청구법인은 경북 경산군 진량면 OO동 OOO에 본점 소재지를 두고 제조면사포(면방직)업을 영위하는 법인으로서 정부의 산업합리화시책에 따라 청구법인이 OO은행에서 법정관리중이던 청구외 OO방직주식회사의 주식 및 자산을 인수하면서 87.4.30 취득한 경산군 진량면 OO동 OOOOOO외 12필지의 토지(별첨 양도부동산 명세 참조, 이하 “쟁점토지”라 한다) 18,870.67평방미터(5,708.35평)중 5필지 12,199.67평방미터를 특수관계법인인 OO화성주식회사에게 매매가격 156,000,000원에, 나머지 8필지 6,671평방미터를 특수관계 이외자4인에게 매매가격 70,685,000원에 88.9.8 (매매원인일) 양도 88.9.13 소유권이전등기하였는 바,

처분청은 청구법인의 88사업년도(88.1.1-88.12.31)에 대한 법인세 서면결정시 위 양도토지에 대한 한국감정원의 88.9.29 기준 감정가액(1평방미터당 35,000원)에 비하여 위 실지양도가액(1평방미터당 평균 12,012원)이 현저히 저가라는 이유로 위 양도에 대하여 특수관계법인에게 양도한 것은 부당행위계산 부인, 위 감정가액을 시가로 적용하여 고정자산처분의 과소계상액 270,877,503원을 법인소득금액에 익금산입함과 동시에 특별부가세 과세표준에 271,528,776원을 가산하고, 특수관계 이외자 4인에게 양도한 것은 위 감정가액의 70% 상당액을 정상가격으로 하여 정상가액에 미달하는 금액 92,754,500원을 저가양도금액으로 인정 이를 기부금으로 보아 손금불산입하는 등 법인세 및 특별부가세 과세표준을 경정 90.8.16 법인세 285,106,590원(특별부가세분 101,877,590원 포함) 및 동 방위세 57,264,620원을 청구법인에게 부과하였고 청구법인은 위 처분에 불복하여 90.10.17 심사청구를 거쳐 91.2.20 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

청구법인이 별첨과 같이 토지를 양도하게된 경위를 말하자면, 청구법인과 협업단지내 사업자들은 단지내 공장용지를 효율적으로 조성하기 위하여 공단진입도로개설 및 토지정산을 하기로 하고 증감되는 토지대금의 결재는 1평방미터당 12,000원으로 하여 지적측량이후 완전분할시에 상호 지불하는 조건으로 한다는 합의서를 87.11.8 작성 서명 날인하였으며 그에 따라 공장용지 조성을 완료한 후 토지정산분에 대한 소유권이전등기를 위하여 88.8.20 매매계약을 체결하고 매매가액을 위 합의서상의 조건대로 1평방미터당 12,000원으로 계산하여 상호 대금정산한 것이므로 청구법인이 양도한 쟁점토지의 실지거래가액을 바로 시가로 보아야 할 것임에도 처분청은 쟁점토지 13필지중 2필지에 대한 88.9.29 자 감정가액(1평방미터당 35,000원)을 양도당시의 시가로 적용하여 별첨 양도부동산의 실지거래가액을 모두 부인하였는 바, 청구법인의 양도시기와 같은시기에 상호 매매한 제3자간의 거래가액도 1평방미터당 12,000원임이 해당 매매계약서 및 청구외 OO섬유주식회사의 특별부가세 과세표준신고서등의 증빙서류에 의해서 확인되고 있는데도 처분청이 이를 부인하고 임의로 일부토지에 대한 사후 감정가액을 쟁점토지 전체의 양도시가로 적용 부당행위계산부인한 것은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

(1) 먼저 특수관계법인인 청구외 OO화성주식회사와의 거래에 대하여 살펴보면,

동 법인은 83.9.1 설립된 법인으로서 쟁점 토지중 1필지인 경북 경산군 진량면 OO동 OOOOO 로 87.12.23 본점 및 사업장을 이전하였음이 법인등기부등본 및 사업자등록증에 의하여 확인되고, 국토이용관리법 제15조 제3항 및 동법시행령 제14조 제1항 제15호의 규정에 의거 동 법인 명의로는 경지지역인 쟁점토지 지상에 공장신축이 불가능하므로 청구외 OO섬유주식회사 OOO명의로 87.12.31 공장증축허가를 신청하여 88.8.2 위 OO화성주식회사 명의를 추가등재 88.11.14 위 OO섬유주식회사 명의를 제외하여 공장건물 4,688.5평방미터를 88.11.22 준공검사를 필하는 과정에서 87.12.31 부터 88.12.12 까지 건축비 431,335,988원(취득세 포함)이 지급된 사실이 87.1.1-88.12.31 사업년도 OO화성주식회사의 대차대조표, 세금계산서, 장부(건설가 계정), 부가가치세신고서(88/1기 예정 ∼ 88/2기 예정), 건축물대장등에 의하여 확인되어 동 토지양도시점인 88.9.7 이전에 이미 토지상에 청구외 OO화성주식회사가 건축물을 신축하여온 사실이 객관적으로 나타나고 있으나 쟁점토지 거래에 있어 이 건 거래는 88.8.20 계약, 88.8.20-88.9.8 대금지급, 88.9.13 소유권이전등기된 사실이 매매계약서, 관련장부, 등기부등본에 의하여 확인되는 반면 청구법인은 동 토지를 잔금청산일인 88.9.8 이전에 양도한 사실을 입증할 수 있는 거증이 전혀 없고, 또한 위 OO화성주식회사는 당초 협업단지 입주당사자도 아닐뿐만 아니라 87.11.8 작성된 합의서도 협업단지 이해당사자간에 공단내 도로를 개설함에 따라 지적측량후 증감되는 토지에 대하여 가액, 대금결제방법을 정한 합의사항일 뿐 토지를 위 OO화성주식회사에 양도한다는 내용도 아니어서 동 가액을 거래실례가액으로 볼 수 없으므로 매매당시 감정가액 평방미터당 35,000원을 시가로 간주 청구법인 양도가액과의 차액을 법인세법 제20조 및 동법시행령 제46조의 규정에 의거 익금산입한 당초처분에 잘못을 발견할 수 없고,

(2) 다음으로 특수관계이외자와의 거래를 살펴보면, 쟁점토지중 6,671평방미터는 OO섬유주식회사, OOO, OOO, OOO에게 88.9.8 을 매매원인으로 하여 88.9.13 소유권이 이전되었으며, 계약금, 중도금, 잔금이 대표이사 가수금으로 상계된 사실이 장부에 의하여 확인되고 88.8.20 작성된 매매계약서가 처분청에 제시되어 있는 바,

청구법인은 87.11.8 토지거래가 있었다는 유일한 거증으로 87.11.8 작성된 합의서를 제시하고 있으나 이 건 토지를 취득한 OO섬유주식회사, OOO, OOO, OOO는 합의서 작성 당사자도 아닌 제3자일뿐만 아니라 이 건 토지 잔금청산일인 88.9.7 이전에 동 토지 매매대금을 수취한 사실, 매매계약서가 작성된 사실, 동 토지를 토지양수자가 사용한 사실에 대하여 전혀 입증이 되지 아니하므로 청구주장은 신빙성이 없어 특수관계 이외자인 위 OO섬유주식회사외 3인에게 양도한 이 건 토지는 법인세법 제18조 및 동법시행령 제40조의 규정에 의거 시가(감정가액인 평방미터당 35,000원)의 70%와 청구법인 양도가액과의 차액을 기부금으로 익금가산한 당초처분에 잘못을 발견할 수 없다고 판단된다는 의견이다.

4. 쟁점

가. 처분청이 쟁점토지의 양도일(88.8.20 계약, 동년 9.8 잔금청산) 이후에 평가한 사후감정가액(88.9.29 기준)을 양도당시의 시가로 적용 청구법인의 실지거래가액을 부당행위계산으로 보아 부인할 수 있는지 여부 및

나. 쟁점토지중 일부토지의 감정가액을 인근 다른토지의 시가로 적용할 수 있는지 여부를 가리는 데 이 건의 쟁점이 있다.

5. 심리 및 판단

먼저 관련 법규를 보면, 법인세법 제20조(부당행위계산의 부인) 제1항에서 “정부는 대통령령이 정하는 바에의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다”고 규정하고, 동법시행령 제46조 제2항 제4호에는 “출자자등으로부터 자산을 시가를 초과하여 매입하거나 출자자등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때”를 법 제20조에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라고 규정하고 있으며, 같은 시행령 제40조(기부금의 범위) 제1항 제2호에서는 “법인이 제46조 제1항에 규정한 특수관계가 없는 자에게 정당한 사유없이 자산을 정상가격보다 낮은 가액으로 양도하거나 정상가격보다 높은 가액으로 매입함으로써 그 차액중 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액. 이 경우 정상가액은 시가에 시가의 100분의 30을 가산하거나 100분의 30을 감한 범위내의 가액으로 한다”고 규정하고 동법시행규칙 제16조의2를 보면, 부당행위계산부인등의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 감정평가에 관한 법률 제6조의 규정에 의한 인가를 받은 감정회사가 감정한 가액에 의하고 감정한 가액이 없는 경우에는 상속세법시행령 제5조 제2항 내지 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다(85.3.31 개정)“고 규정하고 있다.

이 건의 과세경위 및 청구주장을 보면, 청구법인이 쟁점토지를 87.4.30 매매가격 1평방미터당 평균 6,003원에 취득하여 별첨과 같이 88.9.8 (매매원인일) 매매가격 1평방미터당 평균 12,013원에 양도한 데 대하여 처분청은 그 양도가액(1평방미터당 평균 12,013원)이 88.9.29 자 한국감정원의 감정가액(쟁점토지 13필지중 2필지 즉, OO동 OOOOO 소재 전 11,957평방미터 및 같은 동 OOOOOO 소재 임야 79평방미터의 평가액 1평방미터당 35,000원)에 비하여 현저히 저가라는 이유로 동 감정가액을 쟁점토지의 양도당시 시가로 적용하여 앞에서 살펴본 법인세법 제20조 규정에 의거 부당행위계산의 부인 및 동법시행령 제40조의 규정에 의거 기부금으로 보아 손금불산입하고 전시한 법인세 및 방위세를 과세한 것임을 알 수 있고,

이에 대하여 청구법인은 ① 양도일 이후에 평가한 사후감정가액을 양도당시의 시가로 적용할 수 없고, ② 쟁점토지중 일부토지의 감정가액을 인근토지 전체의 시가로 적용할 수 없다고 하면서 당초처분의 부당성을 주장하고 있어 이를 쟁점별로 살펴보기로 한다.

쟁점 “가”에 대하여 살펴본다.

청구법인은 협업단지의 조성을 위한 87.11.8 자 합의서에 의거 약정된 토지정산가액(1평방미터당 12,000원)에 의하여 토지를 상호 매매한 것이기 떄문에 동 매매가액이 실지거래가액이라고 주장하고 있으나 쟁점토지의 양도일은 위 합의서 작성일(87.11.8)로 부터 10개월후인 88.9.8 (잔금청산일)임이 매매계약서, 등기부등본 및 청구법인의 장부기록등에 의해서 확인되고 있으며, 청구법인이 제시한 심리자료에 의하면 88.1.8 자 토지감정평가서에서는 잡종지 또는 나대지 상태로 방치되어 있던 쟁점토지가 88.6.30 도로신설(도로분 지목변경) 및 경지작업등으로 88.9.29 자 토지감정평가서에서는 공장부지로 조성되어 있고, 88.11.21 에는 청구외 OO화성주식회사의 공장건물이 준공된 사실이 한국감정원의 감정평가서, 토지대장등본, 준공신고서 및 준공검사필증 등의 증빙자료에 의해서 확인되고 있어 쟁점토지는 위 합의서 작성일로부터 양도일까지의 10개월동안 공단조성 및 토지개발로 인하여 그 입지조건이나 토지상황이 판이하게 개선되었음을 알 수 있고, 처분청이 대구지방국세청장에게 보고한 88.8.1 자 특정지역기준시가 조사보고서에 의하면 쟁점토지의 행정구역인 OO동을 포함한 대부분의 인근토지가 87.7.1 부터 88.8.1 까지의 기간동안 “부동산경비붐으로 타지역보다 지가상승폭이 높고 거래건수가 많은 지역”이므로 특정지역으로 선정한 지역임이 확인되고 있으며, 87.11.8 자 합의서상의 합의(약정) 당사자로는 청구법인외에 청구외 OO화성주식회사, OOO 및 OOO(4인)이 기명날인하였으나 쟁점토지의 88.8.20 양도계약당시의 매수인들은 위 합의서와 달리 청구외 OO화성주식회사를 비롯하여 청구외 OO섬유주식회사(대표이사 OOO), OO산업주식회사, OOO, OOO로 나타나고 있는데도 토지가액이 급상승한 시점에서 위 합의서에서 약정한 가액(1평방미터당 약 12,000원)대로 반드시 거래할 이유가 없다는 점 등을 모두어 볼 때 청구법인이 주장하고 있는 위 매매실례가액은 정당한 사유없이 시가보다 저가양도한 가액이라 할 것이다.

그리고 청구법인은 88.9.29 자 감정가액은 쟁점토지의 양도일(88.8.20 계약, 88.9.8 잔금청산)후에 평가한 사후감정가액이므로 이를 양도당시의 시가로 적용할 수 없다고 주장하고 있으나 이에 대한 처분청의 91.5.17 자 심리자료송부서를 보면, 처분청이 특정지역 기준시가 조사보고를 위한 지가조사결과에 의하여 “88.8.1 (기준일) 현재 경산군 진량면 OO리가 일반적으로 평당 58,000원이며, 특정지역 고시일(88.9.21)후 88.12.1 현재까지도 평당 58,000원으로 변동없음”이 확인되고 쟁점토지중 면적이 가장큰 OO동 OOOOO(11,957평방미터)의 토지등급을 보면, 양도계약당시(88.8.20)와 감정평가기준일(88.9.29)에 똑같이 158등급(1평방미터당 9,940원)으로 변동되지 아니한 점 등을 미루어 볼 때 위 감정가액을 양도당시의 시가로 보아 과세한 당초처분은 정당하다 할 것이다.

쟁점 “나”에 대하여 살펴본다.

청구법인은 쟁점토지중 일부토지의 감정가액을 인근토지 전체의 시가 또는 정상가격으로 적용한 당초처분은 부당하다고 주장하고 있으나 한국감정원의 감정평가서에 의하면 쟁점토지 총 13필지 18,870.67평방미터중 2필지 12,036평방미터(OO동 OOOOO 전 11,957평방미터 및 같은동 OOOOOO 임야 79평방미터)가 1평방미터당 35,000원으로 평가되었음이 확인되고 있는 바, 감정평가된 2필지는 쟁점토지중 가장 면적이 큰필지를 포함하여 전체면적의 64%나 차지하고 있으며 쟁점토지의 지적도에 의하면 모두 동일한 공단내의 토지라고 인정되고 있으므로 위 감정가액을 쟁점토지 전체의 시가 또는 정상가액으로 적용하는 데 무리가 없다 할 것이다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

[별 첨]

양도부동산명세

[88.8.20 매매계약, 88.9.8 매매원인, 88.9.13 소유권이전(양도)등기]