불구하고 피고 산하 동래세무서장이 고의 또는 과실로 이 사건 과세처분의 정당함을 주장하여 원고로 하여금 위 행정소송에서 패소함에 따라 인지대 및 송달료，변호사 선임비 명목으로 합계 000원의 소송비용을 부담하게 하여 위 금액에 해당하는 손해를 입게 하였으므로，피고는 피고 산하 동래세무서장의 감독자로서 원고가 입은 손해를 배상할 책임이 있다고 주장한다.

나. 판단

살피건대， 동래세무서장의 이 사건 과세처분이 비록 사후적으로 부당한 처분으로 인정되어 취소되었다고 하더라도 그러한 사유만으로는 담당공무원이 원고가 제기한 행정 소송에 응소하여 이 사건 과세처분의 취소를 다툰 것이 위법행위에 해당한다 할 수 없고，대법원에 이르기까지 이 사건 과세처분이 위법하지 않다고 판단된 점에 비추어 볼 때，담당공무원의 고의 또는 과실을 인정하기도 어려우므로，담당공무원이 고의 또는 과실로 위법한 직무집행을 하였음을 전제로 하는 원고의 청구는 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이를 기각하여야 할 것인바， 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하고 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여， 주문과 같이 판결한다.