부가가치세법 제19조

2. 원고의 피고 경주세무서장에 대한 청구 및 나머지 피고들에 대한 각 나머지 청구는 모두 기각한다.

3. 소송비용 중 원고와 피고 경주세무서장 사이에 생긴 부분은 원고가 부담하고， 원고와 나머지 피고들 사이에 생긴 부분 중 2/3는 원고가， 나머지는 위 피고들이 각 부담한다.

가. 원고는 2002. 9. 1. 가축용 배합사료의 제조 ㆍ 판매를 목적으로 설립된 법인인데， 2003년 2기분 내지 2005년 1기분 각 부가가치세 과세기간 동안 DD상사(대표자 정EE， 사업자등록번호 00， 이하 '제1 업체'라 한다) 명의로 된 공급가액 합계 000원의 매입세금계산서(이하 '이 사건 제1세금계산서'라 한다)를，2005년 1기분 내지 2008년 2기분 각 부가가치세 과세기간 동안 DD상사(대표자 임GG， 사업자 등록번호 000， 이하 '제2 업체'라 한다) 명의로 된 공급가액 합계 000원의 매입세금계산서(이하 '이 사건 제2 세금계산서'라 한다)를，2006년 2기분 내지 2008년 2기분 각 부가가치세 과세기간 동안 대신실업(대표자 류HH， 사업자등록번호 000，이하 '제3업체'라 한다) 명의로 된 공급가액 합계 000원 의 매입세금계산서(이하 '이 사건 제3 세금계산서'라 하고， 이 사건 제1 내지 제3 각 세금 계산서를 통틀어 '이 사건 각 세금계산서'라 하며， 이 사건 각 세금계산서에 기재된 거래를 통틀어 '이 사건 각 거래'라 한다)를 각 교부받아，그에 따른 공급가액을 매입세액으로 공제하고 같은 금액을 손금산입하여 각 해당 과세기간 부가가치세 및 법인세를 각 신 고 ㆍ 납부하였다.

나. 서울지방국세청장은 2010. 8. 2.부터 2010. 9. 27.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하였고， 위 세무조사결과 2002. 9. 1.부터 2006. 12. 29.까지 원고의 대표이사로 재직한 남II가 2003. 6.경 원고의 납품업체인 주식회사 JJ(이하 'JJ'라 한다)의 대표이사 왕KK과 공모하여 이 사건 각 거래에 따른 재화의 실제 공급자는 JJ임에도 이 사건 각 세금계산서는 제1 내지 제3 각 업체 명의로 교부받은 것으로 판단한 다음，위 각 세금계산서를 구 부가가치세법(2008. 12. 26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것， 이하 '부가가치세법'이라 한다) 제17조 제1항 제1호의2에서 정한 '사실과 다른 세금계산서'로 보아， 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제76조의 규정을 적용하여 증빙불비가산세를 부과하는 한편，위 각 세금계산서에 따른 매입세액을 불공제하여 각 부가가치세를 부과하는 내용의 제세결정사항을 피고들에게 통보하였다.

다. 이에 따라 피고 강동세무서장은 별지 제1 부과처분 내역 목록 기재 같이 원고에 대하여 각 법인세(이하 '이 사건 각 법인세'라 한다)의 부과처분을， 나머지 피고들은 별지 제2 내지 제9 각 부과처분 내역 목록 기재 같이 원고에 대하여 각 부가가치세(이하 '이 사건 각 부가가치세'라 한다)의 부과처분을 각 하였다(이하 이를 통툴어 '이 사건 각 부과 처분'이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2011. 2. 25. 조세심판원에 심판청구를 하였으나，조세심판 원은 2011. 6. 16. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제l호증 1 내지 6， 갑 제2 내지 제4호증의 각 1 내지 11， 갑 제5호증， 갑 제6 내지 제9호증의 각 1 내지 11， 갑 제10호증， 을 제l호증의 1 내지 6， 을 제2 내지 제4호증의 각 1 내지 11， 을 제5호증， 을 제6 내지 제9호증의 각 1 내지 11， 을 제15 내지 제17호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 각 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서가 아니라는 주장

원고는 제1 내지 제3 각 업체와 사료첨가제 구매계약을 체결하고 위 각 업체로부터 사료첨가제를 공급받았으므로， 위 각 업체 명의로 발행된 이 사건 각 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니다.

2) 원고(또는 원고의 각 사업장)가 선의 ㆍ 무과실의 거래당사자라는 주장

가) 가사 이 사건 각 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라고 하더라도， 위 각 세금계산서의 수령 주체가 원고가 아닌 원고의 각 사업장(공장)인 점， 원고의 각 사업장은 계약서에 기재된 제1 내지 제3 각 업체에 사료첨가제 등을 발주하였고， 그 대금 또 한 계약서에 기재된 입금처 계좌로 송금한 점 등에 비추어 볼 때， 원고의 각 사업장은 이 사건 각 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 점을 알지 못하였고， 알지 못한 데에 과실이 없는 선의의 거래당사자에 해당하므로， 위 각 세금계산서에 따른 매입세액은 공제됨이 마땅하다.

나) 남II는 2002. 9. 1.부터 2006. 12. 29.까지 원고의 대표이사로 재직하였는바， 2006. 12. 29. 이후 원고로서는 이 사건 각 거래가 정상적인 거래가 아니라는 점을 의심할 만한 사정이 전혀 존재하지 않았으므로，원고는 선의 ㆍ 무과실의 거래당사자이다.

3) 국세부과의 제척기간이 도과하였다는 주장

이 사건 각 거래는 가공거래가 아닌 위장거래로 그에 따른 물품대금이 실제 지급되었는바， 이 사건 각 세금계산서를 교부받음으로써 원고가 추가로 공제받은 세액이 없을 뿐만 아니라， 원고에게 조세포탈의 의도가 있었다고 볼 수 없으므로， 이 사건 각 법인세 및 이 사건 각 부가가치세 부과의 제척기간은 모두 5년이다. 따라서 이 사건 각 부과처분 중 별지 제1 부과처분 내역 목록 순번 1， 2의 각 부과처분과 별지 제 2， 3， 4， 6， 7， 8， 9 각 부과처분 내역 목록 각 순번 1 내지 4의 각 부과처분은 모두 제척기간이 경과된 후 부과된 것으로 위법하다.

나. 관계 법령

별지 제10 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 각 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서가 아니라는 주장에 관하여

가) 부가가치세법 제17조 제2항 제l호의2는 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다른 II의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바， 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득 ㆍ 수익 ㆍ 계산 ㆍ 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의 무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것， 이하 '국세기본법'이라 한다) 제14조 제1항의 취지에 비추어， 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 II를 가리킨다고 할 것이고(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 참조)，부가가치세법에 의하여 공급하는 사업자로부터 세금계산서를 교부받고， 공급받는 사업자에게 세금계산서를 교부하며， 나아가 부가가치 세를 납부하여야 하는 자는，공급하는 사업자 또는 공급받는 사업자와 명목상의 법률관 계를 형성하고 있는 자가 아니라，공급하는 사업자로부터 실제로 재화 또는 용역을 공급 받거나， 공급받는 자에게 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 거래행위를 한 자라고 보아야 한다(대 법 원 2003. 1. 10. 선고 2002도4520 판결 참조).

나) 살피건대， 앞서 인정된 사실과 을 제11호증， 을 제12호증의 1 내지 4， 을 제13호증의 1 내지 3， 을 제17， 18호증의 각 기재 및 영상과 증인 왕KK의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면， 이 사건 각 거래에 따라 원고에게 재화를 실제 공급한 자는 제1 내지 제3 각 업체가 아닌 JJ 라고 봄이 상당하므로， 이 사건 각 세금계산서는 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2에 서 말하는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(1) 제1 업체는 JJ의 대표이사인 왕KK이 2003. 6.경 남II로부터 회사를 새로 하나 만들어 제품 납품이나 운영， 세무관계는 네가 다 알아서 하고， 이익금만 모두 나에게 달라 는 부탁을 받아， 2003. 6. 2. JJ 상무인 정진석의 부 친인 정EE(1936. 4. 15. 생)의 명의를 빌려 설립한 업체이고， 제2 업체는 정EE의 개인적 사정으로 더는 그 명의를 빌릴 수 없게 되자 제1 업체를 폐업하고 임GG의 명의를 빌려 같은 상호로 설립한 업체에 불과하며， 제3 업체는 왕KK이 2006. 5.경 남II 로부터 월 000원 내지 월 000원 정도 이익이 나올 사업자를 하나 더 만들 어 이익금을 함LL의 차명계좌로 입금해라 는 부탁을 받아 2006. 5. 18. JJ 직 원인 류HH의 명의를 빌려 설립한 업체이다.

(2) 제1， 2 각 업체의 사업장 소재지로 등록된 장소인 '서울 영등포구 OO동 000'은 JJ의 세무대리인인 오OO 세무사 사무실로 위 각 업체의 실질적 사업장은 따로 존재하지 않았고， 제3 업체의 사업장 소재지로 등록된 '충북 진천군 OOOO면 OOO리 000'에도 제3 업체의 실질적 사업장은 없었다.

(3) 제1 내지 제3 각 업체의 각 사업자등록신청， 임대차계약서작성， 통장 개설 등의 업무는 정EE， 임GG， 류HH이 아닌 JJ 상무인 정진석이 모두 처리 하였다.

(4) 이 사건 각 거래에 따른 재화는 JJ가 수입업자로부터 원재료를 납품받아 JJ의 음성공장에서 이를 임가공(배합)한 다음， 화물차 등을 통해 원고의 각 공장으로 직접 납품한 것이다.

(5) 이 사건 각 거래에 따른 물품대금이 입금된 제1 내지 제3 각 업체 명의의 통장 또한 왕KK의 지시에 따라 JJ의 경리직원이 관리하고 있었다.

(6) 이 사건 각 세금계산서의 교부， 이 사건 각 거래에 따른 각종 공과금 의 납부 등의 업무 또한 JJ의 직원이 처리하였다.

(7) 남II가 왕KK과 공모하여 원고에게 재산상 손해를 가하였다는 등 의 범죄사실로 서울중앙지방법원 2008고합766， 1075(병합)호 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(배임)죄 등으로 기소된 형사사건에서 1심 법원은 남II가 자신이 사료첨가제 납품으로 발생하는 이익금을 얻기 위한 의도로， 왕KK에게 이익이 발생할 수 있도록 사료첨가제를 제조하고 실제로는 존재하지 않는 가공의 업체인 DD상사 및 OO실업 명의로 원고에게 신규 사료첨가제를 납품하라고 지시하는 한편， 원고 직원들 에게는 위 업체들로부터 신규 사료첨가제를 납품받으라고 지시하였다고 사실판단을 한 바 있다.

2) 원고(또는 원고의 각 사업장)가 선의 • 무과실의 거래당사자라는 주장에 관하여

가) 원고의 첫 번째 주장에 관하여

각 기업을 단위로 하여 이해관계자들이 나누어 가지는 부가가치를 과세 하는 세금인 부가가치세는 납세의무의 단위가 생산요소의 결합 단위라는 측면이 있어 장소적 단위로 결정되는 '사업장' 개념을 도입하고 있기는 하나， 부가가치세법이 장소 적 단위로서의 사업장을 납세의무자로 삼지 아니하고 인적 개념인 사업자(법인 또는 자연인)를 납세의무자의 단위로 삼고 있는 이상， 선의 ㆍ 무과실의 거래당사자인지 여부 또한 사업장이 아닌 사업자를 기준으로 판단함이 상당하므로，이와 다른 전제에서선 원고의 위 주장은 이유 없다[가사 선의 ㆍ 무과실의 거래당사자인지 여부를 각 사업장 단위로 판단해야 한다고 하더라도， 실제 공급자와 명의상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고，알지 못하였음에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없고，공급 받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 입증하여야 하는데(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277판결 등 참조)， 원고가 제출한 각 증거만으로는 원고의 각 사업장이 위 각 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고 아울러 알지 못한 데에 과실이 없다고 단정하기 부족하고，달리 이를 인정할 증거가 없으므로， 원고의 위 주장은 이 점에서 또한 이유 없다].

나) 원고의 두 번째 주장에 관하여

살피건대， 앞서 인정된 사실과 갑 제13호증의 1 내지 3，을 제13호증의 1의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 사정들에 비추어 보면，원고가 제출한 각 증거만으로 원고가 2006. 12. 29. 이후 이 사건 각 세금계산서에 기재된 공급자와 실제 공급자가 다르다는 사실을 알지 못하였고， 아울러 알지 못한 데에 과실이 없었다는 점을 인정하기에 부족하고， 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

(1) 남II는 2003. 6.경 원고의 품질관리부장 전OO에게 'DD상사(대표자 정EE) 명의로 신규 납품 신청이 들어오면 긍정적으로 검토하여 납품할 수 있도록 하라'고， 2004년경 원고의 품질관리부장 임MM에게 제2 업체로부터 사료첨가제 납품을 받으라고， 2006. 5.경 임MM에게 제3 업체로부터 사료첨가제를 납품받으라고 각 지시하였다.

(2) 왕KK은 2006. 5.경 제3 업체 명의로 원고와 글로빈점프스타트를 공급하는 수의계약을 체결하면서， 원고의 직원(차장) 백승훈에게 위 납품은 원고의 대표 이사 남II가 부탁한 건이라고 말한 바 있다.

(3) 원고는 2003. 3.경 원재료 구매방식을 공장(사업장) 개별구매 방식에서 본사 공동구매 방식으로 변경하였고， 제1 업체 명의로 공급되는 재화(OO) 의 구매 여부를 결정하기 위해 2003. 9. 29. 품질관리부장 전진석이 간사로 참여한 품질혁신위원회를， 제2 업체 명의로 공급되는 재화(바이오파우더)의 구매 여부를 결정하기 위해 2004. 3. 25. 품질관리부장 임MM이 부위원장으로 참여한 품질혁신위윈회를，제3 업체 명의로 공급되는 재화(글로빈점프스타트)의 구매 여부를 결정하기 위해 2006. 6. 7. 임MM이 부위원장으로 참여한 품질혁신위원회를 각 개최하였다.

(4) 원고의 직원이 이 사건 각 거래를 위해 직접적으로 접촉한 상대방은 JJ 소속 직원이었고， 원고가 평소 JJ와 거래관계를 유지한 점을 고려하면 원고의 직원은 이 사건 각 거래의 업무를 수행하는 자가 JJ 소속이라는 것을 알았거나 알 수 있었던 것으로 보인다.

(5) 남II는 2007. 3. 2.부터 2008. 7. 7.까지 원고에 대한 지휘감독권을 행사할 수 있는 농협중앙회 축산경제 대표이사로 재직하였다.

3) 국세부과의 제척기간이 도과하였다는 주장에 관하여

가) 부가가치세 부분

국세기본법 제26조의2 제1항， 구 국세기본법 시행령(2009. 2. 6. 대통령 령 제20654호로 개정되기 전의 것， 이하 '국세기본법 시행령'이라 한다) 제12조의3 제1 항 제1호， 부가가치세법 제19조 제1항에 의하면， 부가가치세 부과의 제척기간은 원칙 적으로 5년이고， 다만 납세자가 사기 기타 부정한 행위로 이를 포탈하거나 환급 ㆍ 공제 받은 등의 II에는 10년이 되는데， 이때 납세자가 사기 기타 부정한 행위로 국세를 포탈하는 등의 행위를 함으로써 제척기간이 10년이 된다는 점은 납세자의 제척기간 완 성의 항변에 대한 재항변에 해당하므로， 그 증명책임은 과세관청이 부담한다. 한편 국 세기본볍 제26조의2 제1항 제1호에서 말하는 '사기 기타 부정한 행위'는 조세법처벌법 제9조의 '사기 기타 부정한 행위'와 동일한 의미로서 조세의 부과징수를 불가능하게 하 거나 또는 현저하게 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적 행위를 말한다(대법원 2000. 2. 8. 선고 99도5191판결 등 참조). 따라서 납세자가 사기 기타 부정한 행위를 한 것으로 인정되려면 조세포탈의 의도를 가지고 위계 기타 부정한 적극적 행위를 함으로써 과세관청의 과세요건 사실의 발견을 불가능하게 하거나 과세관청으로 하여금 착오 등을 유발하게 하는 것이어야 하고， 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 사 실과 다른 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 아니한다. 살피건대， 앞서 인정된 사실과 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래의 사정들에 비추어 보면， 위장거래에 따라 교부된 이 사건 각 세금계산서가 과세관청에 제출되었다는 사정만으로 원고가 조세포탈의 의도를 가지고 위계 기타 부정한 적극적 행위를 함으로써 과세관청의 과세요건 사실의 발견을 불가능하게 하거나 과세 관청으로 하여금 착오 등을 유발하게 하였다고 단정할 수 없고， 달리 이를 인정할 증거가 없으므로，이 사건 각 부가가치세 부과의 제척기간은 5년이다.

(1) 제1 내지 제3 각 업체 명의로 재화가 공급된 것은 이른바 '가공거래' 가 아닌 '위장거래'에 해당하는데， 이러한 위장거래에 있어서는 가공거래와는 달리 실 질적인 재화의 공급이 있어 가공경비를 계상하는 등의 방법으로 포탈 ㆍ 공제될 수 있는 부가가치세가 존재하지 않는다.

(2) 이 사건 각 세금계산서는 남II의 지시에 의해 비자금 등을 조성하 는 과정에서 교부 ㆍ 수수되어 그 결과 과세관청에 제출된 것에 불과하고， 조세를 포탈 할 의도로 작성되거나 제출된 것으로 보기 어렵다.

(3) 위 각 세금계산서가 과세관청에 제출됨으로써 과세관청에 의한 부과 징수가 불가능하게 되거나 현저하게 곤란하게 된 조세가 있다고 볼 수 없다.

나) 법인세 부분

국세기본법 제26조의2 제1항은 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급， 공제받는 II에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년 간(제1호)，납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 않는 II에는 당 해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간(제2호)， 제1호 및 제2호에 해당하지 않는 II 에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간(제3호)으로 국세부과의 제척기간을 정하고 있다. 결국 증빙불비가산세인 이 사건 각 법인세 부과의 제척기간이 10년이 되기 위해서는 원고가 사기 기타 부정한 행위로 당해 국세인 증빙불비가산세 자체를 포탈하거나 환급 ㆍ 공제받거나， 또는 최소한 증빙불비가산세의 본세 자체를 포탈하거나 환급 ㆍ 공제받은 II에 해당해야 하는데， 앞서 본 바와 같이 이 사건 각 거래에 따른 실질 적인 재화의 공급이 이루어져 이 사건 각 세금계산서의 공급가액에 상당하는 경비가 지출된 이상， 원고가 본세 자체를 포탈하였다고 볼 수 없고， 더 나아가 위 각 세금계산서를 교부받음으로써 당해 국세인 증빙불비가산세를 포탈한 것도 아니므로， 이 사건 각 법인세 부과의 제척기간은 10년이 아니라 5년이다.

다)소결론

따라서 이 사건 각 법인세 및 이 사건 각 부가가치세에 대하여는 국세기 본법 제26조의2 제1항 제3호에서 정한 5년의 제척기간이 적용되는데， 주문 제1항 기재 각 처분은 원고에 대하여 2003 사업연도 법인세를 부과할 수 있는 날인 2004. 4. 1.(2003 사업연도 법인세 신고기한인 2004. 3. 31.의 다음날)， 2004 사업연도 법인세를 부과할 수 있는 날인 2005. 4. 1.(2004 사업연도 법인세 신고기한인 2005. 3. 31.의 다 음날)， 별지 제2， 3， 4， 6， 7， 8， 9 각 부과처분 내역 목록 각 순번 1 부가가치세를 부과 할 수 있는 날인 2004. 1. 26.(2003년 2기 부가가치세 신고기한인 2004. 1. 25.의 다음날)， 같은 목록 각 순번 2 부가가치세를 부과할 수 있는 날인 2004. 7. 26.(2004년 1기 부가가치세 신고기한인 2004. 7. 25.의 다음날)， 같은 목록 각 순번 3 부가가치세를 부과할 수 있는 날인 2005. 1. 26.(2004년 2기 부가가치세 신고기한인 2005. 1. 25.의 다음날)， 같은 목록 각 순번 4 부가가치세를 부과할 수 있는 날인 2005. 7. 26.(2005년 1 기 부가가치세 신고기한인 2005. 7. 25.의 다음날)로부터 각 5년이 경과하였음이 역수상 명백한 2010. 12.경 이루어진 것이어서 각 무효이므로， 위 각 처분의 무효를 선언하는 의미로 그 취소를 구하는 원고의 위 주장은 이유 있다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고， 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.