1. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 채택 증거에 의하여, 원고는 사립학교법에 따라 설립된 학교법인으로 2005. 8. 29. 교육인적자원부장관으로부터 수익사업(부동산임대업)에 제공하던 '수원시 팔달구 OO 00 대 8,624㎡(이하 '당초 자산'이라고 한다.)'에 대하여 처분금 용도를 '대체 수익용 기본재산(임대건물) 취득' 등으로 하여 처분허가를 받은 다음 이를 000원에 매도하고 2006. 1. 25. 관할관청에 부동산임대업 폐업신고를 한 사실, 원고는 수익사업 폐쇄에 따라 2005 사업연도(2005. 3. 1. ~ 2006. 2. 28.) 결산시 위 매매대금 등이 포함된 수익사업회계의 000원(이하 '이 사건 전출금'이라고 한다.)을 전액 비영리사업회계에 전출하고, 이를 '고유목적사업 전출' 항목으로 손금 계상하여 당기순손실을 000원으로 산출한 다음, 이러한 결산 결과에 따라 2005 사업연도 귀속 법인세를 신고(산출세액 0원)한 사실, 그 후 원고는 수익사업(부동산임대업)을 재개하기로 결의하고, 2006. 12. 22. '서울 강남구 OO동 000 대 994.2㎡' 등 토지를 매수하고, 위 토지상에 건물을 신축하는 도급계약을 체결한 사실, 원고는 비영리사업회계에서 관리하고 있던 이 사건 전출금 중 000원은 고유목적사업에 지출하였으나, 나머지는 위 토지 취득 자금 등 수익사업에 지출하였던 사실, 피고는 2008. 3. 원고에 대하여 세무조사를 실시한 결과 이 사건 전출금 중 실제 학교법인의 고유목적사업에 사용된 금액은 000원에 불과하다고 보아 나머지 000원(이 사건 전출금-000원)의 손금 산입을 부인하는 등 소득금액을 조정하여 2008. 9. 1. 원고에게 2005 사업연도 귀속 법인세 000원(가산세 포함)을 경정・고지한 사실 등을 인정하였다. 이와 같은 사실관계 하에 원심은, 구 법인세법 시행규칙(2006. 3. 14. 재정경제부령 제497호로 개정되기 전 것, 이하 같다) 제76조 제4항은 학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다고 규정하고 있으므로, 원고는 이 사건 전출금 전액을 비영리사업에 전출할 당시에 고유목적사업(비영리사업)에 지출한 것이 되고, 따라서 이 사건 전출금은 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전 것, 이하 같다) 제29조 제2항에 따라 고유목적사업에 실제 사용되었는지 여부에 관계없이 전액 2005 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 고유목적사업준비금 손금 산입에 관한 구 법인세법 제29조 제1항 규정(법정 한도액)을 적용받게 된다고 판단하고, 이 사건 전출금 중 구 법인세법 제29조 제1항 각호에 따라 계산한 법정 한도액에 해당하는 000원 범위 안에 있는 000원(000원 - 고유목적사업에 사용한 000원)에 대하여 실제 고유목적사업이 아닌 토지 취득 자금 등 수익사업에 사용되었다는 이유로 이를 손금에 산입하지 않은 것은 위법하다고 판단하였다{이 사건 전출금 중 고유목적사업준비금 법정 한도액을 초과하는 000원(000원 - 000원)이 손금에 산입되지 아니한다는 점에 대해서는 당사자 사이에 다툼이 없다}.

2. 그러나 원심의 판단은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.

원심도 인정하고 있는 바와 같이, 원고는 당초 자산의 처분대금으로 대체수익용 재산을 취득할 목적으로 당초 자산에 대한 처분허가를 받아 이를 매도하였던 것이고,당초 자산의 매도대금은 이 사건 전출금의 대부분을 차지하고 있는바, 이와 같이 이 사건 전출금은 이를 비영리사업회계로 전출할 당시에 이미 그 대부분을 수익사업에 사용하도록 그 용도가 예정되어 있었고, 그 후 실제 이 사건 전출금 000원 중 000원만이 고유목적사업에 사용되고, 나머지는 수익사업에 사용되었는바, 이와 같이 수익사업회계에 속하던 자산을 비영리사업회계로 전출할 당시부터 위 자산을 수익사업에 사용할 목적이었고, 그 후 실제 위 자산을 수익사업에 사용한 경우에는 구 법인세법 제29조의 입법취지에 비추어 볼 때 수익사업회계에 속하던 자산을 비영리사업회계로 전출하였다는 이유만으로 이를 손금에 산입할 수는 없다고 할 것이다. 그럼에도 불구하고, 원심은 이와 달리 구 법인세법 시행규칙 제76조 제4항을 근거로 원고가 이 사건 전출금을 수익사업회계에서 비영리사업회계로 전출한 이상 이를 실제로 고유목적사업에 사용하였는지 여부에 관계없이 전출 시점에 이 사건 전출금을 고유목적사업에 지출한 것으로 의제된다고 보아 이 사건 전출금 중 구 법인세법 제29조 제1항에 따라 계산한 법정 한도액의 범위 안에 있는 금액 000원을 손금에 산입하여야 한다고 판단하였는바, 원심판결에는 법인세의 손금 산입 요건에 관한 법리를 오해한 위법이 있고, 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

3. 그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리ㆍ판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.