가. 청구인은 1985.10.17. OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 재건축으로 인하여 2002.11.22. OOO3(이하 “신축주택”이라 한다)을 신축 취득한 후 2008.2.15. 이를 양도하면서 2008.2.19. 양도소득세 산출세액 OOO 전액을 감면세액으로 하여 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 2014.2.7. 「조세특례제한법」 제99조의3에 따라 신축주택 과세특례를 적용함에 있어 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득은 감면소득에 해당되지 아니한다고 보아 2008년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2014.5.7. 이의신청을 거쳐 2014.9.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 신축주택의 양도 및 양도소득세 신고 당시 유효한 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)를 근거로 감면소득금액을 계산하여 양도소득세를 신고 및 납부하였는바, 양도일 및 신고일 이후에 변경된 국세청 예규(재산과-227, 2009.1.20.)를 그 이전에 기신고 완료된 건에 대하여 소급적용하는 것은 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위배되어 부당하다. 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니하여야 하므로 국세청의 예규변경일인 2009.1.20 이후 양도분에 대하여만 새로운 예규를 적용하여야 한다.

(2)세법이나 그 해석에서 규정한 의무를 위반한 자에게 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과하는바, 납세자가 의무를 이행하지 아니한데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 가산세를 부과하지 아니하는바, 양도당시 유효한 세법의 해석인 국세청 예규를 신뢰하고 이에 근거하여 양도소득세 신고·납부하였으므로 소급과세를 인정한다하더라도 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에 그에 의한 행위 또는 계산은 납세자에게 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 하므로 최소한 납부불성실가산세는 적용하지 않아야 한다.

(3) 처분청이 감면소득계산을 위하여 분모에 적용한 “신축주택 양도당시 기준시가 - 종전주택취득당시 기준시가”는 조합원분담금이 반영되지 아니하여 양도차익을 적정하게 산출하지 못하므로 이를 반영할 수 있도록 산식을 정정하여야 한다.

(가)처분청이 감면소득계산을 위하여 분모에 적용한 “신축주택 양도당시 기준시가 - 종전주택 취득당시 기준시가”는 재건축조합원분담금이 반영되지 않은 계산방법으로 조합원분담금 납부에 따른 신축주택의 경제적 가치 상승분을 반영하지 않고 재건축주택의 전체 양도차익이 아닌 금액을 배부기준금액으로 하고 있어 건물 신축후의 양도차익을 적정하게 산출하지 못한다.

(나)처분청이 감면소득 계산을 위하여 준용한 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항의 계산식은 원래 구조조정대상 부동산에 대한 양도소득세 감면을 위한 규정으로서 구조조정대상 부동산은 취득 전의 양도소득이 존재하지 않아 주택재건축을 통하여 취득한 신축주택 취득일 이전의 양도소득을 전혀 염두에 두지 않고 만들어진 것으로, 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항 산식을 적용함에 있어 분자의 “취득당시 기준시가”는 신축건물 취득당시의 기준시가로, 분모의 “취득당시 기준시가”는 종전주택 취득당시의 기준시가로 해석하여 종전주택과 재건축 후 취득한 신축주택을 마치 동일한 부동산인 것처럼 같은 선상에 놓고 두 부동산의 기준시가를 단순 비교하는 오류를 범할 뿐만 아니라 위 방식에 따른 과세표준 배분방식은 적어도 분모에 청구인이 납부한 조합원 추가분담금(또는 추가분담금을 기준시가로 환산한 금액)이 포함되지 않아 분모금액이 과대 산정되었고 그 결과 감면되는 양도소득금액이 과소 산정되었다. 또한, 과세표준 배분방식에 반드시 위 규정을 준용해야만 하는 것으로 볼 수 없고, 재건축아파트의 양도차익산정방법을 규정한 「소득세법 시행령」 제166조의 계산방식을 적용기준으로 삼을 수도 있으며, 청구인은 종전주택 평가액에 추가분담금을 지급하여 신축주택을 취득한바 그 분양대금도 일반분양아파트 취득가액과 동일하므로 일반분양받은 경우와 달리 취급하여 감면소득을 계산하는 것은 부당하다.

(다)재건축주택의 총 양도차익은 “신축주택 양도가액 - 종전주택 취득가액 - 조합원분담금”으로 계산하는 것처럼 감면소득계산을 위한 분모(기준시가에 의한 총 양도차익)의 산식은 “신축주택 양도당시 기준시가 - 종전주택 취득당시 기준시가 - 재건축조합원분담금에 해당하는 기준시가(이하 “조합원분담금 기준시가”라 한다)”로 정정해야 건물 신축 후 양도차익을 적정하게 산출할 수 있고, 조합원분담금 기준시가는 “납부한 조합원분담금 × 양도당시기준시가 / 양도당시실거래가액” 등의 방법으로 산출하여 적용하여야 하며, 법령을 자의적으로 해석한 처분청의 양도차익 배분방식은 부동산 가격변동을 반영하지 못하므로 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에 따라 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면대상으로 신고하였으나, 처분청이 새로운 국세청 예규(재산과-227, 2009.1.20.)에 따라 과세하는 것은 신의성실 및 소급과세금지의 원칙에 위배된다고 주장하나, 소급과세금지의 원칙이 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있은 경우 그 효력 발생 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대해 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아닌바, 국세청 예규(재산과-227, 2009.1.20.)는 처분청이 양도 당시 시행되던 법령을 계속해서 적용하면서 이를 명확히 한 것으로 새로운 납세의무를 지우는 것이 아니어서 「국세기본법」상의 소급과세금지의 원칙과는 관계가 없고, 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면대상소득으로 본다고 직접적으로 표명한 것도 아니어서 국세청 예규(재산과-227, 2009.1.20.)를 종전해석의 변경으로 보기도 어려우므로 소급과세금지의 원칙을 위배한 것이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다. 또한, 「조세특례제한법」 제99조의3의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 같은 조 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어, 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」 제99조의3에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므로 처분청이 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

(2) 청구인은 2008.2.19. 양도소득세를 예정신고하면서 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 상당하는 양도소득금액을 감면 신고함으로써 결과적으로 세법에 따른 납부기한까지 국세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에 해당되고, 달리 청구인에게 납부불성실가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 있는 것으로 보기 어렵다. 또한, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하며, 납부불성실가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 준수하도록 하는 의미도 있지만, 세법상의 법정 납부기한과 납부일까지 납부되지 아니한 금액에 대하여는 정상적으로 납부한 자에 비하여 그 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있는 것이므로 과소신고 및 과소납부의 귀책사유가 청구인에게 없더라도 납부불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다.

(3) 「조세특례제한법」 제99조의3에서 신축주택감면 대상 양도소득금액의 계산은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제99조의3에서 당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 감면소득금액은 제40조 제1항의 계산 규정을 준용하도록 규정하고 있으므로, 이에 따라 감면대상 소득금액을 계산하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

ⓛ 이 건 양도소득세 과세가 신의성실의 원칙 및 소급과세 금지의 원칙에 위배된다는 청구주장의 당부

② 이 건 양도소득세를 부과하면서 납부불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

③ 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항의 산식에 따라 감면소득금액을 계산한 것은 조합원분담금이 반영되지 아니하여 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료 및 청구인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 처분청의 심리자료에 의하면 청구인은 1985.10.17. 종전주택을 취득하여 보유하다가 재건축으로 인하여 조합분담금 OOO을 납부하고 2002.11.22. 신축주택을 취득하였으며, 2008.2.15. 신축주택을 OOO에 양도하였다.

(나) 처분청의 심리자료에 의하면 종전주택의 취득 당시 종전주택의 기준시가는 OOO, 신축주택의 취득 당시 신축주택의 기준시가는 OOO, 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 신축주택 기준시가는 OOO, 신축주택의 양도 당시 신축주택의 기준시가는 OOO으로 나타난다.

(다) 처분청은 신축주택 취득자에 대한 감면소득금액을 「소득세법 시행령」 제40조 제1항에 따라 아래와 같이 OOO으로 산정하였다.

<감면소득금액 계산내역>

(라) 청구인은 신축주택 취득자에 대한 감면소득금액을 아래와 같이 OOO으로 산정하여야 한다고 주장한다.

<감면소득금액 계산내역>

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점ⓛ에 대하여 살피건대, 청구인은 신축주택 양도일 이후 변경된 국세청 예규(재산과-227, 2009.1.20.)에 근거하여 이 건 양도소득세를 과세한 것은 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위배되어 부당하다고 주장하나, 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)가 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등에 비추어 이 건 양도소득세 과세가 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위배된다는 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다.

(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다 할 것인바, 쟁점ⓛ에서 이 건 양도소득세의 과세가 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위배된다는 청구주장을 받아들이지 아니하였고, 청구인이 양도소득세를 과소납부한 데에 달리 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로 이 건 양도소득세를 과세하면서 납부불성실가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(4) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 「조세특례제한법」 제99조의3의 위임을 받은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 제40조 제1항은 아래와 같은 산식에 의하여 양도소득금액을 계산하도록 규정하고 있는데, 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하도록 규정하고 있으므로 동 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 말한다 할 것인바, 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항의 산식에 따라 감면소득금액을 계산한 것은 조합원분담금이 반영되지 아니하여 부당하므로 아래의 산식의 분모에서 조합원분담금 기준시가를 추가로 차감하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

<감면소득금액 계산식>

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 국세기본법

제47조의4【납부불성실 · 환급불성실가산세】① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납·예정신고납부·중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

(2) 소득세법

제114조【양도소득세 과세표준과 세액의 결정 · 경정 및 통지】② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

(3) 조세특례제한법(2008.3.28. 법률 제8986호로 일부개정되기 전의 것)

제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)①거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다.다만, 당해 신축주택이 「소득세법」 제89조제1항제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 조세특례제한법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20620호로 일부개정되기 전의 것)

제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)① 법 제99조의3 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 지역"이라 함은 서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 "주택조합등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(「도시 및 주거환경정비법」 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 「주택법」 제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

④ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택"이라 함은 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.

⑤ 법 제99조의3 제1항 제2호에서 "대통령령이 정하는 조합원"이라 함은 「도시 및 주거환경정비법」 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 「주택법」 제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.

⑥ 제99조 제4항의 규정은 법 제99조의3 제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다.

제40조 (구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등)① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}