2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

가. 처분의 경위

(1) 원고는 2003. 3. 3.경 서울 마포구 BB동 388-29 대 433.8㎡ 및 그 지상 건물 1,005.05㎡(이하, 토지 및 건물을 합하여 '이 사건 부동산'이라 한다)를 취득하였다가, 2005. 5. 4.경 소외 주식회사 CCC디벨로프먼트(이하, '소외 회사'라 한다)에게 이를 매도하기로 한 후 2006. 12. 20. 소외 회사로부터 이 사건 부동산의 잔대금을 모두 지급받음으로써 위 부동산을 양도하였다.

(2) 원고는 2007. 2. 28. 피고에게 이 사건 부동산의 양도에 따른 2006년도 귀속 양도소득세 예정신고 및 납부를 하면서 이 사건 부동산이 투기 지정지역에 해당하여 이 사건 부동산의 실지거래가액을 기준으로 산정한 양도소득세로 388,302,584원(과세 표준금액 1,230,964,765원)을 신고, 납부하였다가, 2007. 5. 30. 피고에게 이 사건 부동산이 구 조세특례제한법(2006.12.30.법률 제8146호로 개정되어 삭제되기 전의 것, 이하, '조세특례제한법'이라 한다) 제85조의 규정(이하, '이 사건 과세특례규정'이라 한다)에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상으로 위 규정에 따라 기준시가를 기준으로 양도소득세를 계산할 경우 양도소득세액이 203,619,744원(과세표준금액 660,956,002원)이므로, 그에 따라 당초 납부한 세액과의 차액 184,682,840원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

(3) 이에 대하여 피고는 2007. 7. 24. 이 사건 부동산의 양도 당시까지 양수인인 소외 회사가 공익사업시행자로 지정되지 아니하여 이 사건 과세특례규정의 적용대상이 아니라는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

나. 도시환경정비구역의 지정 및 사업시행인가 등

(1) 이 사건 부동산이 속한 서울 마포구는 2005. 6. 30.자로 주택 외 투기지역으로 지정되었고, 한편 이 사건 부동산이 위치한 마포구 AA1구역은 2003. 11. 18 서울특별시 고시 2003-374호로 균형발전촉진지구로 지정되었으며, 2006. 3. 13 서울특별시 고시 제2006-87호 도시환경정비구역으로 지정, 고시되었다.

(2) 소외 회사는 도시환경정비구역인 AA1구역 내에서 정비사업을 시행하기 위하여 이 사건 부동산 등을 취득하는 한편, AA1구역에 대한 도시환경정비사업 시행계획을 수립하면서 2006. 5. 4. 서울특별시 마포구청장으로부터 도시환경정비사업과 관련한 문화재보존을 위한 조치사항을 통보받았고, 2006. 6. 19. 서울특별시 교통영향심의위원 회로부터 교통영향평가서에 관한 조건부가결 결정을 받았으며, 2006. 6. 29. 서울특별시 서부교육청으로부터 학교환경 위생정화구역 내 금지행위 및 시설해제결과를 통보받았고, 2006. 6. 30.에는 마포구청장으로부터 서울특별시 건축위원회의 심의결과를 통보받았다.

(3) 그 후 소외 회사는 이 사건 부동산에 대한 잔금청산일 이후인 2006. 12. 22 마포구청장에게 AA1구역 도시환경정비구역 사업시행인가신청을 하였고, 이에 마포구청장은 2007. 5. 25. 소외 회사를 사업시행자로 하는 도시환경정비구역 사업시행인가 통지 및 고사를 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제I, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 당사자의 주장 및 쟁점

원고는 이 사건 부동산을 이 사건 과세특례규정에서 정한 취득시기인 정비구역 지정 이전에 취득하여 그 양도시기 이내인 2006. 12. 7 도시환경정비사업 시행자인 양수인에게 이를 양도하였으므로, 이 사건 부동산의 양도에 따른 양도소득세를 산정함에 있어서도 이 사건 과세특례규정이 적용되어 기준시가에 의하여 양도소득세를 산정하여 야 할 것이므로, 그에 따른 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 부적법하다고 주장한다.

이에 대하여 피고는 이 사건 부동산의 양도 당시까지 양수인인 소외 회사가 도시환경정비사업에 대한 시행인가를 받지 못하여 사업 시행자에 해당하지 않으므로 이 사건 과세특례규정이 적용되지 않는다고 주장한다.

따라서 이 사건의 쟁점은 도시환경정비구역 내에서 사업시행인가를 받지 않은 상태 에서 사업시행을 하는 사업시행자에게 토지를 양도한 이후 사업시행인가가 이루어진 경우, 사업시행인가를 받지 않은 상태의 사업시행자를 이 사건 과세특례규정에서 정한 사업시행자로 보아 그에 따른 양도소득세를 산정함에 있어서 이 사건 과세특례규정을 적용할 수 있는지 여부에 있다.

3. 관계법령

별지 기재와 같다.

4. 판단

가. 양도가액 산정방법에 관한 소득세법 및 조세특례제한법의 규정 내용

종전의 소득세법 제96조 제1항은 원칙적으로 자산의 양도가액을 당해 자산의 양도 당시의 '기준시가'에 의하도록 하고 있었는데, 2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되어 2006. 1. 1.부터 시행된 소득세법 제96조 제1항은 자산의 양도가액의 산정 원칙을 당해 자산의 '실지거래가액'에 의하도록 바꾸었다. 다만, 위 개정 소득세법 제96조 제2항은, 투기지정지역 안의 부동산이 아닌 경우 등 일정한 경우에 토지 등의 자산을 2006. 12. 31.까지 양도하면 그 자산의 양도 당시의 '기준시가'에 의하도록 예외를 규정하고 있으나, 이 사건 부통산은 투기지정지역 안의 부동산이어서 위 개정 소득세법의 예외 규정을 적용받을 수는 없다. 그러나 조세특례제한법 제85조(이 사건 과세특례규정)는 '지정지역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례'라는 표제 아래, 지정지역 내의 부동산을 '택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날' 등 제1호 내지 제4호가 규정하고 있는 날 및 제5호가 규정하고 있는 '제1호 내지 제4 호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속 한 사업지역에 대한 예정지구ㆍ지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사 한 것으로서 대통령령이 정하는 날' 전에 취득하여 2006. 12. 31. 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행 자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다.)하는 경우에는 양도가액을 기준시가에 의할 수 있도록 하고 있고, 이 사건 특례규정 제5호의 위임에 따라 구 조세특례제한법 시행령 제79조의 2 제l항 별표 7은 '그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날'을 거시하고 있는데, 그 중 제9호는 '도시 및 주거환경정비법 제4조의 규정에 의하여 정비구역을 지정한 날'로 규정하고 있다.

나. 이 사건 과세특례규정의 입법취지

앞서 본 이 사건 과세특례규정의 표제 및 내용, 이 사건 과세특례규정 각 호 및 구 조세특례제한법 시행령 제79조의2 제1항 별표 7의 각 호 소정의 법률들이 예정하고 있는 사업이 모두 공익적인 목적을 가지고 있고, 위 법률들이 그 사업시행자에게 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 등에 근거하여 수용 권한을 인정하고 있는 점, 위 법률들이 예정하고 있는 사업에서는 설사 양도인이 협의에 의하여 부동산을 사업시행자에게 양도하더라도 그 양도가액에 관한 의사결정권한은 상당히 제한될 수 밖에 없는 점 등을 종합하여 볼 때, 이 사건 과세특례 규정의 입법취지는, 투기지정지역 내의 부동산이라도 공익 목적을 위해 양도 또는 수용되는 경우에는 양도가액을 실지거래가액이 아닌 기준시가에 의할 수 있도록 함으로써 납세자의 세부담을 완화함과 동시에 공익사업의 원활한 시행을 도모하는 데에 있다고 할 것이다(대법원 2009. 2. 26. 선 고 2008두12597 판결, 대법원 2007. 12. 27. 선고 2006두16779 판결 참조).

다. 이 사건 과세특례규정 상의 사업시행자의 범위

(1) 이 사건 과세특례규정 및 구 조세특례제한법 시행령 제79조의2 제1항 별표 7의 제9호에 의하면 정비구역을 지정한 날 전에 취득한 토지를 2006. 12. 31. 이전에 당해 사업 시행자에게 양도하는 경우에 기준시가에 의하여 양도가액을 산정할 수 있도록 하고 있으나, 조세특례제한법 등에서 사업시행자에 관하여 별도로 정의규정을 두고 있지 않고, 한편 도시 및 주거환경정비법(이하 '도정법'이라 한다) 제2조 제8호는 '사업시행자라 함은 정비 사업을 시행하는 자를 말한다'고 규정하고 있을 뿐 그 외 시행인가를 받은 사업자만을 사업시행자로 본다는 영문의 규정을 두고 있지는 않다 따라서 이 사건 과세특례규정의 적용에 있어서 사업시행자를 도정법상의 사업시행인가를 받은 사업시행자만을 의미하는 것으로 한정해석 할 것인지 아니면, 그 이전에 정비구역 내에서 실제 사업시행을 하면서 토지의 양도ㆍ양수 이후 사업시행인가를 받은 사업시행자도 포함되는 것으로 해석하여야 할지가 문제로 되므로, 이에 관하여 본다.

(2) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 할 수 있다(대법원 2008. 2. 14. 선고 2007두13784 판결 참조).

(3) 그런데, ① 앞서 본 바와 같이 조세특례제한법 상 사업시행자에 관하여 인가받은 사업 시행자라고 명백히 규정하고 있지 아니하고, 또한 도정법 상 사업시행자를 정비사업을 시행하는 자를 말한다고 규정하고 있을 뿐 사업시행자로 인정되기 위한 요건으로 사업 시행인가를 받아야 된다는 규정을 두고 있지 아니한 점, ② 앞서 본 이 사건 과세특례 규정의 표제와 내용 및 납세자의 세부담 완화와 공익사업의 원활한 시행을 도모하려는 입법취지에 비추어 도시환경정비구역으로 지정된 후 정비구역 내에서 사업시행을 하는 사업시행자로서 그 후 실제 사업시행인가를 받은 이상 사업시행인가 이전의 사업시행 에 협조하여 토지를 양도한 자에게 사업시행인가 이후에 양도한 자에 비하여 더 불리하게 이 사건 과세특례규정을 특별히 배제하여야 할 합리적인 이유가 있다고 보이지 않는 점, ③ 도정법 제28조가 사업시행자는 정비사업을 시행하고자 하는 경우에는 사업시행계획 등을 첨부하여 시장ㆍ군수로부터 사업시행인가를 받도록 하고 있는데, 이 는 사업시행인가를 받기 전에도 사업시행자로 인정될 수 있음을 전제로 한 규정으로 보이고, 또한 도정법 제8조 제3항은 도시환경정비사업은 조합 또는 토지등소유자가 시행하거나 조합 또는 토지등소유자가 조합원 또는 토지등소유자의 과반수의 동의를 얻어 시장ㆍ군수, 주택공사 등, 한국토지공사, 건설업자 등 일정한 요건을 갖춘 자와 공동으로 시행할 수 있도록 규정하고 있고, 도정법 제8조 제4항은 시장・군수는 천재・지변 그 밖의 불가피한 사유로 인하여 긴급히 정비사업을 시행할 필요가 있다고 인정되는 때 등에 해당하는 경우 시장・군수가 직접 정비사업을 시행하거나 시장・군수가 토지 등 소유자로서 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 자 또는 주택공사 등을 사업시행자로 지정하여 정비사업을 시행하게 할 수 있도록 규정하고 있어 행정청으로부터 사업자지정을 받지 않더라도 도시환경정비사업을 시행할 수 있는 사업시행자가 될 수 있는바(이 경우 사업시행인가는 그 이전부터 토지소유권을 취득하고 사업시행계획서를 작성하는 등으로 정비사업을 수행해오고 있던 사업시행자를 그대로 승인하고 확정하는 효과만을 가질 뿐, 사업시행자가 아니었던 자를 비로소 사업시행자로 지정하는 효과가 있다고는 할 수 없다). 소외 회사 역시 행정청으로부터 사업시행자로 지정받는 절차를 따로 거치지 아나하고 '토지등소유자'로서 사업을 시행한 것으로 보이는 점, ④ 이 사건 과세특례규정 및 구 조세특례제한법 시행령 제79조의2 제1항 별표 7은 기준시가 과세기준일에 관하여 주택법 상의 사업시행의 경우에는 사업계획을 승인받은 날(제15호)로 규정하는 반면, 도정법 상의 정비구역 내에서의 사업시행과 관련하여서는 이와 달리 정비구역을 지정한 날(제9호)로 하여 달리 정하고 있고, 도시환경정비구역으로 지정되면 이로써 대상 구역의 위치와 면적이 확정되어 토지등소유자(도정법 제2조 제9호)의 범위가 확정되는 한편, 정비구역 안에서 건축물의 건축, 공작물의 설치, 토지의 형질변경, 토석의 채취, 토지분할, 물건을 쌓아놓는 행위 등 대통령령이 정하는 행위를 하고자 하는 자는 시장ㆍ군수의 허가를 받아야 하는 등 권리행사에 여러 가지 제약이 따르게 되는바, 이러한 상황에서 사업시행인가를 받기 전에 정비구역 내에서 실제 사업시행을 한 자를 이 사건 과세특례규정상 사업시행자로 보더라도, 과세특례의 입법취지를 벗어날 위험이 없는 점, ⑤ 정비사업의 시행을 위하여 사업시행인가를 받아야 하지만 정비사업의 시행 자체는 그 전단계로 정비구역의 지정이 선행되어야 하고 그 후 사업시행인가 이전 단계에서도 필요적으로 사업시행계획서의 작성이나 토지소유권의 취득 등이 요구될 뿐만 아니라 건축물에 대한 건축위원회의 심의 등을 거칠 것이 요구되고, 그에 따라 소외 회사도 이 사건 부동산의 양수 이전에 사업시행자로서 사업시행이나 인가와 관련한 일련의 절차를 밟음으로서 이 사건 부동산의 양도 전에 이마 마포구청장으로부터 도시환 경정비사업과 관련한 문화재보존을 위한 조치사항을 통보받거나 교통영향심의위원회로 부터 교통영향평가를 받았고, 서울특별시 건축위원회의 심의결과를 통보받는 등 관할관청으로부터 사업시행자로 취급되었을 뿐만 아니라 그 이후 실제 이 사건 부동산 등에 대한 사업시행인가를 받았던 점 등에 비추어 보면, 이 사건 과세특례규정은 정비구역 내에서 사업시행인가 전에 사업시행을 하는 사업시행자로서 그 후 실제 사업시행인가를 받은 이상 그 사업시행자에게 토지를 양도한 경우에도 적용된다고 해석함이 관련 규정의 문언이나 입법취지 등에 부합하는 해석이라고 할 것이다.

라. 소결

따라서 이 사건 부동산의 양도와 관련한 양도소득의 산정에 있어서도 이 사건 과세특례규정이 적용된다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로, 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.