2. 항소비용은 원고가 부담한다.

가. 부동산 양도와 양도소득세 신고・납부

원고는 1998. 4. 9. 아산시 배방면 0000 임야 7，062㎡， 같은 리 000 임야 2，358㎡， 같은 리 00 임야 20㎡， 같은 리 0000 임야 32㎡ 합계 9，472㎡와 같은 리 000 지상 무허가 주택 190㎡， 무허가 창고 148㎡을 취득하였다(이하 위 부동산을 통틀어 '이 사건 부동산'이라 하고， 토지를 개별적으로 지칭할 때는 'OO리 000 임야'와 같은 방식으로 하며， 무허가 주택과 창고를 통칭하여 '이 사건 건물'이라 하고， 개별적으로 지칭할 때는 '이 사건 주택'과 같은 방식으로 한다). 원고는 2008. 10. 2. 대한예수교장로회 EE교회(이하 'EE교회'라 한다)에 이 사건 부동산을 000원에 양도하고，2008. 12. 대지조성 공사비 등 000 원을 필요경비로 산정하여 양도소득세 0000원을 신고・납부하였다

나. 피고의 부과처분과 원고의 심사청구

피고는 원고가 필요경비로 신고한 0000원 중 00000원만을 필요경비로 인정하여， 2010. 6. 1. 양도소득세 0000원의 부과처분을 하였다. 이에 원고는 피고의 위 부과처분에 대하여 2010. 7. 27. 감사원에 심사청구를 제기 하였으나， 2010. 12. 27. 기각되었다.

다. 피고의 1차 감액경정처분

피고는 위 처분 당시 이 사건 창고 148㎡를 양도소득세 비과세 대상인 1세대 1주택 면적에서 제외하여 주택 면적 190㎡와 주택 부수토지 1，900㎡(주택면적의 10배)만 을 비과세 대상으로 인정하였다. 그러나 구 소득세법 시행령 제154조 제3항(2009. 2. 18. 대통령령 22034호로 개정되기 전의 것， 이하 같다)에 의하면 이 사건 주택과 창고 의 면적 전체를 주택 면적으로 보아 이 사건 건물 전체면적인 338㎡와 주택 부수토지 3，380㎡(주택 면적의 10배)를 양도소득세 비과세 대상인 1세대 1주택 대상으로 계산하여야 한다. 피고는 위와 같은 잘못을 확인하고 2012. 3. 26. 비과세 대상금액이 당초 처분에서 인정한 000원이 아니라 00000원이라는 이유로 양도소득세 0000원을 감액하는 결정을 하였다.

라. 피고의 2차 감액경정처분

피고는 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것，이하 같다) 제100조 제2항에 따라 토지와 건물을 함께 양도한 경우 양도가액을 구분하여야 하나， 당초 처분에서 건물과 토지의 양도가액을 구분하지 아니한 잘못이 있음을 확인하고， 이 사건 부동산의 기준시가에 비례하여 다음과 같이 이 사건 부동산의 양도가액을 안 분하여 주택 및 부수토지에 대한 비과세금액을 정하였다. 위와 같이 계산된 양도가액에 따라， 피고는 2013. 5. 24. 1세대 1주택으로 비과세 되는 금액을 0000원(= 주택 양도가액 0000원 + 창고 양도가액 0000원 + 주택 부수토지000원으로 증액하여 양도소득세 0000원을 추가로 감액하는 결정을 하였다(아래에서는 당초의 부과처분 중 두 차례에 걸쳐 감액되고 남은 나머지 양도소득세 0000원의 부과처분을 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 7， 9호증， 을 1 내지 4， 8， 10， 14， 16호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함， 이하 같다)의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

(1) 이 사건 부동산의 양도가액과 1세대 1주택 비과세 대상 금액에 관하여

원고는 이 사건 부동산을 매도하면서， OO리 000 임야 및 그 지상 건물(이하 '이 사건 000 부동산'이라 한다)을 000원에 매도하였고，나머지 토지인 OO 리 0000 임야， OO리 000-2 임야， OO리 000-3 임야를 000원에 매도하였다. 한편， OO리 000 임야의 공시지가에 기한 기준시가는 000원(= 7，062㎡ x 000원)이고， 이 사건 건물에 대하여 국세청장이 고시한 기준시가는 주택 000원， 창고 000원인바，이 사건 000 부동산의 양도금액 000 원을 위 각 부동산별 기준시가에 기하여 안분하면， 건물의 양도가액 합계는 000원(= 주택 0000원 + 창고 0000원)이고， OO리 000 임야의 양 도가액은 0000원이다. 결국 이 사건 000 부동산 중 1세대 1주택 비과세 대상 금액은 각 건물의 기준 시가에 의한 안분액 0000원(= 무허가 주택 0000원 + 창고 00000원) 과 주택의 부수토지 3，380㎡의 양도가액 000원의 합계 인 0000원이다. 그런데 피고는 1세대 1주택 비과세 대상 금액을 정하면서 이 사건 000 부동산의 양도가액인 000원을 기준으로 안분계산하지 아니하고， 이 사건 부동산 전체의 양도금액인 000원을 기준으로 안분계산하여 1세대 1주택으로 비과세되는 금액을 0000원으로 정하였으므로， 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 이 사건 부동산의 취득가액에 관하여

원고는 이 사건 부동산에 대한 양도소득세 신고・납부 당시 OO리 000 임야 외 3필지 9，472㎡의 취득가액을 0000원으로 신고하였다. 한편 원고는 2003년경 조OO으로부터 이 사건 주택과 창고를 합의금 000원을 지급하고 인도받았다. 이 처럼 원고의 이 사건 부동산 취득금액은 0000원이다. 그런데 피고는 합리적 이유 없이 이 사건 부동산의 취득가액을 000으로 과소 산정하였으므로， 이 사건 처분은 위법하다.

(3) 이 사건 부동산의 필요경비 중 대지조성 공사대금에 관하여

원고는 이 사건 부동산의 대지조성 공사와 관련하여 FFF건설산업 주식회사(이 하 'FFF건설'이라 한다)와 도급계약을 체결하고 공사대금으로 000원을 지급하였다. 그런데 피고는 위 공사대금 중 000원만 필요경비로 인정하여 양도소득을 산정하였으므로， 이 사건 처분은 위법하다.

(4) 이 사건 부동산의 필요경비 중 등록세 및 취득세， 소송비용에 관하여

또한 피고는 원고가 이 사건 부동산 중 토지의 취득 당시 지출한 등록세와 취득세 0000원을 필요경비로 인정하지 아니하였다. 그리고 이 사건 부동산 중 건물에 관하여 조중관을 상대로 대전지방법원 천안지원 2002가단25460호로 건물철거 및 토지 인도 청구의 소를 제기하여 소송비용으로 000원을 지출하였는바， 이러한 소송비용 역시 필요경비로 인정되어야 함에도 피고는 이를 필요경비로 인정하지 아니하였다. 따라서 피고가 위 각 금액을 필요경비로 인정하지 아니한 채 양도소득을 산정하였으므로 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 부동산의 양도가액과 1세대 1주택 비과세 대상 금액에 관한 판단 갑 14， 18호증， 을 3호증의 각 기재에 의하면， 원고가 이 사건 부동산을 매도하면서 이 사건 000 부동산을 000원에 매도하는 내용의 매매계약서와 나머지 부동산을 000원에 매도하는 내용의 매매계약서를 별도로 작성한 사실， 원고가 2009. 5. 20. EE교회에게 아산시 배방읍 OO리 000-1 임야 585㎡， 같은 리 000-4 임야 284㎡， 같은 리 1038 임야 3，597㎡을 '수증인인 EE교회가 제반세금을 부담하고， 위 각 부동산에 설정된 근저당권의 피담보채무를 변제하는 조건으로' 증여하기도 한 사실， 원고가 2004. 8.경 둔포농업협동조합으로부터 대출을 받기 위해 이 사건 부동산 중 각 토지들이 분할되기 전의 아산시 0000 임야 13，938㎡에 대한 감정평가를 실시하였는데， 위 임야 중 건축허가를 득한 7，486㎡의 경우 ㎡당 000원으로 평가 된 반면， 건축허가가 제외된 임야 부분 6，292㎡는 ㎡당 0000원으로 평가된 사실이 각 인정된다. 그러나 앞서 든 각 증거와 을 3， 10， 11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정， 즉 이 사건 부동산 중 이 사건 000 부동산과 나머지 부동산에 관한 매매계약은 모두 2008. 9. 30.에 체결되었고， 거래가격계는 000원으로서， 계약금 000원， 중도금 000원， 잔금 000원이며， 특히 잔금지급일 및 부동산 명도일도 2008. 10. 2.로 동일한 점， 이 사건 부동산에 관한 토지거래계약허가증 허가사항란에는 이 사건 부동산 전체에 관한 매매에 의한 소유권이전이 대상권리로，000원이 예정금액으로 각 기재되어 있고， 이 사건 부동산의 등기부등본의 매매목록에도 이 사건 부동산 전체가 함께 기재 되어 있는 점， 이 사건 부동산의 전체 면적 중 이 사건 000 부동산의 면적은 75% 정도인 반면， 별도로 기재된 매매계약서의 내용에 따르면 이 사건 부동산의 전체가액 중 이 사건 000 부동산의 가액은 89%에 달하는 점， 한편 OO리 000 임야의 2008. 1. 1. 공시지가는 000원인데， 이는 OO리 0000-1 임야의 000원보다 낮은 점， 공수리 000 임야와 OO리 0000-1 임야 모두 그 현황이 대지인 점 등을 종합하여 보면，이 사건 부동산은 일괄하여 양도되었고， 다만 비과세대상 금액을 증가시키기 위하여 이 사건 000 부동산의 가액을 높게 책정한 별도의 계약서를 작성한 것으로 보인다. 따라서， 이 사건 부동산은 일괄하여 000원에 양도되었다고 봄이 상당 하므로， 이 사건 부동산의 양도가액 중 1세대 1주택 비과세 대상 금액을 산정하면서 위 000원을 전체 양도금액으로 보아 이 사건 부동산의 각 기준시가에 비례 하여 이 사건 부동산 중 건물과 토지의 양도가액을 안분계산한 이 사건 처분은 적법하고，이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

(2) 취득가액의 산정에 관한 판단

갑 5， 7호증， 을 1， 8， 16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면，원고는 이 사건 부동산에 대한 양도소득세 신고・납부 당시 이 사건 부동산의 취득가액을 000원{= (분할 전 산1-1 토지 13，488㎡의 매매가격 000원 x 9，342㎡ /13，488 ㎡) + 등록세 및 취득세 0000원)}으로 신고한 사실， 원고는 이 사건 부동산 중 건물에 관하여 조중관을 상대로 대전지방법원 천안지원 2002가단25460호로 건물철거 및 토지인도 청구의 소를 제기하여 소송이 계속 중이던 2003년경 조OO에게 합의금 000원을 지급하고 이 사건 주택 및 창고를 인도받은 사실， 한편 피고는 위 선고된 취득가액 중 1세대 1주택 부속토지로 비과세되는 부분에 해당하는 부분을 제외 한 나머지 토지의 취득가액 0000원에 대하여만 취득가액으로 인정하는 한편， 조 중관에게 지급한 합의금 000원을 양도가액에서 제외한 채 양도소득을 산정한 사실이 각 인정된다. 그런데 양도소득금액을 계산함에 있어 양도가액을 산정할 때에는 비과세 부분을 차감하는 반면， 취득가액을 산정할 때에는 비과세 부분을 차감하지 않은 실제 취득가액을 기준으로 할 경우 정당한 양도가액과 취득가액이 대응되지 않아 형평에 맞지 아니한다. 그러므로 양도소득금액을 산출함에 있어 양도가액에서 1세대 1주택 비과세에 해당하는 부분을 차감하였다면， 취득가액에서도 1세대 1주택 비과세에 해당하는 부분 을 차감하는 것이 타당하다. 따라서 피고가 원고의 취득가액 중 비과세 대상인 1세대 1주택 부속토지 부분에 대한 취득가액을 차감하고， 주택의 취득가액을 부인하여 양도소득을 산정한 이 사건 처분은 적법하고， 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(3) 필요경비 중 대지조성 공사비용에 관한 판단

먼저 원고가 이 사건 부동산에 관한 대지공사비 000원 전액을 FFF산업 개발에 지급하였다는 주장에 관하여 보건대， 이에 부합하는 듯한 갑 1， 3， 4， 16호증의 각 기재는 이를 그대로 믿기 어렵고， 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로， 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 이유 없다.

(4) 필요경비 중 등록세와 취득세에 관한 판단

갑 7호증， 을 1， 8， 16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면， 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 취득가액으로 산정한 0000원은 이 사건 양도소득세 과세대상에 해당하는 취득가액 000원(= 취득가액 000원 - 비과세 대상 부분에 해당하는 취득가액 0000원)과 등록세 및 취득세 0000원(= 총 취득가액에 대한 등록세 및 취득세 0000원 - 비과세 대상 부분의 취득가액에 대한 등록세 및 취득세 0000원)을 합한 금액인 사실이 인정되는바， 위 인정사실에 의하면 이 사건 부동산을 취득하면서 납부한 등록세 및 취득세 0000원 중 1세대 1주택 비과세 대상에 해당하는 부분을 제외한 나머지 부분의 등록세 및 취득세 0000만을 필요경비로 차감하여 양도소득을 산정한 이 사건 처분은 적법하고， 이와 다른 전제에선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(5) 필요경비 중 소송비용에 관한 판단

앞서 본 바와 같이 양도소득금액을 산출함에 있어 양도가액에서 1세대 1주택 비 과세에 해당하는 부분을 차감하였다면， 1세대 l주택 비과세에 해당하는 부분에 관한 필요경비 역시 이를 필요경비에서 제외함이 상당하다. 그런데 원고가 조중관을 상대로 대전지방법원 천안지원 2002가단25460호로 제 기한 건물철거 및 토지인도 청구의 소는사건 부동산 중 1세대 1주택으로 비과세 대상인 이 사건 건물 및 그 부수토지에 대한 것인바， 그 소송비용은 이 사건 부동산의 양도소득을 산정함에 있어 필요경비로 인정될 수 없다. 따라서 양도소득을 산정함에 있어 위 소송비용을 필요경비로 인정하지 아니한 이 사건 처분은 적법하고，이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면， 원고의 청구는 이유 없어 기각할 것인바， 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하고，원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여， 주문과 같이 판결 한다.