2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 이를 5분하여 그 2는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

"가. 원고의 남편 홍AA은 1990. 2. 20.경 ○○ ○○구 ○○동 238-3, 5, 6 등 3필지 토지와 그 각 지상 가옥 등을 매수한 후 그 가옥 등을 철거하고, 1991. 7. 21.경 위 3 필지 대지 423㎡ 지상에 근린생활시설인 건물 1,214.63㎡(이하 '이 사건 건물'이라 한 다)를 신축하였다. 한편, 위 3필지 토지는 1990. 11. 6.경 및 1999. 10. 15.경 2회에 걸쳐 위 ○○동 238-3 대지 423㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)로 합병되었다(이하, 이 사건 토지와 건물을이 사건 부동산'이라 한다).",나. 원고는 1998. 11. 9. 이 사건 부동산의 임 대차보증금반환채무 3억 6,000만 원을 인수하기로 하고서 홍AA으로부터 이 사건 부동산을 증여받아 취득하였다.

다. 원고는 2002. 5. 15. 이 사건 부동산을 BB욱 외 1인에게 양도한 후, 2003. 5. 31. 실지거래가액으로 양도가액은 1, 360,000,000원, 취득가액을 1,297,127,200원, 기타 필요경비를 140,158,279원으로 산정하여 양도소득이 없다는 내용으로 양도소득과세표준 확정신고를 하였다.

라. 이에 피고는 세무조사를 거쳐 2008. 4. 14. 원고에게, 이 사건 부동산의 양도가 액은 실지양도가액으로 본 1,750,000,000원으로 하고, 취득가액은 이 사건 부동산의 증여가 부담부 증여임을 이유로 이 사건 부동산 가액을 원고가 인수한 위 임대차보증금 반환채무 3억 6,000만 원에 상당하는 부분(이하 '채무부담부분'이라 한다)과 이를 제외한 수증부분(이하 '수증부분'이라 한다)으로 나누어 산출하여 이를 합산하되, 계약서 ・ 장부 기타 증빙서류에 의하여 이 사건 부동산의 취득 당시 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없다고 보아 채무부담부분 취득일을 1990. 2. 20., 수증부분 취득일을 1998. 11. 9.로 하여 구 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제114조 제5항, 구 소득세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제176조의2 제2항 제2호를 적용하여 아래 〈취득가액 산정내역〉과 같이 그 각 취득가액을 환산가액으로 산출하여 합산한 1,352,697,965원, 필요경비는 89,257,342원으로 계산하여 산정한 2002년 귀속 양도소득세 123,837,810원을 경정 ・ 고지하는 이 사건 처분을 하였다.

〈취득가액 산정내역〉

・ 이 사건 부동산의 취득가액 1,352,697,965원

0

・ 채무부담부분 환산취득가액 529,991,565원

0

・ 수증부분 환산취득가액 822,706,400원(원 미만 버림. 이하 같다.)

0

[인정근거] 갑 제1, 2, 4호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하다.

(1) 홍AA의 부동산임대업 관련 장부에 의하여 수증부분의 취득 당시 실지거래가액을 1,297,127,200원으로 인정할 수 있으므로, 수증부분의 취득가액은 실지거래가액인 위 금액을 기준으로 산정하여야 함에도, 피고가 수증부분의 취득가액을 환산가액으로 산정한 것은 잘못이다. 설사 수증부분의 취득가액을 환산가액으로 산정하여야 한다고 하더라도, 환산가액 산정의 기준이 되는 취득 당시의 기준시가는 합병 전 토지의 기준시가와 철거된 건물의 기준시가를 합산하여 산정하여야 함에도, 피고가 그 토지의 취득 당시의 기준시가만을 기준으로 수증부분의 환산취득가액을 산정한 것은 잘못이다. 또한, 원고의 남편 홍AA은 애초 합병 전 위 3필지의 토지 및 그 지상 건물들을 취득하여 구 건물들을 철거하고 위 3필지를 사실상 1단지로 하여 상업용 건물인 이 사건 건물을 신축하였으므로, 홍AA이 합병 전 위 3필지의 토지를 취득할 당시 이미 상업용 용지로 보아야 함에도, 피고가 수증부분의 취득가액을 환산가액으로 산정함에 있어 합병 전 토지의 기준시가를 그 취득 전인 1990. 1. 1.자 단독주택용 토지의 개별공시지가를 기준으로 하여 개별적으로 산출하여 이를 합산함으로써 그 환산취득가액을 과소하게 산출하였다. 따라서 이 사건 처분은 실질과세의 원칙 내지 과잉금지의 원칙에 위배된다.

(2) 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 이 사건 부동산의 실지양도가액으로 본 1,750,000,000원 중 200,000,000원은 양수인 BB욱 등이 양도 당시 이 사건 건물에서 고시원을 운영하던 임차인으로부터 고시원시설을 매입하면서 지급한 것이어서 이 사건 부동산의 양도가액이라고 할 수 없으므로, 이 사건 부동산의 실지양도가액은 위 1,550,000,000원(= 1,750,000,000원 - 200,000,000원)으로 보아야 한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 부동산의 취득가액

(가) 부담부 증여로 취득

원고가 1998. 11. 9. 이 사건 부동산을 홍AA으로부터 증여받으면서 그 임대차보증금반환채무 3억 6,000만 원을 인수한 사실, 원고가 2002. 5. 15. 이 사건 부동산을 양도한 사실은 위에서 본 바와 같으므로, 원고는 이 사건 부동산을 부담부 증여로 취득하여 이를 보유하다가 이를 양도하였다고 할 수 있다.

그런데 구 소득세법 제88조 제1항 후단은 "부담부증여에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다"고 규정하고 있고, 같은 법 제97조 제4항 전단은 "거주자가 양도일부터 소급하여 5년 이내에 그 배우자로부터 증여받은 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 자산 기타 대통령령이 정하는 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 제3항의 규정에 의하되, 취득가액은 당해 배우자의 취득 당시 제1항 제1호 각목의 1의 금액으로 한다 고 규정하고 있다.

위 규정들과 인정사실에 의하면, 원고의 이 사건 부동산 양도로 인한 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액에서 공제해야 할 취득가액은 원고가 이 사건 부동산 가액 중 유상으로 취득한 채무부담부분과 증여로 취득한 수증부분의 취득가액을 별도로 각 산출한 다음 이를 합산하여 산정하여야 하고, 한편 채무부담부분의 취득가액은 증여 당시를 기준으로, 수증부분은 홍AA 취득 당시를 기준으로 각 산정하여야 한다.

(나) 채무부담부분의 취득가액

1) 구 소득세법 시행령 제159조는 "법 제88조 제1항 후단의 규정에 의한 부담부 증여에 있어서 양도로 보는 부분에 대한 양도차익을 계산함에 있어서의 그 취득가액 및 양도가액은 법 제96조 및 법 제97조 제1항 제1호의 규정에 의한 당해 자산의 가액에 증여가액 중 채무액에 상당하는 부분이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 가액으로 한다"고 규정하고 있고, 구 소득세법 제96조 및 법 제97조 제1항 제1호에 의하면, 토지 및 건물의 양도에 있어서 양도가액 및 취득가액은 원칙적으로 기준시가에 의하되 다만 양도자가 양도소득과세표준 및 세액의 확정신고기한 이내에 증빙서류를 갖춰 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 납세지 관할 세무서장에게 신고한 경우에는 실지거래가액에 의하며, 한편 구 소득세법 제114조 제5항의 위임에 따른 구 소득세법 시행령 제176조의2 제2항 제2호는 취득 당시 실지거래가액을 알 수 없는 경우로서 취득가액을 환산가액으로 산정할 수 있는 경우의 하나로 법 제96조의 제1항 제1호 내지 제6호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지 ・ 건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리'를 규정하고 있다.

따라서 구 소득세법 제96조 제1항 제6호에 의해 기준시가과세원칙이 적용되는 부동산에 대해 실지거래가액으로 과세하기 위해서는 양도 및 취득 당시 실지거래가액이 모두 확인되어야 하고, 취득 당시 실지거래가액이 확인되지 않는 경우에는 구 소득세법 시행령 제176조의2 제4항에 규정된 법률 제4803호 소득세법 부칙 제8조 소정의 의제취득일인 1977. 1. 1. 전에 취득한 부동산을 제외하고는 환산취득가액을 적용하여 실지거래가액으로 과세할 수 없고, 기준시가로 과세하여야 한다.

2) 갑 제5호증, 을 제5, 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 원고는 1999. 2. 5. 피고에게 이 사건 부동산의 증여세 신고를 하면서 이 사건 부동산의 가액을 코리아감정평가법인의 감정평가액 595,220,000원(1998. 11. 10 기준)과 제일 감정평가법인의 감정평가액 591,534,000원(1998. 12. 17. 기준)을 산술평균한 593,377,000원으로 산정하여 증여세 8,403,930원을 납부한 사실, 피고는 위 감정평가가 신빙성이 없다면서 홍AA이 축협중앙회 ○○동출장소에 이 사건 부동산을 담보로 제공하기 위하여 한국감정원에 의뢰하여 1996. 9. 5.을 평가기준시점으로 하여 평가한 감정 평가액인 1,155,258,000원을 이 사건 부동산가액으로 인정하여 2000. 4. 10. 추가 납부할 증여세로 162,374,060원을 고지한 사실, 이에 원고가 제기한 심사청구에 대하여 국세청장이 위 한국감정원의 감정평가액은 기준시가에도 미치지 못하여 시가로 볼 수 없으므로 보충적 평가방법에 의하여 이 사건 부동산 가액을 평가하여야 한다는 결정을 하자, 피고는 2000. 7. 10. 이 사건 부동산의 가액을 상속세 및 증여세법 소정의 보충적 평가방법에 의하여 1,223,272,960원으로 다시 산정하여 추가고지 증여세액을 15,742,390원 감액한 146,631,670원으로 경정한 사실, 그 후 피고는 이 사건 부동산의 증여는 부담부증여로서 그 가액 중 신월순이 인수한 위 임대차보증금반환채무 360,000,000원에 상당하는 부분은 증여 당시 시행되던 소득세법 제88조 제1항 단서에 따라 자산이유상으로 이전된 것으로 보고 그 부분의 양도가액을 300,727,145원(= 증 여 당시의 기준시가 1,021,864,960원X360,000,000원/1,223,272,960원), 취득가액을 149,595,928원(= 홍AA의 취득 당시 기준시가 508,324,040원X360,000,000원 /1,223,272,960원)으로 산정하고, 이에 기초하여 2002. 9. 2. 홍AA에 대한 1998년 귀속 양도소득세를 60,962,130원으로 결정 ・ 고지한 사실, 이에 홍AA이 ○○행정법원 2003구단8824호로 위 양도소득세 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하였다가 홍AA 패소판결을 받았고, 이에 ○○고등법원 2004누19165호로 항소하였다가 항소기각판결을 선고받았으며, 그 후 대법원 2005두11555호로 상고를 제기하였다가 상고기각판결을 받은 사실, 한편, 기준시가 산정에 관한 소득세법 제99조가 이 사건 부동산 증여 후인 1999. 12. 28. 법률 제6051호로 개정됨에 따라 이 사건 부동산의 양도에 따른 양도 소득세 산정에 있어서의 증여 당시 기준시가는 홍AA의 위 양도소득세 산정시의 이 사건 부동산의 기준시가와 다르게 산정되어 1,221,988,716원인 사실을 인정할 수 있다.

위에서 본 구 소득세법령의 규정들과 위 인정사실에 의하면, 이 사건 부동산 중 채무부담부분을 위에서 본 바와 같이유상양도된 것으로 보는 이상 채무부담부분의 취득가액을 구 소득세법 시행령 제163조 제9항을 적용하여 산정하기 어렵고, 원고가 1998. 11. 9. 이 사건 부동산을 부담부 증여로 취득한 이상 채무부담부분의 취득 당시 실지거래가액이 존재한다고 할 수도 없어, 이 사건 부동산의 채무부담부분의 취득가액은 증여 당시 이 사건 부동산의 가액을 그 당시 기준시가 1,221,988,716원으로, 그 증여가액을 상속세 및 증여세법 소정의 보충적 평가방법에 의하여 평가한 1,223,272,960원 으로 보아, 그 기준시가에 증여가액 중 채무액에 상당하는 부분이 차지하는 비율을 곱 하여 계산하여 산정함이 타당하다.

따라서 이 사건 부동산의 채무부담부분의 취득가액은 359,622,056원{= 원고의 취득 당시(1998. 11. 9,) 기준시가 1,221,988,716원X360,000,000원/1,223,272,960원} 이다.

(다) 수증부분의 취득가액

1) 원고가 남편인 홍AA으로부터 1998. 11. 9. 이 사건 부동산을 부담부 증여로 취득하여 그로부터 5년 이내인 2002. 5. 15.경 이 사건 부동산을 양도하였으므로, 구 소득세법 제97조 제4항에 의하여 이 사건 부동산의 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액에서 공제할 수증부분의 취득가액은 홍AA의 취득 당시 취득가액을 기준으로 산정하여야 함은 위에서 본 바와 같다.

2) 나아가 홍AA의 취득 당시 취득가액에 관하여 본다.

위에서 본 바와 같이 구 소득세법 제96조 제1항 제6호에 의해 기준시가과세 원칙이 적용되는 부동산에 대해 실지거래가액으로 과세하기 위해서는 양도 및 취득 당시 실지거래가액이 모두 확인되어야 하고, 취득 당시 실지거래가액이 확인되지 않는 경우에는 구 소득세법 시행령 제176조의2 제4항에 규정된 법률 제4803호 소득세법 부칙 제8조 소정의 의제취득일인 1977. 1. 1. 전에 취득한 부동산을 제외하고는 환산취득 가액을 적용하여 실지거래가액으로 과세할 수 없고, 기준시가로 과세하여야 한다.

갑 제22호증의 1 내지 4의 각 기재에 의하면 원고가 합병 전의 ○○동 238-3 토지 및 그 지상 기존 건물을 합계 205,000,000원에, 같은 동 238-5 토지 및 그 지상 기존 건물을 235,000,000원에, 같은 동 238-6 토지 및 그 지상 기존건물을 158,000,000원에 매수하였다는 내용의 겸인계약서들을 작성하여 위 각 토지에 관하여 소유권이전등기를 경료한 사실은 이를 인정할 수 있으나 한편 갑 제23 내지 39호증의 각 기재만으로는 원고가 이 사건 건물을 신축한 실제비용을 확정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 홍AA의 취득 당시 실지거래가액을 원고가 주장하는 1,297,127,200원이라고 할 수 없고, 이 사건 부동산의 수증부분의 취득 당시 실지거 래가액은 구 소득세법 제114조 제5항, 구 소득세법 시행령 제176조의2 제1항에 규정된 장부 등으로 취득 당시의 실지거래가액을 인정 ・ 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 할 수 있다. 따라서 이 사건 부동산의 수증부분의 취득가액은 홍AA의 취득 당시 기준시가를 기준으로 산정하여야 한다.

3) 원고는 홍AA의 취득 당시 기준시가 산정과 관련하여 합병 전 위 3필지의 토지를 1필지의 상업용지로 보아 그와 유사한 인근 토지의 1991. 1. 1.자 개별공시 지가를 기준으로 산정하여야 한다고 주장한다.

살피건대, 위에서 본 증거들과 갑 제2호증의 기재에 의하면, 홍AA이 합병 전 위 3필지의 토지 및 그 각 지상의 기존 건물들을 양수할 당시 위 3필지의 토지와 그 각 지상의 기존 건물들은 그 각 소유자를 달리하여 그 양도인이 다르고, 홍AA이 합병 전 위 3필지 등을 1990. 2. 20.경 양수한 후 1990. 3. 3. 건축허가를 받아 이 사건 건물을 신축한 사실을 인정할 수 있으며, 갑 제40호증의 1 내지 3, 갑 제41호증의 1 내지 4, 갑 제42호증의 1, 2의 각 기재만으로는 이를 뒤집기에 부족하고 달리 반증이 없으므로, 홍AA의 취득 당시 합병 전 위 3필지를 1펼지의 상엽용 토지로 볼 수 없어 원고의 위 주장은 이유 없다. 따라서 합병 전 위 3필지의 기준시가는 그 1990. 1. 1.자 개별공시지가를 기준으로 산정하여야 한다.

4) 그런데 홍AA이 1990. 2. 20.경 합병 전 위 3필지의 지상에 건물을 신축하기 위하여 위 3필지의 토지와 그 지상의 기존 건물들을 취득한 후 기존 건물들을 철거하고서 위 3필지의 토지에 이 사건 건물을 신축한 사실은 위에서 본 바와 같다. 이 사건과 같이 취득 당초부터 기존 건물을 철거하여 그 지상에 새 건물을 신축할 목적으로 토지와 그 지상 건물을 함께 취득한 후 단시일 내에 그 지상의 기존 건물을 철거하고 새 건물을 건축하여 양도한 경우에는 토지와 그 지상의 기존 건물을 취득하는 사람의 목적은 토지를 취득하여 이용하려는 데에 있는 점 등을 고려하면 기존 건물의 매수 비용이나 철거비용은 구 소득세법 제97조 제1항 소정의 취득가액이나 경우에 따라서는 개량비나 자본적 지출에 해당한다고 하여야 하는 점(대법원 1992. 9. 8. 선고 92누7399 판결 참조), 홍AA의 취득가액을 기준시가로 산정하는 점 등에 비추어 보면, 기존 건물들의 기준시가를 합병 전 위 3필지 토지의 취득가액에 포함하여 홍AA의 취득 당시 기준시가를 산정함이 타당하다.

5) 을 제4호증의 기재와 앞서 본 증거들에 의하면, 위 3필지의 토지, 기존건물 및 이 사건 건물의 취득 당시 기준시가의 합계는 824,510,419원(= 위 3필지 및 기존건물의 기준시가 791,065,983원+기존건물의 기준시가 33,444,436원)인 사실을 인정할 수 있다. 한편, 이 사건 부동산의 수증부분의 취득가액은 홍AA의 취득 당시 기준시가 824,510,419원에서 위 기준시가에 증여가액 중 채무액에 상당하는 부분이 차지하는 비율을 곱하여 계산하여 산정한 금액을 뺀 나머지라고 할 수 있다. 따라서 이 사건 부동산의 순수 수증부분의 취득가액은 581,863,226원{= 824,510,419원-242,647,193원(= 824,510,419원X360,000,000원/1,223,272,960원)}이다.

(2) 이 사건 부동산의 양도가액

구 소득세법 제100조 제l항은, 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래 가액(매매사례가액, 감정가액 등 포함)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(매매 사례가액, 감정가액, 환산가액 등 포함)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에 는 취득가액도 기준시가에 의한다고 하여, 동일기준의 원칙을 규정하고 있다. 또한, 위에서 본 바와 같은 이유로 구 소득세법 제96조 제1항 제6호에 의해 기준시가과세원칙 이 적용되는 자산에 대해 실지거래가액으로 과세하는 경우에는 양도 및 취득 당시 실지거래가액이 모두 확인되는 경우에만 가능하고, 양도 또는 취득 당시 실지거래가액 어느 하나라도 확인되지 않는 경우에는 실지거래가액에 의해 양도차익을 산정할 수 없다.

따라서 비록 이 사건 부동산의 양도 당시 실지거래가액을 확인할 수 있다고 하더라도, 위에서 본 바와 같이 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 없어 취득가액을 기준시가를 기준으로 산정하여야 하므로, 이 사건 부동산의 양도차익을 산정함에 있어서 양도가액은 실지거래가액에 관하여 볼 필요 없이 기준시가에 의하여야 하고, 이 사건 부동산의 양도 당시 기준시가가 1,187,480,670원인 사실은 위에서 본 바와 같다.

(3) 정당한 세액

(가) 구 소득세법 제97조 제4항에 의하면, 거주자가 양도일부터 소급하여 5년 이내에 그 배우자로부터 증여받은 부동산을 양도하는 경우, 당해 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 같은 조 제3항의 규정에 의하되, 증여받은 자산에 대하여 납부하였거나 납부할 증여세 상당액이 있는 경우에는 같은 조 제3항의 규정에 불구하고 필요경비에 산입하는바, 따라서 이 사건과 같이 증여받은 부동산의 양도차익을 기준시가로 산정하는 경우에도 증여세 상당액은 필요경비로 산입하여야한다.

위에서 본 증거들에 의하면, 원고가 이 사건 부동산 중 수증부분에 대한 납부 하였거나 납부할 증여세 상당액은 61,720,822원인 사실을 인정할 수 있으므로, 위 증여세 상당액은 필요경비로서 이 사건 부동산의 양도가액에서 공제되어야 한다.

(나) 이 사건 부동산 양도에 따른 정당한 양도소득세액은 위에서 본 이 사건 부동산의 취득가액 및 양도가액, 필요경비 등에 따라 별지 세액계산내역과 같이 계산하면 48,658,388원으로 산정 된다.

결국, 이 사건 처분은 정당한 양도소득세액 48,658,388원의 범위 내에서 적법하고, 위 금액을 초과한 부분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 처분 중 양도소득세 48,658,388원을 초과하는 부분을 취소하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.