가. 청구인은 1977.12.26. OOO답 2,885㎡ 및 2000.11.3. 같은 리 OOO답 190㎡(이하 2필지 답 3,075㎡를 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후 2013.8.6. OOO만원에 양도하였고, 양도소득세 신고시 「조세특례제한법」 제69조를 적용하여 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면신청을 하였다.

나. 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 조사 및 과세기준자문 신청을 한 결과, 쟁점토지의 농지 여부 판정기준일은 양도일로서 쟁점토지가 양도일 현재 농지가 아닌 것으로 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 2014.11.13. 청구인에게 2013년 귀속 양도소득세 OOO경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2014.11.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

환지 방식의 도시개발사업의 절차에서 실시계획 인가 후 환지계획 인가(환지예정지 지정) 전에 토지조성공사를 착수하는 것이 보편적인바, 「조세특례 제한법 시행령」 제66조 제5항 제2호는 실제와 부합하지 않고, 환지예정지 지정 전에 착공이 가능하도록 한 「도시개발법」과 부조화를 이룬다.

환지 방식의 도시개발사업에서 실시계획 인가를 받은 사업 시행자는 언제든지 토지조성공사를 시행할 수 있게 되고 착공 후에는 토지 소유자가 본인의 의사와 관계없이 농지로 사용할 수 없게 되는 점을 고려하여 「조세특례 제한법 시행령」 제66조 제5항 제2호는 예외적으로 착공일까지 농지인 경우 양도일 현재 농지로 보아 양도소득세를 감면하도록 규정하고 있다. 쟁점토지는 환지예정지 지정 전에 착공하였지만 환지예정지 지정일부터 3년 이내에 양도하였기 때문에 동 시행령의 취지를 살려 농지로 보아 양도소득세를 감면하여야 한다.

나. 처분청 의견

환지예정지 지정 전 토지조성공사의 착수로 인해 쟁점토지는 양도일 현재 농지에 해당되지 않는바, 「조세특례 제한법 시행령」 제66조 제5항 제2호의 적용을 배제하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

토지조성공사 착수 후 환지예정지 지정이 되고 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전 양도된 쟁점토지의 농지 여부 판정기준일을 토지조성공사 착수일로 보아 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정 적용이 가능한지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) OOO도시개발사업 실시계획 인가 고시’(OOO2007.3.19., OOO고시 제2007-20호), ‘과세기준 자문 재질의 요청’ 공문(처분청, 2014.10.28., 재산법인세과-7043) 등에 따르면 쟁점토지 관련 도시개발사업 및 쟁점토지 양도 등의 경과는 다음 <표1>과 같고, OOO도시개발사업’의 내역은 다음 <표2>와 같다.

(2) OOO홈페이지의 ‘보유문서 목록’ 중 OOO도시개발사업’과 관련된 문서의 제목 및 등록일시는 다음 <표3>과 같다.

(3) 등기사항전부증명서, 청구인에 대한 양도소득세 조사종결 보고서(2014년 4월) 등에 따르면 청구인의 쟁점토지 취득 및 양도내역은 다음 <표4>와 같다.

(4) 청구인에 대한 양도소득세 조사종결 보고서, ‘양도일 현재 농지로 보아 8년 자경 감면 적용 가능 여부’ 공문(국세청 법규과-1162, 2014.11.4.) 및 이 건 양도소득세 경정결의서 등에 따르면 다음과 같이 나타난다.

(가) 처분청은 ‘쟁점토지가 양도일 현재 개발사업이 진행 중인 토지로서 농지가 아닌 것으로 확인되나, 환지예정지 지정일 전 토지조성공사의 착수로 인해 양도일 현재 농지로 이용되지 못한 사정이 있는바, 쟁점토지의 농지 여부 판정기준일을 「조세특례 제한법 시행령」 제66조 제5항 단서 및 제2호의 토지조성공사 착수일이 아닌 같은 항 본문의 양도일로 보아 같은 법 제69조에 따른 양도소득세 감면적용을 부인해야 되는지’에 대해 국세청장에게 과세기준자문을 신청하였다.

(나) 국세청장은 ‘환지처분 전에 토지조성공사의 착수로 경작을 하지 못하게 된 토지로서 그 이후 환지예정지로 지정이 되고 그 환지예정지 지정일로부터 3년이 경과하기 전에 해당 토지를 양도하는 경우에는 「조세특례 제한법 시행령」 제66조 제5항 제2호를 적용할 수 없다’고 회신하였는바, 처분청은 이에 따라 청구인의 같은 법 제69조에 따른 양도소득세 감면신청을 배제하여 이 건 처분을 하였다.

(5) 청구인이 제출한 ‘도시개발사업의 추진절차’라는 문서에는 환지 방식 도시개발사업의 추진절차가 다음과 같이 나타난다.

- 다 음 -

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 환지예정지 지정 전 토지조성공사 착수가 보편적인 점 및 「조세특례 제한법 시행령」 제66조 제5항 제2호의 취지 등을 이유로 이 건 양도소득세를 감면하여야 한다고 주장하나,

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 것(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등, 같은 뜻임)인바, 「조세특례 제한법 시행령」 제66조 제5항 제2호는 ‘해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지’로서 ‘환지예정지 지정 후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우’에 토지조성공사 착수일 현재를 기준으로 농지 여부를 판정하도록 규정하고 있으나, 쟁점토지는 토지조성공사의 시행 후 환지예정지 지정이 이루어져 이에 해당하지 아니하는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지의 농지 여부 판정기준일을 양도일로 보아 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정의 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정된 것)

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정되기 전의 것)

제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

2. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정 후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우 : 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준

⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 「소득세법」 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. (단서 생략)

양도소득금액 × (주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가)/(양도 당시의 기준시가) － (취득 당시의 기준시가)

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

(3) 도시개발법(2013.7.16. 법률 제11923호로 개정된 것)

제35조(환지예정지의 지정) ① 시행자는 도시개발사업의 시행을 위하여 필요하면 도시개발구역의 토지에 대하여 환지 예정지를 지정할 수 있다. 이 경우 종전의 토지에 대한 임차권자등이 있으면 해당 환지예정지에 대하여 해당 권리의 목적인 토지 또는 그 부분을 아울러 지정하여야 한다.

② 제29조 제3항 및 제4항은 제11조 제1항 제5호부터 제11호까지의 규정에 따른 시행자가 제1항에 따라 환지예정지를 지정하려고 할 때에 준용한다.

③ 시행자가 제1항에 따라 환지예정지를 지정하려면 관계 토지 소유자와 임차권자등에게 환지예정지의 위치ㆍ면적과 환지예정지 지정의 효력발생 시기를 알려야 한다.

제36조(환지예정지 지정의 효과) ① 환지예정지가 지정되면 종전의 토지의 소유자와 임차권자등은 환지예정지 지정의 효력발생일부터 환지처분이 공고되는 날까지 환지예정지나 해당 부분에 대하여 종전과 같은 내용의 권리를 행사할 수 있으며 종전의 토지는 사용하거나 수익할 수 없다.

② 시행자는 제35조 제1항에 따라 환지예정지를 지정한 경우에 해당 토지를 사용하거나 수익하는 데에 장애가 될 물건이 그 토지에 있거나 그 밖에 특별한 사유가 있으면 그 토지의 사용 또는 수익을 시작할 날을 따로 정할 수 있다.

③ 환지예정지 지정의 효력이 발생하거나 제2항에 따라 그 토지의 사용 또는 수익을 시작하는 경우에 해당 환지예정지의 종전의 소유자 또는 임차권자등은 제1항 또는 제2항에서 규정하는 기간에 이를 사용하거나 수익할 수 없으며 제1항에 따른 권리의 행사를 방해할 수 없다.

④ 시행자는 제34조에 따른 체비지의 용도로 환지예정지가 지정된 경우에는 도시개발사업에 드는 비용을 충당하기 위하여 이를 사용 또는 수익하게 하거나 처분할 수 있다.

⑤ 임차권등의 목적인 토지에 관하여 환지예정지가 지정된 경우 임대료ㆍ지료(地料), 그 밖의 사용료 등의 증감(增減)이나 권리의 포기 등에 관하여는 제48조와 제49조를 준용한다.

제36조의2(환지예정지 지정 전 토지 사용) ① 제11조 제1항 제1호부터 제4호까지의 시행자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제35조에 따라 환지예정지를 지정하기 전이라도 제17조 제2항에 따른 실시계획 인가 사항의 범위에서 토지 사용을 하게 할 수 있다.

1. 순환개발을 위한 순환용 주택을 건설하려는 경우

2. 「국방ㆍ군사시설 사업에 관한 법률」에 따른 국방ㆍ군사시설을 설치하려는 경우

3. 제7조 제1항에 따른 주민 등의 의견청취를 위한 공고일 이전부터 「주택법」 제9조에 따라 등록한 주택건설사업자가 주택건설을 목적으로 토지를 소유하고 있는 경우

4. 그 밖에 기반시설의 설치나 개발사업의 촉진에 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우

② 제1항 제3호 또는 제4호의 경우에는 다음 각 호 모두에 해당하는 경우에만 환지예정지를 지정하기 전에 토지를 사용할 수 있다.

1. 사용하려는 토지의 면적이 구역 면적의 100분의 5 이상(최소 1만제곱미터 이상)이고 소유자가 동일할 것. 이 경우 국유지ㆍ공유지는 관리청과 상관없이 같은 소유자로 본다.

2. 사용하려는 종전 토지가 제17조 제2항에 따른 실시계획 인가로 정한 하나 이상의 획지(劃地) 또는 가구(街區)의 경계를 모두 포함할 것

3. 사용하려는 토지의 면적 또는 평가액이 구역 내 동일소유자가 소유하고 있는 전체 토지의 면적 또는 평가액의 100분의 60 이하이거나 대통령령으로 정하는 바에 따라 보증금을 예치할 것

4. 사용하려는 토지에 임차권자 등이 있는 경우 임차권자 등의 동의가 있을 것

③ 제1항에 따라 토지를 사용하는 자는 환지예정지를 지정하기 전까지 새로 조성되는 토지 또는 그 위에 건축되는 건축물을 공급 또는 분양하여서는 아니 된다.

④ 제1항에 따라 토지를 사용하는 자는 제28조에 따른 환지 계획에 따라야 한다.

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정의 시행에 필요한 구체적인 절차, 방법 및 세부기준 등은 대통령령으로 정할 수 있다.

(4) 도시개발법 시행령(2012.7.17. 대통령령 제23957호로 개정된 것)

제62조의4(환지예정지 지정 전 토지 사용) ① 법 제36조의2 제1항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지 소유자가 건축물을 신축하여 해당 지역을 입체적으로 개발하려는 경우. 다만, 기존 건축물이나 시설이 이전 또는 철거된 토지로 한정한다.

2. 공원 등 기반시설을 설치하려는 목적으로 토지를 소유하거나 매입한 경우