청구인은 77.12.22 서울특별시 서초구 OO동 OOOOOOO 전 856㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 96.6.24 서초구청으로부터 토지거래허가를 받아 96.6.27 청구외 OOO(이하 “매수인”이라 한다)에게 소유권이전등기를 경료하고 자산양도차익예정신고 및 양도소득세과세표준 확정신고를 하지 않았다.

처분청은 청구인이 쟁점토지를 매수인에게 양도한 사실에 대하여 쟁점토지의 잔금청산일이 불분명하고 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과한 것으로 보아 쟁점토지의 등기부상 등기접수일인 96.6.27을 양도시기로 하여 기준시가로 양도차익을 산정한 후 97.5.10 청구인에게 96년 귀속 양도소득세 23,209,020원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 97.6.30 심사청구를 거쳐 97.8.20 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

청구인은 87.2.21 매수인에게 쟁점토지를 38,800,000원에 양도하는 매매계약을 체결하고 계약당일에 계약금 4,000,000원, 87.2.28 중도금 20,000,000원, 87.3.8 잔금 14,800,000원을 각각 수령하는 등 쟁점토지의 매매대금이 청산된 후 서초구청장에게 토지거래허가를 신청하였으나 거래예정가액의 부적합으로 불허가통지되고 매수인이 농민이 아니라는 이유로 소유권이전등기가 되지 않고 있다가 96.6.24 다시 토지거래계약허가를 받아 96.6.27에 이르러 비로소 소유권이전등기가 경료된 것으로서 쟁점토지의 양도시기는 청구인이 매수인으로부터 잔금을 수령한 87.3.8로 보아야 하고, 쟁점토지의 양도시기를 이와 같이 볼 경우 부과제척기간이 경과되었으므로 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세함은 부당하다.

나. 국세청장 의견

청구인은 쟁점토지의 양도시기를 87.3.8로 보아야 한다고 주장하고 있으나 87.3.8을 양도시기로 하여 87년 귀속 양도소득세를 확정신고한 사실이 없을 뿐만 아니라 잔금청산일이 불분명한 이 건의 경우 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 1월을 초과하여 소유권이전등기를 접수한 경우 그 등기접수일을 양도시기로 보는 것이므로 쟁점토지의 양도시기를 등기접수일인 96.6.27로 보아 기준시가로 양도차익을 계산하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구의 다툼은 쟁점토지의 양도시기가 언제인지를 가리는데 있다.

나. 관련법령

소득세법 제98조(양도 또는 취득의 시기) 및 같은법시행령 제162조 제1항 제1호에서 자산의 취득시기 및 양도시기는 원칙적으로 당해 자산의 대금을 청산한 날이나 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로 하고 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부 등에 기재된 등기접수일로 한다고 규정하고 있다.

다. 사실 및 판단

(1) 청구인은 77.12.22 쟁점토지를 취득하여 87.2.21 쟁점토지를 매매대금 38,800,000원에 양도하는 매매계약을 매수인과 체결한 후 쟁점토지거래계약 허가를 서초구청에 신청하였으나 거래예정가액(100,000,000원)의 부적합으로 인하여 90.2.26 청구인에게 불허가통지되었고, 96.6월에 다시 토지거래계약허가를 신청하여 96.6.24 서초구청으로부터 토지거래계약허가증을 교부받아 96.6.27 매수인에게 쟁점토지의 소유권이전등기를 경료한 후 자산양도차익예정신고 및 양도소득세과세표준 확정신고를 하지 않은 사실이 쟁점토지의 등기부등본, 서초구청장이 발행한 토지거래계약허가증에 의하여 확인된다.

(2) 국토이용관리법상 토지거래 허가제도의 입법취지는 토지의 투기적 거래를 방지하여 정상적 거래를 조장하려는 데 있으므로 투기적 거래의 방지에 필요한 범위 내에서 규정의 효력을 인정하면 족한 것이고 그 범위를 넘어서까지 사유재산권의 보장과 사적 자치의 원칙에 대한 제한의 폭을 넓혀 나가는 것은 오히려 그 입법취지에 반하는 것이며, 따라서 국토이용관리법 제31조의2 소정의 “토지거래 등 허가”의 법적 성격은 허가 전의 유동적 무효 상태에 있는 법률행위의 효력을 완성시켜 주는 인가적 성질을 띤 것이라고 보는 것이 타당하고(대법원 90다12243, 91.12.24 선고, 전원합의체, 같은뜻), 국토이용관리법상 토지거래허가지역 내의 토지에 관하여 장차 허가를 받을 것을 전제로 매매계약을 체결하여 그 대금을 청산한 다음 허가를 받아 소유권이전등기를 마친 경우에, 비록 그 매매계약은 허가를 받을 때까지는 법률상 미완성의 법률행위로서 소유권 등 권리의 이전에 관한 계약의 효력이 전혀 발생하지 아니하지만 일단 허가를 받으면 그 계약은 소급하여 유효한 계약이 되므로, 양도소득산정의 기준이 되는 토지의 양도시기는 토지거래계약허가일이 아니라 전시한 소득세법의 관련 규정에 의하여 별도로 정하여야 할 것이다(대법원 95누5145, 97.6.27 선고, 같은 뜻).

(3) 청구인은 87.2.21 매수인과 체결한 쟁점토지 매매계약서상 잔금지급약정일인 87.3.8이 쟁점토지의 양도시기라고 주장하고 있으나, 이에 대하여 살펴보면,

(가) 청구인이 주장하는 잔금청산일 이후인 89.5.4 청구인을 채무자로 하고 OO단위농협을 근저당권자로 하여 채권최고액 45,000,000원의 근저당권을 설정된 사실에 대하여 청구인은 매수인이 청구인의 명의로 근저당권을 설정하여 자금을 대출받아 이를 사용하였다고 하나 매수인이 위 대출금을 사용하였음을 입증할 수 있는 증빙이 없고,

(나) 청구인이 주장하는 잔금청산일을 입증할 수 있는 금융자료등 객관적인 자료가 없어 청구주장의 잔금청산일을 인정하기가 어렵다 할 것이며,

(다) 90.3.4 청구인을 상대로 매수인이 제기한 소유권이전등기청구소송(OOOOOOOOO, 90.6.7 선고)도 의제자백에 의한 판결인 것에 비추어 볼 때 그 신빙성이 없다 할 것이다.

(라) 따라서 쟁점토지의 경우 잔금청산일이 불분명할 뿐만 아니라 쟁점토지의 매매계약서상 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하므로 전시한 소득세법시행령 제162조 제1항 제1호에 의하여 등기접수일인 96.6.27을 양도시기로 하여 과세한 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구인 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.