가. 청구인은 1998.10.1. 취득한 경상남도 OOO 답 3,627㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 중 1,984㎡(이하 “쟁점양도토지”라 한다)를 2013.4.19. 이OOO 및 이OOO에게 양도하고, 쟁점양도토지의 취득가액을 OOO원을 지분비율로 안분계산)으로 하여 양도소득세를 신고하였다.

나. OOO지방국세청장이 처분청에 대한 정기종합감사를 실시한 결과, 청구인이 제출한 쟁점토지 매매계약서가 매매가액이 과대계상된 허위계약서로 쟁점양도토지의 취득가액이 불분명하므로 기준시가에 의한 환산가액으로 재산정하여야 한다는 내용의 과세자료를 통보하자, 처분청은2016.3.14. 청구인에게 2013년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인이 이에 불복하여 2016.6.1. 심판청구를 제기한 결과, 우리원은 2016.10.26. 쟁점토지의 취득가액 및 쟁점양도토지의 양도가액에 대하여 재조사 결정을 하였고, 처분청이 재조사한 결과 2017.1.18. 청구인에게 OOO원(가산세)을 감액한다는 결과통지를 하였다(청구인이 이에 불복하여 과세전적부심사를 청구하였으나, 2017.2.1. 제외하였다).

라. 청구인은 이에 불복하여 2017.2.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하는 것은 중대한 절차적 하자가 있는 위법한 처분으로 취소되어야 한다.

처분청은 쟁점양도토지의 취득가액을 OOO원으로 추계결정한 것이고, 재조사시 처분청의 현지 조사결과에 의하면 취득당시 거래금액은 평당 OOO원대에서 거래가 형성되었다는 것으로 이것만 보아도 당초 추계결정이 위법한 것임이 확인된 것인데 처분청은 2017.1.18. 당초 추계결정이 정당하다는 당초 처분을 유지하는 세무조사결과통지를 하여 청구인이 이에 불복, 2017.1.19. 과세전적부심사청구를 제기하였으나, 「국세기본법 시행령」제63조의14 제3항 제2호 개정으로 2017.2.7.부터 재조사 결정을 과세전적부심사청구 대상에서 제외하도록 규정하였음에도 불구하고, 처분청은 불복대상이 아니라는 이유로 2017.2.1. 과세전적부심사청구 대상에서 제외하였다.

그러나, 세무조사결과 통지는 처분청의 후속처분인 과세전적부심사결과통지에 의하여 그 내용이 보완됨으로써 심사청구에 대한 결정으로서의 효력이 발생한다고 할 것이고(의정부지방법원 2011.4.12. 선고 2010구합1656 판결 참조), 과세전적부심사에 관하여 「국세기본법」제55조 제5항 제1호를 적용한다는 규정이 없으며, 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 위법하다고 보아야 할 것(대법원 2016.4.15. 선고 2015두52326 판결, 같은 뜻임)이고, 심판결정에 기속된 결정으로 볼 수 없어 당초 부과 처분 전부가 취소되어야 한다.

(2)조세심판원의 양도가액 재조사 결정(조심 2016중2227, 2016.10.26.)에도 불구하고 아무 확인조사를 하지 아니한 채 당초 처분을 그대로 유지하는 것은 재조사 결정의 기속력에 저촉된다.

(가) 조세심판청구에 대한 결정 중 재조사는 재결청의 결정에서의 지적사항에 대하여 처분청의 후속처분의 내용을 심판청구 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당(대법원 2010.6.25. 선고 2007두12514 전원합의체 판결 참조)하므로, 처분청은 이에 따라 재조사한 후 그 내용을 보완하는 후속처분만을 할 수 있다.

(나) 이 건의 경우, 청구인과 매수인들의 공동 취득 등으로 이전등기를 하면서 그 대가를 받지 아니한 것이고, 양도소득세 신고시 이OOO로부터 OOO원, 이OOO으로부터 OOO원을 송금받은 것이 관련 제세공과금 등 실비변상적인 명목으로 지급한 것이라는 청구주장에 대하여, 처분청이 실비변상적인 금액을 초과한다고 함으로 인해 실지양도가액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라는 것이 재결청의 결정이다.

(다) 그런데 처분청은 이에 대한 아무런 확인조사를 하지 아니한 채 심판 심리과정에서 나타난 등기부상 기재가액대로 양도가액을 결정하고 조사결정을 한 것인바, 재결청의 재조사 결정 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단의 구체적 위법사유에 반하여 당초 처분을 그대로 유지한 것이므로 재조사 결정의 기속력에 저촉된다고 할 것이다(대법원 2017.5.11. 선고 2015두37549 판결, 같은 뜻임).

(3) 취득시점과 양도시점간 거래가액 상승률이 기준시가의 상승률에 비하여 현저히 낮다는 이유만으로 매매계약서와 거래상대방의 거래확인서 등을 무시하고 추계 결정한 이 건 처분은 위법하다.

(가) 청구인은 취득계약서의 거래당사자인 성OOO의 매매확인서를 제출하였을 뿐만 아니라 적극적으로 자신의 금융자료를 제출하여 실거래금액이 사실이라고 확인하고 있고, 실지거래가액에 관한 증빙서류로서 취득 및 양도에 관한 매매계약서와 계약상대방의 거래확인서 및 인감증명서 등을 제출하였다면 과세관청으로서는 위 매매계약서 등이 실제와 달리 작성되었다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그에 의하여 양도차익을 산정하여야 하고, 이 경우 그러한 특별한 사정이 있다는 점은 과세관청이 이를 입증하여야 하며, 취득과 양도 사이의 거래가액 상승률이 기준시가의 상승률에 비하여 현저히 낮다는 것만으로 실지취득가액에 관한 증빙서류로 제출된 매매계약서가 실제와 달리 작성된 것이라고 단정할 수도 없다(대법원 1996.6.25. 선고 95누3183 판결, 같은 뜻임).

그런데, 처분청은 특별한 사정이 있다는 점에 대한 입증을 하지 아니하고 취득가액과 양도가액의 거래가액 상승률이 기준시가(평방미터당 취득당시 OOO원) 상승률에 비하여 현저히 낮다는 이유만으로 증빙서류로 제출된 매매계약서가 실제와 달리 작성된 것이라고 단정, 기준시가로 환산결정을 한 것인데, 1995.5.23. 읍 청사부지 등이 고시되어 쟁점토지는 중로 각지에 접한 요지라는 점, 쟁점토지 일원은 1997년 주진 1·2지구 구획정리조합이 구성이 되었던 점, 일반 상업지역으로 도시계획이 되었으나 「농지법」제34조 제2항에 의해 쟁점토지를 상업지역으로 고시하기 위해 전용협의 절차가 진행 중에 있어 실질적으로 상업지역으로 거래가 된 것임을 알 수 있는 점, 표준지 중 같은 동 263 일반주거지 표준지 공시지가가 평방미터당 OOO원으로 공시된 점등에 비추어 쟁점토지 취득당시 개별공시지가(평방미터당 OOO원)는 합리성이 결여된 것임을 알 수 있다.

또한, 취득당시 쟁점토지 일원이 평당 OOO원에 거래가 형성되었다는 처분청 조사내용만 보더라도 실지로 상업지역으로 거래가 된 것이며 취득당시 기준시가 평방미터당 OOO원은 현저히 낮게 결정, 공시된 것임을 알 수 있어 기준시가 상승률을 기준으로 한 이 건 추계결정은 위법함이 명백한 것이다.

(나) 처분청은 쟁점토지가 평당 OOO원에 거래가 형성되어 있던 것으로 탐문되므로, OOO원에 취득하였다는 청구주장이 신빙성이 없다고 하나, 「소득세법 시행령」제176조의2 제1항 제2호의 규정에 의하면 매매사례가액 및 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우에 한하여 추계 결정할 수 있도록 하고 있는데도, 단순히 취득가액이 불분명하다는 이유만으로 허위임이 명백한 경우로 판단하여 추계 결정한 것은 부당하다.

(다) 청구인의 거래대금 출금내역은 아래와 같은바, 처분청은 계약금으로 지급한 OOO원이 쟁점토지의 기준시가 OOO원과 유사하다는 이유로 쟁점토지의 취득가액으로 추정된다는 의견이나, 부동산 거래대금은 계약금, 중도금, 잔금으로 나누어 지급하는 것으로 매매대금의 10% 상당액을 계약금으로 정하는 것이 일반적인 거래관행이라 할 것이므로 이러한 거래관행으로 보면 계약금 OOO원으로 OOO원의 거래금액이 추정될 수 있는 것이며 이는 처분청 조사금액인 평당 OOO원과도 별로 다르지 않은 것이다.

<거래대금 출금 내역>

(단위 : 원)

(라) 한편, OOO원을 쟁점토지의 면적(3,627㎡)으로 환산할 경우 OOO원을 이OOO 등이 청구인 계좌로 송금한 점에 비추어 보면 3,627㎡를 취득하기로 송금한 것이나 거래과정에서 2,805㎡로 그 면적이 줄어들었다가, 1998년 822㎡를 추가로 취득, 쟁점토지 3,627㎡을 취득하였다는 청구인의 주장과 부합되는 것인바, 적어도 쟁점토지의 취득가액은 OOO원은 되어야 하는 것이다.

그런데, 1998년 822㎡를 추가 취득하면서 다른 공유자에 비하여 청구인이 상대적으로 유리한 위치로 분할하는 과정에서 1996년 취득가액에 비하여 2배 이상 높은 OOO원을 추가로 지급하여 취득가액은 평당 OOO원이 된 것이고, 이 건 양도는 취득과정에서 공동투자나 빌린 자금에 대하여 취득원가 평당 OOO원을 명의신탁 내지는 대물변제를 한 것이다.

즉, 이 건 양도 중 이OOO에 대한 양도는 이OOO이 1996년 공동투자한 OOO 양도한 토지의면적 827㎡과 일치하는 것이며, 1996.12.2. 김OOO 명의로 OOO원을빌린 것에 대하여 김OOO(김OOO의 형)에게 일부 실비변상적인 금액을 제외하고 330㎡를 대물변제한 것이다.

이런 사실에 비추어 20년 전에 거래된 금융자료를 100% 입증하는 것은 불가능한 것이지만, 청구인의 주장이 사실이 아니라면 이와 같이 토지면적과 그 금액이 하나가 아닌 둘 이상에서 일치할 수는 없는 것이며 위 매매계약서 등이 실제와 달리 작성되었다는 등의 특별한 사정에 대한 처분청의 입증이 없는 한, 사실로 인정되어야 한다.

(마) 서로 모르는 사람 간의 계약은 통상 중개인을 통해서 이루어지므로 그러한 계약이라면 처분청이 계약서에 중개인이 없는 계약서의 신빙성을 문제삼을 수 있으나, 청구인이 1996년에 전소유자 성OOO에게 OOO원을 송금하는 등 서로 아는 사이라는 것이 이론의 여지가 없는데도 1998년 작성한 매매계약서에 중개인이 없다는 것을 문제 삼는 것이 납득되지 않는다.

(4) 쟁점토지는 비사업용토지에 해당하지 않으므로 장기보유특별공제 규정을 적용하여야 한다.

(가) 쟁점토지는 1999.10.16. 상업지역에 편입된 농지로 2009년 4월 16일 도시개발구역으로 지정되어 건축 등이 제한이 된 것으로 그로부터 4년이 지난 시점에서 양도를 한 것이고 이 경우 사업용으로 보아 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득금액을 산출하여야 하는 것인데도 이를 적용하지 아니하여 양도소득세를 과다신고하였다.

(나) “토지를 취득한 후 도시개발구역으로 지정되어 환지방식으로 도시개발사업이 시행되는 경우 도시개발구역으로 지정‧고시된 날로부터 ‘법령에 따라 사용이 제한된 토지’로 보는 것이나, 경작 등 토지 본래의 용도로의 사용이 제한되지 아니한 경우에는 그러하지 아니한다”는 국세청 해석(부동산거래관리과-178, 2011.2.24. 등 참조)의 경우, “도시지역 내 주거지역으로 지정된 농지의 경우, 도시개발구역으로 지정되어 건축물 건축 등 개발행위가 제한되는 경우에는 개발행위 허가 제한구역 및 도시개발구역으로 지정‧고시된 날부터 「소득세법 시행령」 제168조의14 제1항 제1호의 규정에 따라 ‘법령에 따라 사용이 제한된 토지’로 보는 것”이라는 기획재정부의 유권해석(재산세제과-60, 2014.1.21.)에 의하여 변경이 되었고, 동 해석은 “자연녹지지역이었으나「도시개발법」에 따른 도시개발구역으로 지정된 후 주거지역으로 편입되어 건축물 건축 등 개발행위가 제한되는 경우에는 주거지역으로 편입된 날부터 「소득세법」제104조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에 따른 “법령에 따라 사용이 제한된 토지”로 보는 것(사전-2016-법령해석재산-498, 2016.12.12.)으로서, 녹지지역에 대하여만 경작 등 토지 본래의 용도로의 사용이 제한되지 아니한 것으로 해석된다.

나. 처분청 의견

(1) 조세심판원의 재조사 결정에 따른 처리결과 통지에 대해 제기한 과세전적부심사청구를 「국세기본법」 제55조 제5항 제1호의 규정에 의하여 심사제외 결정한 당초 처분은 정당하다.

심판청구를 거친 청구인은 소정의 제소기간 내에 다음 단계의 불복절차인 행정소송을 제기하여야 하는 것이며, 조세심판원의 재조사 결정에 따른 처리결과 통지에 대하여 재차 과세전적부심사청구를 할 수 있다는 청구인의 주장은 심판청구에 대한 재결이 있으면 그 재결 및 같은 처분 또는 부작위에 대하여 다시 행정심판을 청구할 수 없다는 「국세기본법」제55조 제5항 제1호 및 행정심판법 제51조의 규정에 반하는 것으로 받아들일 수 없다.

(2) 청구인이 제출한 매매계약서 및 금융증빙 등에 비추어 청구주장은 설득력이나 신빙성이 없어 이를 인정하기 어렵다.

청구인은 쟁점토지의 취득대금을 공동투자자로부터 투자받아 조성하였다고 주장하나, 공동투자자 간의 투자약정서 등 공동투자를 확인할 수 있는 관련증빙을 제출하지 못하고 있는 점, 전소유자 성OOO에게 입금된 내역은 OOO원만 확인되며 나머지 취득자금에 대한 금융증빙은 입출금내역만 확인될 뿐 실제 지급여부를 확인할 수 없는 점 등으로 볼 때 청구인의 주장은 설득력이 없는 것으로 판단된다.

또한, 청구인이 제출한 매매계약서는 중개인이 없는 쌍방계약서로 원본계약서를 제출하지 못하였으며, 매매계약서의 매매대금 지급내역과 청구인이 제출한 금융증빙 내역이 일치하지 않은 점, 1998년 당시 쟁점토지는 평당 OOO원에 시세가 형성되어 있던 것으로 탐문되는 점, 2001년 동아일보 기사에 따르면 쟁점토지 인근의 토지시가가 평당 OOO원 정도에 형성되어 있는 것을 확인할 수 있는 점 등으로 볼 때, 청구인이 평당 OOO원에 토지를 취득하였다는 주장은 신빙성이 없는 것으로 판단되는바, 취득가액이 불분명한 것으로 보아 취득가액으로 환산가액을 적용하여 과세한 처분은 정당하다.

(3) 쟁점토지는 실제 경작에 있어 제한이 없는 토지로 비사업용토지에 해당하므로 장기보유특별공제 규정을 적용할 수 없다.

청구인은 쟁점토지가 도시개발구역으로 지정된 2009.4.16.부터 법령에 따라 사용이 제한된 토지에 해당되므로 비사업용 토지에서 제외되어야 한다고 주장하나, 법령에 따라 사용이 제한된 경우라 함은 지목, 용도지구 등 법령에 의하여 정하여진 목적과 범위에 부합되게 이용하도록 하는 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 경우를 말하는 것으로 보아야 하고, 쟁점토지와 같이 지목이 답인 경우 도시개발구역으로 지정되더라도 형질변경 등만이 제한되는 것이지 실제 경작에 있어서는 제한이 없는 것이다.

따라서 쟁점토지의 경우 사업시행자가 2015.3.1.부터 농작물의 재배를 금지하고 있는 점, 「도시개발법」제36조에 따라 환지 예정지 지정의 효력발생일부터 종전의 토지는 사용하거나 수익할 수 없다고 되어 있지만 환지 예정지 지정 공고가 없었던 점 등으로 볼 때 쟁점토지의 경작행위를 금지한 사정이 나타나지 아니하여 부득이한 사유로 재촌·자경하지 못하게 된 것은 아니라고 판단되므로 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하지 않고 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 심판결정에 따라 재조사한 후 과세전적부심사를 거치지 않고 경정한 처분이 위법하므로 취소대상이라는 청구주장의 당부

② 심판청구한 결과 양도가액을 재조사할 것을 결정하였음에도 당초 양도가액을 유지한 처분의 당부

③ 쟁점양도토지 취득가액이 불분명하다고 보아 기준시가에 따른 환산가액에 의한 처분의 당부

④ 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제의 적용을 배제한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2016.12.20. 법률 제14382호로 일부개정된 것)

제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다.

⑤ 이 장의 규정에 따른 심사청구 또는 심판청구에 대한 처분에 대해서는 이의신청, 심사청구 또는 심판청구를 제기할 수 없다. 다만, 제65조 제1항 제3호 단서(제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)의 재조사 결정에 따른 처분청의 처분에 대해서는 해당 재조사 결정을 한 재결청에 대하여 심사청구 또는 심판청구를 제기할 수 있다.

제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

3. 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소·경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다. 다만, 취소·경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소·경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.

⑤ 제1항 제3호 단서에 따른 재조사 결정이 있는 경우 처분청은 재조사 결정일로부터 60일 이내에 결정서 주문에 기재된 범위에 한정하여 조사하고, 그 결과에 따라 취소·경정하거나 필요한 처분을 하여야 한다. 이 경우 처분청은 제81조의7 및 제81조의8에 따라 조사를 연기하거나 조사기간을 연장하거나 조사를 중지할 수 있다.

⑥ 제1항 제3호 단서 및 제5항에서 규정한 사항 외에 재조사 결정에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제80조(결정의 효력) ① 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속(羈束)한다.

② 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다.

제81조의12(세무조사의 결과 통지) 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사 결과를 서면으로 납세자에게 통지하여야 한다.

제81조의15(과세전적부심사) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 "과세전적부심사"(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 과세예고 통지

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

1. 「국세징수법」제14조에 규정된 납기전징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우

2. 「조세범 처벌법」위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

※ 부칙(2016.12.20. 법률 제14382호로 일부개정된 것)

제1조(시행일) 이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다.

제4조(재조사 결정에 관한 적용례) ① 제55조 제5항 단서, 제56조제2항 단서 및 같은 조 제4항의 개정규정은 이 법 시행 이후 심사청구, 심판청구 또는 행정소송을 제기하는 분부터 적용한다.

② 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다), 제65조 제5항(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다), 제81조의4 제2항 제4호 및 제81조의15 제4항 제2호 단서의 개정규정은 이 법 시행 이후 결정하는 분부터 적용한다.

(2) 국세기본법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27833호로 일부개정된 것)

제52조의2(재조사 결과에 따른 처분의 통지) 처분청은 법 제65조 제5항(법 제66조 제6항, 제81조 및 제81조의15 제5항에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 재조사 결과에 따라 청구의 대상이 된 처분의 취소·경정을 하거나 필요한 처분을 하였을 때에는 그 처분결과를 지체 없이 서면으로 심사청구인(법 제66조 제6항, 제81조 및 제81조의15 제5항에서 준용하는 경우에는 이의신청인, 심판청구인 또는 과세전적부심사 청구인을 말한다)에게 통지하여야 한다.<신설>

제63조의14(과세전적부심사의 범위 및 청구절차 등) ③ 법 제81조의15 제2항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 「국제조세조정에 관한 법률」에 따라 조세조약을 체결한 상대국이 상호합의 절차의 개시를 요청한 경우

2. 법 제65조 제1항 제3호 단서(법 제66조 제6항 및 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 제81조의15 제4항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우<신설>

※ 부칙(2017.2.7. 대통령령 제27833호로 일부개정된 것)

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

(3) 소득세법

제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

제104조의3(비사업용 토지의 범위) ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논·밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

나. 특별시·광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치시·특별자치도 및 시지역( 「지방자치법」 제3조제4항에 따른 도농 복합형태인 시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역에 있는 농지. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(4) 소득세법 시행령

제163조(양도자산의 필요경비) ⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액”이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.

②법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

제168조의14(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

(5) 도시개발법(2009.6.9. 법률 제9758호로 일부개정되기 전의 것)

제9조(도시개발구역지정의 고시 등) ⑤ 제7조제1항에 따라 도시개발구역지정에 관한 주민 등의 의견청취를 위한 공고가 있는 지역 및 도시개발구역에서 건축물의 건축, 공작물의 설치, 토지의 형질 변경, 토석의 채취, 토지 분할, 물건을 쌓아놓는 행위, 죽목의 벌채 및 식재 등 대통령령으로 정하는 행위를 하려는 자는 특별시장·광역시장·특별자치도지사·시장 또는 군수의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구인은 1998.10.1. 취득한 쟁점양도토지를 2013.4.19. 이OOO 및 이OOO에게 양도하고, 그 취득가액을 OOO원으로 하여 양도소득세 신고를 하였는바, OOO지방국세청장은 처분청에 대한 정기종합감사결과 쟁점토지의 매매계약서가 매매가액이 과대계상된 허위계약서로 쟁점양도토지의 취득가액이 불분명하므로 취득가액을 기준시가에 의한 환산취득가액으로 재산정하여야 한다는 과세자료를 처분청에 통보하여 2016.3.14. 청구인에게 2013년 귀속 양도소득세 OOO원이 경정·고지되었고, 청구인이 이에 불복하여 2016.6.1. 심판청구를 제기한 결과, 우리원은 2016.10.26. 쟁점토지의 취득가액 및 쟁점양도토지의 양도가액에 대한 재조사결정을 하였으며, 이에 처분청이 재조사한 결과 당초 처분시의 양도가액 및 취득가액을 유지하여 2017.1.18. 청구인에게 결과통지를 하였다(이에 대하여 청구인이 과세전적부심청구를 제기하였으나, 2017.2.1. 과세전적부심사청구에서 제외하였다).

(나) 등기부에 나타난 청구인의 쟁점토지 취득 및 양도내역 등은 아래와 같다.

(다) 쟁점양도토지와 관련된 처분청의 2013년 귀속 양도소득세 경정내역은 아래와 같다.

(단위 : 원)

(라) 쟁점토지의 연도별 개별공시지가 내역(분할 전 포함)은 아래와 같다.

(단위 : 원)

(마) 처분청의 재조사 종결 보고서에는 쟁점양도토지의 양도가액에 대하여 조사한 내용(등기부 기재가액 및 매매계약서 매입가액 등을 확인한바 양도가액 적정하고, 부당행위계산 여부 검토한바 부당행위계산에 해당하지 않는다는 내용 등)이 나타난다.

(2) 청구인이 주장하는 이 건 양도 관련 사실관계는 다음과 같다.

(가) 1996년경 경남도청에 근무하고 있던 사촌동생인 이OOO의 소개로 청구인 및 이OOO 등 3인이 경상남도 OOO”라 한다) 334 토지 8,255㎡ 중 3,627㎡를 OOO원에 취득하기로 합의하였고 계약금은 이OOO이 책임지기로 하여 9월말경 이OOO의 시동생, 형부명의로 OOO원을 청구인계좌로 송금하였는데, 갑자기 이OOO가 면적이 2,805㎡ 줄어 거래금액이 OOO원으로 감소하였다면서 계약금 OOO원만 계약금으로 지급하면 된다고 하여 청구인이 성OOO(이OOO와 같은 경남도청 공무원으로 이OOO에게 쟁점토지를 소개한 장본인임)을 만나 계약금 OOO만 전달한 것이다.

(나) OOO4 토지 8,255㎡는 중앙을 관통하는 계획도로로 인하여 2개로 분할되어야 하는 문제로 일단 공유지분으로 등기한 후 매각하여 투자금을 회수하기로 한 것이고, 청구인 등의 지분 2,805㎡과 성OOO 지분 5,610㎡, 나머지 2,645㎡는 임OOO 명의로 지분등기를 한 것으로 취득가액은 평당 OOO원이 되는 것이다.

(다) 1998.5.23.경 이OOO가 성OOO에게 지인을 통하여 OOO원을 빌려 준 것이 계기가 되어 OOO 토지 8,255㎡를 분할하여 계획도로는 지번 334-2로, 공유자 임OOO 지분 2,645㎡를 지번 334-1로, 성OOO 지분 822㎡를 청구인(지분 2,805㎡)에게 양도하여 3,627㎡를 지번 334-3로 하면서 성OOO에게 OOO원을 지급하는 조건으로 계약을 하였는바, 결과적으로 쟁점토지를 평당 OOO원에 취득한 것이며 이OOO와 이OOO은 외지인이라 농지를 취득하기가 어렵고청구인은 농지원부를 가지고 있어 청구인 명의로 등기를 한 것이며,이에 대한 대금은 일단 이OOO가 전부 조달을 한 것으로, 1998.6.5. 이OOO가 OOO원을 지급하고, 중도금은 1996년 이미 지급한 OOO으로 대체한 것이며 나머지 잔금 OOO원 중 성OOO의 지인으로부터 빌린 OOO원을 인수하는 방법으로 지급하고 나중에 이OOO 및 청구인과 정산을 한 것이다.

(라) 2012년경 도시개발사업의 시행인가가 되어 취득원가에 청구인이 그동안 부담한 제세공과금 등 실비변상적인 금액만 지급을 하고 등기 이전을 하기로 하였는데, 만일 취득가액 그대로 각자 명의로 등기를 하면 명의신탁을 의심받게 되는 것이고, 명의신탁에 대하여는 과징금이 부과되므로 매수인들이 취득가액에 청구인이 부담한 실비 변상적인 금액 등을 포함한 평당 OOO원으로 양도가액을 정한 것이며 그 대금을 지급하는 방법으로 2013.4.19. 쟁점양도토지를 평당 OOO원으로 하여 등기를 이전한 것이다.

이에 따라 이 건 양도소득세 예정신고기한(2013.6.30.) 3일 전인 2013.6.27. 이OOO가 OOO원, 이OOO이 OOO원을 각각 청구인에게 송금하여 동 금액으로 양도소득세를 납부하였다.

(3) 청구인이 제출한 증빙은 다음과 같다.

(가) 청구인이 쟁점토지를 OOO으로부터 취득하면서 작성한 계약서(1998.9.18. 계약)의 주요내용은 아래와 같다.

(나) 쟁점토지를 양도한 성OOO의 매매확인서(2015.11.29.)에는 성OOO이 1998년 9월경 쟁점토지를 평당 OOO원에 청구인에게 매매하였음을 확인한다는 내용이 나타난다.

(다) 쟁점양도토지를 취득한 이OOO·이OOO의 확인서(2016년 8월)의 주요내용은 아래와 같다.

<이OOO의 확인서>

<이OOO(청구인의 여동생)의 확인서>

(라) 청구인은 쟁점토지에 대한 5인의 투자내역을 아래와 같이 제출하였다.

(단위 : ㎡, 원)

(마) 청구인이 쟁점토지의 취득가액 중 금융증빙으로 확인되는 금액으로 제출한 금액의 내역은 아래와 같다.

(단위 : 원)

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청이 우리 원의 재조사 결정에 따라 재조사하여 결과를 통지한 후 과세전적부심사 기회를 부여하지 않고 경정·결정한 이 건 처분이 위법하다고 주장하나, 「국세기본법」(2016.12.20. 법률 제14382호로 일부개정된 것, 2017.1.1. 시행) 및 같은 법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27833호로 일부개정된 것, 2017.2.7. 시행)을 개정하면서 재조사 결정과 관련된 다수의 규정을 신설‧정비하였고, 이에 따라 같은 법 시행령 제63조의14 제3항 제2호의 개정(2017.2.7. 시행) 이후에는 조세심판원의 재조사 결정에 따라 처분청이 재조사한 경우 과세전적부심사를 거치지 않도록 하였는바, 동 규정의 개정취지 등을 감안하면 이 건 재조사 결과통지(2017.1.18.)를 위 개정된 시행령의 시행 이전(2017.2.7.)에 하였다 하더라도 그것이 중대한 하자는 아닌 것으로 보이는 만큼, 과세전적부심사규정을 적용하지 않은 것이 위법하여 과세처분을 취소하여야 한다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(나) 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 당초에 심판청구한 결과 양도가액에 대하여 재조사할 것을 결정(조심 2016중2227, 2016.10.26.)하였음에도 전혀 확인조사를 하지 않고 등기부에 기재된 가액 그대로 당초 양도가액을 유지하여 경정한 처분은 재조사 결정의 기속력에 저촉되어 부당하다고 주장하나, 처분청의 재조사 종결보고서를 보면, 양도가액에 대하여 조사한 내용(등기부 기재가액 및 매매계약서 매입가액 등을 확인한바, 양도가액은 적정하고, 부당행위계산 여부를 검토한바, 해당하지 않는다는 내용 등)이 나타나는 이상, 재조사에 따른 결정내용이 당초 조사내용과 다르지 않다고 하여 심판결정의 기속력에 저촉되었다고 보기는 어렵다 할 것이다.

(다) 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지의 취득가액이 평당 OOO원임을 주장하고 있고, 처분청은 당시 시세가 평당 OOO원으로 조사되었음에도 환산가액을 적용하게 되어 취득가액을 평당 OOO원 정도로 하여 경정한 사실이 나타나는바, 처분청이당초에 조사한 금액은산정한 취득가액의 4배～8배 정도라 차이가 크다 하겠다.

한편, 청구인이 제출한 증빙[(3)의 (마)]을 보면, 쟁점토지의 취득가액OOO원만 금융증빙이 있으나, 취득시기가 20여년 전인 1998년이라 오랜 기간이 경과되어 전체 금액을 입증하는 것이 어려울 수 있다 하겠고, 그 가액은 평당 OOO원의 수준이라 당초 처분청이 조사한 취득가액의 범위(평당 OOO원)에 비추어 이 건 과세처분시 적용한 취득가액(평당 OOO)보다는 시세에 근접한 것으로 보이는 만큼, 이를 쟁점토지의 취득가액으로 보아 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 합리적이라고 판단된다.

(라) 마지막으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 청구인은 당초 농지였던 쟁점양도토지를 1998.10.1. 취득하여 2013.4.19. 양도하였고, 사업시행자는 양도일 이후인 2015.3.1.부터 농작물의 재배를 금지한 것으로 나타나는바, 도시개발구역으로 지정되더라도 다른 제한이 없다면 토지를 기존 용도로 계속 사용(농지는 경작)할 수 있고 사업시행자 등이쟁점토지의 경작행위를 금지한 사정이 나타나지 아니하므로 부득이한 사유로 재촌·자경하지 못하게 된 것은 아닌 점 등에 비추어 쟁점양도토지는 비사업용 토지가 아니라고 보아 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다(조심 2016서3546, 2016.11.9. 외 다수, 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.