당사자사이에 다툼이 없는 사실 및 을제1호증의 1 내지 6, 을제2호증의 1, 2, 을제4호증 내지 을제7호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 인정되는 사실은 아래와 같다.

가. 원고는 식품가공업 등을 목적사업으로 하고 매년 1. 1. 부터 12. 31. 까지를 사업년도로 하는 주식회사인데, 1990. 1. 30. 현재 소외 ㅇㅇ 주식회사(이하 증자회사라 한다)의 총 발행 주식 280,000주중 52,000주를 소유하고 있었던 관계로 증자회사가 1990. 1. 30. 120,000주의 신주를 1주당 발행가액을 액면가액인 금 5,000원으로 정하여 유상증자(이하 이사건 제1증자라 한다)함에 있어 소유주식수에 비례하여 22,285주의 신주를 배정받았으나(이하 이사건 제1신주인수권이라 한다) 신주인수의 청약을 포기하였고, 이에 증자회사가 이사회의 결의를 통하여 원고가 청약을 포기한 신주 22,285주 등 합계 55,734주의 실권주를 제3자에게 인수시키기로 정함에 따라, 소외 이ㅇㅇ가 실권주중 6주, 소외 ㅇㅇ주식회사가 55,728주를 인수하여 그 가액을 납입하기에 이르렀다.

그런데, 이사건 제1증자무렵 원고는 위 ㅇㅇ주식회사의 주주였고, 위 이ㅇㅇ는 원고회사의 주주였다.

나. 또한 원고는 1990. 9. 21. 증자회사가 200,000주의 신주를 1주당 발행가액을 액면가액인 금 5,000원으로 정하여 유상증자(이하 이사건 제2증자라 한다)함에 있어 당시의 소유주식수에 비례하여(당시 총발행주식수는 원래의 280,000주에 1990. 1. 30. 증자된 120,000주를 합한 400,000주이고 원고의 소유주식은 52,000주임) 26,000주의 신주를 배정받았으나(이하 이사건 제2신주인수권이라 한다) 신주인수의 청약을 포기하였고, 이에 증자회사가 이사회의 결의로 원고가 청약을 포기한 신주 26,000주와 소외 ㅇㅇ 주식회사가 청약을 포기한 신주27,864주 합계 53,864주의 실권주를 제3자에게 인수시키기로 정함에 따라, 소외 신ㅇㅇ, 신ㅇㅇ, 신ㅇㅇ가 실권주중 각 9,030주, 소외 김ㅇㅇ가 7,898주, 소외 남ㅇㅇ가 1,909주, 소외 엄ㅇㅇ가 1,447주, 소외 신ㅇㅇ가 551주, 소외 이ㅇㅇ가 462주, 소외 신ㅇㅇ가 132주, 소외 ㅇㅇ 주식회사가 14,375주를 각 인수하여 그 가액을 납입하기에 이르렀다.

그런데, 이사건 제2증자당시 위 신ㅇㅇ, 신ㅇㅇ, 신ㅇㅇ, 남ㅇㅇ, 신ㅇㅇ, 이ㅇㅇ는 원고회사의 주주였고, 원고회사는 위 신ㅇㅇ, 신ㅇㅇ, 신ㅇㅇ, 남ㅇㅇ, 신ㅇㅇ, 이ㅇㅇ, 소외 ㅇㅇ 주식회사가 전체발행주식 140,000주중 139,250주를 소유하고 있었으며, 소외 ㅇㅇ 주식회사는 위 신ㅇㅇ, 신ㅇㅇ, 신ㅇㅇ, 남ㅇㅇ, 신ㅇㅇ, 이ㅇㅇ, 소외 ㅇㅇ 주식회사가 전체발행주식 2,000,000주중 1,865,824주의 주식을 각 소유하고 있었다.

나. 피고는, 이사건 제1 증자 당시 발행된 신주의 실제가액을 발행가액인 1주당 금 5,000원을 초과하는 1주당 금 11,802원으로, 이사건 제2 증자 당시 발행된 신주의 실제가액을 발행가액인 1주당 금 5,000원을 초과하는 1주당 금 11,154원으로 각 평가하고, 원고의 이사건 각 신주인수권포기에 따라 이를 대신 인수하게된 소외인들은 원고와 구 법인세법 시행령(1990. 12. 31. 령 제13195호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조 제1항 제1호, 제3호에서 규정한 특수관계에 있다고 인정한 다음, 원고는 이사건 각 신주인수권을 합리적인 이유 없이 포기하고 이를 특수관계자들에게 인수하게함으로써 우회적인 방법으로 위 소외인들에게 이사건 각 신주인수권을 제공한 것이므로 이는 법인세법(1990. 12. 31. 법제4282호로 개정되기전의 것) 제20조, 같은법시행령 제46조 제2항 제7호, 제9호 소정의 부당행위에 해당된다고 보았다.

이에 따라 피고는 1993. 10 .16. 에 이르러 원고회사의 1990.사업년도의 소득금액을 다시 계산함에 있어서 이사건 신주의 평가금액과 발행가액의 차액 상당금액 합계 금 311,586,570원 {제1신주인수권 : 22,285주 X (11,802원-5,000원) = 151,582,570원, 제2신주인수권 26,000주 X (11,154원-5,000원) = 160,004,000원}을 익금산입하여 소득금액과 그에 따른 과세표준 및 산출세액, 가산세액을 결정하고 여기에서 기납부세액을 공제함으로써 원고에 대하여 차감고지세액으로 법인세 금144,348,130원(원이하 절삭), 방위세 금 35,338,040원(원이하 절삭)을 납부결정, 고지하였다(이하 이 사건 부과처분이라고 한다).

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1)피고는 위 처분 사유와 적용법조를 들어 이 사건 부과처분이 적법하다고 주장하면서, 가사 이사건 부과처분사유와 달리 이사건 제2증자당시 원고가 청약을 포기한 신주의 인수자중 소외 김ㅇㅇ, 엄ㅇㅇ, 신ㅇㅇ가 원고와 사이에 구 법인세법 시행령 제46조 제1항에서 규정한 특수관계에 있지 않다면 원고가 위 소외인들에게 위와 같은 방법으로 신주인수권을 제공한 행위는 기부금으로 인정되어 구 법인세법 제18조, 같은 법 시행령 제40조에 의하여 손금불산입됨으로써 결과적으로는 이사건 부과처분과 동일한 세액이 산출된다는 취지로 주장한다.

(2)이에 대하여 원고는 이사건 부과처분의 위법사유로서, 첫째, 원고는 이사건 각 증자당시 증자회사의 신주인수권을 포기하였을 뿐이고 그후 신주의 재배정은 원고와 아무런 관련없이 이루어진 것으로서 원고가 신주인수권양도증서를 교부받아 이를 양도하는 등의 방법으로 위 신주인수자들과 거래한 사실이 없으므로 원고와 위 신주인수자들 사이에는 구 법인세법 제20조에 규정된 특수관계있는 자와의 거래 가 없었으며, 둘째, 원고는 이사건 각 증자당시 냉동공장을 신축하던 중이어서 신주를 인수할 자금을 마련하는 것이 사실상 불가능하였고, 신주인수자금을 차용을 통하여 마련한다하더라도 그 지급이자가 손금불산입될 형편이었을 뿐 아니라, 이사건 신주를 인수한다하더라도 이를 즉시 현금화하거나 배당이익을 받을 전망도 불투명하였으므로 이와 같은 사정을 종합하면 원고가 이사건 각 신주인수권을 포기한 것은 경제적 합리성이 있는 행위로서 구 법인세법 제20조에서 규정한 부당행위 계산에 해당될 수 없다고 주장한다.

나. 관계법령

구 법인세법 제20조는 정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자 와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우 에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고, 구 법인세법 시행령 제46조 제1항 제1호와 제3호는 법 제20조에서 특수관계 있는 자로서 출자자, 출자자가 총발행주식 또는 총출자지분의 100분의 35 이상을 출자하고 있는 법인을 각각 들고 있다.

또한, 같은법시행령 제46조 제2항은, 법 제20조에서 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우를 열거하면서 그중 제7호에서 출자자 등에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율, 요율이나 임대료로 대부 또는 제공한때 라고 규정하고, 제9호에서 기타 출자자 등에게 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 것이 있을 때라고 규정하고 있다.

다. 판단

(1) 법인세법 제20조에 규정된 부당행위계산의 부인은 법인과 특수관계에 있는 자와의 거래가 같은 법 시행령 제46조 제2항 각호에 해당하는 경우에 한하여 제한적으로 인정되어야하고 조세법률주의의 원칙상 유추해석이나 확대해석은 허용되지 않으며, 또한 부당행위 계산이라고 하기 위하여는 위 시행령 제46조 제2항 각호에 열거된 제반거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시킬 것을 의도하는 경우나 이러한 의도가 없더라도 경제인의 입장에서 부자연하고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적합리성을 무시하였다고 인정되는 경우라야할 것이다(대법원 1990. 5. 11. 선고 89누8095판결, 대법원 1992. 12. 22. 선고 92누6211판결 참조).

따라서, 이와 같은 관점에서 먼저 원고의 이사건 각 신주인수권의 포기와 그후 증자회사의 이사회 결의를 거쳐 위 소외인들이 원고가 포기한 신주를 인수한 행위가 구 법인세법 제20조에 규정된 특수관계있는 자와의 거래로서 구 법인세법 시행령 제46조 제7호, 제9호에 해당하는 여부에 관하여 보건대, 원고와 증자회사 및 위 신주인수자들사이에 원고가 이사건 각 신주인수권을 포기하고 위 신주인수자들이 이를 대신인수하기로 하는 등 이사건 각 신주인수권의 처리 방법에 관하여 어떠한 명시적, 묵시적 합의가 있었다고 볼 자료가 없는 이사건에 있어서 원고가 평가가액이 발행가액을 상회하는 이사건 신주에 관한 각 신주인수권을 포기하였고 그후 이를 인수한 위 소외인들중 대부분이 원고와 특수관계에 있었다는 점만으로는 원고가 어떠한 거래행위를 통하여 위 관계법령의 규정과 같이 위 신주인수자들에게 이사건 각 신주인수권을 무상으로 제공하였다거나 법인의 이익을 분여하였다고 보기어려우므로 이점에서 원고의 이사건 각 신주인수권포기는 구법인세법제20조 소정의 특수관계있는 자들과의 거래에 해당한다고 할 수 없다할 것이다.

다음으로 원고의 이사건 각 신주인수권의 포기가 객관적으로 보아 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 것이어서 조세법적인 측면에서보아 부당한 것이라고 인정되는지 여부에 관하여 보건대, 갑제3호증의 1 내지 17, 갑제4호증의 1 내지 5의 각 기재와 증인 김ㅇㅇ의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 원고가 인수를 포기한 신주의 인수를 위하여는 도합 금 241,425,000원(48,285주X5,000원)의 자금이 필요하였고, 원고는 이사건 각 증자무렵에는 1989. 11. 22. 소외 ㅇㅇ 주식회사에게 대전 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 6, 8, 28지상에 냉동공장을 신축하는 공사를 도급금액 금 2,403,000,000원, 공사기간 계약일무렵부터 1990.6. 30. 까지로 정하여 도급하는 계약을 체결한 이래 냉동공장을 신축하던 중으로서 위 냉동공장의 신축에는 1989. 2. 경부터 1991. 6. 경까지 합계 금 3,510,300,000원이 소요되었고 이러한 사정등으로 인하여 1989. 12. 31. 당시 부채가 4,303,751,244원이던 것이 1990. 12. 31. 에는 8,549,714,985원으로 급격히 증가한 상태였던 사실, 원고는 이사건 각 증자무렵 증자회사의 주식 52,000주등 다른 법인의 주식을 소유하고 있고 그 가액과 총차입금의 합계액이 원고회사의 자기자본금인 금 700,000,000원의 2배를 초과하고 있어서 법인세의 산정에 있어 구 법인세법 제18조의 3, 같은 법 시행령 제43조의 2의 규정에 의하여 1989.사업년도에는 지급이자중 금 28,210,377원, 1990. 사업년도에는 지급이자중 금70,185,973원, 1991. 사업년도에는 지급이자 중 금 57,184,870원을 손금불산입당하고 있는 상태였던 사실, 증자회사는 비상장법인이고, 이사건 각 증자이전까지 배당을 실시한 바도 없었던 사실을 각 인정할 수 있고 반증이 없는 바, 이와 같은 사정을 종합하면 원고로서는 이사건 각 증자당시 원고에게 배정된 신주를 인수하기위하여는 차입금으로 그 자금을 마련할 수 밖에 없었을 것으로 보이나 당시 자본금에 비하여 과중한 부채의 부담을 안고 있어서 이도 여의치 않은 상태였던데다가 증자회사가 비상장법인이고 배당도 실시한 바 없어 이를 쉽게 현금화하거나 현실적인 이익배당을 기대할 수도 없었을 뿐 아니라 법인세 산출에 있어 신주인수자금을 위한 차입금에 대한 지급이자마저 손금불산입당할 처지에 있었던 것으로서 이러한 상황에 처한 원고가 이사건 각 신주인수권을 포기한 것은 과중한 부채의 부담 및 법인세의 가중부담등을 피하기 위하여 행한 경제적 합리성이 있는 행위로 보이므로, 이사건 각 증자주식의 평가가액과 발행가액을 산술적으로만 비교하여 원고의 이사건 각 신주인수권의 포기가 경제적합리성을 무시한 법인세법 제20조 소정의 부당행위계산에 해당한다고 할 수는 없다할 것이다.

3. 결 론

그렇다면 이 사건 부과처분은 어느모로 보나 위법하여 취소되어야할 것이므로, 원고의 이 사건 청구는 이유있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.