갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 각 1, 2, 갑 제9, 44호증, 을 제1, 2호증, 을 제3, 4호증의 각 1, 2의 각 기재와 변론의 전취지를 종합하면, 이 사건 부과처분의 경위는 다음과 같다.

가. 원고(계약 당시는 원고로 흡수된 한국도시개발 주식회사, 이하 같다)가 1986.4.10. 소외 한국토지개발공사 (이하, 소외 공사라 한다)로부터 ㅇㅇ ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 737번지 소재 13,156.7㎡(이하, 이 사건 토지라 한다)를 금 16,482,000,000원에 매수하면서, 계약금으로 당일 금 1,648,200,000원을, 나머지 대금은 첫회 부불금지급일인 1986.10.10.부터 잔금지급일인 1991.4.9.까지 10회에 걸쳐 나누어 분할 납부하기로 하는 매매계약을 체결하여, 1990.7.11. 그 매매대금을 전액 청산하고, 1990.7.18. 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 그리하여 피고는 원고가 1990.12.31. 현재 이 사건 토지를 소유하고 있는바, 원고가 위 첫회 부불금지급일인 1986.10.10.을 이 사건 토지를 인도받아 취득한 날로 보고서 이 사건 토지가 토지초과이득세법 제9조 제3항 제6호 (가)목 소정의 나지로서 유휴토지에 해당한다면서 1991.11.1.자로 원고에 대하여 최초 1년간의 예정결정기간에 대한 토지초과이득세로 금 24,425,413,550원을 부과고지하였다.

다. 그런데, 위 토지초과이득세의 과세표준을 정함에 있어 피고가 기초로 삼은 1991.1.1. 기준의 이 사건 개별토지가격인 ㎡당 금 16,800,000원이 그 후 원고의 불복(소 제기)으로 취소되고 관련 행정청인 ㅇㅇ ㅇㅇ구청장이 1994.4.경 그 금액을 ㎡ 당 금 14,200,000원으로 조정하였고, 이에 따라 피고는 그 무렵 그 과세표준을 정정하여 위 토지초과이득세를 금 7,321,703,550원으로 감축하였다(이하, 1991.11.1.자 위 부과처분 중 위와 같이 감축된 부분을 이 사건 부과처분이라 한다).

라. 한편, 이 사건 토지에 대한 토지초과이득세의 정상 과세기간인 1990.1.1.부터 1992.12.31. 중의 토지초과이득이 지가상승 미달로 발생하지 아니하여 이 사건 토지에 대하여 토지초과이득세를 부과하지 못하게 되자, 피고는 원고에게 원고가 앞서 1991.11.1.자로 부과되어 납부한 세금을 토지초과이득세법 제24조에 따라 환급하여 주었다(앞서 감축한 부분도 그 감축에 따라 동일한 환급이 이루어졌다).

2. 이 사건 부과처분의 위법 여부

가. 피고가 위 처분사유와 관계법령을 들어 이 사건 부과처분이 적법한 것이라고 주장함에 대하여, 원고는 첫째, 이 사건 토지는 원고가 토지개발공사에 잔금을 모두 지급하고 토지의 점유를 이전받은 1990.7.11. 원고에게 비로소 인도된 것으로 보아야 하므로 연불조건부매매(소득세법시행령 제108조 제2항)에 해당하지 않으며, 잔금청산일인 1990.7.11.이 취득일에 해당되어 그날로부터 1년간은 토지초과이득세법 제8조 제3항 및 동법시행령 제23조 제3호의 규정에 의거 유휴토지로 볼 수는 없고, 원고가 1986.4.10. 계약을 체결하여 이 사건 토지를 취득하면서 사옥 신축을 위해 필요한 제반심의 및 인・허가절차를 추진하여 왔으나 행정관청의 행정절차지연 등 원고의 지배범위 밖에 있는 사유로 인하여 업무에 직접사용하지 못한 것으로서 이 사건 토지를 사용하지 못한 정당한 사유가 있으므로 토지초과이득세법 상의 유휴토지 등에 해당되지 않는데도 불구하고 이 사건 토지를 유휴토지라고 보고서 한 이 사건 부과처분은 위법을 범한 것이고, 둘째, 이 사건 토지는 건물 신축목적으로 취득한 토지이므로 취득일로부터 1년의 기간에 건축허가가 제한된 기간 동안은 유휴토지로 볼 수 없는 것이고, 1990년 하반기에 건설경기의 과열을 방지하기 위하여 일정 규모 이상의 건물에 대하여는 건축허가제한조치가 시행되고 있었으므로 1990.12.30.로부터 위 건축허가제한기간을 가산한 기간까지 토지초과이득세 과세대상에서 제외되어야 하는바, 그러한 점을 고려하지 아니한 채 이 사건 토지를 유휴토지로 보고서 한 이 사건 부과처분은 위법을 범한 것이며, 셋째, 1991.3.14. 신설 개정된 토지초과이득세법시행규칙 제20조 제2항은 건축물 신축목적 취득토지는 일정한 경우 당초의 취득일부터 유휴토지로 본다. 고 되어 있으나, 과세의 부과처분은 그 과세기간 말일 현재의 법령에 의하여야 하므로 1990년을 과세기간으로 하는 이 사건 부과처분에는 적용할 수 없고, 또한 위 시행규칙 제20조 제2항은 결국 건축물 신축목적 토지를 1년간 유휴토지 등으로 보지 않도록 되어 있는 상위법령인 토지초과이득세법 제8조 제3항 및 동법시행령 제23조 제3호에 배치되는 것으로서 상위 법령에서 위임받은 한계를 벗어나는 내용을 규정한 위법 무효규정이고, 토지초과이득세법시행규칙 부칙 제3항에서는 동법시행규칙 제20조의 규정을 1990년 예정결정기간분부터 적용하도록 규정하고 있는바 이것도 과세기간종료일(1990.12.31.) 후 3개월이 지난뒤 개정(1991.3.14.)된 것으로서 소급입법금지 및 소급과세 금지원칙에 위배되는 위법규정이므로 이를 근거로 하여 한 이 사건 부과처분은 역시 위법을 범한 것이고, 넷째, 이 사건 부과처분의 과세표준을 산정에 있어서도 과세기간종료일인 1990.12.31.의 개별토지가격을 적용하지 아니하고 1991.1.1.의 개별토지가격을 적용한 것은 잘못된 것일 뿐만 아니라 가사 위 1991.1.1.자의 지가를 적용하는 것이 가능하다고 하여도 1991.1.1.자의 지가가 부당하게 높게 책정된 것인데도 이를 적용하여 과세표준을 정해 한 이 사건 부과처분은 위법을 범한 것이므로 이 사건 부과처분은 어느 모로 보거나 취소되어야 한다고 주장한다.

나. 관계법령의 검토

토지초과이득세법 제4조 제1항, 제3항의 규정에 의하면 토지초과이득세의 납세의무자는 과세기간 종료일 현재 유휴토지 등의 소유자로서 원칙적으로 공부상의 소유자를 말하지만 사실상의 소유자가 따로 있을 때에는 그 사실상의 소유자를 납세의무자로 정하고, 같은법시행령 제25조 제1항 제2호에서 유휴토지의 취득일 및 양도일의 적용은 소득세법시행령 제53조의 규정을 준용하도록 하였는데, 소득세법시행령 제53조 제1항은 원칙적으로 당해 자산의 대금청산일을 그 취득시기라고 규정하면서 예외의 하나로 그 제3호는 소득세법 제51조 제6항에 규정하는 연불조건의 경우에는 첫회 부불금의 지급일을 취득일로 한다고 규정하고 있으며, 소득세법시행령 제108조 제2항은 소득세법 제51조 제6항에 규정하는 연불조건부 양도가 되기 위하여는 첫째, 3회 이상으로 분할하여 판매금액을 받고, 둘째, 목적물의 인도기일의 다음날부터 최종부불금의 지급기일까지의 기간이 2년 이상일 것을 요건으로 하고 있다.

"또한, 토지초과이득세법 제8조 제3항, 법시행령 제23조 제3호 및 부칙 제4항에 의하면 건물을 신축할 목적으로 토지를 취득하여건축허가를 신청한 자'가 취득일로부터 1년(그 취득일이 1989.12.30. 이전인 때에는 1990.12.30.에 취득일로부터 1년이 경과된 것으로 본다) 이내에 구 건축법(1991.5.31. 법률 제4381호로 전문 개정되기 전의 것) 제44조의 규정에 의하여 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 경우에는 취득일로부터 1년에 위 제한된 기간을 가산한 기간 동안은 그 토지를 유휴토지 등으로 보지 아니하도록 되어 있다.",한편, 토지초과이득세법 제4조 제4항 제1호, 같은법시행령 제3조 제1항과 같은 법 제5조 제2항 제1호, 같은법시행령 제5조 제1항 제1호의 각 규정을 종합하면 유휴토지 등에 관하여 국가, 지방자치단체 기타 한국토지개발공사 등 대통령령이 정하는 자와 연부로 매매계약을 체결하고 그 토지의 사용권을 무상으로 부여받은 경우에는 그 매수계약자를 소유자로 보아 토지초과이득세를 납부할 납세의무자로 규정하고 있다.

다. 당원의 판단

(1) 이 사건 토지의 인도시기

갑 제6호증의 1 내지 6, 갑 제7호증의 1 내지 4, 갑 제8호증, 갑 제9호증, 갑 제12호증의 1 내지 12, 갑 제44호증의 각 기재 및 변론의 전취지를 종합하면, 원고가 소외 공사와 이 사건 토지에 관한 매매계약을 체결하면서, 그 매매계약서 제2조에서 계약체결일로부터 3년 이내에 지정용도에 사용할 것을 원고가 승낙하였고, 제17조 제1항 제3호에서는 원고가 이 사건 토지를 3년 이내에 지정용도에 사용하지 않을 경우 소외 공사가 계약을 해제하고 환매권을 행사할 수 있도록 하였으며, 한편, 제9조는 원고가 미지급 잔대금에 대하여 소외 공사가 요구하는 확실한 담보를 제공하고 이 사건 토지의 사용을 요구하는 경우에는 소유권 이전에 앞서 원고에게 미리 그 사용을 허용할 수 있도록 하였고, 제23조에서는 계약체결일 이후 이 사건 토지에 부과되는 조세 및 공과금을 원고가 부담하도록 하였으며, 제17조 제3항에서 이 계약이 해제되었을 때에는 원고가 이 사건 토지를 계약체결일 당시의 원상태로 회복하여 소외 공사에게 인도하기로 약정한 사실은 인정할 수 있으나 위 인정 사실만으로는 뒤에서 인정하는 사실에 비추어 위 매매계약에서 원고가 이 사건 토지를 잔금지급 이전에 확정적으로 인도받기로 인도기일이 정한 것으로는 볼 수 없고, 달리 원고가 이 사건 토지를 잔금지급 전에 인도받았다고 인정할 증거가 없으며, 오히려 위에서 본 각 증거에 의하면, 원고가 소외 공사와 별도의 임대차계약을 체결하여 차임을 내고 1989.2.13.부터 1989.4.30.까지 이 사건 토지의 일부를 임차 사용하고 반환한 사실, 위 매매계약에서는 계약체결일 이후 이 사건 토지에 부과되는 조세 및 공과금을 원고가 부담하도록 하였지만 소외 공사가 할부금 수납 최종일 또는 목적 토지에 대한 사용승낙일 이후에 부과되는 조세만을 매수인의 부담으로 하는 것으로 업무방침을 변경하여 1987년부터 1990년까지의 이 사건 토지에 대한 재산세 등 공과금을 스스로 부담한 사실이 각 인정되는바, 위에서 인정한 각 사실을 종합하면, 위 매매계약에 의하여 원고가 이 사건 토지를 인도받아 사용한 사실은 없는 것으로 보는 것이 합리적이라고 할 것이다.

따라서, 위 매매계약이 3회 이상 분할하여 판매금액을 받는 계약이기는 하지만 위에 서 본 그 최종부불금의 지급기일인 1991.4.9.로부터 2년 이전이 되는 1989.4.8.까지 원고가 실제로 이 사건 토지를 소외 공사로부터 인도받았음을 인정할 수 없는 이 사건에 있어서, 원고가 이 사건 토지의 매수는 소득세법시행령 제108조 제2항 소정의 연불조건부 매매에 해당되지 않는다고 할 것이고 소득세법의 일반원칙에 따라 원고가 이 사건 토지를 인도받은 날은 그 대금이 청산된 1990.7.11.로 보아야 할 것이다.

(2) 이 사건 토지가 이 사건 부과처분의 기준일 당시 유휴토지인지 여부

원고가 건축물을 신축할 목적으로 이 사건 토지를 취득한 사실은 당사자 사이에 명백한 다툼이 없고 위에서 본 바와 같이 토지초과이득세법상 건축물을 신축할 목적으로 취득한 토지는 취득일로부터 1년에 건축허가가 제한된 기간을 합한 기간 동안은 유휴토지가 아니라고 보고 있으므로 이 사건 부과처분의 기준일인 1990.12.31. 현재 이 사건 토지에 건축허가가 제한되어 있는지 여부에 관하여 살펴 볼 필요 없이 이 사건 토지를 토지초과이득세법 상의 유휴토지라고 볼 수는 없다고 할 것이다.

(3) 따라서, 위에서 인정한 바와는 다르게 원고가 이 사건 토지를 위 첫회 부불금 지급일인 1986.10.10.에 소외 공사로부터 인도받은 것으로 보고서 동 인도일로부터 잔금지급일까지의 기간이 2년 이상이어서 이 사건 토지의 매매가 연불조건부 매매에 해당되어 이 사건 부과처분의 기준일인 1990.12.31. 현재 이 사건 토지가 토지초과이득세법 제9조 제3항 제6호 (가)목 소정의 나지로서 유휴토지에 해당한다고 보고서 한 이 사건 처분은 나머지 점에 대하여 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 위법한 것이라고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 부과처분이 위법하다 하여 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있는 것(앞서 본 바와 같이 이 사건의 경우 과세기간 종료일 현재 납부세액이 없어 예정결정기간의 납부세액은 모두 환급되게 되었는바, 위 예정결정기간의 납부세액이 정당하였다면 토지초과이득세법 제24조에 따라 그 초과세액만이 환급되고 그 환급가산금은 환급되지 아니할 것이나, 만약 위 예정결정기간의 납부세액이 정당하지 못해 취소된다면 국세기본법 제52조에 따라 그 환급가산금까지도 환급될 수 있을 것이므로 원고로서는 이 사건 부과처분의 위법 여부에 관해서 이를 다툴 이익이 있다 할 것이다)으로서 이를 취소하고, 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

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