2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2005. 7. 1.경부터 2009. 12. 31.경까지 액화석유판매업자인 소외 XX 주식회사(이하 '소외 회사'라고 한다)로부터 액화석유가스를 수시로 매입하여 가정용 부탄가스를 제조한 후 이를 수출 또는 내수 판매하는 사업을 영위하였다.

나. 원고는 위 기간 중 소외 회사로부터 내수용 액화석유가스를 매입하면서 그 물품 가액에 개별소비세를 더한 금액을 소외 회사에 지급하였고, 소외 회사는 위 개별소비세를 관할세무서에 납부한 후 구 개별소비세법(2010. 1. 1. 법률 제9909호로 일부개정 되기 전의 것, 이하 같다) 제20조의2 제1항 소정의 개별소비세 환급 특례규정에 따라 위 납부세액 전액을 환급받아 이를 원고에게 반환하여 왔는데, 위 거래기간 중 원고가 소외 회사로부터 위와 같이 반환받은 개별소비세액은 총 000원에 이른다.

다. 서울지방국세청장은 원고에 대한 법인세 통합조사 실시 도중 위 사실을 확인하고 원고의 전체 매입금액 중 위 환급세액 상당분이 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항 제1호에 따른 부가가치세 매입세액 불공제 대상이라고 보아, 2010. 11. 15. 원고에 대하여 2005년 2기분 부가가치세 000원, 2006년 1기분 부가가치세 000원, 2006년 2기분 부가가치세 000원, 2007년 1기분 부가가치세 000원, 2007년 2기분 부가가치세 000원, 2008년 1기분 부가가치세 000원, 2008년 2기분 부가가치세 000원, 2009년 1기분 부가가치세 000원, 2009년 2기분 부가가치세 000원(각 가산세 포함)을 각 경정 • 고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2011. 6. 27. 위 청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 포함), 을 제l 내지 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 소외 회사는 관할세무서로부터 위 개별소비세를 환급받아 원고에게 반환하고서도 특별한 이유 없이 원고에게 그에 대한 수정세금계산서를 발행 • 교부하지 아니하였다. 구 부가가치세법 제16조 및 거래관행에 의하면, 이 사건과 같이 개별소비세 환급 등의 후발적 사유로 인하여 부가가치세 과세표준이 변경될 경우 그에 따른 수정세금계산서는 공급자인 소외 회사만이 발행할 수 있으므로, 소외 회사가 이를 발행하여 주지 않는다면 매입자인 원고로서는 과세관청에 수정세금계산서의 내용에 따른 매입처별세금계산서합계표를 제출하는 것이 불가능하다. 따라서 원고가 이와 같이 불가피한 사유로 인하여 부가가치세 수정신고를 하지 못한 이상, 이를 구 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 소정의 "매입처별세금계산서합계표에 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우"에 해당한다고 볼 수 없다. 그럼에도 피고가 이러한 점을 간과한 채 부가가치세 수정신고가 없었다는 사정만으로 이를 매입세액 불공제 사유에 해당한다고 보아 원고에게 불공제된 매입세액 상당의 부가가치세를 부과 하는 이 사건 처분을 한 것은 위법하다.

(2) 원고는 위 거래 당시 전체 매입금액에 개별소비세가 포함되는 것으로 보아 소외 회사에 개별소비세 부분에 대한 부가가치세를 함께 지급하였고, 공급자인 소외 회사는 이를 피고에 납부하였는데, 피고는 이후 소외 회사에 개별소비세만을 환급해 주었을 뿐 아직까지도 위 개별소비세 부분에 대한 부가가치세를 환급하여 주지 않고 있다. 따라서 피고는 원고에 대한 관계에서 위 부가가치세 상당액을 부당이득하였다 할 것임에도 이를 고려하지 아니한 채 원고에 대하여 불공제된 매입세액 상당의 부가가치세를 전액 부과하는 이 사건 처분을 하였는바, 이는 이 사건과 동일 • 유사한 형태의 거래에서 매입금액 중 개별소비세 부분에 대한 부가가치세를 정상적으로 환급받은 자에 비하여 원고를 부당하게 차별하는 것으로서 조세평등주의에 위배된다.

(3) 설령 그렇지 않다 하더라도, 원고는 앞서 본 바와 같이 소외 회사로부터 수정세금계산서를 교부받지 못하여 부가가치세 수정신고를 할 수 없는 상황이었으므로, 해당 부가가치세를 납부하지 아니한 데 정당한 사유가 있었다. 따라서 적어도 이 사건 처분 중 가산세에 대한 부분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 원고의 첫 번째 주장에 관하여

구 부가가치세법 제17조 제1항은, 사업자는 자기가 공급한 재화에 대한 세액(매출 세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 공급에 대한 세액(매입 세액)을 공제한 금액을 부가가치세로 납부하여야 한다고 규정하고 있고, 구 부가가치세 법 제16조 제1항, 제17조 제2항 제1호, 제20조 제1항은, 납세의무자로 등록한 사업자가 재화를 공급하는 때에는 공급을 받은 자에게 그 공급가액과 부가가치세액이 기재된 세금계산서를 교부하여야 하고, 세금계산서를 교부받은 사업자는 거래기간 동안의 공급가액의 합계액 및 세액의 합계액이 기재된 매입처별세금계산서합계표를 해당 예정신고 또는 확정신고와 함께 제출하여야 하며, 만일 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우, 그에 해당하는 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.

이 사건에서 원고가 소외 회사로부터 액화석유가스를 매입하면서 그 물품가액에 개별소비세를 더한 금액을 소외 회사에 지급하였고, 소외 회사가 위 개별소비세를 관할 세무서에 납부한 후 개별소비세 환급 특례규정에 따라 위 납부세액 전액을 환급받아 이를 원고에게 반환한 사실은 앞서 본 바와 같다. 위 각 규정의 내용 및 그 입법취지 등에 비추어 보면, 원고의 전체 매입금액 중 위 개별소비세액 부분은 부가가치세법상 매입세액의 산정 범위에서 제외된다고 봄이 상당하다. 그러므로 원고가 위 개별소비세 를 반환받은 후 이를 매입세액의 산정 범위에서 제외하는 내용의 부가가치세 수정신고를 하지 아니한 이상, 설령 원고가 위 개별소비세액을 환급받기 전 소외 회사로부터 교부받은 세금계산서의 내용에 따른 매입처별세금계산서합계표를 제출하였다 하더라도 이는 결과적으로 공급가액의 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우에 해당한다고 할 것이다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 두 번째 주장에 관하여

부가가치세의 납세의무자는 사업자이므로 재화 또는 용역을 공급받는 거래상대방은 사실상의 담세자로서의 지위를 갖고 있을 뿐 조세법상 납세의무자로서의 지위에 있는 것은 아니다. 나아가 설령 국가가 사업자로부터 지급받은 부가가치세를 환급하여야 할 사정이 발생하였고 이를 국가가 부가가치세 상당의 이익을 얻은 것으로 볼 수 있다 하더라도 이는 납세의무자의 부가가치세 신고•납부행위로 인한 것이지, 납세의무자가 이러한 신고•납부행위 이전에 거래상대방으로부터 부가가치세 상당 금원을 거래징수한 행위로 인한 것이 아니다. 따라서 부가가치세 신고행위가 무효임을 전제로 하여 국가를 상대로 부당이득반환청구를 할 수 있는 자는 부가가치세를 신고•납부한 납세의무자라 할 것이고, 원고와 같이 납세의무자로부터 재화를 공급받은 자로서는 국가를 상대로 부가가치세 상당액의 부당이득반환을 구할 수 없다(헌법재판소 2010. 6. 24. 선고 2009헌바147 결정 등 참조).

위 법리에 기초하여 이 사건에서 보건대, 비록 피고가 소외 회사에 전체 공급가액 중 위 개별소비세 부분에 대한 부가가치세를 환급하여 주지 않고 있다 하더라도 원고에 대한 관계에서 위 부가가치세 상당액을 부당이득한 것으로 볼 수 없고, 피고에게 전체 부가가치세 과세표준에서 위 부가가치세액을 공제하여야 할 법률상 의무가 있는 것도 아니므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장도 이유 없다.

(3) 원고의 세 번째 주장에 관하여

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고•납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 한다(대법원 2003. 2. 14. 선고 2001두8100 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 살피건대, 갑 제4호증의 1 내지 62의 각 기재만으로는 원고가 부가가치세 수정신고를 하지 못한 데 정당한 사유가 있다고 인정하기에 부족하다. 따라서 원고의 위 주장 역시 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.