청구법인은 산업재해보상보험법 및 구 근로복지공사법에 의하여 설립된 비영리병원으로서 노동부로부터 작업환경측정기관으로 지정을 받아 작업환경측정용역을 제공하여 왔다.

처분청은 청구법인이 제공하는 작업환경측정용역을 부가가치세가 면제되는 의료보건용역에 해당되지 않는 것으로 보아 95.7.1 청구법인에게 90년 제1기～94년 제2기 과세기간분 부가가치세 81,239,430원을 결정·고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 95.8.12 심사청구를 거쳐 95.11.9 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

작업환경측정용역은 위험한 작업장에서 일하는 근로자를 직업병으로부터 보호하기 위하여 실시하는 의료보건용역의 부수용역으로서 그동안 관행상 비과세하여 왔고, 부가가치세법시행령 제29조의 규정에 의하여 부가가치세가 면제됨에도 처분청이 이를 인정하지 아니하고 과세한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

작업환경측정용역은 부가가치세법상 면제대상으로 규정하고 있지 아니하며, 의료보건용역에 필수적으로 부수되는 용역도 아니므로 부가가치세가 면제되는 의료보건용역에 해당되지 않고, 처분청에서 작업환경측정용역을 과세하지 않겠다는 적극적인 의사표시를 하거나 명시적 또는 묵시적으로 표명한 적이 없으므로 작업환경측정용역이 의료보건용역에 부수되는 용역으로 납세자에게 일반적으로 받아들여진 관행이라는 청구법인주장 또한 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 제공하는 작업환경측정용역이 부가가치세가 면제되는 의료보건용역에 해당되는지 여부 및 동 용역에 대하여 부가가치세를 부과한 이건 과세처분이 소급과세금지원칙에 위배되는 것인지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제12조 제1항 제4호에서 『의료보건용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것과 혈액에 대하여는 부가가치세를 면제한다』고 규정하고 있고,

같은법 시행령 제29조에서는 『법 제12조 제1항 제4호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각호에 게기하는 것(의료법 또는 수의사법의 규정에 의하여 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다』고 규정하면서, 같은조 제1호 내지 제7호에서 게기하는 의료보건용역은 『의료법에 규정하는 의사·치과의사·한의사·조산사 또는 간호사가 제공하는 용역, 의료법에 규정하는 접골사·침사·구사 또는 안마사가 제공하는 용역, 의료기사법에 규정하는 임상병리사·방사선사·물리치료사·작업치료사·치과기공사 또는 과위생사가 제공하는 용역, 약사법에 규정하는 약사가 제공하는 의약품의 조제용역, 수의사법에 규정하는 수의사가 제공하는 용역, 장의업자가 제공하는 장의용역, 기타 총리령이 정하는 의료보건 위생용역』이라고 규정하고 있다.

또한 같은법 시행규칙 제11조의 2에서는 『영 제29조 제7호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 의료보건위생용역은 다음의 용역으로 한다』고 규정하면서, 같은조 제1호 내지 제4호에선 『오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률에 의하여 분뇨관련 영업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 분뇨의 수집·운반·처리 및 정화조청소용역, 의료업에 의하여 적출물처리업의 지정을 받은 사업자가 공급하는 적출물처리용역, 전염병예방법에 의하여 소독업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 소독용역, 폐기물관리법에 의하여 일반폐기물처리업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 일반폐기물처리용역』이라고 규정하고 있다.

(2) 한편, 산업안전보건법 제2조 제5호에서 『“작업환경측정”이라 함은 작업환경의 실태를 파악하기 위하여 해당 노동자 또는 작업장에 대하여 사업자가 측정계획을 수립하여 시료의 채취 및 그 분석·평가를 하는 것을 말한다』고 규정하고 있고, 같은법 제42조 제1항에서는 『사업주는 인체에 해로운 작업을 행하는 작업장으로서 노동부령이 정하는 작업장에 대하여 노동부장관이 정하는 자격을 가진 자로 하여금 작업환경을 측정·평가하도록 한후 그 결과를 기록·보존하고 노동부장관에게 보고하여야 한다. 이 경우 노동자대표의 요구가 있을 때에는 작업환경측정시 노동자대표를 입회시켜야 한다』고 규정하고 있다.

다. 작업환경측정용역이 부가가치세가 면제되는 의료보건용역에 해당되는지 여부

(1) 작업환경측정용역은 인체에 해로운 작업을 행하는 작업장에 대하여 작업환경의 실태를 파악하기 위하여 노동부장관으로부터 작업환경측정기관으로 지정받은 자가 해당노동자 또는 작업장에 대하여 사업주가 측정계획을 수립하여 시료의 채취 및 그 분석·평가를 하는 용역을 의미하는 것으로서 그 성격으로 미루어 볼때 의료보건용역과 직접적인 관련이 있는 용역으로 보기는 어렵다고 판단된다.

(2) 또한, 부가가치세법 시행령 제29조 및 같은법 시행규칙 제11조의 2의 규정에서는 부가가치세가 면제되는 의료보건용역에 대하여 명시적으로 규정하고 있는 바, 쟁점용역은 위 관련법령상 명시된 의료보건용역으로 규정되어 있지 아니한 점 등으로 보아 쟁점용역을 부가가치세가 면제되는 의료보건용역으로 보아야 한다는 청구법인주장은 이유없다 할 것이다.

라. 이건 작업환경측정용역에 대하여 과세한 처분이 소급과세금지의 원칙에 위배되는 것인지 여부

(1) 일반적으로 국세기본법 제18조에서 규정하고 있는 비과세관행이 성립되려면, 단순한 과세누락과는 달리 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적인 사실이 존재하여야 할 뿐만 아니라, 과세관청이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정때문에 과세하지 않는다는 의사표명이 있어야 할 것이다.

(2) 청구법인은 작업환경측정용역을 그동안 관행상 비과세하여 왔다고 주장하나, 과세관청이 동 용역에 대하여 비과세하겠다는 공식적인 의사표명을 한 흔적은 발견되고 있지 않다. 다만, 서울지방국세청장의 질의에 대하여 국세청장은 쟁점용역이 과세대상 용역이라고 유권해석을 한 사실이 확인되고 있는 바, 동 사실만으로 처분청이 쟁점용역을 과세할 수 있음을 알면서도 이를 과세하지 않겠다는 의사표명을 한 것으로 인정할 수는 없다 할 것이므로 소급과세 금지원칙에 위배된다고 보기는 어렵다 할 것이다.

마. 위 사실관계를 종합하여 볼때 작업환경측정용역은 부가가치세가 면제되는 인적용역에 해당되지 아니하고 그동안 관행상 비과세해 온 것으로 인정할 수도 없어 소급과세금지의 원칙에 위배된다고 볼 수 없으므로, 처분청의 이 건 과세처분은 정당하다고 판단된다. (국심 95중2886, 95.1.25 같은 뜻임)

바. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 모두 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.