가. 원고의 주위적 청구를 기각한다.

나. 피고가 2014. 9. 2. 원고에게 한, 2009년 귀속 종합소득세 40,820,549원 중 31,314,653원을 초과하는 부분에 대한 경정청구 거부처분, 2010년 귀속 종합소득세 59,689,510원 중 42,248,261원을 초과하는 부분에 대한 경정청구 거부처분을 모두 취소한다.

2. 소송총비용 중 1/5은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 주위적 청구 : 피고가 2014. 9. 2.(원고의 2016. 11. 24.자 청구취지 변경신청서에 기재된 '2014. 9. 3.'은 오기로 보인다) 원고에게 한 2011년 귀속 종합소득세 중 40,061,416원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.

나. 예비적 청구 : 주문 제1의 나.항과 같다.

2. 항소취지

가. 원고 : 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2014. 9. 2.(항소장에 기재된 '2014. 9. 3.'은 오기로 보인다) 원고에게 한 2009년 내지 2011년 귀속 종합소득세 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

나. 피고 : 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

가. 원고는 안경테 수출업체인 'CCCC광학'을 1990. 9. 15.부터 2011. 9. 30. 폐업할 때까지 운영하였던 개인사업자로서, 2009년부터 2011년까지「수출용 원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법」에 따라 관세 합계 183,925,220원( ＝ 2009년분 51,652,120원 ＋ 2010년분 57,695,990원 ＋ 2011년분 74,577,110원)을 각 환급받았으며, 위 환급금을 각 과세기간의 총수입금액에 산입하여 종합소득세(2009년분 40,820,549원, 2010년분 59,689,510원, 2011년분 63,526,412원)를 신고하였다.

나. DD세관장은 2014년 관세조사 실시 결과, 원고가 수출물품의 생산자에 해당하 지 아니함에도 관세를 부당하게 환급받은 사실을 확인하고 2014. 6. 19. 원고에게 관세 계 248,494,810원[ ＝ 2009년분 50,518,360원(환급금 중 일부인 30,143,400원 ＋ 가산금 20,374,960원) ＋ 2010년분 90,788,030원(환급금 57,695,990원 ＋ 가산금 33,092,040원) ＋ 2011년분 107,188,420원(환급금 74,577,110원 ＋ 가산금 32,611,310원)]을 추징고지(이하 '이 사건 추징'이라 한다)하였으며, 원고는 2014. 7. 7. 이를 모두 납부하였다.

다. 원고는 2014. 7. 11. 피고에게 이 사건 추징금 248,494,810원을 2011년의 필요경비로 산입하여 종합소득세 63,423,262원을 환급하여 줄 것을 구하는 취지의 내용이 기재된 '과세표준 및 세액의 경정청구서'를 제출(이하 '이 사건 경정청구'라 한다)하였으나, 피고는 2014. 9. 2. 필요경비의 귀속연도는 그 경비가 확정된 날이 속하는 과세기간이라는 이유로 이 사건 경정청구를 거부하는 통지를 하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2014. 11. 25. 심판청구를 하면서, 2009년부터 2011년까지 각 과세기간의 총수입금액에서 해당 관세환급금을 공제하는 방법으로 종합소득세가 산정되어야 하고, 그에 따라 2009년 귀속 종합소득세 중 9,505,896원, 2010년 귀속 종합소득세 중 17,441,249원, 2011년 귀속 종합소득세 중 23,361,846원이 원고에게 각 환급되어야 한다고 주장하였으나, 조세심판원은 2015. 5. 11. 이 사건 추징금은 추징일이 속하는 과세기간의 필요경비로 산입함이 타당하다는 이유로 원고의 청구를 기각하였다.

마. 한편 피고는 당심 소송계속 중이던 2016. 8.경 직권으로 원고의 2011년 귀속 종합소득세 중 23,361,846원을 감액경정한 후 위 금액을 원고에게 환급하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 9호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론

전체의 취지

2. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

3. 본안전 항변에 대한 판단

가. 피고의 주장

원고는 이 사건 경정청구 당시 피고에게 2011년 귀속 종합소득세에 대한 경정청 구를 하였을 뿐, 2009년 및 2010년 각 귀속 종합소득세에 대하여는 경정청구를 하지 아니하였으므로 그에 대한 거부처분이 존재한다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 소 중 2009년 및 2010년 각 귀속 종합소득세 경정청구 거부처분 취소청구 부분은 존재하지 아니하는 처분의 취소를 구하는 것이어서 부적법하다.

나. 판단

이 사건 경정청구 당시 원고가 피고에게 제출한 '과세표준 및 세액의 경정청구서' 에 이 사건 추징금을 2011년 귀속 필요경비로 산입하여 종합소득세 63,423,262원을 환급하여 줄 것을 구하는 취지의 내용이 기재되어 있었음은 앞서 본 바와 같으나, 갑 제2호증의 1 내지 3, 갑 제3호증의 1 내지 3, 갑 제9호증, 을 제1호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들 즉, ① 원고는 위 경정청구서에 경정청구이유를 '관세환급금 추징에 따른 소득금액변동'이라고 기재하고, 추징금 납부 영수증 및 명세서와 관세청 추징 목록 등을 증빙자료로 제출하였는바, 위 관세청 추징 목록에는 2009년부터 2011년까지 연도별로 추징된 환급금이 기재되어 있고, 위 연도별 환급금의 합계액은 원고가 2009년 내지 2011년 각 귀속 종합소득세 과세표준 확정신고 당시 피고에게 제출한 손익계산서상 영업외 수익으로 계상된 환급금의 액수와 일치 하거나 그에 포함되는 점, ② 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사・확인할 의무가 있는 점(대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결 등 참조), ③ 원고는 제1심에서부터 당심에 이르기까지 일관하여 이 사건 경정청구는 실질적으로 이 사건 추징을 원인으로 하여 2009년부터 2011년까지 각 해당 과세기간의 과세표준 및 세액 경정을 구하는 것인데, 실무상 세액의 환급은 마지막 사업연도의 과세표준 및 세액을 경정하는 방식으로 처리되는 것이 관행이라고 인식하여 피고에게 위와 같은 내용의 '과세표준 및 세액의 경정청구서'를 제출하였을 뿐이라고 주장하고 있고, 실제로 원고는 이 사건 경정청구에 대한 피고의 거부 통지에 불복하여 심판청구를 하면서 각 과세기간의 총수입금액에서 해당 관세환급금을 공제하는 방법에 의한 종합소득세의 경정을 구하기도 한 점, ④ 뒤에서 보는바와 같이 이 사건 추징은 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국세기본법'이라 한다) 제45조의2 제2항에서 정한 후발적 경정사유에 해당하는데, 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있는 점(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결 등 참조, 원고가 이 사건 경정청구 당시 '과세표준 및 세액의 경정청구서'에 과세기간별 과세표준이나 세액을 명확하게 기재하지 아니하였다는 이유로 해당 과세기간에 관한 경정청구가 존재하지 아니한다고 본다면, 경정사유로 인하여 후발적으로 실현되지 아니한 것으로 확정된 원고의 소득에 대하여도 과세가 이루어지는 결과가 되어 위와 같은 후발적 경정 청구제도의 취지에 부합하지 아니할 뿐만 아니라 조세정의와 형평에도 반하게 된다) 등에 비추어 보면, 이 사건 경정청구에는 2011년 귀속 종합소득세에 대한 경정청구뿐만 아니라 2009년 및 2010년 각 귀속 종합소득세의 경정을 구하는 취지도 포함되어 있다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 피고의 위 본안전 항변은 받아들일 수 없다.

4. 본안에 대한 판단

가. 주위적 청구에 관하여

1) 원고의 주장

이 사건 추징금 상당액은 필요경비에 해당하는바, 소득세법 기본통칙 39-0…5의 취지 및 실질과세원칙 등을 고려하면 이 사건 추징금 전액을 원고가 폐업한 2011년의 필요경비로 보아 2011년 귀속 과세표준 및 세액의 경정이 이루어져야 하므로, 피고가 원고의 2011년 귀속 종합소득세 중 40,061,416원(당초의 경정청구 금액 63,423,262원 피고가 직권으로 감액경정한 23,361,846원)에 대한 경정청구를 거부한 것은 위법하다.

2) 판단

소득세법 제27조 제1항은 '사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다'고 규정하고 있는바, 이 사건 추징금은 뒤에서 보는 바와 같이 구 국세기본법 제45조의2 제2항에서 정한 후발적 경정사유에 해당할 뿐 2009년 내지 2011년의 각 과세기간 총수입금액에 대응하는 비용으로 볼 수는 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

나. 예비적 청구에 관하여

1) 원고의 주장

이 사건 추징은 구 국세기본법 제45조의2 제2항 및 같은 법 시행령 제25조의2 가 정한 후발적 경정사유에 해당하므로, 이 사건 추징금 중 2009년분 및 2010년분 각 관세환급금 상당액을 해당 과세기간의 총수입금액에서 공제하는 방법으로 과세표준 및 세액의 경정이 이루어져야 한다. 따라서 피고가 원고의 2009년 귀속 종합소득세 중 9,505,896원, 2010년 귀속 종합소득세 중 17,441,249원에 대한 각 경정청구를 거부한 것은 위법하다.

2) 판단

가) 이 사건 추징이 후발적 경정사유에 해당하는지 여부

(1) 구 국세기본법 제45조의2 제2항은 '과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다'고 규정하면서, 제2호에서 '소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때'를, 제5호에서 '제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때'를 각 후발적 경정사유로 규정하고 있다. 그리고 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호의 위임을 받은 국세기본법 시행령 제25조의2는 제1호에서 '최초의 신고・결정 또는 경정을 할 때 과세 표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우'를 해당 사유로 규정하고 있다.

(2) 앞서 본 사실관계 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 추징 중 2009년분 환급금의 일부인 30,143,400원 및 2010년분 환급금 57,695,990원의 추징으로 인하여 피고의 원고에 대한 당초 2009년 및 2010년 각 귀속 종합소득세 부과처분에는 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제2호, 제5호, 국세기본법 시행령 제25조의2 제1호에 따른 후발적 경정사유가 존재한다고 봄이 타당하다.

(가) DD세관의 이 사건 추징 결정으로 인하여, 당초 원고의 소득으로 신고 되었던 2009년분 환금금 중 일부와 2010년분 환급금이 후발적으로 국가에 귀속되었는 바, 이 사건 추징은 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제2호의 '소득이나 그 밖의 과세 물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정이 있을 때'와 유사하다고 볼 수 있다.

(나) 원고는 2009년 및 2010년경 DD세관으로부터 각 환급받은 관세를 총 수입금액에 합산하여 종합소득세를 신고하였는바, 위와 같은 과세관청의 관세환급 결정은 국세기본법 시행령 제25조의2 제1호의 '과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분'에, 그 후 DD세관이 2014. 6. 19. 이 사건 추징을 한 것은 그러한 '관청의 허가나 그 밖의 처분'이 취소된 경우에 각 해당한다고 볼 수 있다.

(다) 원고가 2009년분 환금금 중 일부와 2010년분 환급금을 추징당하여 이를 납부한 이상, 그 환급금이 총수입금액에 합산됨에 따라 증가된 소득에 대응하는 종합 소득세는 원고에게 환급하는 것이 실질과세의 원칙에 부합한다.

나) 피고의 주장에 대하여

피고는, 원고가 먼저 이 사건 추징금이 2011년의 필요경비에 해당함을 전제로 이 사건 경정청구를 하였고, 이 사건 추징금의 귀속연도는 그 확정일이 속하는 2014년으로 보아야 하므로, 피고가 원고의 이 사건 경정청구를 거부한 것은 적법하다는 취지로 주장한다.

앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 경정청구 당시 '과세표준 및 세액의 경정청구서'에 경정청구이유를 '관세환급금 추징에 따른 소득금액변동'이라고 기재하고, 추 징금 납부 영수증 및 명세서와 연도별로 추징된 환급금이 기재된 관세청 추징 목록 등을 증빙자료로 제출한 점에 비추어 이 사건 경정청구에는 이 사건 추징을 후발적 경정 사유로 하여 과세표준과 세액의 경정을 구하는 취지도 포함되어 있다고 봄이 타당하고, 감액경정청구를 받은 과세관청은 각 과세기간의 정당한 과세표준 및 세액에 대하여 조사・확인할 의무가 있으므로, 원고가 이 사건 경정청구 당시 필요경비 산입을 주장 한 바 있다고 하더라도, 피고로서는 이 사건 추징이 후발적 경정사유에 해당하는지 여부에 관하여도 역시 조사・확인하였어야 한다. 그러므로 이와 다른 전제에 선 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

다) 정당세액

따라서 이 사건 경정청구(이 사건 경정청구에 2009년 및 2010년 각 귀속 종합 소득세의 경정을 구하는 취지가 포함되어 있음은 앞서 본 바와 같다) 중 2009년분 환급금 중 일부인 30,143,400원과 2010년분 환급금 57,695,990원의 추징액에 상당하는 부분은 구 국세기본법 제45조의2 제2항 소정의 후발적 경정청구로서 적법하다고 할 것이므로, 당초 원고가 신고한 2009년 및 2010년 각 귀속 종합소득금액에서 위 추징액 상당은 감액되어야 할 것인바, 이에 따라 2009년 및 2010년 각 귀속 종합소득세를 다시 계산하면 다음과 같다.

라) 소결론

그러므로 원고의 2009년 귀속 종합소득세액은 40,820,549원에서 31,314,653원으로, 2010년 귀속 종합소득세액은 59,689,510원에서 42,248,261원으로 각 감액되어야 할 것인바, 피고가 원고의 2009년 귀속 종합소득세 40,820,549원 중 31,314,653원을 초과하는 부분에 대한 경정청구 및 2010년 귀속 종합소득세 59,689,510원 중 42,248,261 원을 초과하는 부분에 대한 경정청구를 거부한 것은 모두 위법하여 취소되어야 한다.

5. 결론

그렇다면 원고의 주위적 청구는 이유 없어 이를 기각하고, 예비적 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 당심에서 변경된 청구를 포함하여 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.