1. 원심은 그 내세운 증거들에 의하여 다음과 같은 사실들을 인정하였다.

가. 원고는 1977. 9. 1. 소외 1로부터 서울 강남구 (주소 1 생략) 대 642.2㎡[환지 확정 전 같은 구 (주소 2 생략) 전 306평] 중 153/306 지분(이하 이 사건 토지라고 한다)를 대금 20,000,000원에 매수하여 같은 해 10. 29. 원고 명의로 소유권이전등기를 경료하였다.

나. 소외 2는 1981. 8. 하순경 원고로부터 대지사용승낙을 받아서 이 사건 토지를 포함한 (주소 1 생략) 대 642.2㎡의 지상에 지하 1층, 지상 4층 건물을 신축하여 같은 해 9. 10. 소유권보존등기를 경료한 다음, 1982. 6. 5. 원고와의 사이에 이 사건 토지에 관하여 매매대금 48,000,000원의 매매계약을 체결하였으나, 계약금과 중도금으로 금 20,000,000원(원심의 금 28,000,000원은 오기로 보인다)만을 지급한 후 나머지 대금을 지급하지 않고 있다가 1984. 12. 30. 비로소 잔대금 28,000,000원을 지급하면서 원고에게 소유권이전등기를 하여 줄 것을 요구하였다.

다. 이에 원고는 그 동안의 지가상승을 이유로 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 하여 주지 아니하다가 1985. 5. 1. 소외 2와의 사이에 위 매매계약을 합의해제한 후 다시 매매대금 60,000,000원의 새로운 매매계약을 체결하면서, 계약금은 이미 지급된 위 금 48,000,000원으로 충당하고, 잔금 12,000,000원은 같은 달 31. 지급하기로 하되, 매도인은 매수인의 편의에 따라 근저당권설정을 하여 주고, 잔금지급일 이후 발생된 제세공과금은 매수인이 부담하기로 약정하였다.

라. 이에 따라 원고는 1985. 5. 31. 소외 2로부터 잔금 12,000,000원을 지급받았으나, 매수인측에서 부담하기로 한 제세공과금에 양도소득세가 포함되는지 여부에 관한 다툼으로 인하여 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 하여 주지 않은 채 1988. 6. 3. 소외 2를 위하여 근저당권만을 설정하여 주었다가, 1991. 9.경 소외 2의 원고를 상대로 한 소유권이전등기청구소송에서 패소함으로써 이 사건 토지에 관하여 같은 해 12. 28. 소외 2 명의의 소유권이전등기가 경료되었다.

마. 피고는, 원고가 이 사건 토지를 소유권이전등기 접수일인 1991. 12. 28. 양도한 것으로 보고 기준시가를 기초로 양도차익을 산출하여 1996. 8. 16. 원고에 대하여 1991년 귀속분 양도소득세 금 1,003,113,250원을 부과·고지하였다.

2. 원심의 판단

원심은, 잔금지급일 이후 발생되는 제세공과금을 매수인이 부담하기로 약정한 1985. 5. 1.자 매매계약 체결의 경위와 그 내용 등 위 인정 사실에 나타난 여러 사정들과 이 사건 토지에 대하여 잔금지급일 이후 발생되는 재산세는 사실상 소유자인 소외 2가 부담할 성질의 것이므로 위 매매계약상의 '제세공과금'이 재산세만을 의미하는 것이라면 이에 관하여 특별한 약정을 할 필요가 없는 점 등을 종합하여 보면, 소외 2가 부담하기로 한 '제세공과금'에는 양도인인 원고가 부담할 양도소득세가 포함되어 있고, 또 위 세액 상당액은 이 사건 토지의 양도와 대가관계에 있다고 봄이 상당하다고 전제한 다음, 그에 따라 이 사건 토지의 대금이 청산된 날은 원고가 소외 2로부터 위 양도소득세 상당액까지도 모두 지급받는 때인데, 소외 2가 그와 같은 양도소득세 상당액을 원고에게 지급하였음을 인정할 아무런 증거가 없으므로, 결국 이 사건 대금의 청산일이 분명하지 아니하고 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우이거나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에 해당하고, 따라서 구 소득세법시행령(1991. 12. 31. 대통령령 제13540호로 개정되기 전의 것, 이하 '시행령'이라고 약칭한다) 제53조 제1호 또는 제2호에 의하여 이 사건 토지의 양도시기는 등기접수일인 1991. 12. 28.이 되므로, 그에 따른 양도소득세 확정신고기한 다음날인 1992. 6. 1.부터 기산하여 국세기본법이 정하는 5년의 제척기간이 경과하기 전에 이루어진 이 사건 처분은 적법하다고 판단함으로써, 이 사건 토지의 대금청산일이 1985. 5. 31.임을 전제로 하여 이 사건 처분이 그에 따른 제척기간 경과 후에 이루어진 것이어서 위법하다는 원고의 이 사건 주위적 청구를 기각하는 판결을 하였다.

3. 대법원의 판단

구 소득세법(1992. 12. 8. 법률 제4520호로 개정되기 전의 것, 이하 '법'이라고 약칭한다) 제27조는 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다고 하고 있고, 그 위임에 따른 시행령 제53조 제1항은 법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 하고 있는 한편, 법 제28조는 제1항에서 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액의 계산은 당해 연도에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액에 의한다고 하고, 제3항에서는 총수입금액의 계산에 있어서 수입하였거나 수입할 금액의 범위와 계산 또는 확정시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 하고 있으며, 그 위임에 따른 시행령 제57조 제7항은 양도소득에 대한 총수입금액의 수입할 시기는 제53조의 규정에 의한 양도시기로 한다고 하면서, 법 제23조 제4항은 양도 당시를 기준으로 양도가액을 산정하도록 하고 있고, 제95조 이하에서는 자산을 양도한 거주자로 하여금 그 양도일이 속하는 달의 다음달 말일까지 양도차익을 예정신고하고 그 세액을 납부하도록 하고 있다.

위 각 조항들을 종합적으로 고찰하여 보면, 시행령 제53조 제1항은 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 양도가액 산정의 기준시점이 되고 양도소득의 귀속시기가 될 뿐만 아니라 양도차익 예정신고 등의 기산점도 되는 양도시기를 세무계산상으로는 원칙적으로 대금을 청산할 날로 정한 것이라 할 것이므로, 그 규정의 취지를 살리고 소득세법령의 체계 내에서 여러 기준이 되는 양도시기를 통일적으로 파악하여 관계 규정들을 모순 없이 해석·적용하기 위하여는 시행령에서 말하는 자산의 양도시기는 매매계약의 경우 원칙적으로 매수인이 매도인에게 지급하기로 한 매매대금을 청산한 날을 말한다고 보아야 할 것이고, 나아가 매도인이 부담하여야 할 양도소득세를 매수인이 부담하기로 특약하여 매수인이 그 세액을 대납함으로써 그 세액 상당액이 법 제23조 제2항에서 말하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 총 수입금액에 포함되는 경우 (대법원 1992. 7. 14. 선고 92누2967 판결 참조) 라고 하더라도 그 총수입금액이 곧바로 시행령으로 말하는 '대금'에 해당한다고 보아서 그 세액의 대납일을 양도시기로 볼 것은 아니라고 할 것이다 .

따라서 이 사건에서는 원심이 인정한 사실에 의하면, 이 사건 토지의 양도시기는 원고와 소외 2 사이의 1985. 5. 1.자 매매계약에 따라 그 매매대금이 청산된 1985. 5. 31.이라고 보아야 할 것이므로 그에 대한 양도소득세는 그 과세표준 확정신고기한 다음날인 1986. 6. 1.부터 부과할 수 있는데, 이 사건 처분은 그로부터 국세기본법이 정하는 5년의 제척기간이 경과한 후인 1996. 8. 16.에 이루어졌음이 분명하므로, 결국 이 사건 처분은 그 부과권이 소멸된 후에 이루어진 것이어서 당연무효라고 할 것이다.

그렇다면 원심이 위 주위적 청구에 관하여 이와 다른 입장에서 소외 2가 대납하기로 한 양도소득세액의 대납일을 이 사건 토지의 양도시기로 보고 그에 따라 이 사건 처분이 제척기간의 경과 전에 이루어진 것이어서 적법하다고 판단한 조치는 국세기본법이 정하는 양도소득세의 제척기간의 기산점에 관한 법리를 오해한 위법을 저지른 것이라고 할 것이므로 이를 지적하는 원고의 상고 논지는 이유가 있고, 그와 같이 원심이 위 주위적 청구를 기각한 조치가 잘못인 이상 원심의 예비적 청구에 관한 판단 부분은 피고의 상고이유를 판단할 필요 없이 더 이상 유지될 수 없게 되었으므로 피고의 상고는 이유 없고 원고의 상고는 이유 있어 이 점에서 원심판결은 전부 파기를 면할 수 없다.

4. 그러므로 주위적 및 예비적 청구에 관한 원심판결을 모두 파기하고 사건을 원심법원에 환송하고 피고의 상고를 기각하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.