2.소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 □□비료라는 상호로 유기질비료 제조업을 영위하는 자인데, 산업자원부 장관에게 사업비가 1차 연도(2006년) 2억 원, 2차 연도(2007년) 8,000만 원으로 기재되어 있는 지역산업기술개발산업계획서를 제출하였는데, 2006.10.24.산업자원부 장관으로부터 신규사업자 선정 사실을 통보받았다.

나. 이에 따라 원고는 2006.10.30.◇◇장 및 경상남도 지사와 지역산업공통기술개발사업협약을 체결하였는데, ◇◇장 등으로부터 2006.10.경 2억 원을, 2007.8.경 8,000만 원을 각 지급받기로 하였다.

다. 그런데 원고는 ◇◇ 등으로부터 기술개발사업비 명목으로 2006.11.14.국고보조금 1억 6,000만 원(이하 '이 사건 국고보조금'이라 한다)을, 2007.1.17.국고보조금 4,000만 원을 각 지급받았고, 2006.11.22.○○대학교에 이 사건 국고보조금 중 7,000만 원을 위탁연구개발비로 지급하였다.

라. 한편 원고는 2007.5.31.피고에게 종합소득세 신고시 ◇◇으로부터 지급받은 이 사건 국고보조금 및 2007.1.17.자 국고보조금 4,000만 원을 수입금액으로 신고하지 않았다.

마. 피고는 2010.4.12.원고에게, 위 국고보조금 합계 2억 원을 수입금액에, 원고가 ○○대학교에 지급한 위탁연구개발비 7,000만 원을 필요경비에 각 산입하여 산출한 2006년 귀속 종합소득세 60,926,090원을 경정・고지하였다.

바. 원고는 2010.4.12.조세심판원에 경정・고지된 2006년 귀속 종합소득세에 대한 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 원고가 2007.1.17.지급받은 국고보조금 4,000만 원을 2006년도 수입금액으로 볼 수 없음을 이유로 2010.6.23.'위 마. 항 기재 종합소득세의 부과처분은 원고가 지급받은 2007.1.17.자 국고보조금 4,000만 원을 2006년 수입금액에서 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다'는 결정을 하였다.

사. 이에 피고는 2010.6.25.원고에게 조세심판원의 결정에 따라 원고의 2006년 귀속 종합소득세를 41,070,450원(가산금・중가산금 포함)으로 감경하는 결정(이하 위 조세심판원의 결정에 따라 원고에 대하여 2006년 귀속 종합소득세가 41,070,450원으로 감경된 것을 '이 사건 처분'이라 한다)

[인정근거]다툼 없는 사실, 갑 제3,5호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2.이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 2006.11.14.이 사건 국고보조금을 지급받았으나 해당 연도 내에 위 국고보조금을 모두 지출할 수 없어 지출하지 못한 국고보조금을 다음 연도인 2007년으로 이월하였는데, 2007.1.1.부터는 국고보조금을 익금에 산입하지 아니하여도 된다는 규정이 신설된 조세특례제한법이 시행되어, 이 사건 국고보조금과 관련된 이 사건은 위 법이 적용되므로, 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1)소득세법(2006.12.30.법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제24조 제1항, 제3항, 제39조 제1항 및 같은 법 시행령(2008.2.22.대통령령 제20618호로 개정되기 전의 것)제51조 제3항 제4호에 의하면, 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액의 계산은 당해 연도에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액에 의하는데, 사업과 관련하여 무상으로 받은 자산의 가액 등도 총수입금액에 산입하고, 총수입금액 등의 귀속 연도는 총수입금액 등이 확정된 날이 속하는 연도로 한다. 한편 2006.12.30.법률 제8146호로 개정된 조세특례제한법(이하 같다) 제10조의 2 제1항에서 내국인이 2009년 12월 31일까지 연구개발 등을 목적으로 「기술개발촉진법」그 밖에 대통령령이 정하는 법률에 따라 출연금 등의 자산(이하 이 조에서 "연구개발출연금 등"이라 한다)을 지급받은 경우로서 대통령령이 정하는 방법에 따라 해당연구개발출연금 등을 구분경리 하는 경우에는 연구개발출연금 등에 상당하는 금액을 해당과세연도의 소득금액 계산의 경우 익금에 산입하지 아니할 수 있다는 규정을 신설하였다. 그런데 조세특례제한법 부칙 제5조에서 위 제10조의2 제1항 규정은 이 법 시행(2007.1.1.)후 출연금 등을 지급받는 분부터 적용하도록 하였다.

(2)위 각 규정에다가 소득세법 제32조 제1항의 규정취지를 종합하여 보면, 이 사건 국고보조금과 같이 별도의 교부통지 없이 협약서에 의하여 예정된 시기에 지급되는 경우 그 국고보조금이 실제로 지급되는 시기를 총수입금액이 확정된 날로 보아, 위 시기가 속하는 연도를 귀속 연도로 정하여 총수입금액을 결정하되, 그 시기가 2007.1.1.이후일 경우 국고보조금을 구분경리 하는 등의 일정 요건 하에서 그 국고보조금을 수입금액에 반영하지 않을 수 있다고 해석함이 상당하다.

(3)위 해석기준에 의하여 이 사건을 보건대, 위 인정사실에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ①원고가 산업자원부 장관으로부터 지역산업기술개발사업계획서에 따라 신규사업자로 선정된 시기가 2006.10.24.인 점, ②이에 따라 원고가 2006.10.30.◇◇장 및 경상남도지사와 지역산업공통기술개발사업협약을 체결하였는데, 그 협약에 의하면, ◇◇장 등으로부터 2006.10.경 2억 원을, 2007.8.경 8,000만 원을 각 지급받기로 하였던 점, ③그런데 원고가 2006.말경까지 ◇◇장 등으로부터 지급받은 국고보조금은 이 사건 국고보조금인 1억 6,000만 원이 전부였고, 기존에 2006.10.경 지급분으로 예정되었던 차액 4,000만 원(= 2억 원 - 1억 6,000만 원)은 2007.1.17.지급받았던 점 등에 비추어 보면, 원고가 2006.경 이미 지급받은 이 사건 국고보조금 중 일부를 조세특례제한법 제10조의 2 제1항이 적용되는 시기인 2007년도로 이월하였더라도, 이 사건 국고보조금이 원고의 수입금액으로 산입되는 연도는 2006년도로 봄이 상당하므로, 원고의 주장은 이유 없다.

(4)따라서, 이 사건 처분은 위법하다.

3.결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.