원심판결 이유에 의하면 원심은, 이 사건 토지는 당초 밀양향교의 기본재산이었다가 향교재산법의 시행에 따라 그 소유명의가 원고재단 앞으로 경료된 토지인 사실, 그런데, 원고재단은 향교재산의 소유명의자로서 형식적으로 존속하고 있음에 반하여, 밀양향교는 독자적인 회계처리를 하면서 자율적인 활동을 하고 있고, 이 사건 토지도 이를 스스로 사용하거나 직접 임대하여 수익을 얻고 있는 사실을 인정한 다음, 이러한 사실관계에 비추어 보면, 밀양향교가 이 사건 토지에 대한 사용·수익 등의 실질적 소유권능을 행사하고 있고, 이와 같은 소유권능의 행사가 원고재단의 하부기관으로서의 행위에 불과한 것으로 보기도 어려우므로 이 사건 토지의 사실상 소유자는 원고재단이 아니라 밀양향교라고 할 것이고, 따라서 원고재단을 이 사건 토지에 대한 종합토지세의 납세의무자로 한 이 사건 부과처분은 위법하다고 판단하였다.

지방세법 제234조의9 제1항 은, 종합토지세 과세기준일 현재 제234조의8 의 규정에 의한 토지를 사실상으로 소유하고 있는 자는 종합토지세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있는바, 종합토지세의 입법목적 및 성격 등에 비추어 볼 때, 여기에서 "토지를 사실상으로 소유하고 있는 자"라 함은 공부상 소유자로 등재된 여부를 불문하고 당해 토지에 대한 실질적인 소유권을 가진 자를 말한다고 보아야 할 것이다( 대법원 1996. 4. 18. 선고 93누1022 전원합의체 판결 참조).

그런데 향교재산법에 의하면, 향교재산이라 함은 향교의 유지와 운영을 위하여 조성된 동산, 부동산 기타 재산을 말하고( 제2조 ), 향교재산은 서울특별시·부산시 또는 도(이하 '도'라 한다)별로 재단법인을 설립하여야 하며( 제3조 제1항 ), 향교재산은 이 법에 의하지 아니하고는 매매, 양여, 교환, 담보 기타 제공처분을 할 수 없고( 제4조 ), 향교재단의 재산으로부터 생기는 수입은 성균관의 유지, 도내 각 문묘의 유지, 교육 기타 문화사업의 경영 이외에는 사용할 수 없으며( 제6조 제1항 ), 향교재단은 매년도 재산수입에서 총액의 100분의 10에 해당하는 액을 성균관에 납부하여야 하고( 제6조 제2항 ), 향교재단은 교육 기타 교화사업을 위하여 전항에 규정한 금액 기타 적립금 등을 제외한 순수입의 100분의 80 이내를 교육 기타 교화사업에 충용하여야 하며( 제6조 제3항 ), 향교재단이 제2조 에 규정하는 동산이나 부동산을 처분 또는 담보에 공하고자 할 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 문화체육부장관의 허가를 받아야 하는바( 제11조 제1항 제1호 ), 위와 같은 규정 내용에 비추어 보면, 향교재산은 향교재단에 귀속되고 이로써 향교재단이 그 재산에 대한 사용·수익·처분의 실질적인 소유권능을 가진다고 할 것이므로 향교재산에 대한 지방세법 제234조의9 제1항 소정의 "토지를 사실상 소유하고 있는 자"는 향교재단이라고 할 것이다 .

그런데도 원심은 판시와 같은 이유로 향교재산인 이 사건 토지의 사실상 소유자는 향교재단인 원고재단이 아니라 밀양향교라고 판단하였으니 원심판결에는 종합토지세의 납세의무자에 관한 법리를 오해한 위법이 있다고 할 것이므로 이 점을 지적하는 논지는 이유가 있다.

그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.