가. 청구인은 1979.12.26. 취득한 서울특별시 OOO 건물 89.89㎡, 동소 대지 3,242.1㎡ 중 3,242.1분의 74.01 지분(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 보유하다가, OOO이 제기한 매도청구소송(서울동부지방법원 2003가합10030)에 의하여 2008.12.17. 쟁점부동산의 소유권이 OOO으로 소유권이 이전 등기되었다.

나. 처분청은 2012.10.4.～2012.10.11. 기간 동안 세무조사를 실시하여 쟁점부동산의 소유권이전등기일인 2008.12.17.을 양도일로 하고 양도가액을 OOO원, 취득일을 1985.1.1.(의제취득일)로 한 환산취득가액 OOO원으로 하여 양도소득금액을 산정하고 2013.1.8. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.3.6. 이의신청을 거쳐 2013.11.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인과 OOO 사이에는 매매잔금 OOO원에 대한 청구채권과 원상회복청구권(또는 부당이득반환청구권) 등의 소송이 진행 중에 있으므로 쟁점부동산의 매매과정이 종결되지 않은 상태이고 잔금청산이 되지 않은 상태에서 양도시기가 도래하였다고 할 수 없다.

(가) 이 건 부동산의 명도 및 소유권이전등기 과정의 불법행위

1) OOO은 청구인을 상대로 제기한 매도청구소송과 합의금반환소송의 판결을 전가의 보도처럼 행사하여 청구인의 권리를 침해하여 왔으나, 청구인에 대한 매도청구소송의 판결로 쟁점부동산을 합법적으로 매수완료 하기에는 한계를 가지고 있으며, 매도청구소송의 판결에서는 매매계약의 성립시기와 매매대금에 관하여만 판결이 이루어진 것이고, 결국 매매대금의 지급시기 및 이행에 관하여는 판결의 기재에서 누락되어 있는데, 그렇다고 하더라도 청구인의 동시이행항변권을 배척하면서 매매대금의 지급과 관계없이 부동산을 명도하고 소유권을 이전하라는 판결을 할 수 없고, 이 같이 판결에서 누락되었거나 제외된 부분에 관하여는 또 다른 법률상의 권리와 의무를 충족하는 법률행위를 통해 보완했어야 하는 것인데, OOO이 청구인이 가지는 법률상의 권리를 침해한 경우는 불법행위를 구성하므로 무효에 해당한다고 보아야 한다.

2) 「부동산등기법」제23조 제3항에 의하면, “판결에 의한 등기는 승소한 등기권리자 또는 등기의무자가 단독으로 신청한다”라고 규정하고 있고, 청구인에 대한 매도청구소송의 판결은 “소유권등기절차를 이행하고 명도하라”는 이행판결이기 때문에 OOO은 매매대금을 완납하였다면 등기권리자로서 당연히 등기신청만 하면 소유권이전등기를 할 수 있다.

3) OOO은 이 건 소유 건물에 대해, 명도단행가처분결정서(서울동부지원 2005카합1886-2호)를 받아, 2005.12.15.경 강제집행의 방법으로 명도를 단행하였지만, 추후 청구인이 제기한 가처분이의사건에서 가처분신청을 취하함으로써 스스로 그 명도가 불법행위임을 자인하는 셈이 되었고, 앞서 살핀 바와 같이 매도청구소송에 의한 판결은 물론 매도청구권을 행사할 수 있는 요건도 갖추지 못한 상태에서 매매잔금을 지급받기 전에는 인도나 명도를 거절할 수 있는 동시이행항변권을 침해하여 불법으로 명도받은 것이다.

4) OOO은 승소한 매도청구소송의 판결을 집행할 경우 기본적으로 그 판결은 매매계약의 성립에 대하여 판단한 것일 뿐이고, 그 이행에 관하여는 민법 기타 법률에 의한 의무를 이행하였어야 하나, OOO은 2008.12.17.경 위 공탁금을 제외한 매매대금의 잔금 OOO원을 지급하지 않은 상태에서 불법적으로 청구인 소유의 이 사건 토지 소유권을 이전해 간 것이고, 이는 청구인의 동시이행항변권에 의해 가지는 매매대금지급의무를 이행하지 않으면서 「부동산등기법」에 의한 승소한 등기권리자의 자격으로 매도청구소송의 승소판결을 불법적으로 집행한 것이다. 즉, 청구인이 소유권이전을 해 준 것이 아니라 OOO이 상대적인 의무인 매매대금의 지급의무를 행하지 않은 상태에서 소유권등기상의 권리를 빼앗아 간 것으로, 이 같은 소유권이전등기를 한 행위는 당연히 불법행위를 구성하는 것이고 무효가 되는 것이다.

아울러, OOO은 청구인에 대한 매매대금도 지급완료하지 않고 매도청구권을 행사할 요건도 갖추지 못하고 있었던 상황에서 2005.5.16. 입주자모집공고신청을 하고, 2005.6.22. 입주자모집공고 승인을 받아 2005.6.28. 서울특별시동시분양주택 입주자모집공고를 하여 일반분양을 하였는데, 이는 OOO이아무런 법적근거도 없이 소유부동산을 빼앗아 재건축사업에 사용하고일반에 분양하는 처분까지 한 것이라 할 것이고, 더구나 도시 및 주거환경정비법과 주택법 등에서 입주자모집공고 이전에는 소유권확보를 의무화하고 있는 공법상의 규정까지 위반하여 일반에 분양한 것인바, 이는 명백히 총체적인 불법행위에 해당하며, 따라서 청구인은 법원에 대하여 그 무효확인을 청구할 수도 있는데, 다만, 현재 진행하고 있는 매매대금청구의 소송에 의하여 최소한의 피해를 보전 받으려 하고 있을 뿐이다.

(나) 처분청은 OOO이 청구인의 토지와 건물을 법률상 원인 없이 강탈한 불법행위의 결과에 대해 과세하고 있다.

1) 「소득 세법」제88조 제1항은 “양도란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환,법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다”라고 규정하고 있으며대법원 판례(1989.7.11. 선고 88누8609)는 “ 「소득세법」제4조 제3항에 의하면 양도라 함은 자산이 유상으로 사실상 이전되는 경우를 말하고, 같은 법 제27조 및같은 법 시행령 제53조 제1항 제1호는 자산의 유상양도가 이루어진 경우에 그양도차익의 계산에 있어서 양도나 취득의 시기를 의제하는 규정에 불과하고, 대금이 전혀 지급되지 않았거나 그 후 매매계약이 해제되었는데도 양도가 있은것으로 의제하는규정은 아니므로 토지의 매매에 있어서는 그 토지의 대가가사회통념상 거의 지급되었다고 볼만한 정도의 대금지급이 이행되어야만 유상양도로 볼 수 있다”라고 판시하고 있다.

2) 청구인은 OOO을 상대로 제기하고 있는 소송의 항소심 판결에 불복하여 상고심이 진행중에 있는데, 위 항소심 판결에 의하더라도 판결문의 “원고 매매대금채권의 변제충당 내역”을 보면, 2008.12.12. 잔존 원금이 OOO원임을 밝히고 있는데 이는 명백히 OOO이 청구인에 대한 매매대금 전액을 지급하지 않고 있는 점을 밝혀주는 것이라 할 것이고, 다만, 위 항소심 판결자체도 청구인이 가지는 다수의 채권에 대하여 각각 법률과 대법원 판례를 위반하여 이를 충분히 심리하지 않은 상태에서 오판한 것으로, 설령, OOO이 청구인에게 합의금반환소송의 판결채권을 가지고 있다 하더라도 이는 청구인의 다수채권에 의해 먼저 상계할 수 있는 채권이 있는것이므로, 청구인의 매매대금 채권은 OOO이 2005년 5월경 지급한 OOO원을 제외한 대부분의 금원이 아직 지급되지 않고 있다.

3) 이 건 부동산의 매매와 관련하여 양도 또는 취득의 시기는 「소득세법」제98조에 의해 대금을 청산한 날이 되는 것이 원칙으로 「소득세법 시행령」제162조 제1항 제1호에서 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에 등기부에 기재된 등기·등록접수일을 양도 또는 취득의 시기로 보고 있는 규정은 첫째, 이 사건 부동산의 경우 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우가 아니라 대금을 청산하지 않은 것이 명백한 경우에 해당한다 할 것이어서 위 규정을 적용할 수 없는 것이고, 둘째, 위의 대법원 판례에서 보는 바와 같이 “위 조항은 유상양도가 이루어진 경우에 그 양도차익의 계산에 있어서 양도나 취득시기를 의제하는 규정에 불과하고, 토지의 매매에 있어서는 그 토지의 대가가 사회통념상 거의 지급되었다고 볼만한 정도의 대금지급이 이행되어야만 유상양도로 볼 수 있다”라고 할 것이므로, 이 사건 부동산의 경우와 같이 매수자가 매매대금의 OOO 이상을 지급하지 않은 상태에서, 일방적이고 불법적으로 소유권이전등기를 한 경우까지 유상양도가 이루어진 것으로 볼 수 없는 것이다.

4) 아울러 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일로 본다고 규정하고 있는 점과 관련하여보면, 이는 매도자와 매수인 사이에 쌍방합의에 따라 소유권이전등기를 한 경우를 말하는 것이지, 이 사건과 같이 소유권 이전에 관한 쌍방합의가 없이, 매매잔금의 50% 이상에 상당하는 가액을 매수자가 지급하지 않은 상태에서 매도자의 동시이행항변권을 배척하면서 불법적이고 일방적으로 소유권이전등기를 강탈해 간 경우까지 적용할 수 없는 것이라 할 것이므로,따라서, 앞서 본 바와 같이 청구인의 이 사건 부동산은 OOO이 정상적인 절차와 방법으로 매매대금을 지급완료하면서 소유권을 이전해 간 것이 아니라 매매대금 지급에 관한 의무를 이행하지 않고 청구인의 토지와 건물을 법률상 원인 없이 불법적으로 강탈한 것에 불과한데, 처분청은 이 과정과 결과를 살피지 않고, 마치 청구인과의 정상적인 계약에 의해 청구인이 소유권을 이전해 준 것처럼 과세하고 있는 것이다.

(다) 청구인에 대한 양도소득세 산정기준과 내용에 있어서의 위법·부당성

1) 처분청은 쟁점부동산에 양도소득세를 부과함에 있어 청구인 소유의건물과 토지 전체에 대해 2008.12.17. 소유권이전등기가 경료된 것으로 보고 과세를 한 것으로 보이나,앞서 본 바와 같이 OOO은 쟁점부동산 건물에 대해 매도청구소송의 판결에 의한 매매계약 성립일(2006.7.20.) 이전인 2005.12.15.경 무단으로 명도를 받아 이를철거하고 2006년 1월경 멸실하였고, 매도청구소송 항소심에서 건물부분에 관한 청구를 제외한 토지 부분만의 청구로 변경함으로써 실질적으로 건물부분에 관한 청구를 취하하였으며, 따라서 항소심 판결에 의해 토지부분에 관한 승소판결을 받았음에 불과하며, 또한 실질적으로 2008.12.17.경 소유권이전등기는 토지부분에 한정하여 이루어진 것으로, 설령, 위 매도청구소송의 판결에서 매매대금이 건물부분을 포함하고 있다고 하더라도 건물부분은 매도청구소송의 판결에 의해 소유권이전등기가 경료된 것이 아니고, 여전히 OOO의 불법행위에 의해 멸실되었을 뿐이며, 또한 청구인은 여전히 그 대가를 받지 못하였을 뿐이므로처분청은 비록 OOO의 소유권이전등기가 합법적이라고 할지라도 토지부분과 건물부분을 별도로 안분계산하여 토지 부분만의 소유권이전등기에국한하여 과세하였어야 한다.

2) 양도소득세를 산정하면서 취득가액과 필요경비를 계산함에 있어, 2008.12.31. 이전 양도분, 2009.1.1. 이후 최초로 결정하거나 경정하는 분, 2011.1.1. 이후 최초로 양도하는 분 등에 따라 환산취득가액+개산공제액, ‘실지거래가액 등을 생산자물가상승율에 의하여 환산한 가액+자본적 지출액+양도비 등의 적용이 달라지는데, 청구인으로서는 납세의무가 성립되는 시기가 불분명하므로 이를 경정하여 신고할 수 없는 불이익을 부담하고 있다.

3) 쟁점부동산은 1984.12.31. 이전에 취득한 자산인바, 취득가액의 산정은 1985.1.1. 취득한 것으로 보는데, 하지만, 이는 취득가액이 불분명한 경우에 적용하기 위한 「소득세법」상의 규정에 의한 것으로, 취득가액이 명백하거나 후술하는 바와 같이 막대한 필요경비가 소요되는 특별한 경우에 있어서까지 의제취득가액을 적용함으로써 양도가액에서 공제할 수 없도록 하는 것은 「소득세법」의 취지에 어긋나는 것으로 보이고, 취득가액을 산정함에 있어 의제취득일 현재의 환산가액 등으로 하여 필요경비에 대해 개산공제액을 적용할 것인지, 취득당시 실지거래가액에서 생산자물가 상승률에 의하여 환산한 가액으로 하면서 자본적 지출액과 양도비를 포함한 가액으로 할 것인지에 대한 납세자의 이익이 고려되어야 하는데, 이 사건 고지처분에 의하면 이 같은 내용을 판단할 수 없는데, 실제로 청구인의 경우 OOO의 위법한 재건축에 맞서 이 사건 부동산의 재산권을 보호하기 위하여 환산취득가액의 수배에 달하는 소송비용 등을 지출하였고, 그 지출시기 또한, 쟁점부동산 토지의 소유권이전등기 이후까지 지속적으로 부담하여 왔는데(OOO의 쟁점부동산 토지의 소유권이전등기 자체가 불법이다), 이는 모두 필요경비의 관련 항목으로 산정되어야 한다.

(2) 양도시기가 도래하였다고 보아 부과처분을 한다 하더라도 쟁점부동산의 실제 취득가액이 확인되는 만큼, 양도계약의 존재 및 그 효력에 관한 분쟁을 해결하기 위하여 지출한 변호사 등의 비용은 그 양도계약을 유효하게 성립하게 한 비용으로서 자본적 지출 또는 양도비로 보아야 하므로 청구인이 지출한 소송비용 OOO원을 필요경비로 공제하여야 한다.

(가) 매매과정에서 발생한 채무로 인하여 매매대금에서 공제되거나 상계될 경우 그 금액은 매매대금에서 공제되어야 한다.

1) 쟁점부동산은 판결에 의해 매매계약이 성립되고 매매대금이 결정되었으나, 매매계약을 이행하는 과정에서 OOO은 매매대금을 지급하지 않은 상태에서 쟁점부동산을 명도하여 철거하였고, 청구인의 의사에 반하여 OOO 단독으로 판결문에 의한 소유권이전등기를 하는 등 쟁점부동산을 강탈하였으며, 청구인에게 지급한 쟁점부동산 재건축과 관련한 소취하합의금 OOO원에 관한 반환소송을 제기하여 승소함으로서 청구인은 예기치 않은 채무가 발생되었고, OOO은 쟁점부동산의 매매대금을 계속적으로 지급하지 않으면서 오히려 청구인의 다른 재산까지 집행하는 등 재산권을 침해하였고 그 과정에서 OOO은 청구인에게 승소한 판결금 OOO원의 상계를 주장하였다.

2) 만약 청구인이 OOO으로부터 쟁점부동산의 매매대금을 지급받지 못하게 된다면, 당초 쟁점부동산의 재건축과 관련된 분쟁으로 인하여 청구인이 지급하고 부담해 오던 소송비용 및 손해발생비용의 합의금 OOO원을 청구인에게 지급하기로 하였음에도(그 OOO원은 종전의 소송비용 및 손해발생비용으로 충당되었다) 청구원인을 이유로 OOO원의 판결금과 지연손해금에 관한 채무를 지게된 것이라면 청구인으로서는 쟁점부동산에 관한 소송 등 분쟁에 의하여 매매대금으로 지급받은 금원중에서 이를 지급받지 못하는 결과가 야기된 것이고, 청구인은 당연히 쟁점부동산의 매매대금으로 지급받을 금원이 적어지는 결과가 되는 것으로 비록 판결에 의하여 쟁점부동산의 매매계약이 성립되고 매매대금으로 적시되었지만 매매계약을 이행하는 과정에서 지급받지 못하는 채무나 비용에 해당하는 금원이 되는 것이며, 이는 전체 매매대금에서 실질적으로 지급받지 못하는 금원이 되는 것인바, 청구인이 쟁점부동산으로 인하여 OOO에서 별도로 부담하게 되는 모든 금원은 실질적인 매매대금에서 공제되어야 하는 것으로 OOO에 대한 OOO원 판결금 채무는 전혀 예상할 수 없었던 일이고, 이와 같은 손해는 OOO이 쟁점부동산을 법률상 원인 없이 명도하지 않았거나 매매대금을 정상적으로 지급하였다면 발생되지 않았을 손해라 할 것이며, 매수당사자인 OOO이 쟁점부동산에 관한 권리와 관련하여 발생된 것이다.

(나) OOO과 쟁점부동산의 매매과정에서 매매대금을 지급받지 못한 손해 외에 순수하게 쟁점부동산을 정상적으로 유지하고 관리하기 위하여 지출한 막대한 소송비용이 있으며, 청구인이 지출한 소송비용은 이미 OOO과 이 사건 협약을 체결하면서 OOO원을 합의금으로 지급하기로 한 2004.9.21. 당시에 청구인이 그동안 지불한 소송비용과 청구인에 대한 손해발생비용으로 금 OOO원을 지급하는 조건으로 쌍방 소취하를 하기로 하였고, 그다음 날인 2004.9.22. 청구인에게 OOO원을 지급한 일이 있으며, 이와 관련하여 청구인은 너무 기간이 오래되어 그 동안 수차례 이사를 해오면서 많은 증빙자료를 대부분 분실하였는데, 이는 OOO과 청구인과의 수많은 소송의 판결문에 그대로 사실확인을 하고 있으므로 양도소득세 부과의 경우 쟁점부동산의 소유와 관리를 위해 지출된 소송비용을 양도소득에서 공제하여야 한다.

(다) 대법원 판례(대법원 1997.5.16. 선고 95누14602 판결, 대법원 2008.10.23. 선고 2006두11750 판결, 대법원 2010.5.13. 선고 2009두23747 판결 참조)에 의하면, “세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 않는 것이고, 다만 납세의무자가 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다”라고 판시하고 있고, 이와 관련하여 청구인은 OOO에 의해 매매대금을 지급받지 않은 상태에서 쟁점부동산의 사용·수익권을 침탈당하고, 소유권등기까지 빼앗긴 것이며, 동시이행항변권을 강탈당했는데, 이에 대해 가산세까지 부과한다는 것은 불법행위자에게는 관대하고 그로부터 당한 자에게 2차적으로 소위 조세폭탄까지 가하는 것이라 아니할 수 없는바, 쟁점부동산 양도소득세 부과에 있어 가산세 또는 가산금을 부과하는 것은 위 대법원 판례가 판시하는 법리와 상충된다고 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 OOO이 매매대금의 OOO 이상을 지급하지 않았다고 주장하나, 서울동부지방법원 소유권이전등기 및 명도 사건의 판결문(2003가합10030호) 상 “쟁점부동산의 매매대금은 OOO원으로 결정되었으며, 2007.7.20. 매매를 원인으로 한 각 소유권이전등기 절차를 이행하고, 부동산을 명도할 의무가 있다”라고판시하였으므로 매매원인일자 및 양도가액이 확정되어, 청구인이 그 매매대금의 일부를 지급받지 못하였다하더라도 그 양도소득의 실현 가능성이 상당히 높아 양도시기가 실현되지 아니하였다는 청구주장은 이유가 없으며 OOO에서 보내온 정산금 관련 서류에 의하면 총 매매대금 OOO원만 지급되지 않은 것으로 확인된다.

(2) 청구인은 잔금청산이 이루어지지 않았으므로 양도가 이루어지지 않았다고 주장하나, 「소득세법 시행령」제162조에 의하면 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일을 양도 또는 취득의 시기로 규정하고 있으므로 OOO이 신청한 등기접수일인 2008.12.17.을 양도시기로 결정한 당초 처분은 정당하다.

(3) 청구인이 쟁점부동산의 필요경비로 사용하였다고 제출한 OOO원 내역을 보면, 소송비용명세상 대부분의 내역이 재건축무효소송 및 재건축결의무효 등 재건축 추진과정상에서 발생된 비용의 지출로 쟁점부동산의 소유권 확보를 위한 양도과정상에 소요된 필요경비 부분이 아니며 이러한 필요경비의 입증책임은 납세자에게 있는바, 청구인이 제출한 증빙 대부분이 영수증으로 금융증빙 내역이 없어 실제 지출여부가 확인되지 아니하고 일부 세금계산서 제출분도 타인명의OOO 수취분 세금계산서를 제출하는 등 쟁점부동산과 관련 있는 지급비용으로 볼 수 없어 청구주장을 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점부동산의 잔금청산 전에 소유권이전등기(등기접수일)가 된 경우 양도소득세 과세처분의 당부

② 청구인 소송비용OOO을 필요경비로 산입할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 (2009.1.30. 법률 제9346호로 개정되기 전의 것) 제88조【양도의 정의】①제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 "양도"라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계 없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여( 「상속세 및 증여세법」 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

(2) 소득세법 시행령(2011.8.30. 대통령령 제23113호로 개정되기 전의 것) 제162조【양도 또는 취득의 시기】①법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2.대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

제176조의2 [추계결정 및 경정] ① 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1.양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 제2조 제9호에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항 및 동 조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 아니한다)하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 감정평가업자가 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가

④ 법률 제4803호 「소득세법개정법률」 부칙 제8조에서 정하는 날(이하 "의제취득일"이라 한다)전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)에 대하여 제3항 제1호부터 제3호까지의 규정을 적용할 때에 의제취득일 현재의 취득가액은 다음 각 호의 가액 중 많은 것으로 한다.

1. 의제취득일 현재 제3항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 가액

2. 취득 당시 실지거래가액이나 제3항 제1호 및 제2호에 따른 가액이 확인되는 경우로서 해당 자산의 실지거래가액이나 제3항 제1호 및 제2호에 따른 가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 직전일까지의보유기간동안의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한가액

⑤국세청장은 주소지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 양도소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 필요하다고 인정하는 때에는 기획재정부령이 정하는 바에 따라 부동산의 감정·평가에 관한 학식과 경험이 풍부한 자에게 자문하여 그 결정 또는 경정에 공정성을 기하게 할 수 있다.

제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「측량·수로조사 및 지적에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

제163조 [양도자산의 필요경비] ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2.양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

2의2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.

3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

3의2. 「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다)

3의3. 「재건축초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구인은 OOO이 진행하는서울특별시 OOO 등을 포함한 재건축사업에 동의하지 아니하여 OOO을 상대로 재건축무효확인소송(서울동부지방법원 2001가합8224호)을 제기하였고, 판결문의 주요내용은 다음과 같다.

1) OOO은 2001.9.12. OOO으로부터 주택조합설립인가를 받고, 2004.3.17. OOO으로부터 사업시행인가를 받아 재건축사업을 시행하였으나, 청구인은 이에 동의하지 아니하고 OOO를 별도로 구성하여 재건축무효확인소송을 제기하여 2003.1.23. 승소하였고, OOO이 항소(서울고등법원 2003나14371호)하였으나 2003.12.9. 항소 기각된 후 대법원에 상고하였다.

2) 대법원 상고심이 진행되던 도중인 2004.9.22. (가칭) OOO은 “청구인이 그동안 지불한 소송비용과 손해발생비용으로 일금 OOO원을 지급하는 조건으로 쌍방 소취하를 하고, 상호간에 재건축사업에 협력하기로 한다”라는 협약을 체결하였고, OOO은 청구인에게 OOO원을 지급한 사실이 나타나며, 이에 대법원은 소취하 합의금 OOO원이 지급되었으므로 소각하 사유가 발생하였기에 2005.7.29. 소각하하여 서울고등법원으로 파기환송하였다.

3) 대법원의 소각하 판결 후에 OOO은 2005.8.5. 서울동부지방법원에 청구인을 상대로 쟁점부동산 중 건물에 대한 명도단행 등 가처분신청을 하였고, 2005.12.13. 가처분 결정을 받아, 2005.12.15. 명도단행 강제집행을 하여 쟁점부동산 중 건물을 철거하였으며, 2006.1.20. 건물에 대해 말소등기 하였다.

(나) OOO은 2005.8.4. 청구인을 상대로 하여 OOO이 청구인에게 지급한 일금 OOO원의 반환을 구하는 내용의 소송(서울동부지방법원 2005가합10225호)을 제기하였고, 소송 판결문에 “OOO이 청구인에게 쟁점협약에 의하여 OOO원을 지급하였으나 청구인이 위 금원을 OOO에 교부하지 않고 상가를 구입하는 등 개인적인 용도에 사용하였으며, 이 사건 재건축사업에 관한 상가점포주총회의 결의를 얻지도 못하고, 협약에서 정한 동의서 제출의무도 이행하지 아니하였기에 이 사건 합의금을 반환하라”고 결정하였음이 확인되어 소취하 합의금 OOO원은 OOO이 청구인 개인의 소취하합의금을 지급한 것이 아니라 재건축사업의 진행을 위하여 OOO에 청구인을 통하여 교부한 것으로 나타난다.

(다) 한편, OOO은 2003.11.7. 청구인을 상대로 매도청구소송(서울동부지방법원 2003가합10030호)을 제기하였으나, 위 재건축무효소송이 진행중이어서 결정이 지연되다가, 청구인과 협약이 체결되어 재건축무효소송의 대법원 소각하 판결이후, 상가구분소유자들의 추가 동의서를 받아 재건축결의에 대한 요건을 확보하였기에 2007.2.2. 매도청구소송결정선고가 이루어졌고, 항소(서울고등법원 2007나35284호) 후 상고(대법원 2008다49555호)하였으나 2008.9.25. 상고기각 판결에의하여 확정되었는바, 매도청구소송 판결문의 주요내용은 다음과 같다.

1) OOO은 재건축보완결의서를 구분소유자들로부터 계속 징구하여, 2005.1.29. 개최된 정기총회에서도 조합원 OOO의 찬성으로 이 사건 아파트 및 상가의 권리가액 산정방법, 신축건축물의 분양과 관련하여 분양면적과 분양가격의 산출기준, 조합원 부담금 산출기준 등이 상세하게 규정되어 있는 관리처분계획안을 의결함으로써 실질적으로 새로운 재건축결의를 하였다고 볼 수 있으므로, 2006.5.18.자 청구취지 및 청구원인변경신청서에 의한 새로운 매도청구권 행사의 요건으로서 유효한 재건축결의는 존재한다.

2) 또한, OOO이 청구인에 대하여 2006.5.18.자 청구취지 및 청구원인변경신청서 송달로써 재건축 참가여부에 대한 최고를 하여 위 신청서가 2006.5.19. 도달하였으나, 그로부터 2개월이 도과할때까지 참가여부를 회답을 하지 아니한 사실도 기록상 명백하며, 따라서, 위 신청서 송달일로부터 2개월을 경과한 다음날인 2006.7.20.에 매도청구권 행사의 효과가 발생하여 OOO과 청구인 사이에 매매계약이 체결된 것으로 의제된다.

3) 청구인 소유 쟁점부동산의 시가는 매매계약일 성립일(2006.7.20.) 무렵인 2006.7.31. 기준 금액 OOO원인 사실을 인정할 수 있고, OOO 역시 위 가격에 의하여 매도청구를 하는 것이라고 주장하고 있으므로, OOO과 청구인 사이의 각 매매계약은 위 시가 상당의 금액을 매매대금으로 하여 성립되었다고 할 것으로, 청구인은 쟁점부동산에 관하여 2006.7.20.자 매매를 원인으로 한 각 소유권이전등기절차를 이행하고, 쟁점부동산을 명도할 의무가 있다.

(라) 청구인은 OOO이 2005.5.4. 서울동부지방법원 2005금1645호로 OOO원을 공탁한 다음 명도단행 강제집행을 한 후, 매매잔금 OOO을 지급하지 아니하였으므로 OOO을 상대로 그 지급을 구하는 소송(서울동부지방법원 2010가합15293호)을 제기하였고, 2011.5.13. 1심 판결이 선고되었고, 항소(서울고등법원 2011나43312호)하여 2012.12.6. 항소심 종결된 바, 항소심에서 청구인의 주장이 일부 인용되었다.

○ 1심 판결문의 주요 내용

1) ‘피고(OOO)는 원고(청구인 외 1인)에게 각 OOO원 및 이에 대한 이 사건 소장부본 송달일 다음날로부터 다 갚는 날까지 OOO비율에 의한 금원을 지급하라’라는 청구취지로 청구인은 소송(서울동부지방법원 2011나43312호)을 제기하였다.

2) 청구인은 위 소송에서 ‘쟁점부동산의 매매대금지급의무와 청구인이 OOO에 위 사건 합의금반환의무는 동시이행관계에 있으나, OOO이 청구인에게 매매대금 중 잔금 OOO원을 지급하지 아니한 상태에서 이 사건 합의금을 반환받은 것은 위법한 행위에 해당한다. 따라서 OOO은 청구인에게 이 사건 합의금 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있으며, 매매대금 OOO원을 변제공탁하고, 나머지 매매대금을 소외 OOO 등의 가압류 채권이 소멸되었음을 알면서도 위 가압류 채권액을 사전구상금 명목으로 공제하면서 지급하지 아니하고 있다. 따라서 OOO은 청구인에게 나머지 매매대금 상당액을 불법행위에 기한 손해배상금으로 지급할 의무가 있다’라고 주장하였다.

3) 이에 대하여 법원은 ‘OOO이 청구인에 대한 쟁점부동산에 관한 매매대금 지급의무와 청구인의 OOO에 대한 이 사건 합의금 반환의무가 동시이행관계에 있다는 점을 인정할 증거가 없다고 판시하였으며, 청구인에 대한 매매대금 미지급에 대하여 OOO이 청구인에게 위 매매대금의 일부를 지급하지 아니하였다고 하더라도 청구인의 OOO에 대한 매매대금채권이 소멸하는 것은 아니라 할 것이니 원고의 손해가 있다고 볼 수 없어 원고의 주장은 이유 없다’라고 판시하였다.

4) 2심 판결문의 판단에 기재된 쟁점부동산 매매대금채권의 변제충당내역은 다음 <표1>과 같다.

(마) OOO이 (가칭) OOO에 발송한 상가재건축 미동의자(청구인)정산금 관련, 공문(잠일 제2009-100호, 2009.7.24.)에 의하면, “사업비 정산내역 중 미동의자 지분매입비와 관련하여 상가재건축미동의자에 대한 서울동부지방법원 2003가합10030 소유권이전 등기사건 판결문에 명시된 매매대금 OOO원 중 변제공탁금 등의 금액을 아래 <표2>와 같이 상계하였으며, 매매대금 중잔여금액 OOO원이 조합에 보관되어 있습니다”라고 기재되어 있다.

(바) 위 공문상의 지급내역에 대하여 처분청에서 OOO에 관련 판결문과 증빙을 요청한바, OOO에서 채권압류 및 추심명령결정(2009타채170)과 청구인이 작성한 채권양수도계약서를 제출한바, 주요내용은 다음과 같다.

1) 채권압류 및 추심명령결정(2009타채170, 2009.1.14.)은 “청구 외 OOO는 채무자 청구인의 제3채무자(OOO)에 대한 별지목록기재의 채권을 압류한다. 제3채무자는 채무자에게 위 채권에 관한 지급을 하여서는 아니된다. 청구금액은 금 OOO원이며, 위 청구금액을 변제받기 위하여 서울동부지방법원 2006가합14156호 집행력 있는 판결 정본에 의한 채권자의 신청은 이유 있으므로 주문과 같이 결정한다”라고 판시되어 있다.

2) 채권양수도계약서내용 통지서는 청구인이 2009.4.20. 수신자를 OOO 조합장으로 하여 발송한 것으로 “양도인인 청구인이 양수인 주식회사 OOO간의 채권양도양수계약서를 체결하여 통지하오니 처리하여 주시기 바랍니다”라고 작성되어 있고, 채권양도양수계약서상에는 양도인은 청구인, 양수인은 OOO으로 되어 있으며, “양도인(청구인)은 OOO이 청구인에게 지불할 금액 중 OOO원의 채권을 양수인에게 지불할 것을 체결하여 확인합니다”라고 기재되어 있다.

3) 위 채권양수도계약서내용 통지서에 의하여 OOO은 OOO원의 수표를 발행하여 지급하고, 영수확인 및 각서를 수취한 사실이 나타난다(2015.3.26. 상고기각 됨).

(사) 상기와 같이 OOO은 총매매대금 OOO을 공탁하였으며, 채권소송(2005가합10225호)에 의해 OOO원의 채권을 매매대금에서 상계하였고, 추심금(2009타채170호) 및 청구인의 채권양수도계약에 의거 OOO원 등의 추심금을 지급하여 매매대금 중 OOO원만 미지급된 것으로 나타나고, 현재 상고심이 진행 중인 손해배상 사건의 항소심 판결문에도 <표1>에서 보는 바와 같이 잔존원금은 OOO원으로 나타나 청구인이 OOO원의 잔금을 받지 못했다는 주장과 일치하지 아니하는 것으로 나타난다.

(아) 청구인은 매매잔금에 대한 청구채권, 각종 불법행위에 대한 손해배상 청구권 등의 이유로 소송(서울동부지방법원 2010가합15293호)을 제기하여 기각된 후, 항소(서울고등법원 2011나43312호)를 거쳐 상고심(대법원2013다7721호)이 진행되고 있으므로 소송의 판결에 따라 잔금청산이 확정 후 양도소득세를 결정해야 한다고 주장한 것과 관련하여 2015.3.26. 대법원 상고심(민사3부)에서 상고기각으로 확정된 사실이 나타난다.

(2) 청구인의 심리자료 제출내용은 다음과 같다.

(가) 쟁점부동산에 대한 매도증서에는 매도자 OOO, 매수인 청구인, 매도금액은 OOO원, 매도일이 1979.12.26.이고 부동산 둥기접수일은 1979.12.26.로 나타나고, 2001.10.6.부터 2011.4.3. 기간 동안 지급한 소송비용명세서와 일부 관련 소장사본을 제시하였는바, 청구인이 제시한 소송비용은 총 OOO원으로 청구인이 지급자로 표시된 세금계산서 수취분(은행입금증 포함)은 7건에 총 OOO 등 타인명의로 지급하고 세금계산서를 수취한 4건에 OOO원이고, 기타영수증 수취분은 11건에 OOO원은 추가로 제시한 증빙은 없다.

(나) 청구인이 OOO과 관련된 그동안 지불한 소송비용과 손해발생비용으로 금 OOO원을 지급하는 조건으로 쌍방 소취하를 하기로 하였다는 합의서는 분실되고, 이와 관련하여 청구인이 심리자료로 제시한 2007.2.12. 2003가합10030 소유권이전등기 및 명도(서울동부지방법원) 판결문을 내용을 보면, “원고 OOO과 상가협의회(대표 : 청구인) 사이의 모든 소송은 쌍방이 모두 취하하며, 소외 상가협의회가 원고 조합을 상대로 제기한 소송비용과 일부손해배상 명목으로 금 OOO원을 지급하기로(제5항) 합의하였다(이하 ‘이사건 협약’이라 한다). 또한 피고(청구인)는 금 OOO원을 지급받음을 조건으로 이 사건 협약에 정한 의무를 성실히 이행하여야 하며, 재건축정비사업시행에 적극 협조하되, 상가점포주총회의의 결의를 얻지 못하거나 상가점포주총회의 소집을 게을리 하여 원고와의 위 협의내용을 이행하지 못하거나, 이를 이행하지 아니할 시에는 원고로부터 받은 위 금 OOO원을 즉시 반납하기로 하였다. 원고는 2004.9.22. 이사건 협약에 따라 피고 청구인에게 금 OOO원을 지급하였으나, 위 금원을 상가협의회에 교부하지 않고 상가를 구입하는 등 개인적인 용도로 사용하였다.”로 판시한 내용이 나타난다.

(다) OOO이 2005.8.4. 청구인을 피고로 하여 이미 지급한 일금 OOO원의 반환을 구하는 소송(서울동부지방법원 2005가합10225호)을 제기하여 승소한 사실이 확인되는바, 청구인이 “OOO이 청구인에게 지급한 쟁점부동산재건축과 관련한 소취하합의금 OOO원에 관한 반환소송을 제기하여 승소함으로서 청구인은 예기치 않은 채무가 발생되었다” 라고 하여, OOO이 청구인 개인의 소송비용 등을 합의에 의하여 지급한 것으로 주장하였는데, 상기 2003가합10030 소유권이전등기 및 명도의 판결내용에서 보듯이 재건축과 관련한 소송비용 등 합의금액을 청구인을 통하여 상가협의회에 전달하여야 할 금액을 청구인이 교부하지 않고 개인용도로 사용한 사실이 확인된다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인이 진행 중이던 소송은 각종 불법행위에 대한 손해배상 청구권 등의 이유로 소송을 제기하여 1심에서 기각된바, 소송의 결과가 쟁점부동산의 양도시기에 영향을 미치지 아니하며 항소를 거쳐 2015.3.26. 대법원 상고심(민사3부)에서 확정(상고기각)된 것으로 나타나는 점,청구인이OOO은 총매매대금 OOO원을 공탁하였고 채권소송에 의해 OOO원의 채권을 매매대금에서 상계하였으며, 추심금 및 신청인의 채권양수도계약에 의거 OOO원 등의 추심금을 지급하여 매매대금 중 OOO원만 미지급된 것으로 나타나는 점, 쟁점부동산 소유권이전등기 및 명도 사건(서울동부지방법원 2003가합10030호)의 판결문상 쟁점부동산의 매매대금은 OOO원으로 결정되었고, 2007.7.20.자 매매를 원인으로 한 각 소유권이전등기절차를 이행하였으며 부동산을 명도할 의무가 있다고 판시하였으므로 매매원인일자 및 양도가액이 확정되었다고 볼 수 있는 점 등에 비추어처분청이쟁점부동산의 소유권이전등기일을 양도시기로 하고 신고불성실 및 납부불성실가산세를 적용하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은달리 잘못이 없다고 판단된다.

(4) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, OOO이 재건축과 관련한 소취하 합의금 OOO원에 관한 반환소송을 제기하여 승소함으로써 청구인은 예기치 않은 채무가 발생되었으므로 그 금액은 매매대금에서 공제되어야 하고, 양도계약의 존재 및 그 효력에 관한 분쟁을 해결하기 위하여 지출한 소송비용은 그 양도계약을 유효하게 성립하게 한 비용으로서 자본적 지출 또는 양도비로 보아야 하므로 양도가액에서 공제하여야 한다고 주장하나, 소취하 합의금 OOO원의 경우 2003가합10030 소유권이전등기 및 명도의 판결내용에서 상가협의회에 교부하지 아니하고 상가를 구입하는 등 청구인의 개인용도로 사용한 사실이 확인된 점, 청구인이 쟁점부동산의 필요경비로 사용하였다고 제출한 OOO원이 상가와 관련한 재건축무효소송 및 재건축결의무효 등 재건축 추진과정에서 발생된 비용이고, 쟁점부동산의 소유권 확보를 위한 양도과정에서 소요된 경비의 지출로 보이지 않는 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 소송비용OOO 등을 쟁점부동산의 필요경비로 인정하지 아니하고 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.