소득세법 제97조 (양도소득의 필요경비계산)

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2006. 6. 20. ●●시 ●●동 72-6 공장용지 4, 770㎡(이하 '이 사건 토지' 라 한다) 및 지상 ① 시멘벽돌조 슬레이트지붕 단층공장 1, 624.98㎡, ② 시멘벽돌조 슬 레이트지붕 단층기숙사 115.5㎡' ③ 시멘벽돌조 슬래브지붕 단층수위실 17.01㎡, ④ 시멘블록조 슬레이트 지붕 단층주택 70.56㎡, ⑤ 시땐블록조 단층주택 68.4㎡, ⑥ 철근콘 크리트조 슬레이트 지붕 단층공장 672㎡, ⑦ 철근콘크리트조 슬레이트 지붕 단층공장 202.12㎡(이하 차례로 '이 사건 ① 건물 내지 ⑦건물이라고 하고, 모두 합하여 '이 사건 건물'이라 한다)를 매매대금 3, 895, 000, 000원에 ▢▢홀딩스 주식회사(이하 '▢▢홀딩스' 라 한다)에 주택건설용지로 양도하였다.

나. 원고는 2006. 8. 31. 피고에게, 취득일자를 1988. 12. 31.(양도소득금액계산서명세 서상의 1998. 12. 31.은 오기로 보인다)로 하되 이 사건 토지에 대하여는 기준시가에 의하여 취득가액 (491, 064, 240원)과 양도가액(2, 132, 190, 000원)을 산정하고, 이 사건 건물에 대하여는 취득가액을 기준시가에 의하여 299, 295, 522원(= 150, 599, 318원 + 7, 672, 676원 + 141, 023, 528원)으로, 양도가액을 실지거래가액에 의하여 '0원'으로 산정 하면서 이 사건 토지의 필요경비를 14, 731, 927원으로, 이 사건 건물의 필요경비를 8, 978, 864원으로 산정하여 별지 세액산출표 '당초신고'란 기재와 같이 양도소득과세표 준예정신고를 한 후 양도소득세 287, 609, 490원을 납부하였다.

다. 피고는 2007. 3. 15. 원고의 양도소득과세표준예정신고를 검토한 다음, 이 사건 제2호에 규정된 자산의 양도차익을 산정함에 있어 양도 당시의 실지거래가액만 확인되고 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우 그 취득가액을 취득 당시의 매매사례가액・감정가액・환산가액이나 기준시가를 적용한 가액에 의하여 산정할 수 있도록 허용하고 있을 뿐이므로 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없다는 사유만으로 양도가액을 기준시가에 의하여서는 아니 되고, 또한 양도차익을 산정함에 있어 원고는 실지거래가액에 의할 것인지 또는 기준시가에 의할 것인지를 선택 할 수 있으므로, 양도가액을 기준시가에 의하여 산정한 이 사건 처분은 위법하다.

(3) 법제114조제5항,시행령제176조의2 제3항의각취지에비추어볼때양도당시또는취득당시의실지거래가액을인정또는확인할수없는경우에는대통령령이정하는바에따라양도가액또는취득가액을매매사례가액,감정가액,환산가액또는기준시가등에의하여추계조사하여결정하여야할것이므로,이사건건물의양도가액은 '0원'이나이사건건물의취득당시의실지거래가액을인정또는확인할수없는이사건에서이사건건물의취득가액은기준시가를적용하고양도가액은 '0원'으로하여양도차익이산정되어야함에도양도가액을기준시가에의하여한이사건처분은위법하다.

(4) 1997. 4. 8. 개정된 소득세법 기본통칙 97-10의 규정에 의하면, 토지와 건물을 함께 취득한 후 토지의 이용 편의를 위하여 당해 건물을 철거하고 토지만을 양도하는 경우로서 그 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우에 철거된 건물의 취득 가액과 철거비용의 합계액에서 철거된 잔설처분가액을 차감한 잔액을 양도자산의 필요 경비로 하고, 양도차익을 기준시가로 산정하는 경우에는 철거된 건물의 취득 당시의 기준시가를 필요경비에 산입하여야 하는바, 피고는 이 사건 건물의 양도차익을 경정함에 있어 양도가액은 '0원'으로 하고 이 사건 건물의 취득 당시의 기준시가를 필요경비 에 산입하여 양도차익을 산정하여야 할 것임에도 이 사건 건물에 대하여 실지거래가액 이 확인되지 않는다는 이유로 양도가액을 기준시가에 의하여 한 이 사건 처분은 위법 하다.

(5) 피고는이사건처분을함에있어이사건토지의취득가액을491, 061, 960원으로산정하였으나,이사건토지의취득당시의기준시가는491, 064, 240원이므로과소하여부당하다.

(6) 피고가제출한이사건양도소득과세표준과세액의경정처분문서에는이사건

건물의 취득가액을 산정한 근거가 없으므로 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

소득세법 제94조 (양도소득의 범위)

소득세법 제97조 (양도소득의 필요경비계산)

다. 인정사실

(1) 원고는1984. 2. 28. 이사건토지와건물을매수하여1988. 12. 31. 원고명의로각소유권이전등기를경료하였다.

(2) 원고는2004. 3. 10. 주식회사◇◇주택(이하 '◇◇주택'이라한다)과사이에이사건토지와건물에대하여매매대금3, 463, 000, 000원으로정하여계약금176, 750, 000 원은같은해4. 8.,중도금1, 767, 500, 000원은같은해7. 16.,잔금1, 518, 750, 000원은같은해9. 16. 지급하기로하는내용의매매계약을체결하였으나,◇◇주택은계약금만지급하고중도금잔금은지급하지않았다.

(3) 원고는 2006. 6. 12. ▢▢홀딩스와 사이에, 원고가 ◇◇주택으로부터 받은 계약금 176, 750, 000원을 매매대금의 일부로 인정하는 조건으로 매매대금을 3, 895, 000, 000원으로 정하여 이 사건 토지와 건물에 대한 매매계약을 체결하였고, 그때 계약금 2억 원은 2006. 6. 13.까지 지급하고, 잔금 3, 518, 250, 000원은 2006. 7. 11.까지 지급하되, 잔금 중 2억 원은 이 사건 건물 중 임차인들이 인도하지 않고 있는 건물 부분에 대한 명도 이행보증금으로 하여 원고와 ▢▢홀딩스 명의로 된 은행계좌에 입금하기로 하였다.

(4) ▢▢홀딩스는 2006. 6. 20. 이 사건 건물의 명도 이행보증금 2억 원을 원고와 ▢▢홀딩스의 공동 명의의 계화에 입금하였고, 원고는 2007. 1. 4. 이 사건 건물의 임차 인 박○자, 김○도, 배○숙 등을 상대로 한 대구지방법원 2006가단86174호 건물명도 등 청구소송에서 승소판결을 받았으며, ▢▢홀딩스는 2007. 9. 27.경 이 사건 건물을 명도받아 그 무렵 이 사건 건물을 철거하였다.

(5) 원고가양도소득과세표준예정신고에는수기로 '건물가는0으로총매매대금은토지평당270만원으로산정함'이라는내용이기재된2006. 6. 12.자변경계약서(갑제3 호증의5,이하 '이사건계약서'라한다)가첨부되어있고이사건건물을취득할당시설지거래가액을알수있는증빙자료는제출되지않았다.

한편,▢▢홀딩스는2007. 5. 7. 피고에게,원고와▢▢홀딩스사이에2006. 6. 12.

작성된 '변경계약서'를제출하였는데,위 '변경계약서'에는이사건계약서와달리 '건물가는0으로,총매매대금은토지평당270만원으로산정함'이라는내용이기재되어있지않고,▢▢홀딩스가2006. 6. 20. ●●시장으로부터검언을받은매매계약서에는특약사항으로 '소유권이전후건물멸실예정이므로건물가액은없는것으로한다'는내용이기재되어있다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3호증의 3, 4, 5, 갑 제4호증의 2, 갑 제8호증, 갑 제9호증의 1, 2, 갑 제10호증의 1 내지 5, 을 제2호증의 1, 2, 제1심 법원의 ▢▢홀딩스 주식회사에 대한 사실조회결과 변론 전체의 취지

라.판단

(1) 원고의첫째주장에대하여

법 제96조 제1항은 법 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액에 의한다고 규정하고, 같은 조 제2항은 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호 의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의 한다고 규정하면서, 제6호에서 양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 법 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서 장에게 신고하는 경우를 들고 있으며, 법 제97조 제1항은 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 규정하면서, 제1호 가목 단서에서 법 제96조 제2항 각 호외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산 의 취득 당시의 기준시가를 취득가액을 들고 있는바, 자산을 양도한 경우에 자산의 양도차익예정신고나 과세표준확정신고시 실질거래가액을 증명하는 증빙서류의 제출이 없었던 경우 또는 그 신고 시 제출한 증빙서류에 의하여 취득가액 또는 양도가액 중 어느 하나만의 실지거래가액이 확인되는 경우에는 기준시가에 의하여 양도차익을 산정 하여야 한다.

이 사건에서 이 사건 건물의 양도 당시의 실지거래가액이 확인되는지에 관하여 보건 대, 위 인정사실에 나타나는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고가 ◇◇주택과 사이에 매매 계약을 체결함에 있어 이 사건 토지와 건물의 가액을 합산하여 매매대금을 실지거래가액에 대한 구분이 불가능하더라도 위 규정에 따라 이 사건 건물의 실지거래 가액을 정할 수 있다고 할 것이다.

그러나 법 제100조 제2항의 규정에 따라 양도 당시의 이 사건 건물의 실지거래가액 을 산정할 수 있다고 하더라도 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정하기 위해서는 원고가 확정신고기한까지 이 사건 건물의 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 신고하여야 할 것인데, 앞서 본 바와 같이 원고는 위 기한까지 이 사건 건물의 취 득 당시의 실지거래가액과 그에 대한 증빙서류를 제출하지 아니하였으므로, 2006. 12. 31. 이전에 양도한 이 사건 건물에 대한 양도차익을 산정함에 있어서는 법 제96조 제2 항에 따라 기준시가에 의하여야 하고, 이 사건 건물의 양도가액을 기준시가에 의하는 경우 그 취득가액은 법 제100조 제1항에 따라 기준시가를 적용하여야 하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 원고의둘째주장에대하여

살피건대, 법 제96조 제1항, 제2항 및 제97조 제1항의 각 규정에 비추어 보면, 법 제 94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 토지, 건물 등의 자산을 2006. 12. 31.까지 양도하는 경우에는 법 제96조 제2항 각 호에 규정된 경우를 제외하고는 그 자산의 양도가액은 양도 당시의 기준시가에 의하여야 할 것인바, 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 건물의 취득 당시의 실지거래가액과 그에 대한 증빙서류를 확정신고기한까지 신고하지 아니하여 법 제96조 제2항 제6호의 요건을 충족하지 못하였고 달리 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 자료도 없어 이 사건 건물의 양도가액과 취득가액은 기준시가에 의하여야 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

(3) 원고의셋째주장에대하여

법 제114조 제4항에 의하면, 법 제114조 제5항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정 할 수 있는 경우는 법 제96조 제1항, 제96조 제2항 제6호 및 제97조 제1항 제l호 가목 본문의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우, 즉 자산의 양도가액을 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액에 의하거나, 양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 확정신고기한까지 신고한 경우라고 할 것인데, 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 건물의 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 신고하지 아니하여 이 사건 건물은 기준 시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이고, 따라서 이 사건 건물의 양도차익은 법 제114조 제5항에 의하여 양도가액 또는 취득가액을 추계조사하여 결정 또는 경정 하여야 하는 경우에 해당되지 아니하므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

(4) 원고의넷째주장에대하여

살피건대, 소득세법 기본통칙 97-10의 규정은 토지와 건물을 함께 취득한 후 토지의 이용 편의를 위하여 당해 건물을 철거하고 토지만을 양도하는 경우에 건물의 취득가액 과 철거비용 등을 필요경비에 산입하여 양도차익을 산정하여야 한다는 취지의 규정인 데, 원고가 ▢▢홀딩스와 사이에 이 사건 건물을 철거하고 토지만을 양도하기로 매매 계약을 체결하였음을 인정할 증거가 없어 이 사건 건물의 양도가액을 '0원'으로 할 수 는 없다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

(5) 원고의다섯째주장에대하여

(가) 납세의무자가 세법의 규정에 의해 부담하는 납세의무를 확정짓는 절차로서 과세관청이 그 과세표준과 세액을 구체적으로 산출 결정하게 되는 과정에 있어 과세청의 계산방식 등에 잘못이 있다 하더라도 그와 같이 하여 부과고지된 세액이 원래 당해 납세의무자가 부담하여야 할 정당세액의 범위를 넘지 아니하는 결과로 되고 그 잘못된 방식이 과세단위와 처분사유의 범위를 달리하는 정도의 것이 아니라면 그 정당세액 범 위 내의 부과고지처분이 위법하다 하여 취소할 것은 아니며(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10695 판결 등 참고), 과세처분취소소송에 있어서 심리의 대상은 과세관청이 결정 한 과세가액의 존부이고, 소송당사자는 사실심 변론종결 시까지 과세표준액 등의 존부 내지 범위에 관한 모든 자료를 제출하고 그 때까지 제출된 자료에 의하여 과세처분의 적법 여부를 심판해 줄 것을 주장할 수 있다(대법원 2004. 5. 14. 선고 2003두12615 판결 등 참고).

(나) 시행령 제164조 제4항은 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의하여 1990. 8. 30. 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득 당시의 기준시가는 '1990년 1월 1일을 기준으로 한 개별공시지가 x 취득당시의 시가표준액 ÷ 1990년 8월 30일 현재의 시가표준액과 그 직전에 결정된 시가표준액의 합계액을 2로 나누어 계산 한 가액'에 의하여 계산한 가액으로 하며, 이 경우 시가표준액은 법률 제4995호로 개정되기 전의 지방세법상 시가표준액을 말한다고 규정하고 있다.

이 사건에서 보건대, 이 사건 토지의 1990. 1. 1. 기준의 개별공시지가는 210, 000원, 취득 당시의 시가표준액은 27, 600원, 1990. 8. 30. 현재의 시가표준액은 60, 400원, 1990. 8. 30. 직전에 결정된 시가표준액은 52, 200원인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 이 사건 토지의 취득 당시의 기준시가를 계산하면 491, 064, 298원[4, 770㎡ x 210, 000원 x 27, 600원/{(60, 400원 + 52, 200원) ÷ 2}]이 된다.

(다) 시행령 제164조 제5항은 법 제99조 제1항 제1호 나목의 규정에 의한 기준시가가 고시되기 전에 취득한 건물의 취득 당시의 기준시가는 '국세청장이 당해 자산에 대 하여 최초로 고시한 기준시가 x 당해 건물의 취득연도・신축연도・구조・내용연수' 등을 감안하여 국세청장이 고시한 기준율로 계산한 가액'에 의하여 계산한 가액으로 한다고 규정하고 있다.

을 제4호증의 기재에 의하면, 피고가 이 사건 처분시 산정한 이 사건 건물의 취득 당시의 기준시가는 186, 761, 348원이고, 정당한 취득 당시의 기준시가는 185, 879, 540원 이며, 구체적 내역은 아래 표와 같다(이 사건 ② 건물의 신축연도가 1974년임에도 피고 는 이 사건 처분 시 위 건물의 신축연도를 1975년으로 잘못 적용하여 산정하였다).

(라) 위에서 산정한 바에 따라 이 사건 토지의 취득 당시의 기준시가를 491, 064, 298 원으로, 이 사건 건물의 취득 당시의 기준시가를 185, 979, 540원으로 산정하고, 이 사건 토지와 건물의 양도 당시의 각 기준시가에 따라 이 사건 토지 및 건물의 양도에 따른 정당한 세액을 계산하면 별지 세액계산표 '정당한 세액'란 기재와 같이 59, 607, 086원이 된다 할 것인데, 이 사건 처분에 따른 세액은 59, 317, 800원으로 정당한 세액에 미달하므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(6) 원고의여섯째주장에대하여

국세징수법제9조제l항은세무서장또는시장・군수가국세를징수하고자할때에는납세자에게그국세의과세연도・세목・세액및그산출근거・납부기한과납부장소를명시한고지서를발부하여야한다고규정하고있고,법제114조제6항,시행령제177조제1항은거주자의양도소득과세표준과세액을결정또는경정한때에는과세표준과세율・세액기타필요한사항을납세고지서에기재하여서면으로통지하여야한다고규정하고있는바,양도소득과세표준과세액을통지함에있어과세표준의기재에있어서그귀속연도와과세표준만을기재하면족하고그과세표준의구체적내용인각양도부동산의양도차익까지기재할필요는없다.

갑제1호증의1의기재및변론전체의취지에의하면,피고는이사건처분시납세고지서에과세연도,세목,과세표준,세액및그산출근거등을명시하여원고에게통지한사실을인정할수있으므로,피고로서는적법한납세고지서에의한통지를하였다할것이고,나아가원고가주장하는바와같은이사건건물의취득가액의산정근거를밝히지않았다고하더라도이사건처분이절차상위법하다고할수없으므로원고의이부분주장도이유없다.

3. 결론

그렇다면,원고의이사건청구는이유없어이를기각할것인바,제1심 판결은이와결론을같이하여정당하고원고의항소는이유없으므로이를기각하기로하여주문과같이판결한다.