2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 XX 유한회사(이하 'XX'라고만 한다)에서 근무하면서 2003 년부터 2007년까지의 기간 사이에 원고에게 발생한 갑종근로소득과 을종근로소득에 관하여 연말정산에 의한 소득세를 납부하였다.

나. 한편 원고는 위 기간 사이에 XX 유한회사의 모회사인 OO로부터 받은 주식매수선택권을 행사하였는데, 위 주식매수선택권 행사에 따른 소득에 관하여는 이를 을종근로소득의 연말정산에 포함하지 않았고, 이에 관하여 별도로 과세표준확정신고를 하지도 않았다.

다. 피고는 2010. 7. 6. 원고에게, 원고가 위와 같이 주식매수선택권 행사이익(을종근로소득)을 신고하지 않았다는 이유로 2003년부터 2007년까지 사이에 발생한 각 주식 매수선택권 행사이익에 관하여 각 해당 연도 귀속 종합소득세 합계 159,086,190원을 경정・고지하였다.

라. 원고는 위 처분에 불복하여 2010. 9. 30. 국세청에 심사청구를 제기하였고, 2011. 4. 22. 기각결정을 받아 이 사건 소를 제기하였다(위 처분 중 주문 제1항 기재의 2003년 귀속 및 2004년 귀속 종합소득세부과처분을 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 제2호증의 1, 2, 을 제1호증의 1, 2, 제2호증의 1 내지 3, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 근로소득만 있는 자로 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 자에 해당하므로, 원고에게는 과세표준확정신고를 할 의무가 없다. 따라서 원고가 위 주식매수선택권 행사이익에 관한 소득 신고를 누락하였다 하더라도 이는 소득의 과소신고에 불과하고 따라서 위 행사이익에 관한 소득세의 부과에는 5년의 제척기간이 적용되어야 할 것이므로, 이 사건 처분은 부과제척기간이 도과한 과세처분으로 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 국세기본법 제26조의2는 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 부과제척기간을 당해 국세를 부과할 수 있는 날로부터 7년간으로, 그렇지 않은 경우에는 부과제척기간을 5년간으로 정하고 있고, 소득세법(2007. 12. 31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제73조 제1항, 제2항은 근로소득이 있는 자 또는 2인 이상으로부터 받는 근로소득이 있는 자는 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 경우에 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있다고 규정하고 있다.

2) 원고가 2003년과 2004년의 을종근로소득2)에 관한 연말정산을 하면서 위와 같이 모회사인 OO로부터 받은 주식매수선택권의 행사이익을 누락한 사실은 앞서 본 것과 같다. 그러나 갑 제1호증, 제2호증의 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 2003년과 2004년의 연말정산을 하면서 위 기간 사이에 발생한 을종근로소득 (위 주식매수선택권의 행사이익을 제외하고 2003년 발생한 약 19,126,000원, 2004년 발생한 5,134,000원)에 관한 소득세를 글로벌을근납세조합을 통하여 원천징수납부한 후 이를 연말정산의 내용에 포함하여 정산・납부한 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 원고는 소득세법 제73조 제2항이 정한 2인 이상으로부터 받는 근로소득이 있는 자로 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 자에 해당한다 할 것이므로(원고가 을종근로소득에 관하여 연말정산을 통한 소득세를 납부함에 있어 주식 매수선택권 행사이익을 누락하였으나, 그러한 사정만으로 원고가 근로소득이 있는 자로서 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 자에 해당하지 않는다고 할 수는 없다), 원고에게 과세표준확정신고를 할 의무가 있다고 할 수는 없고, 따라서 원고의 위 주식매수 선택권 행사이익에 따른 소득에 관한 소득세부과의 제척기간은 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에 따라 5년이 된다고 보아야 한다. 그렇다면 2010. 7. 6. 부과된 원고의 2003년 내지 2004년 귀속 소득에 관한 소득세 부과처분은 그 제척기간이 도과되었다 할 것이므로, 결국 이 사건 처분은 위법하다.

3) 피고는 소득세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것) 제137조 제2항은 소득세법 제73조 제2항에서 규정하는 '연말정산에 의하여 소득세를 납부한 자'를 연말정산에 의하여 소득세를 납부함으로써 확정신고자진납부를 할 세액이 없는 자를 말한다고 규정하고 있으므로, 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 자라 하더라도 원고와 같이 소득에 관하여 납부할 세액이 있는 경우에는 과세표준확정신고를 하여야 한다고 주장한다. 그러나 위 시행령 규정은 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 자라 하더라도 그 정산에 포함되지 않은 별개의 항목으로 확정신고자진납부를 하여야 할 세액이 있는 자에게 과세표준확정신고를 할 의무를 부과한 것이라고 해석하여 야 할 것인데, 원고가 을종근로소득에 관하여 연말정산을 통해 소득세를 납부한 사실 (일부 세액을 누락하였다 하더라도)은 앞서 본 것과 같으므로, 원고에게 위 시행령 규정은 적용될 수 없다 할 것이고 따라서 피고의 위 주장은 이유 없다(피고의 주장과 같이 해석하게 되면 연말정산에 의한 소득세를 납부하였으나 소득의 일부가 누락된 경우에는 언제나 과세표준확정신고를 하여야 할 의무가 있고 그 누락된 소득에 관하여는 7년의 부과제척기간이 적용되어야 하는데, 이는 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 자에 대하여 소득세 납부의 간이화와 과세의 편의 및 행정력 절감을 위하여 과세표준 확정신고 의무를 면제하고 있는 소득세법 제73조의 취지에 반하는 결과가 되어 부당하다).

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.