피고가 2008. 12. 1. 원고에게 한 2001년 귀속 종합소득세 000원, 2002년 귀속 종합소득세 000원 부과처분을 취소한다.

2. 원고가 한 나머지 항소를 기 각한다.

3. 소송총비용 중 30%는 원고가,70%는 피고가 부담한다.

가. 원고는 XX 주식회사(이하 'XX'라고 한다)에서 2000. 9. 26.부 터 2005. 4. 17.까지 대표이사로 재직하였다.

나. XX는 2001 사업연도부터 2003 사업연도까지 부가가치세 등을 신고하면서 OO케미칼 주식회사(이하 'OO케미칼'이라고 한다)로부터 000원 상당의 물품을 구입한 것으로 하여 그 금액에 해당하는 매입세금계산서를 제출하고, 그 매입액을 손금산입하였다.

다. 피고는 2004. 7. 20.부터 2004. 10. 15.까지 XX에 대한 세무조사를 실시하여 위 매입세금계산서가 실물 거래 없이 교부된 가공의 세금계산서로 판단하고 2005. 1. 3. XX에 부가가치세 000원과 법인세 000원을 부과 하고 가공매입 부분을 익금산입하여 대표이사인 원고에게 인정상여로 귀속되는 것으로 하여, 원고의 2001 사업연도 소득을 000원, 2002 사업연도 소득을 000원, 2003 사업 연도 소득을 000원으로 하는 합계 000원의 소득금액변동통지(이하 '이 사건 소득금액변동통지'라고 한다)를 하였고, 이 사건 소득금액변동통지가 2005. 1. 5. XX에 도달하였다. XX는 2005. 2. 10. 이 사건 소득금액변동통지에 따라 원천징수세액에 관하여 신고하였으나 그 신고금액을 납부하지 않았다.

라. 피고는 XX가 이 사건 소득금액변동통지에 따른 소득세 원천징수의무를 이행하지 않자 2005. 4. 8. XX에 원천징수 소득세 000원 징수처 분을 하였다.

마. XX가 2005. 9. 28. 폐업신고를 하자 피고는 2005. 9. 30. XX에 징수처분하였던 소득세에 대하여 무재산 등을 이유로 결손처분을 하였는데, 중부지방국세청의 감사 지적에 따라 2008. 12. 1. XX에 하였던 소득세 000원 징수처분을 취소하고, 원고에게 2001년 귀속 종합소득세 및 가산세 000원, 2002년 귀속 종합소득세 및 가산세 000원, 2003년 귀속 종합소득세 및 가산세 000원 등 합계 000원 부과처분을 하였다(이하 각 연도의 종합소득세 및 가산세 부과처분을 '2001년 종합소득세 처분' 등으로 약칭하고, 부과처분을 모두 합 하여 '이 사건 부과처분'이라고 한다).

바. 원고는 2009. 3. 10. 국세청장에게 이 사건 부과처분에 대하여 심사청구를 하였으나 국세청장은 2010. 3. 30. 심사청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1에서 3, 5호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 기재, 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고가 한 주장

1) 2001년 종합소득세 처분과 2002년 종합소득세 처분은 5년의 부과제척기간이 도과된 이후에 한 것이므로 위법하다.

2) 이 사건 부과처분은 중복 세무조사 금지 규정을 위반한 것이다.

3) 인정상여처분에 따른 소득세를 대표이사에게 직접 부과하려면 대표이사에게 직접 소득금액변동통지를 하여야 하는데도 피고가 원고에게 소득금액변동통지를 하지 않고 이 사건 부과처분을 한 것은 위법하다.

4) OO케미칼로부터 수취한 세금계산서상 매입액은 XX가 하도급업자인 최AA, 안BB에게 실제 인건비를 지급하였으나 하도급업자들이 사업자등록이 없어 OO케미칼 명의로 세금계산서를 받은 것이므로 공사원가로 인정되어야 한다. 따라서 피고가 공사원가로 지급된 금액을 손금으로 인정하지 않고 인정상여처분을 한 것 은 위법하다.

5) XX에 이 사건 소득금액변동통지를 할 무렵 XX는 재산이 있었으므로 결손처분 사유에 해당되지 않는데도 피고가 결손처분을 하였다. 결손처분 자체에 위법이 있으므로 이를 전제로 한 이 사건 부과처분은 위법하다.

6) 피고는 원고에게 소득금액변동통지를 하고 그 통지에 따른 추가선고 자진납부 기한의 다음날부터 납부불성실가산세를 부과하여야 하는데도, 원고에게 소득금액변동 통지도 하지 않고 납부불성실가산세를 부과한 것은 위법하다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 부과제척기간 관련 주장에 관한 판단

과세관청이 사외 유출된 익금액을 대표자에게 귀속된 것으로 보고 상여로 소득처분을 한 경우 원천징수 소득세의 납부의무자인 법인에 대해서는 소득금액변동통지서가 당해 법인에 송달된 날에 그 소득세 원천징수의무가 성립하는 것과 달리, 그 소득의 귀속자에 대해서는 법인에 대한 소득금액변동통지가 송달되었는지와 상관없이 익금이 발생한 당해 사업연도 중에 근로를 제공한 날이 수입시기가 되므로, 소득 귀속자의 종합소득세(근로소득세) 납세의무는 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제21조 제l항 제1호에 따라 당해 소득이 귀속된 과세기간이 종료 하는 때에 성립한다. 따라서 인정상여처분에 따른 원고의 2001년도와 2002년도에 귀속 되는 인정상여소득에 대한 종합소득세 납세의무는 당해 과세기간이 종료하는 때에 성립하고, 그 부과제척기간의 기산일은 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제70조 제1항에 따라 종합소득세 신고기한 다음 날인 2002. 6. 1. 및 2003. 6. 1. 이 다.

한편 XX가 OO케미칼로부터 허위의 세금계산서를 수취하여 장부상 매입액으로 손금산입한 것은 법인세 및 부가가치세를 포탈하기 위한 행위이고, 그 금원이 사외유출되어 그 귀속자가 밝혀지지 않음에 따라 XX의 대표이사인 원고가 인정상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 말미암아 부과될 소득세를 포탈하기 위한 것으로 보기는 어려우므로, 그 인정상여처분으로 인한 소득세는 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우라 볼 수 없어 그 부과제척기간은 5년 이다(대법원 2010. 12. 23. 선고 2008두10522 판결 등 참조).

이에 대하여 피고는 인정상여처분이 있어야 비로소 그 소득이 소득세법상 근로소득세 과세대상이 되므로, 소득금액변동통지가 있었던 때로부터 그 소득세의 부과제척 기간이 기산된다는 취지로 주장한다. 그러나 소득금액변동통지를 할 때에 비로소 원천 납세의무자의 소득세에 대한 부과제척기간이 기산된다고 한다면, 과세관청은 법인세 부과제척기간 범위 내에서 소득금액변동통지를 할 수 있고, 다시 그때부터 소득세에 대한 부과제척기간이 기산됨으로써 납세자의 지위를 장기간 불안정하게 하여 부당하고, 과세관청의 징수 편의를 위하여 탄생한 원천징수제도로 말미암아 원천납세의무자의 실체적 지위가 더 불리해져서는 안되므로, 이 부분 피고 주장은 이유 없다.

이 사건 부과처분 중 2001년 종합소득세 처분과 2002년 종합소득세 처분은 제척 기간을 도과하여 한 것이므로 위법하다.

라. 중복 세무조사 금지 규정 위반 주장에 관한 판단

국세기본법 제81조의4 제2항에 의하면, 세무공무원은 일정한 사유가 있는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다고 규정하고 있다. 이 사건 부과처분은 XX에 대한 결손처분 이후 대표이사인 원고에게 소득세를 부과하여야 하는데도 부과하지 않았다는 중부지방국세청의 감사 지적에 따라 소득세를 부과한 것일 뿐 중복하여 세무조사를 한 결과에 따라 소득세를 부과한 것이 아니다. 이 부분 원고 주장은 이유 없다.

마. 원고에게 소득금액변동통지를 하지 않았다는 주장에 관한 판단

소득세법 시행령 제192조 제1항은 "법인세법에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분( r국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제25조 제6항에 따라 처분된 것으로 보는 경우를 포함한다)되는 배당 • 상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일 이내에 기획재정부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다. 다만 당해 법인의 소재지가 분명하지 아니하거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우 또는 당해 법인이 「국세징수법」 제86조 제1항 제1호 • 제2호 및 제4호의 규정에 해당하는 경우에는 당해 주주 및 당해 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지하여야 한다 고 규정하고 있다.

피고는 2005. 1. 7.경 XX에 이 사건 소득금액변동통지를 하였으므로, 그와 별도로 원고에게 소득금액변동통지를 하여야 하는 것은 아니다. 따라서 원고에게 소득금액변동통지를 하지 않았다고 하더라도 2003년 종합소득세 처분이 위법하다고 볼 수 없다(덧붙여 보건대, 원고는 이 사건 소득금액변동통지가 XX에 도달하였을 당시 XX의 대표이사였으므로, 이 사건 소득금액변동통지 내용을 잘 알 고 있었다고 판단된다). 이 부분 원고 주장은 이유 없다.

바. 공사원가로 사용하였다는 주장에 관한 판단

갑 제2에서 8호증, 갑 제16에서 21호증의 기재, 이 법원에서 한 반윌농협 본오지점장, 외환은행장, 우리은행장, 농협중앙회장에 대한 금융자료 제출명령 결과와 제1심 증인 최AA의 증언만으로는 원고가 주장하는 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

오히려, 갑 제1호증, 을 제6호증의 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래 사정에 비추어 보면, XX가 OO케미칼로부터 받은 세금계산서를 가공의 세금계산서로 보고, 그 금액이 원고에게 인정상여로 귀속되는 것을 전제로 한 2003년 종합소득세 처분은 적법하다. ① XX의 2002년 수입은 000원 인데 비하여 XX가 2002년에 OO케미칼로부터 수취한 세금계산서상의 공급가액은 000원이다. ② XX는 이 사건 소득금액변동통지를 받고 이에 관하여 이의하지 않았을 뿐만 아니라 그 부분 사실을 인정하였다. ③ OO케미칼은 건설업을 하는 업체가 아니라 제조업을 하는 업체이다. ④ XX가 2002. 7. 30. OO케미칼 계좌로 입금한 000원과 2002. 8. 2. 입금한 000원 이 같은 날 전액 현금으로 출금되었고, 출금대체분에 대한 조사 결과 2001. 12. 27. 출금액 중 000원, 2001. 12. 28. 출금액 중 000원, 2003. 9. 1. 출금액 중 000원이 원고의 아내인 오CC 계좌로 입금되었다. 이 부분 원고 주장은 이유 없다.

사. 결손처분 관련 주장에 관한 판단

갑 제24에서 27호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, XX는 2005. 1. 5.경 YY공제조합 출자증권 190좌(1좌당 000원)를 가지고 있었고, 2004. 12. 31.자 대차대조표상에는 2004년에 공사미수금 000원, 차량 등 유형자산 000원이 있는 것으로 적혀 있는 사실, 피고가 2005. 2. 17. 건설공제조합의 출자증권을 압류한 사실을 인정할 수 있으나, 한편 XX는 2005. 9. 28. 폐업신고를 하였고 XX에 부과된 부가가치세 및 법인세가 000원과 000원인 사 실은 앞서 본 바와 같다.

따라서 피고가 건설공제조합의 출자증권을 압류하였다 하더라도 대차대조표상 미수금의 존재 및 회수 여부가 불투명하며, XX가 폐업하여 유형 자산의 존재 역시 불분명한 상황이었으며, 그 재산이 XX에 부과된 부가가치세 및 법인세 에도 미치지 못하는 상황에서 피고가 XX의 재산이 없는 것으로 보아 XX에 징수처분하였던 소득세에 대하여 결손처분한 것은 적법하다. 이 부분 원고 주장은 이유 없다.

아. 가산세에 대한 주장에 관한 판단

XX에 이 사건 소득금액변동통지를 한 이상 원고에게 소득금액변동통지를 할 필요는 없다. 이와 다른 전제에 선 원고 주장은 이유 없다

3. 결론

제1심 판결 중 2001년 종합소득세 처분과 2002년 종합소득세 처분에 관한 원고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 2001년 종합소득세 처분과 2002년 종합 소득세 처분을 취소한다. 원고가 한 나머지 항소를 기각한다.