OO인은 1975.12.11 취득한 서울특별시 성북구 OO동 OOOOOOO 외 2필지 대지 929㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1995.11.23 주택건설등록업자인 주식회사 OO(이하 “OO외 법인”이라 한다)에게 양도하고, 1996.5.31 쟁점토지의 양도에 대한 양도소득세 산출세액의 100분의 50에 상당하는 세액이 감면되는 것으로 하여 양도소득세 과세표준확정신고를 하였다.

처분청은 쟁점토지 중 기존 건물정착면적 325.69㎡를 감면대상토지에서 제외하고, 공공시설용지비율을 0%로 국민주택비율을 75%로 감면세액(58,416,485원)을 계산하여 1997.3.3 OO인에게 1995년 귀속 양도소득세 205,290,750원 및 동 농어촌특별세 12,850,620원을 결정 고지하였다.

OO인은 이에 불복하여 1997.5.2 심사OO를 거쳐 1997.9.5 심판OO를 제기하였다.

2. OO주장 및 국세청장 의견

가. OO주장

OO인은 OO외 법인과 쟁점토지 매매계약 체결시 토지만 양도하고 그 지상건물은 매수자의 비용으로 멸실하기로 하고 멸실등기 후 즉시 쟁점토지 양도대금 잔금을 수수하기로 하였으나 매수자의 약속불이행으로 건물이 멸실되지 아니한 채 소유권이 이전된 것으로 동 건물이 매수자의 책임으로 멸실되지 아니하였으므로 건물정착면적에 대하여 양도소득세의 감면을 배제함은 부당하며, 이 건 토지 매수자인 OO외 법인이 세액감면신청을 하면서 국민주택건설용지가 100%임에도 매수토지 중 25%는 공공시설용지로 나머지 75%는 국민주택건설용지로 사용하는 것으로 표시하면 100% 감면되는 것으로 잘못 알고 신고한 것이며 1996.9.20 세액감면신청일 당시에는 상당한 공사진척이 된 상태였으므로 전체가 국민주택규모의 아파트임을 알 수 있었고, 당해 세액감면신청서상 공공시설용지비율 25% 국민주택비율 75% 합계 100%로 구분 표시한 것은 조세감면규제법시행규칙 제31조 제6항에서 공공시설용지비율이 25%로 한도가 규정되어 있어 감면세액을 100%로 함에 있어 별 의미없이 구분한 것일 뿐이므로 실질내용에 따라 적정한 감면비율(94.75%)이 적용되어야 함에도 처분청이 잘못 기재된 세액감면신청서의 국민주택비율(75%)을 적용하여 일부 감면을 배제한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

주택건설등록업자에게 국민주택건설용지로 양도한 토지 중 건물이 정착되어 있는 토지(325.69㎡)는 국민주택건설용지의 양도로 양도소득세를 감면받을 수 없으며, 또한 OO외 법인은 국민주택 규모의 아파트와 상가(354.055㎡)를 함께 건설하였으므로 OO인이 양도한 토지 중 국민주택건설용지의 양도로 양도소득세가 감면되는 토지는 쟁점토지의 면적에서 건물이 정착되어 있는 토지의 면적을 제외한 면적 중 공공시설용지비율에 의하여 계산한 면적과 국민주택비율에 의하여 계산한 면적을 합한 면적만 양도소득세 감면대상이 되는 것이고, 토지 매수자가 감면신청함에 있어서 사업계획승인서상 국민주택비율에 미달하게 신청한 경우에는 당해 세액감면신청서상의 국민주택비율로 계산된 면적만 감면하는 것이므로 그에 따라 국민주택비율 75%를 곱하여 감면세액을 계산한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

국민주택건설용지로 양도된 쟁점토지의 감면대상 범위와 감면세액 계산이 적정한지 여부

나. 관련법령

조세감면규제법 제66조【국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면】 제1항 본문, 같은항 제1호 및 제4항에는 『① 내국인이 다음 각호의 1에 해당하는 건설용지로 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(양도일로부터 소급하여 5년이전에 취득한 토지를 양도하는 경우에는 100분의 50)에 상당한 세액을 감면한다.

1. 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(이하 이 조에서 “주택건설등록업자”라 한다)가 건설하는 대통령령이 정하는 규모 이하의 주택(이하 “국민주택”이라 한다)의 건설용지

④ 제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 따라 주택건설등록업자·사원용임대주택건설자 또는 기숙사건설업자가 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다』고 규정하고 있고

같은법 시행령 제63조【국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면】 제1항 본문, 같은항 제1호 및 제8항에는 『① 법 제66조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다.

1. 건축물이 정착되어 있는 토지

⑧ 주택건설등록업자·사원용임대주택건설자 또는 기숙사건설업자가 주택 또는 기숙사를 건설함에 있어서 국민주택 또는 기숙사와 그외의 건물을 함께 건설하는 경우의 감면세액의 계산에 관하여는 총리령으로 정한다』고 규정하고 있으며,

같은법 시행규칙 제31조【국민주택건설용지 등에 대한 감면세액의 계산】 제1항, 제2항 본문 및 같은항 제1호, 제6항에는 『① 영 제63조 제8항에 규정된 감면세액의 계산은 다음 산식에 의한다.

② 제1항의 산식에 규정된 국민주택건설용지 등의 면적은 다음 각호에 의하여 계산한 면적으로 한다.

1. 아파트인 국민주택을 건설하는 경우에는 다음 각목의 면적을 합산한 면적

가. 당해 양도토지 면적에 아파트 총대지면적에 대한 공공시설용지면적의 비율(이하 이 조에서 “공공시설용지비율”이라 한다)을 곱하여 계산한 면적

나. 당해 양도토지 면적중 가목의 규정에 의한 면적을 제외한 잔여토지면적에 국민주택 및 그외의 건물의 건물총면적에 대한 국민주택건물총면적의 비율(이하 이 조에서 “국민주택비율”이라 한다)을 곱하여 계산한 면적

⑥ 제4항의 경우에 있어서 공공시설용지비율은 100분의 25를 한도로 한다』라고 규정하고 있다.

다. 사실 및 판단

먼저 사실관계를 살펴본다.

(1) OO인이 1973.5.7～1975.12.11 기간중에 쟁점토지를 취득하여 1995.11.23 OO외 법인에게 양도한 사실과 양도당시 쟁점토지상에는 2동의 건축물(1층면적 합계 325.69㎡)이 정착되어 있었던 사실이 등기부등본 및 건축물관리대장에 의해 확인된다.

(2) OO외 법인은 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설업자로서 쟁점토지 매수 후인 1995.12.11 성북구청장으로부터 사업계획승인을 통보받은 사실이 관련서류에 의해 확인된다.

(3) OO인은 1996.5.31 조세감면규제법에 의한 감면비율을 100%(감면세액 1억원 한도)로 하여 양도소득세과세표준확정신고를 하였고, OO외 법인이 1996.9.20 처분청에 제출한 세액감면신청서상에는 공공용지비율 25% 국민주택비율 75%로 기재되어 있음을 당해 신고 및 자진납부계산서와 세액감면신청서에 의해 알 수 있다.

(4) 위 1995.12.11자 사업계획승인서에 의하면 쟁점토지를 포함한 6필지 대지 2,014.31㎡ 지상에 아파트 1개동 연면적 6,750.41㎡를 신축하는 것으로 되어 있고, 또 사업완료후 성북구청장이 OO외 법인에게 통보한 민영주택건설 임시사용승인 공문(재개58550-1780, 1997.7.29)에 첨부된 건축물 및 시설등 설치내역서에 의하면 신축아파트의 1층 531㎡ 중 354.055㎡가 생활편익시설(상가)로 준공되었음을 알 수 있다.

다음으로 감면대상 범위 및 감면세액 계산에 관한 OO주장이 타당한지를 살펴본다.

(1) 감면대상 범위에 관하여 OO인은 쟁점토지 전부가 감면대상이라고 주장하나, 쟁점토지 중 양도당시 기존 건축물이 정착되어 있는 부분(면적 325.69㎡)은 조세감면규제법 제66조 제1항 및 같은법 시행령 제63조 제1항 제1호의 규정에 의하여 양도소득세가 감면되는 국민주택건설용지 대상에서 제외되는 것이므로 당해 건축물이 멸실되지 아니한 채 양도된 것이 거래상대방의 약속불이행으로 인한 것이라는 이유로 건축물정착부분을 감면대상에 포함하여야 한다는 OO주장은 위 법령 규정상 받아들일 수 없다 할 것이다.

(2) 감면세액의 계산에 관하여 처분청은 세액감면신청서에 국민주택비율을 사업계획서상 비율에 미달하게 신청한 경우에는 동 감면신청서상의 국민주택비율로 계산된 면적만 감면된다는 주장이나, 세액감면신청서 기재사항에 오류가 있었던 것으로 보이는 이 건의 경우 쟁점토지를 매수한 OO외 법인의 감면신청(1996.9.20)이 있기 전인 1995.12.11에 이미 당해 사업계획승인이 나 있었기 때문에 처분청이 감면세액을 결정하기 전에 감면신청서상 감면비율이 적정한지를 조사할 수 있었던 점과 OO인이 1996.5.31 전액 감면되는 것으로 알고 양도소득세과세표준확정신고를 한 점, 그리고 반대로 만약 주택건설사업자가 실제의 감면비율을 초과하여 신청하였을 경우에는 당해 사업자 관할 세무서에서 준공된 결과에 따라 그 비율을 재계산하여 감면한 세액을 추징하도록 규정하고 있는 점에 비추어 볼 때, 이 건은 비록 OO외 법인이 세액감면신청서에 공공시설용지비율(25%)과 국민주택비율(75%)를 잘못 기재하였다 하더라도 실제 완공된 건물현황에 해당하는 감면비율이 적용되어야 할 것으로 판단되며, 따라서 양도소득세 산출세액에 세액감면신청서상의 국민주택비율을 곱하여 감면세액을 계산한 처분청의 처분은 실제의 국민주택비율을 감면비율로 하여 재계산하여 세액을 경정함이 정당하다고 할 것이다.

라. 그러므로 이 건 심판OO는 심리결과 OO주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.