2. OOO세무서장이 2019.3.14. 청구인에게 한 2014년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 처분청이 2017.12.7. 청구인에게 한 2014년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분의 전제가 된 주식회사 OOO의 2014사업연도 법인세 과세표준 등에 대한 추계결정이 「법인세법 시행령」제104조 제2항 제1호에 따른 매입비용 지출액, 인건비 지급액 등을 적법하게 반영하였는지 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

가. 청구인은 등기사항전부증명서 상 2008.8.19.부터 주식회사 OOO(사업자등록번호가 OOO이며, 이하 “OOO”이라 한다)의 대표이사로 등재되어 있었다.

나. 처분청은 OOO세무서장으로부터 OOO의 대표자 문OOO가 2013년 제1기부터 2014년 제2기까지 사단법인 OOO(이하 “OOO”라 한다) 에코관 공사 등을 하면서 OOO 명의로 세금계산서를 수수하였다는 내용의 조사결과를 통보받고 OOO에 대한 부가가치세 조사를 실시한 결과 OOO이 실물거래 없이 아래 ＜표1＞ 금액 상당의 가공세금계산서를 수수한 것으로 보아 2016.12.1. OOO에게 2013 및 2014사업연도 법인세를 각 경정ㆍ고지하면서 2013사업연도 가공매입(공급대가)과 가공매출(공급대가)의 차액(이하 “13년 가공매입액”이라 한다) 및 2014사업연도 가공매입액(공급대가이며, 이하 “14년 가공매입액”이라 한다)을 청구인에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 후 청구인이 이에 대한 종합소득세를 무신고하자 2019.2.12.과 2019.3.14. 청구인에게 종합소득세 2013년 귀속분 OOO원 및 2014년 귀속분 OOO원을 각 경정ㆍ고지하였다.

OOO은행 계좌(계좌번호가 OOO이며, 이하 “이 건 OOO”라 한다)를 빌려준 것은 사실이나 이후 문OOO가 위 OOO계좌를 관리하면서 OOO의 에코관 건축공사 대금 등을 수취하고 OOO 등(이하 “이 건 매입처”라 한다)으로부터 자재 등을 구입하고 대금을 지불하였으므로 13년 가공매입액은 이 건 매입처로 귀속되었는바, 이를 청구인에 대한 상여로 소득처분하여 종합소득세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.

(가) 이 건 OOO의 거래내역을 보면 문OOO가 OOO 공사를 하고 공사대금 OOO원을 받았고 아래 ＜표2＞와 같이 13년 가공매입액이 실제로는 이 건 매입처에 지급된 사실 등이 나타나고, 이에 더하여 이 건 거래처들의 소재지가 모두 문OOO의 사업장이 있는 OOO지역에 소재하고 있는 것으로 보아 문OOO가 OOO 공사를 하기 위하여 이 건 매입처로부터 자재를 구입한 것을 알 수 있으며 이 건 OOO에서 현금인출된 지역이 모두 OOO 인근인 사실에서도 13년 가공매입액이 청구인에게 귀속되지 않았음을 알 수 있다.

OOO

(나) 문OOO는 이 건과 관련하여 「조세범 처벌법」제10조 위반 등의 혐의로 고발되어 OOO경찰서에서 조사를 받는 과정에서 OOO로부터 받은 공사대금 전액을 자신이 취하였다는 취지로 진술하였고 2019.2.14. 징역 6월의 형을 선고받았다.

(다) 반면, 청구인은 가공세금계산서 수수 혐의로 고발되었으나 2019.3.6. OOO지방검찰청 OOO지청검사장로부터 ‘혐의없음(증거불충분)’을 이유로 불기소결정을 받았다.

(2) 처분청은 OOO이 2014사업연도 법인세를 무신고함에 따라 당초 「법인세법」제66조 제3항 및 같은 법 시행령 제104조 제2항에 따라 법인세 과세표준을 OOO원으로 결정(이하 “이 건 당초추계결정”이라 한다)하여 이를 청구인에 대한 상여로 소득처분하고 2017.12.7. 청구인에게 2014년 종합소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다가 14년 가공매입액을 추가로 청구인에 대한 상여로 소득처분하여 2019.3.14. 청구인에게 이 건 처분을 하였는데, 이 건 당초추계결정 과정에서 이 건 OOO 및 OOO 명의의 다른 법인계좌 에서 지출된 것이 확인되는 물품매입대금 및 사무실 운영비 등을 공제하지 않았고, 14년 가공매입액 중 OOO원이 문OOO에게 지급된 사실이 확인됨에도 그 전부를 청구인에 대한 상여로 소득처분한 것은 부당하다.

(가) 「법인세법 시행령」제104조 제2항은 같은 법 제66조 제3항 단서에 따라 수입금액을 추계결정할 경우 사업수입금액에서 매입비용 및 직원에 대한 급여 등을 공제하도록 되어 있는데, 청구법인 명의의 OOO계좌(OOO) 및 이 건 OOO계좌를 보면 물품매입대금 및 사무실 운영비, 인건비 등으로 OOO원이 지출된 것이 확인되고 OOO의 원천징수이행상황신고서 상 OOO원이 OOO의 직원 등에게 지급된 것이 확인되므로 합계 OOO원을 사업수입금액에서 추가로 공제하여 2014사업연도 과세표준을 추계결정하여야 한다.

(나) 처분청은 이 건 부가가치세 조사 후 14년 가공매입액 전부를 청구인에 대한 상여로 소득처분하였으나 청구법인은 위 가공매입액을 손금으로 회계처리한 사실이 없고, 「법인세법 시행령」제104조 제2항 다목은 과세표준을 추계로 결정할 때 사업수입금액에 기준경비율을 곱한 금액을 사업수입금액에서 공제하도록 하고 있으며, 위 가공매입액 중 일부인 OOO원이 문OOO에게 지급된 사실이 나타나므로 그 전부를 상여로 소득처분하여 과세한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 13년 가공매입액이 이 건 매입처에 지급되었다고 주장하나, 문OOO가 OOO 실무자와 협의 하에 OOO 명의로 위 ＜표1＞에 따른 가공세금계산서를 수수하였고 이 건 OOO계좌에서 OOO원씩 현금이 인출된 사실이 확인되며 이 건 부가가치세 조사기간 중 처분청의 소명요구에 대하여 객관적인 자료를 제출하지 못한 사실 등으로 볼 때 13년 가공매입액이 이 건 매입처에 귀속되었다고 단정하기 어려우므로 이를 청구인에 대한 상여로 소득처분하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 「법인세법 시행령」제104조 제2항 및 제3항은 법인세 과세표준을 추계로 결정하는 방법과 관련하여 사업수입금액에서 매입비용 등을 공제하도록 하고 있고 같은 령 제106조 제2항은 위와 같이 추계로 결정된 과세표준을 대표자에 대한 상여로 소득처분하도록 하고 있는바, 이 건 당초추계결정에서 14년 가공매입액을 매입비용으로 인정하여 과세표준을 추계결정하였다가 이 건 부가가치세 조사 결과 위 금액이 실물거래 없이 발급된 세금계산서에 따른 금액임을 확인하고 이를 대표자 상여로 소득처분한 것이므로 이에 따라 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 13년 가공매입액이 이 건 매입처에 귀속되었다는 청구주장의 당부

② 이 건 당초추계결정에 따른 2017.12.7.자 종합소득세 부과처분 및 14년 가공매입액 전부를 청구인에 대한 상여로 하여 과세한 이 건 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법(2014.12.23 대통령령 제12850호로 개정되기 전의 것)

제66조(결정 및 경정) ③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

제67조(소득 처분) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

(2) 법인세법 시행령(2015.2.3 대통령령 제26068호로 개정되기 전의 것)

제104조(추계결정 및 경정) ① 법 제66조 제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재·상품·제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제66조 제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다.

1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

가. 매입비용(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액

나. 대표자 및 임원 또는 사용인의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액

다. 사업수입금액에 「소득세법 시행령」 제145조의 규정에 의한 기준경비율(이하 "기준경비율"이라 한다)을 곱하여 계산한 금액

2. 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재·지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준신고후에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준신고전에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 직전 사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다.

3. 「조세특례제한법」 제7조 제1항 제2호 가목에 따른 소기업이 폐업한 때(조세탈루혐의가 있다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우는 제외한다)에는 다음 각 목에 따라 계산한 금액 중 적은 금액을 과세표준으로 하여 결정 또는 경정하는 방법

가. 수입금액에서 수입금액에 「소득세법 시행령」 제145조에 따른 단순경비율을 곱한 금액을 뺀 금액

나. 수입금액에 직전 사업연도의 소득률을 곱하여 계산한 금액

다. 제1호의 방법에 따라 계산한 금액

③ 법 제66조 제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 제2항에 따라 계산한 금액에 다음 각 호의 금액을 더한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정한다.

1. 제11조(제1호는 제외한다)의 수익(비영리법인의 경우에는 법 제3조 제3항에 따른 수익사업에서 생기는 수익으로 한정하며, 이하 이 호에서 "사업외수익"이라 한다)의 금액에서 다음 각 목의 금액을 차감한 금액

가. 사업외수익에 직접 대응되고 증빙서류나 객관적인 자료에 의하여 확인되는 원가상당액

나. 사업외수익에 해당 사업연도 중에 지출한 손비 중 환입된 금액이 포함된 경우에는 그 금액

다. 부동산을 임대하는 법인의 수입이자가 사업외수익에 포함된 경우에는 부동산임대에 의한 전세금 또는 임대보증금에 대한 수입이자 상당액

2. 특수관계인과의 거래에서 제88조 및 제89조에 따라 익금에 산입하는 금액

3. 법 제34조 또는 「조세특례제한법」에 따라 익금에 산입하여야 할 준비금 또는 충당금이 있는 법인의 경우 그 익금에 산입하여야 할 준비금 또는 충당금

제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

② 제104조 제2항의 규정에 의하여 결정된 과세표준과 법인의 대차대조표상의 당기순이익과의 차액(법인세상당액을 공제하지 아니한 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다. 다만, 법 제68조 단서의 규정에 해당하는 경우에는 이를 기타 사외유출로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) OOO세무서장의 OOO에 대한 부가가치세 조사종결보고서, 처분청의 OOO에 대한 부가가치세 조사종결보고서, 이 건 처분 관련 결의서 등의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) OOO세무서장은 2016.3.16.부터 2016.5.27.까지 OOO에 대한 부가가치세 조사를 실시한 결과, 문OOO가 OOO의 명의로 세금계산서를 수수한 사실 등을 확인하고 신고누락매출액 등에 대한 부가가치세 등을 경정(결정)․고지하는 한편, 「조세범 처벌법」제10조 위반 등의 혐의로 문OOO를 고발(OOO지방법원은 2019.2.14. 문OOO에 대하여 징역 6월의 형을 선고하였다)하였다.

(나) 문OOO는 OOO세무서장의 고발에 따라 OOO경찰서로부터 신문을 받는 과정에서 아래 ＜표3＞과 같이 OOO의 직원을 통하여 이 건 거짓세금계산서를 수수하였고, 청구인과는 세금계산서 문제로 상의한 사실이 없으며, OOO로부터 공사대금으로 받은 금액은 전액 자신이 취하였다는 취지로 진술하였다.

OOO

(다) 처분청은 OOO세무서장으로부터 OOO의 가공세금계산서 수수와 관련하여 아래 ＜표4＞와 같은 자료를 통보받고 2016.8.12.부터 2016.11.25.까지 OOO에 대한 부가가치세 조사(2016.10.12. 범칙조사로 전환하였다)를 실시하여 OOO에게 법인세 및 부가가치세를 경정․고지하는 한편, 「조세범 처벌법」제10조 위반 등의 혐의로 청구인을 고발[OOO지방검찰청 OOO지청검사장은 2019.3.6. 청구인에 대하여 ‘혐의없음(증거불충분)’을 이유로 불기소결정하였다]하였다.

OOO

(라) 처분청이 청구인에게 이 건 처분을 한 내역은 아래와 같다.

1) 처분청은 13년 가공매입액이 이 건 매입처에 귀속되었다는 증빙이 없다는 이유로 2016.12.1. 이를 청구인에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였으나 청구인이 이에 대한 종합소득세를 신고․납부하지 않자 2019.2.12. 청구인에게 2013년 귀속 종합소득세(OOO원)를 과세하였다.

2) 처분청은 OOO이 2014사업연도 법인세를 무신고하자 「법인세법」제66조 제3항 및 같은 법 시행령 제104조 제1항 제1호에 따라 OOO의 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 것으로 보아 같은 조 제2항에 따라 기준경비율을 적용하여 OOO의 2014사업연도 법인세 과세표준을 OOO원으로 결정하고 이를 같은 령 제106조 제2항에 따라 청구인에 대한 상여로 소득처분하여 2017.12.7. 청구인에게 2014년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다가, 이 건 부가가치세 조사로 OOO이 OOO으로부터 수취한 매입세금계산서가 가공세금계산서임을 확인하고 이에 해당하는 14년 가공매입액을 추가로 청구인에 대한 상여로 소득처분한 후 2019.3.14. 청구인에게 2014년 귀속 종합소득세(OOO원)를 과세하였다.

(마) 한편, 우리 원은 이 건 당초추계결정시 14년 가공매입액 및 인건비 등 주요경비의 공제여부를 확인하기 위하여 2020.5.14. OOO세무서장에서 그 상세추계내역을 제출할 것을 요청[조세심판원 상임심판관(4)-374, 2020.5.14.]하였으나, 심리일 현재까지 이에 대한 회신을 받지 못하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여

먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 13년 가공매입액의 귀속이 불분명하다는 의견이나, OOO세무서장은 처분청에게 OOO이 이 건 매입처들로부터 실제로 자재 등을 구입하였다는 취지의 과세자료를 통보한 점, 위 ＜표2＞와 같이 OOO계좌에서 출금된 금액이 13년 가공매입액과 상당부분 일치하고 거래기록내역에 기재된 수취인이 이 건 매입처의 법인명 또는 대표자들 이름과 동일한 점, 문OOO가 OOO경찰서에서 OOO 에코관 등 공사와 관련한 공사대금을 전부 자신이 취하였으며 청구인과 세금계산서 수수에 관하여 상의한 사실이 없다는 취지로 진술한 점 등을 종합하면 13년 가공매입액 상당부분이 OOO 에코관 공사와 관련한 자재비 등의 명목으로 이 건 매입처에 지급되었을 개연성이 높은 것으로 보이는바, 13년 가공매입액의 실제귀속여부 등을 재조사하고 그 결과에 따라 이 건 2013년 귀속 종합소득세의 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 추계조사ㆍ결정 방법에 의하여 과세표준을 산정한 후 대표자에게 상여처분을 하는 경우에는 해당 상여처분금액이 사외에 유출되었는지의 여부나 사외에 유출되었다면 실제로 누구에게 귀속되었는지를 묻지 아니하는바(대법원 1990.9.28 선고 89누8231 판결, 같은 뜻임), 처분청이 OOO의 2014사업연도 법인세의 과세표준 등을 추계로 결정한 이상 이 건 당초추계결정시 14년 가공매입액을 정상적인 매입액으로 보아 공제하였었다면 이 건 부가가치세 조사로 가공매입액임을 확인한 후 그 실제귀속여부와 상관없이 이를 청구인에 대한 상여로 소득처분한 것은 달리 잘못이 없다고 할 것이나, 처분청이 심리일 현재까지 이 건 당초추계결정의 상세내역 등을 제출하지 않고 있어 이 건 당초추계결정 과정에서 14년 가공매입액 및 OOO의 인건비 등 다른 주요경비 등이 공제되었는지 여부를 확인할 수 없는바, 처분청은 이 건 당초추계결정이 「법인세법」제66조 제3항 및 같은 법 시행령 제104조 제2항에 따라 적법하게 이루어졌는지 여부에 대하여 재조사하여 이 건 2014년 귀속 종합소득세 경정ㆍ고지 세액(OOO원)의 범위내[당초 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고 납세자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있다고 할 것이나, 확정된 당초 결정세액에 관하여는 취소를 구할 수 없고 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 한도 내에서만 취소를 구할 수 있다 할 것(대법원 2011.4.14. 선고 2010두9808, 같은 뜻임)이므로 청구인은 이 건 당초추계결정에 따라 2017.12.7. 결정ㆍ고지된 2014년 귀속 종합소득세액 OOO원에 대한 취소를 구할 수는 없고 이 건 처분으로 증액된 세액 OOO원에 대해서만 취소를 구할 수 있다고 보인다]에서 이 건 2014년 귀속 종합소득세의 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.