가. 청구법인은 내항 및 외항화물운송업 등을 영위하는 사업자로서 리스회사인 주식회사 OOO 소유의 OOO에 대한 리스계약이 만료됨에 따라 2010.3.23. 매매를 원인으로 OOO로부터 취득한 후, 「조세 특례제한법」제121조의15 제1항에 따라 국제선박으로 등록하기 위하여 취득하는 선박이라 하여 처분청으로부터 취득세 등을 면제받았다.

나. 처분청은 세무조사 과정에서 청구법인이 2010.3.23 이 사건 선박 취득 후 국제선박으로 등록하지 아니하고, 2010.6.14. OOO에 다시 양도한 사실을 확인하고 「조세 특례제한법」제121조의15 제1항 단서 규정에 따라 선박의 취득일로부터 6개월 이내에 국제선박으로 등록하지 아니한 것으로 보아 면제된 취득세 등의 추징대상이라 하여 2012.9.12. 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO을 부과·고지하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2012.12.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「조세특례제한법」상 국제선박등록의 감면은 취득자(선박소유자) 기준이 아니라 선박기준으로서 선박의 소유자뿐만 아니라 외항운송사업자도 국제선박으로 등록할 수 있도록 되어 있으므로, 청구법인의 경우에도 비록 선박소유자는 아니었지만 외항운송사업자로서1999.4.21. 이 사건 선박을 국제선박으로 최초 등록하였는바,

이미 국제선박으로 등록된 이 사건 선박을 OOO로부터 2010.3.23. 취득한 후 청구법인 명의로 국제선박 변경등록을 하지 아니하고 2010.6.14. OOO에 양도하였다고 하더라도 취득시점부터 이미 국제선박으로 등록된 사실에는 변함이 없으므로 취득세 면제 규정에서 요구하는 국제선박 등록 요건이 충족된 것으로 보아야 하며, OOO로부터 양수한 것도 그 거래실질이 리스계약의 연장이었으나, 청구법인의 기업회생이라는 특수한 상황으로 인하여 재계약의 기간이 법원 파산부의 승인을 통해 2개월 21일이 소요되어 일시적으로 소유권 변동이 있었고, 이후 2010.6.29. 청구법인이 국제선박 등록변경을 신청하여 국제선박등록증을 재교부 받았으므로 조세법률주의 원칙상 취득세 등을 부과한 것은 부당하다.

(2) 예비적 청구로서, 2010.3.23. 리스계약해지 매매계약서에 매매대금을 OOO으로한 것도 이를 계속적인 리스거래의 연장선임을 확인하는 것으로서법인의 실제 취득가액이 “0”원이므로 시가표준액을 과세표준으로 한 부과처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세 특례제한법」제121조의15 제1항에서 “국제선박으로 등록하기 위하여 취득하는 선박”이라는 조문을 법문대로 해석한다면 국제선박이 아닌 선박을 국제선박으로 등록하는 경우와 이미 국제선박으로 등록되어 있다면 소유권변경사항을 신청하여 국제선박을 취득한 선박소유자 등이 국제선박으로 등록한 경우에만 면제대상으로 해석하는 것이 합목적적이고, 「조세 특례제한법」제121조의15 제1항 단서에서 취득자 명의 등으로 변경하여야 한다는 규정이 없어도 이는 당연히 취득자가 변경등록을 하여야 하는 것이므로 이는 법문을 확장해석 또는 유추해석하는 것으로 볼 수 없는바, 청구법인이 전 소유자인 OOO 명의로 국제선박등록을 하였다가 2010.3.23. OOO로부터 이 사건 선박을 취득 후 청구법인 명의로 국제선박등록을 하지 아니하고 2010.6.14. OOO로 매각한 이상, 「조세 특례제한법」제121조의15 제1항의 단서 규정의 취득세 등 추징요건에 해당되므로 이 건 취득세 등의 부과처분은 정당하다.

(2) 구 「지방세법」 제111조 제5항 본문 및 그 제3호에서 법인장부에 의하여 취득가격이 입증되는 취득은 그 법인장부상 취득가격을 과세표준으로 하도록 하면서증여·기부 그 밖의 무상취득 등을 제외하도록 규정하고 있어 법인이무상취득할 때의 과세표준은 구 「지방세법」제111조 제2항 규정에 따라 시가표준액에 미달한 경우 시가표준액으로 하는 것인바, 이 사건 선박의 매매계약상 취득가액이 “0”원이므로, 무상취득에 따른 시가표준액을 과세표준으로 하여 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

국제선박으로 등록된 선박을취득하여 국제선박 변경등록을 하지 아니하고 양도한 후에 변경등록을 한 경우, 「조세특례제한법」상 취득세 면제대상 해당 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법

제121조의 15(국제선박 등록에 대한 지방세 감면) ① 「국제선박등록법」제4조의 규정에 따라국제선박으로 등록하기 위하여 취득하는 선박으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 선박을 2012년 12월31일까지 취득하는 경우에는취득세 및 지방교육세를 면제한다.다만, 선박의 취득일부터 6개월 이내에 국제선박으로 등록하지 아니한 경우에는 경감된 취득세 및 면제된 지방교육세를 추징한다.

1. 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제221조 제1항에 따른 선박등록특구를 선적항으로 하는 선박

2. 대통령령으로 정하는 외국선박

(2) 구 지방세법

제111조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.

⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조제1항 또는 「법인세법」 제52조제1항에 따른 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.

1. 국가·지방자치단체 및 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득

(3) 국제선박등록법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “국제선박”이란 국제항행을 하는 상선으로서 제4조에 따라 국제 선박등록부에 등록된 선박을 말한다.

3. “외항운송사업자”란 「해운법」제4조 제1항에 따라 외항 정기여객 운송사업 또는 외항 부정기 여객운송사업의 면허를 받은 자와 같은 법 제24조 제2항에 따라 외항 정기 화물운송사업 또는 외항부정기 화물운송사업을 등록한 자를 말한다.

제3조(등록대상 선박) ① 국제선박으로 등록할 수 있는 선박은 다음 각 호의 어느 하나에 해당 하는 선박으로 한다. 다만, 국유·공유선박과 「어선법」제2조 제1호에 따른 어선은 제외한다.

1. 대한민국 국민이 소유한 선박

2. 대한민국 법률에 따라 설립된 상사법인이 소유한 선박

3. 대한민국에 주된 사무소를 둔 제2호 외의 법인으로서 그 대표자가 대한민국 국민인 경우에 그 법인이 소유한 선박

4. 외항운송사업자가 대한민국 국적을 취득할 것을 조건으로 임차한 외국선박

제4조(등록절차) ①국제선박으로 등록하려는 등록대상 선박의 소유자 또는 외항운송사업자(이하 “선박소유자등”이라 한다)는 국토해양부령으로 정하는바에 따라 국토해양부장관에게 등록을 신청하여야 한다. 이 경우 선박소유자 등은 국제선박으로 등록하기 전에 「선박법」제8조 제1항 및 제2항에 따라 그 선박을 선박원부에 등록하고 선박국적증서를 발급받아야 한다.

② 국토해양부장관은 제1항에 따른 국제선박의 등록신청을 받은 경우에는 그 선박이 제3조에 따른 국제선박의 등록대상이 되는 선박인지를 확인한 후, 등록대상인 경우 지체없이 이를 국제선박등록부에 등록하고 신청인에게 국제선박등록증을 발급하여야 한다.

③ 제2항에 따라 등록된 국제선박의 선박소유자등은 그 등록사항이 변경된 경우에는 그 사실이 발생한 날부터 1개월 이내에 국토해양부령으로 정하는 바에 따라 국토해양부장관에게 변경등록을 신청하여야 한다.

(4) 국제선박등록법 시행규칙

제3조(국제선박의 등록신청 등) ① 「국제선박등록법」제4조 제1항에 따라 국제선박으로 등록하려는 등록대상 선박의 소유자 또는 외항운송사업자(이하 이 조에서 "선박소유자 등"이라 한다)는 별지 제1호서식의 국제선박등록 신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 국토해양부장관 또는 지방해양항만청장에게 제출하여야 한다.

2. 국제톤수증서 사본

5. 제2조 각 호에 따른 국제협약증서 사본(선령이 20년을 초과하는 선박인 경우만 해당한다)

6. 「선박안전법」에 따른 선급법인 또는 제2조에 따른 선급이 발행한 선급증서 사본(선령이 20년을 초과하는 선박인 경우만 해당한다)

7. 등록신청 선박의 국제항행 여부를 확인할 수 있는 운항선박 명세서

8. 법 제6조 제1항에 따라 체결된 단체협약의 적용 여부를 확인할 수 있는 서류 사본

② 국토해양부장관 또는 지방해양항만청장은 제1항에 따라 등록신청을 받은 경우에는 해당 선박이 법 제3조에 따른 국제선박의 등록대상이 되는 선박인지를 확인한 후 등록대상 선박이면 국제선박등록부에 등록한 후 지체 없이 신청인에게 별지 제2호서식의 국제선박등록증을 발급하여야 한다.

③ 제2항에 따라 등록된 국제선박의 선박소유자등은 그 등록사항을 변경하려는 경우에는 별지 제3호서식의 국제선박 등록사항 변경신청서에 그 사실을 증명하는 다음 각 호의 구분에 따른 서류를 첨부하여 국토해양부장관 또는 지방해양항만청장에게 제출하여야 한다.

1. 국제선박의 운항사업자가 변경된 경우 : 변경된 운항사업자의 운항선박명세서 사본 및 단체협약적용확인서 사본

3. 국제총톤수가 변경된 경우 : 변경된 국제톤수증서 사본

4. 등록 선급이 변경된 경우 : 변경된 선급증서 사본

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 OOO과 이 사건 선박에 대한 리스계약 체결내용을 보면, 다음과 같다.

(가) 2006.7.14. 계약 시 본선 취득원가 OOO, 리스기간 2006.7.14.∼2010.7.13., 리스기간 만료시 별도 계약 체결 없이 만료일 익일부터 재리스하는 것(제24조)으로 하고, 특약사항(제7조)에서 리스기간 만료 후 청구법인이 OOO에 지급할 모든 채무이행 완료시 제24조에 불구하고 청구법인에게 무상양도하기로 하였다.

(나) 2010.6.14. 계약 시 본선 취득원가 OOO, 리스기간은 선박수령증 발급일부터 5년으로 하였다.

(2) 이 사건 선박의 리스기간 종료에 따른 양수 및 양도계약 체결 내용을 보면, 다음과 같이 되어 있다.

(가) 2010.3.23. 청구법인이 OOO로부터 양수함에 따른 매매계약 체결 시 매매대금을 OOO으로 하였으며, 청구법인은 2010.2.5. OOO으로부터 기업회생계획 인가를 받아 재리스하지 아니하고 양수한 것으로 나타난다.

(나) 2010.6.14. 청구법인이 OOO에게 양도함에 따른 매매계약 체결 시 매매대금을 OOO으로 하였으며, 양도와 동시에 5년간 리스계약을 체결하였다.

(3) 이 사건 선박의 등기부상 명의이전 내용을 보면, 1995.5.30. OOO 명의로 소유권보존등기된 후 2010.7.13. 청구법인에게 이전(2010.3.23. 매매원인)하였다가같은 날 다시 OOO에게 이전(2010.6.14. 매매원인)한 것으로 나타난다.

(4) 이 사건 선박의 국제선박 등록 내역을 보면, 2004.12.28. 국제선박 등록OOO시 선박소유자 OOO, 사업자 청구법인, 임차기간 1995년 3월∼2005년 3월로 되어 있고, 청구법인이 2010.3.23. 이 사건 선박을 취득하여 2010.6.14. 양도한 후인 2010.6.29. 국제선박 변경등록OOO을 하여 임차기간을 2006년 7월∼2010년 7월로 변경하였으며, 2012.4.26. 다시 국제선박 변경등록OOO을 하여 임차기간을 연장(2010년 7월∼2015년 7월)하는 것으로 변경하였다.

(5) 위 관련법령과 사실관계를 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 전 소유자인 OOO 명의로 국제선박등록을 하였다가 2010.3.23. OOO로부터 이 사건 선박을 취득한 후 청구법인 명의로 국제선박등록을 하지 아니하고 2010.6.14. OOO로 매각하였으므로 「조세 특례제한법」제121조의15 제1항의 단서 규정의 취득세 등 추징요건에 해당한다는 주장이나,

「조세 특례제한법」제121조의15 제1항의 입법 취지가 OOOOOOO 내의 항구를 선적항으로 하고, 국제선박으로 이미 등록하여 해외항로에 취항하는 선박에 대하여는 승계취득을 한 경우에도 세제혜택을 부여하는데 있다고 보는 것이 타당하다고 볼 수 있는 점,이 사건 선박은 청구법인의취득 전·후 계속하여 외항운송사업에 사용되고 있는 점, 「조세 특례제한법」제121조의15 제1항규정단서에서 취득자 명의 등으로 변경 등록을 하여야 한다는 규정이없는 점과선박의 취득일부터 6개월 이내에 국제선박으로 등록하지 아니한 경우에는 경감된 취득세 및 면제된 지방교육세를 추징한다고 되어 있을 뿐 이미 국제선박으로등록된 선박의 변경등록에 대하여는 구체적으로 명시하고 있지 아니하여그 취득일부터 6개월 이내에 취득자 명의로 변경 등록을 하였는지 여부에 관계없이 취득세를 경감하는 것이 합리적으로 보이는 점, 청구법인이 2010.3.23. 이 사건 선박 취득 후 3개월이 경과한 2010.6.29. 국제선박 변경등록을 한 점 등에 비추어 볼 때,

비록, 청구법인이 이미 국제선박으로 등록되어 있는 이 사건 선박을 취득한 후변경등록을 하지 아니하고 양도하였다고 하여 「조세 특례제한법」제121조의15 제1항에서 규정한 취득세 경감대상 선박에 해당되지 않는다고 보기는 어렵다고 하겠다OOO.

한편, 이 사건 선박에 대한 취득세 과세표준 산정의 정당여부는 원 처분이 잘못이므로 이에 대하여 논의를 생략하는 것이 타당하다고 하겠다.

따라서, 처분청이 청구법인에게 한 이 건 취득세 등 부과처분은 잘못이라고 판단된다

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.