가. 청구법인은 ‘모의비행장치 임대업’ 및 ‘비행 조종사 훈련업’을 주업으로 하여 2012.11.1.에 설립하고 처분청에 ‘과세사업자’로 사업자등록한 법인으로, 인천국제공항공사 내에 위치한 비행훈련센터 건물에 고가의 훈련용 시뮬레이터 장비를 설치한 후 이를 대여하는 사업을 영위하기 위하여 2012년 11월 OOO 등을 수입하면서 수입 부가가치세 합계 총 OOO원을 부담하고, 2012년 제2기 부가가치세를 신고시 환급신고를 하였다.

나. 처분청은 2013.2.26.～2013.3.12. 기간 동안 청구법인에 대한 부가가치세 현지확인 조사를 실시한 후, 처분청은 2013년 4월 OOO지방국세청 과세사실판단자문회의 자문을 거쳐 청구법인의 주된 용역을 면세용역(교육용역)으로 보아 동 매입세액 공제를 부인하고 청구법인에 2013.6.1. 부가가치세 OOO원 및 이에 대한 가산세 OOO원 합계 총 OOO원을 부과(이하 “당초처분”이라 한다)하였다.

다. 한편, 청구법인은 2013년 1월～3월의 기간에 세금계산서를 발급해오고 있던 것을 처분청의 부가가치세 매입세액 불공제 처분에 따라 이미 발행한 세금계산서를 모두 취소하고 ‘계산서’를 발급하였고, 그 후 처분청이 이 건 부과처분이 있을 때까지 계속 계산서를 발급하였다.

라. 청구법인은 당초처분에 대해 불복하여, 2013.8.23. 조세심판원을 거쳐 2015.4.6. 부가가치세 취소소송을 제기하였고, 취소소송 진행 중, 처분청은 OOO지방법원의 조정권고 내용에 따라 당초처분을 취소한 후 2015.12.4. 해당 세액을 환급하였다.

마. 처분청은 청구법인이 2013년 제1기～2015년 제1기 과세기간 동안 계산서를 발행하고 면세매출로 신고한 것에 대하여 청구법인의 주된 용역이 과세용역(기계장치 임대)임에도 부가가치세를 신고납부하지 않은 것으로 보아 위 기간 동안에 발행한 계산서를 모두 부인하고, 2016.4.28. 청구법인에게 ＜별지＞ 기재의 부가가치세 OOO원, 가산세 OOO원(세금계산서미발행가산세 등) 합계 OOO원을 각 경정․고지(이하 “이 건 부과처분”이라 한다)하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2016.7.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청의 공적 견해표명을 신뢰한 청구법인에게 처분청이 그 입장을 변경하여 부가가치세 부과처분을 한 것은 신의성실의 원칙상 허용될 수 없다.

(가) 2013년 제1기～2015년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 청구법인이 ‘계산서’를 발행한 것은 처분청의 공적 견해표시에 따른 것으로 신의칙이 적용된다.

1) 대법원은 ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, ② 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되는 경우, 신의성실의 원칙이 적용된다는 입장(대법원 2008.6.12. 선고 2008두1115 판결 등)이다.

2) 처분청은 청구법인에 대해 2013.2.26.～2013.3.12. 기간 동안 부가가치세 환급 현지확인조사를 실시한 후 2013.4.22. OOO지방국세청 과세사실판단자문위원회의 자문까지 거쳐 청구법인이 “교육용역”을 제공하는 면세사업자라고 판단하였고, 그에 따라 당초처분을 함으로써 그 공적 견해를 명백하게 표명하였으며, 청구법인의 불복과정 중 조세심판원, 행정소송 절차에서도 청구법인이 교육용역 제공을 주된 사업으로 하는 면세사업자라는 입장을 반복적으로 밝혔다.

3) 처분청이 ‘청구법인은 면세사업자로서 청구법인이 교부하는 세금계산서가 위법하다’는 공적 견해표시를 명백히 하고 그에 따른 과세처분까지 함에 따라, 청구법인은 과세사업자임에도 불구하고 처분청의 견해를 신뢰하여 기존에 과세사업자로서 발행했던 세금계산서를 모두 취소하고 면세사업자로서 계산서를 발행해온 것뿐이며,

면세사업자인지 또는 과세사업자인지에 대한 처분청의 공적 견해는 매우 중요하므로 청구법인은 비록 기존 처분에 대해 불복 중이라 하더라도 처분청의 공적 견해에 따라 계산서를 발행할 수밖에 없었고, 면세사업자가 세금계산서를 발행할 경우 이는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 「조세범처벌법」상 형사처벌까지 받을 수 있으므로 청구법인에게 그러한 위험을 감수하면서까지 처분청의 공적 견해에 정면으로 반하여 과세사업자로서 세금계산서를 발행하기를 기대하는 것은 도저히 불가능하며, 따라서 청구법인에게 아무런 귀책사유가 없었던 것이다(특히, 부가가치세는 거래세로서 거래 단위별로 세금계산서를 발급해야 하므로 그 거래 단위별로 청구법인은 위험을 부담해야 한다는 점에서 더욱 그렇다).

4) 위와 같이 국가기관인 처분청으로부터 ‘청구법인이 면세사업자로서 청구법인이 교부하는 세금계산서가 위법하다’는 공적 견해표시를 받음에 따라, 청구법인은 당초 과세사업자로서 2013년 1월～3월 기간 동안 발행했던 세금계산서를 취소하고, 면세사업자로서 계산서를 발급하였는바, 처분청은 이에 대해 아무런 이의를 제기하지 않았고, 그 이후 과세기간에도 청구법인은 계속 계산서를 발급하였으며, 법인세 신고 시에도 모든 매출액을 면세 매출액으로 신고해 왔음에도 처분청은 역시 아무런 이의를 제기하지 않았다.

5) 그런데, 이후 처분청은 그 견해를 변경하여 ‘청구법인이 면세사업자로서 세금계산서를 발급할 수 없다’는 기존 공적 견해와 정 반대로 청구법인이 2013년 제1기～2015년 제1기 동안 부가가치세를 신고납부하지 않고 관련 세금계산서를 발행하지 않은 것을 문제삼아 이 건 부과처분을 하기에 이르렀다.

6) 만약, 처분청이 당초 청구법인이 과세사업자라는 사실에 반하는 처분을 하지 않았다면, 청구법인은 정상적으로 세금계산서를 발급하고 거래 상대방인 항공사들로부터 관련 부가가치세를 징수납부하였을 것이나, 청구법인이 처분청의 공적 견해를 신뢰하여 그 동안 계산서를 발급해왔기 때문에 이 건 부과처분이 이루어질 경우 관련 부가가치세를 거래 상대방으로부터 징수할 수 없고, 결국 청구법인이 관련 부가가치세 및 가산세를 온전히 부담해야 하는 손해가 발생하는 것이며, 국가 입장에서는 이 건 부과처분을 함에 따라 오히려 청구법인에게 관련 부가가치세를 추가로 징수하는 반면, 그 거래 상대방인 항공사들에게는 해당 매입세액 공제를 해주지 않아도 되어 부당하게 이득을 보게 되는 상황이 발생한다.

7) 따라서, 이 건 부과처분은 처분청의 공적견해를 신뢰한 청구법인에게 큰 손실을 주는 반면 국가에게 부당한 이득이 발생하는 결과를 초래하는바, 이는 신의성실의 원칙상 허용될 수 없다고 할 것이다.

(나) 대법원 판례에 비추어 보더라도, 이 건 부과처분은 신의성실의 원칙에 반하여 위법하다.

1) 대법원은 1990.10.10. 선고한 88누5280 판결에서 납세자가 기존에 세금계산서를 발행하다가 과세관청의 ‘지도’에 따라 계산서를 발급한 경우 납세자는 그 과세관청의 공적인 견해표명을 신뢰한 데 아무런 귀책사유가 없으므로 과세관청이 이후 그 견해를 변경하여 한 과세처분은 신의성실의 원칙에 반하여 위법하다고 판단하였다.

2) 청구법인의 경우는 2013년 1～3월 기간 동안 과세사업자로서 세금계산서를 발행하다가 그와 반대되는 처분청의 공적 견해표명에 따라 이를 수정하고 계산서를 발급하였는바, 처분청의 공적 견해표명 방식이 법적 효력이 없는 단순한 사실행위인 세무지도 형식이 아니라 행정법상 공정력이 인정되는 문서상의 ‘과세처분’의 형식으로 이루어졌고, 그 이후 불복단계에서도 조세심판원 답변서, 행정소송 답변서, 법정진술 등을 통해 청구법인이 면세사업자라는 공적 견해표명을 반복적, 지속적으로 했으므로, 위 대법원 사안보다 더 강력한 공적 견해표명이 이루어졌다는 점에서 더욱 청구법인의 신뢰 보호가 필요한 사안이고, 따라서 이 건 부과처분은 위법함이 명백하다.

(2) 적어도, 청구법인에게는 납세의무를 이행하지 아니한 데 대한 ‘정당한 사유’가 인정되므로 가산세가 면제되어야 한다.(예비적 청구)

(가) 과세관청의 ‘공적 견해에 따른 경우’ 또는 ‘과세관청의 태도 변경이 있는 경우’에는 정당한 사유가 인정된다.

1) 「국세기본법」 제48조 제1항은 "납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 ‘정당한 사유’가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다"고 규정하고 있다.

2) 이에 따라 대법원은 “세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재이기 때문에, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 납세자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다”는 입장(대법원 1998.7.24. 선고 96누18076 판결, 대법원 2010.5.13. 선고 2009두23747 판결 등 참조)이며, 이 경우 면제되는 가산세는 신고, 납부불성실 가산세를 포함한 모든 가산세를 말한다.

3) 어떠한 경우에 ‘정당한 사유’가 있다고 인정되는지에 대하여, 대법원은 ① 가산세가 면제되는 납세자에 대한 과세관청의 회신이나 납세지도가 잘못된 경우, ② 과세관청의 태도변경이 있는 경우에는 ‘정당한 사유’로 인정하고 있으며, 특히, 과세관청의 태도 변경이 있는 경우에는 정당한 사유가 인정되어 가산세를 부과할 수 없다고 판단한 사례는 다수 존재한다(대법원 1995.11.14. 선고 95누10181판결, 대법원 1989.4.25. 선고 88누4218판결 등).

(나) 청구법인은 당초 세금계산서를 교부하다가 처분청의 공적 견해에 따라 계산서를 발급하였는바, 처분청이 이후 그 견해를 변경한 것이므로 정당한 사유가 인정된다.

1) 청구법인은 당초 과세사업자로서 2013년 1월 ~ 3월 기간 동안 매출처들에게 세금계산서를 발급하였으나, 처분청이 청구법인에 대한 부가가치세 환급 현지확인조사를 실시한 후, 청구법인은 교육용역을 제공하는 면세사업자로 청구법인이 교부한 세금계산서는 위법한 것이라는 공적 견해표시를 하고 당초처분을 하였으며, 이에 따라 청구법인은 그동안 발행했던 세금계산서를 모두 취소하고 면세사업자로서 계산서를 발급한 것이다.

2) 이후, 청구법인은 처분청의 공적 견해표현에 따라 계속 계산서를 발급하였는데, 처분청은 행정소송 절차에서 기존의 입장을 변경하여 청구법인이 교육용역을 제공하는 면세사업자가 아니라 이 건 장비를 임대하는 과세사업자라고 보아 당초처분을 직권 취소하고, 그와 동시에 청구법인이 그 동안 부가가치세를 신고납부하지 않은 것을 문제삼아 이 건 부과처분을 하였다.

3) 따라서, 청구법인은 청구법인이 ‘면세사업자’라는 처분청의 공적 견해표명을 신뢰하여 세금계산서가 아닌 계산서를 발행해 온 것인데, 이후 처분청이 기존 입장을 변경하여 청구법인이 ‘과세사업자’라고 보아 이 건 부과처분을 한 것이므로, 청구법인에게는 2013년 제1기～2015년 제1기 기간 동안 그 부가가치세 신고납부 및 세금계산서 발행 의무를 이행하지 못한 데 대한 ‘정당한 사유’가 인정된다 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청이 청구법인에 대한 부가가치세 환급 현지확인조사 당시, 청구법인이 사업장을 개설한지 얼마 되지 않았을 뿐 아니라 교육훈련사업을 영위할 목적으로 사업을 허가받은 사실이 있어 그 당시 제반사정만을 기준으로 면세사업을 영위할 것으로 판단한 것에 불과하고, 당초처분이 청구법인의 심판청구 및 행정소송 제기로 인하여 다툼이 있었으므로 청구법인은 당초처분의 취소 가능성을 염두에 두고 있었던 사정이 있었음에도, 청구법인이 부가가치세액을 제외하고 매출액을 수령한 것에 대한 책임을 처분청에 전가하는 것은 부당하므로 청구법인에 대하여 부가가치세를 과세한 이 건 부과처분은 정당하다.

(가) 「부가가치세법」에 따른 부가가치세는 재화 또는 용역이 생산되거나 유통되는 모든 거래단계에서 창출된 부가가치에 대하여 과세하는 조세 즉, 실물경제의 거래 흐름을 파악하기 위한 조세로서, 같은 법 제4조, 제37조 등에 따르면 과세 용역을 제공하는 사업자가 재화 또는 용역의 공급에 대하여 매출세액에서 매입세액을 차감한 금액을 납부세액으로 하여 행정청에 신고함으로써 확정되는 세액이다.

(나) 처분청은 2012.11.1. 청구법인이 신청한 사업자등록신청서 상 업종을 ‘비행조종사 훈련업’으로 기재한 점, 주무관청인 국토해양부(現국토교통부)로부터 2012.12.31.에 ‘항공훈련기관 인가서’를 받은 점 등에 비추어 청구법인이 교육훈련사업을 영위하기로 표방한 것으로 보아, 그 당시 청구법인의 주된 사업내용이 면세용역(교육용역)에 해당한다고 판단하였다.

(다) 가사, 과세관청이 2012년 당시 청구법인이 제공한 주된 용역이 과세대상임에도 면세대상으로 오인하였다 하더라도 이는 당초 부과처분을 직권취소하여 청구법인에게는 처음부터 당초 부과처분이 없었던 것과 같은 결과에 이르게 되었다.

(라) 부가가치세는 신고자의 판단과 책임 아래 신고함으로써 그 세액이 확정되는 것이고, 당초처분이 청구법인의 심판청구 및 행정소송 제기로 인하여 다툼이 있었으므로, 청구법인은 해당 처분의 취소 가능성을 염두에 두고 있었던 사정이 있었음에도 적극적으로 부가가치세액을 포함하여 매출액을 수령하지 않은 청구법인의 과실을 부인하는 것이며, 처분청이 청구법인에 대한 부가가치세 환급 현지확인조사 당시, 청구법인이 사업장을 개설한지 얼마 되지 않았을 뿐 아니라 교육훈련사업을 영위할 목적으로 사업을 허가받은 사실이 있어 그 당시 제반사정만을 기준으로 면세사업을 영위할 것으로 판단한 것에 불과한데, 그 이후 본격적인 사업 수행시기에 청구법인이 제공한 모든 용역행위를 대상으로 과세관청이 면세대상으로 행정지도 하였다고 오인하여 청구법인이 부가가치세액을 제외하고 매출액을 수령한 것에 대한 책임을 처분청에 전가하는 것은 부당하다.

(2) 또한, 이 건 부과처분은 2013년 제1기의 부가가치세 확정신고 이후 청구법인의 사업성격 등을 고려하여 스스로 판단하여 주된 용역이 부가가치세 과세대상 용역에 해당하는 경우에는 세금계산서를 발행해야 하는 의무가 있음에도 계산서를 발행한 과실로 인하여 발생한 것으로, 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않으므로 그 같은 사유로 가산세가 위법하다고 주장하는 부분도 허용될 수 없다(대법원 2004.6.24. 선고 2002두10780 판결, 같은 뜻임).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 처분청이 부가가치세를 과세한 처분은 「국세기본법」상 신의성실원칙에 위배된다는 청구주장의 당부

(2) 청구법인이 납세의무를 이행하지 아니한 데 대한 ‘정당한 사유’가 있어 가산세 부과가 부당하다는 청구주장의 당부(예비적 청구)

나. 관련 법률

(1) 부가가치세법

제4조【과세대상】부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입

제34조 [세금계산서 발급시기] ① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

② 제1항에도 불구하고 사업자는 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전 제17조에 따른 때에 세금계산서를 발급할 수 있다.

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월(1曆月)의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

2. 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합하여 그 기간의 종료일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

제60조 [가산세] ② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다.

1. 세금계산서를 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간[제34조제3항에 따라 세금계산서를 발급하는 경우 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 과세기간 말의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일)] 내에 발급하는 경우 그 공급가액에 1퍼센트를 곱한 금액

2. 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간[제34조제3항에 따라 세금계산서를 발급하는 경우 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 과세기간 말의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일)]이 끝나는 날까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우에는 그 공급가액에 2퍼센트를 곱한 금액

(2) 국세기본법

제15조 [신의·성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

제48조 [가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 사업자등록증 등 심리자료에 의하면, 청구법인은 ‘모의비행장치 임대업’ 및 ‘비행 조종사 훈련업’을 사업으로 하여 2012.11.1. 설립된 법인으로, OOO 법인인 OOO가 지분 100%를 보유하고 있으며, 모회사는 2004년경 설립되어 OOO사 등에서 제작하는 항공기 기종별 비행시뮬레이터를 제작․판매하는 법인이다.

(2) 당초처분과 관련하여 OOO세관장이 발행한 수입세금계산서의 주요 내용을 보면 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 수입세금계산서 내용

(3) 처분청의 청구법인에 대한 부가가치세 당초처분 내용은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 2012년 제2기 부가가치세 경정내용

(4) 당초처분과 관련하여 처분청의 부가가치세 환급에 대한 현장확인 조사보고서의 주요 내용은 다음과 같다.

(5) 처분청이 제출한 2013년 4월 OOO지방국세청 과세사실판단자문위원회 의결결과 통보의 주요 내용은 아래와 같다.

(6) 2013년 이후 청구법인의 매출에 대하여 계산서로 발행하고, 면세매출로 신고한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.

(7) 청구법인은 당초처분에 대해 불복하여, 2013.8.23. 조세심판원을 거쳐 2015.4.6. 부가가치세 취소소송을 제기하였고, 취소소송 진행 중, 처분청은 OOO지방법원의 조정권고 내용에 따라 당초처분을 취소한 후 2015.12.4. 해당 세액을 환급한 사실이 OOO지방법원의 조정권고 및 부가가치세 환급결정결의서 등에 나타난다.

(8) 이후 처분청은 청구법인이 2013년 제1기～2015년 제1기 과세기간 동안 계산서를 발행하고 면세매출로 신고한 것에 대하여 청구법인의 주된 용역이 과세용역(기계장치 임대)임에도 부가가치세를 신고납부하지 않은 것으로 보아 위 기간 동안에 발행한 계산서를 모두 부인하고, 2016.4.28. 청구법인에게 ＜별지＞ 기재와 같이 2013년 제1기～2015년 제1기 부가가치세 OOO원, 가산세 OOO원 합계 OOO원을 각 경정․고지하였다.

(9) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 「국세기본법」제15조에 규정하는 신의성실의 원칙이 적용되는 요건으로 과세관청의 공적인 견해표명이 있어야 하며, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자의 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 과세관청의 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 어떤 행위를 하여야 하며, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것(1987.5.26. 선고 대법원 86누92 판결 같은 뜻임)이라 하겠다.

(나) 처분청이 청구법인에 대해 부가가치세 환급 현지확인조사를 실시한 후 OOO지방국세청 과세사실판단자문위원회의 자문까지 거쳐 청구법인이 “교육용역”을 제공하는 면세사업자라고 판단하였고, 그에 따라 당초처분을 함으로써 그 공적 견해를 표명하였으며, 청구법인의 불복과정 중 조세심판, 행정소송 절차에서도 청구법인이 교육용역 제공을 주된 사업으로 하는 면세사업자라는 입장을 명시적으로 표명한 점, 청구법인이 비록 기존 처분에 대해 불복 중이라 하더라도 면세사업자는 세금계산서를 교부할 수 없는 것이므로 처분청의 공적 견해표시에 반하여 세금계산서를 발행하는 것을 기대하기 어렵고 이에 대한 귀책사유가 있다고 보기 어려운 점, 처분청이 ‘청구법인은 면세사업자로서 청구법인이 교부하는 세금계산서가 위법하다’는 공적 견해표시에 따라 기존에 과세사업자로서 발행했던 세금계산서를 모두 취소하고 이후 면세사업자로서 계산서를 발행한 점, 이 건 부과처분이 이루어질 경우 관련 부가가치세를 거래 상대방으로부터 징수할 수 없고, 결국 청구법인이 관련 부가가치세 및 가산세를 부담해야 하는 손해가 발생하는 점, 처분청은 이후 당초 견해를 변경하여 ‘청구법인이 면세사업자로서 세금계산서를 발급할 수 없다’는 기존 공적 견해와 반대로 청구법인이 2013년 제1기～2015년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 부가가치세를 신고납부하지 않고 관련 세금계산서를 발행하지 않은 것을 문제삼아 이 건 부과처분한 점, 당초 사업개시일부터 이 건 부과처분시에 청구법인의 사업내용에 변동사항이 없어 보이는 점 등에 비추어 납세자가 과세관청의 공적인 견해표명을 신뢰하고 부가가치세를 신고․납부하지 아니한 것으로 봄이 타당하다 할 것이므로 이에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 신뢰이익을 침해할 수는 없다고 하겠다.

(다) 따라서, 처분청의 2013년 제1기～2015년 제1기 과세기간에 대한 이 건 부가가치세 과세처분은 신의성실의 원칙에 반하는 것으로 판단된다.

(10) 쟁점②에 대하여는 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 그 판단을 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.