2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 2004 사업연도 법인세 36,779,521원의 부과처분 중 5,036,590원을 초과하는 부분,

2. 2005 사업연도 법인세 10,749,137원의 부과처분,

3. 2004년 귀속 127,774,395원의 소득금액변동통지처분 중 65,970,090원 부분,

4. 2005년 귀속 181,498,300원의 소득금액변동통지처분을 각 취소한다.

가. 원고는 2001. 1. 1. 개업하여 목재포장업을 영위하는 법인이다.

나. 원고는 2004년 제1기부터 2005년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 중 개인사업자 △△운수(대표자 염AA)로부터 실물거래 없이 공급가액 합계 411,318,000원의 허 위 매입세금계산서 146매(이하 '이 사건 세금계산서'라고 한다)를 교부받아 부가가치세 및 법인세를 신고하였다.

다. 중부지방국세청장은 △△운수에 대한 세무조사를 실시하여 원고가 △△운수로부터 2004년 제1기부터 2005년 제2기까지 실물거래 없이 이 사건 세금계산서를 수취한 사실을 확인하고 이를 피고에게 통보하였다.

라. 이에 피고는 원고에 대한 세무조사를 실시하여 원고가 실물거래 없이 세금계산서 만 수수한 공급가액 405,769,000원(= 2004년 제1기 39,800,000원 + 2004년 제2기 129,376,000원 + 2005년 제1기 97,680,000원 + 2005년 제2기 138,913,000원) 중 수정신고 한 114,557,000원(= 2005년 제1기 55,040,000원 + 2005년 제2기 59,517,000원)을 제외한 공급가액 291,212,000원(= 2004년 제1기 39,800,000원 + 2004년 제2기 129,376,000원 + 2005년 제1기 42,640,000원 + 2005년 제2기 79,396,000원)의 매입세액을 불공제하여 2008. 4. 4. 원고에 대하여 법인세 52,009,540원(= 2004 사업연도 38,882,600원 + 2005 사업연도 13,126,940원)을 부과하고, 아래 표와 같이 원고의 과다 매입신고액 중 부외인건비 125,935,020원(= 2004년 53,178,890원 + 2005년 72,756,130 원)을 제외한 320,410,880원(= 2004년 132,914,710원, 2005년 187,496,170원)을 대표자 상여처분 하여 소득금액변동통지를 하였다(이하 위 법인세 부과처분과 소득금액변동통지처분을 통칭하여 '당초처분'이라고 한다).

마. 원고는 이에 대하여 조세심판원에 심판을 청구하였고, 조세심판원은 2004년 근로자 원천징수 보험료 5,140,315원, 2005년 근로자 원천징수 보험료 5,997,870원을 추 가로 인정하였다.

바. 피고는 위 조세심판원의 결정에 따라 2010. 5. 18. 2004 사업연도 법인세 중 2,103,083원, 2005 사업연도 법인세 중 2,377,811원을 감액경정하고 2010. 12. 16. 2004 사업연도 소득금액변동통지 중 5,140,315원, 2005 사업연도 소득금액변동통지 중 5,997,870원을 감액하여 당초처분은 청구취지 기재의 부분만이 남게 되었다(이하 당초 처분 중 위와 같이 감액된 이후 남게 된 부분을 '이 사건 처분'이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 13, 14호증, 을 1 내지 10호증(각 가지번호 포함) 의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 법인세 관련 주장

(가) 부외인건비

아래와 같이 2004년과 2005년의 부외인건비가 추가로 지출되었으므로 이 부분은 손금산입 되어야 한다.

① 2004년 부외인건비 합계 55,970,090원 = 정규직 부외인건비 27,884,090원 + 비정규직 부외인건비 28,086,000원

② 2005년 부외인건비 합계 34,587,200원 = 정규직 부외인건비 33,662,200원 + 비정규직 부외인건비 925,000원

(나) 운송비

이 사건 세금계산서 수취와 관련하여 2004년 운송비 10,000,000원과 2005년 운송비 33,617,000원이 실지로 지출되었으므로 이 부분은 손금산입 되어야 한다.

(2) 소득금액변동통지 관련

(가) 실지로 지출된 2004년 65,970,090원(= 부외인건비 55,970,000원 + 운송비 10,000,000원), 2005년 68,204,200원(= 부외인건비 34,587,200원 + 운송비 33,617,000원)의 부외인건비와 운송비의 합계액을 대표이사 상여처분 하여서는 아니 된다.

(나) 원고는 2005 사업연도 결산 당시 △△운수로부터 교부받은 세금계산서 중 지출 근거가 없는 114,560,000원 상당액에 대한 회계처리를 위하여 '선급비용 114,560,000 원'을 가공자산으로 기장하였다가 2006. 8. 31. 원고 대표이사 임BB으로부터 114,560,000원을 입금 받은 다음 2006. 9. 7. 대차대조표의 차변에 '현금예금 114,560,000원', 대변에 '선급비용 114,560,000원'을 각 기재하여 위와 같이 수정신고를 하였다. 위와 같이 '선급비용'을 '현금예금'으로 변경한 것은 동일한 자산항목 내에서의 계정과목 변경에 불과할 뿐 과세표준 산정에 영향을 마치지 않으므로, 이는 사외유출이 아니라 사내유보에 해당한다. 설령 사외유출에 해당한다고 하더라도 원고는 위 수정신고 당시 세무조사의 통지를 받거나 세무조사가 착수된 것을 알지 못하였으므로 사내유보로 소득처분 하여야 한다. 따라서 위 금액 상당을 대표이사 상여처분 하여서는 아니 된다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다

다. 판단

(1) 법인세 관련 주장에 대하여

(가) 부외인건비 부분

살피건대 원고의 주장에 부합하는 갑 4, 5, 8, 15호증의 각 기재와 증인 한CC, 이DD의 각 증언은 ① 원고가 한CC, 이DD 등의 근로자들에게 다액의 임금을 현금으로 지급하였다고 주장하나 그 지급을 뒷받침할 만한 금융자료나 장부 등의 신뢰할 수 있는 증거가 없는 점,② 원고가 굳이 정규직 근로자들에게 다액의 임금을 현금으로 지급할 필요성이 있었다고 보기는 어려운 점,③ 이DD의 경우 2004 사업연도에는 스스로 '서해포장'이라는 상호로 사업자등록을 하여 사업을 하였는데 2004 사업연도에 원고의 비정규직 직원으로 근무하면서 20,065,000원의 임금을 지급받았다고 보기는 어려운 점,④ 한CC, 이DD은 원고 대표이사와의 친분관계로 인하여 원고의 주장에 부합하는 진술을 할 가능성도 배제할 수 없는 점,⑤ 원고가 그 주장과 같이 다액의 부외인건비를 지출하였다면 굳이 이 사건 세금계산서와 같이 다액의 허위 매입세금계산서를 교부받지는 않았을 것인 점,⑥ 작업일지 등의 서류는 원고 측에서 임의로 작성하였을 가능성도 배제할 수 없는 점 등에 비추어 이를 그대로 믿기 어렵고, 갑 3, 6, 9, 10호증의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(나) 운송비 부분

법인세법 제19조 제1, 2항에 의하면, 손금이란 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처 분 및 법인세법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액이고, 손비란 법인세법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것을 말한다.

그리고 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 소송에서 처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관한 입증책임은 과세관청에 있으므로 법인세의 과세표준인 소득 액 확정의 기초가 되는 손금에 산입할 비용액에 대한 입증책임도 원칙적으로 과세관청 에 있다고 할 것이지만, 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액이 허위임이 밝혀졌거나 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되었거나 납세의무자 스스로 신고금액이 허 위임을 시인하면서 같은 금액만큼의 다른 비용이 소요되었다고 주장하는 경우에는, 그 다른 비용의 존재와 액수에 대하여는 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세 의무자가 이를 입증할 필요가 있다고 보아야 한다(대법원 1994. 10. 28. 선고 94누5816 판결, 대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조).

살피건대 갑 2호증의 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 2005. 1. 12.부터 2006. 1. 24.까지 염AA에게 43,617,000원을 송금한 사실을 인정할 수 있다. 그러나 위 금원이 운송비로 지급된 것이라는 주장에 부합하는 갑 11호증의 1의 기재는 이 사건 세금계산서를 발행한 염AA의 진술인 점에 비추어 이를 믿을 수 없고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(2) 소득금액변동통지 관련 주장에 대하여

(가) 부외인건비와 운송비 관련 손금산입 주장은 앞서 본 바와 같이 이유 없으므로 위 금액에 대하여 대표자 상여처분 하여서는 아니 된다는 주장 역시 이유 없다.

(나) 구 법인세법(2007. 12. 31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제67조는 "법인세법 제60조에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제

66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여 ・ 배당 ・ 기타 사외유출 ・ 사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다 라고 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제1호는 "익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 한다. 다만 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다 라고 규정하고 있다. 그리고 법인세법 기본통칙 67-106・・・12는 "법인이 가공자산을 장부에 계상하고 있는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 이를 자산으로 보지 아니하고 가공자산으로 장부에 계상되었을 때 가공자산에 대응되는 금액이 사외로 유출된 것으로 보아 상여처분 등 소득처분을 함과 동시에 동 금액을 손금에 산입하여 사내유보로 처분하며 가공채권을 손비(수익을 획득하기 위하여 소요된 모든 비용과 기타 당해 법인에게 귀속되는 일체의 경제적 손실)로 계상하는 때에는 익금에 산입하여 사내유보로 처분한다 라고 규정하고 있다.

을 7, 11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2005 사업연도 당 시 대차대조표의 차변에 '선급비용 114,560,000원', 대변에 '운반비 114,560,000원'으로 기재하여 회계처리를 하였던 사실, 원고는 2006. 8. 31. 대표이사인 임BB으로부터 114,560,000원을 입금 받았던 사실, 원고는 그 이후 2006. 9. 5.부터 2006. 9. 7. 사이에 대차대조표의 차변에 '현금 114,560,000원', 대변에 '선급비용 114,560,000원'을 기재하여 수정신고를 하였던 사실을 각 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면, 원고는 2005 사업연도 당시 실제로 운송업자에게 선급비용을 지급하지 않고 허위 매입세금계산서의 액수와 같은 금액의 현금 114,560,000원을 사외로 유출하면서 그 근거를 남기기 위하여 허위로 가공자산으로서 '선급비용 114,560,000원'을 장부에 계상하였다고 봄이 상당 하다. 따라서 위 114,560,000원은 가공자산으로서 사외유출 되어 그 귀속이 불분명하게 되었다고 할 것이다.

그리고 을 12, 13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 중부지방국세청에 서 2006. 7. 11.경 원고를 비롯한 △△운수의 거래처를 상대로 거래사실내역에 대한 조회를 실시하였던 사실을 인정할 수 있으므로, 원고는 위 수정신고 당시 세무조사가 진행 중인 사실을 알고 있었다고 할 것이다. 따라서 원고의 위 수정신고는 구 법인세법 시행령 제106조 제4항 단서의 '세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입한 경우'에 해당한다.

따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문

참조판례