원심판결 이유에 의하면, 원심은 원고가 1988.3.7.경 소외인으로부터 군사시설 보호구역으로 지정된 이 사건 토지를 증여받아 같은 해 3.8. 소유권이전등기를 마치고 원고법인 소정의 내부절차를 밟아 같은 해 7.14. 교육부장관에게 교육용 재산취득보고를 하고 나아가 1989.6.21. 국방부장관에 대하여 군사시설 보호구역해제를 요청한 사실은 인정되나 원고 법인이 이 사건 토지를 취득하기 이전에 위 토지일대가 이미 군사시설 보호구역으로 지정되어 건축 또는 사용이 금지되어 있었던 이상 원고가 이 사건 토지를 취득하여 교육부장관에게 교육용 기본재산으로 보고하고 국방부장관에게 군사시설 보호구역해제를 요청하였다는 점만으로는 원고가 위 토지를 취득한 후 1년이 내에 법인고유의 목적에 직접 사용하지 아니함에 정당한 사유가 있었다고 볼 수 없다고 판시하였다.

그러나 지방세법 제112조 제2항 , 같은법시행령 제84조의4 제1항 은 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년이 내에 정당한 사유 없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 비업무용 토지로 보아 일반 토지보다 높은 취득세율을 적용하도록 규정하고 있고, 위와 같이 법인의 비업무용 토지에 대하여 취득세를 중과하는 취지는 법인의 고유업무와 관련이 없는 사업에 불필요한 투자를 억제하고 토지에 대한 투기를 세제면에서 규제하는 한편 이미 소유하고 있는 비업무용 토지의 매각을 촉진하여 사장된 자금의 생산자본화로 기업자금운영의 적정화를 유도하려는 데 그 목적이 있다 할 것인바, 위에서 본 원심 인정사실에 의하면 원고는 학교법인으로서 이 사건 토지를 유상취득 한 것이 아니라 기증받아서 비수익사업의 교육용 기본재산에 편입시켜 그에 따른 사용계획을 세워 군사시설 보호구역에 따른 법령상의 사용제한의 해제를 위하여 노력하였으나 그 해제가 되지 아니하여 그 고유의 목적에 직접 사용하지 못한 것이 명백한 이상 위에서 본 바와 같은 취득세 중과세의 입법취지에 비추어 보면 비록 원고가 이 사건 토지를 증여받을 당시에 이미 그 사용제한의 내용을 알고서 이를 취득한 것이라고 하더라도 그 고유목적에 직접 사용하지 아니하는 데 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것이다.

그럼에도 불구하고 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 1년 이내에 법인고유의 목적에 직접 사용하지 아니함에 정당한 사유가 있었다고 볼 수 없다고 본 원심의 판단에는 위 지방세법의 규정의 법리를 오해한 위법이 있다 할 것이므로 이 점을 지적하는 논지는 이유 있다 할 것이다.

그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.