구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제96조 제1항 및 제97조 제1항 제1호 (가)목 은, 같은 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호 의 규정에 의한 자산의 양도가액 및 취득가액은 원칙적으로 기준시가에 의하도록 규정하면서, 예외적으로 실지거래가액에 의하는 경우의 하나로 같은 법 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 (가)목 단서에서 ‘양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 양도소득과세표준 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우’를 규정하는 한편, 같은 법 제114조 제4항 은 그 단서(이하 ‘이 사건 단서 규정’이라 한다)에서 “거주자가 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 (가)목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.”라고 규정하고 있다.

구 소득세법 제96조 제1항 제6호 , 제97조 제1항 제1호 (가)목 단서가 기준시가 과세원칙의 예외로서 실지거래가액에 의하여 신고할 수 있는 종기를 양도소득과세표준 확정신고기한까지로 규정하고 있는 취지, 양도소득과세표준 예정신고와 확정신고의 관계 등에 비추어 보면, 이 사건 단서 규정 소정의 ‘ 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우’라 함은 양도소득과세표준 확정신고기한까지 실지거래가액에 의한 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고의 효력이 유지되고 있는 경우를 의미한다고 봄이 타당하다. 따라서 양도자가 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 한 후 확정신고기한 내에 기준시가에 의하여 양도소득과세표준 확정신고를 함으로써 양도소득과세표준 예정신고의 효력이 소멸한 경우에는 당초 예정신고한 가액이 사실과 달라 관할세무서장 등이 실지거래가액을 확인하였다고 하더라도 그 확인된 가액에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 경정할 수 없다고 할 것이다. 그리고 이 경우 과세관청이 실지거래가액을 확인한 후에 양도자가 기준시가에 의하여 양도소득과세표준 확정신고를 하였다는 이유만으로 그 확정신고가 효력이 없다고 할 수도 없다.

그럼에도 원심은 양도자가 사실과 다른 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 한 후 과세관청이 이 사건 단서 규정에 따라 실지거래가액을 확인한 경우에는 이로써 이 사건 단서 규정의 적용요건을 충족하게 되고, 그 후 납세자가 확정신고기한 전에 다시 기준시가에 의하여 양도소득과세표준 확정신고를 하였다고 하더라도 그 확정신고는 효력이 없다는 이유로, 피고가 확인된 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 산정하여 한 이 사건 처분이 적법하다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심판결에는 이 사건 단서 규정의 적용요건 및 양도소득과세표준 확정신고의 효력 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.