한편 구 벤처기업육성에 관한 특별조치법(2006. 3. 3. 법률 제7868호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘벤처기업법’이라 한다) 제25조 제1항 , 제2항 , 같은 법 시행령(2006. 6. 2. 대통령령 제19498호로 개정되기 전의 것) 제2조의2 , 제18조의3 제2호 , 같은 법 시행규칙(2006. 6. 5. 산업자원부령 제342호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘벤처기업법 시행규칙’이라 한다) 제8조 는 벤처기업으로서 지원을 받고자 하는 기업이 벤처기업에의 해당 여부에 관하여 중소기업청장에게 확인을 요청하면 중소기업청장은 당해 기업이 벤처기업에 해당하는 때에는 유효기간을 확인일로부터 2년으로 한 벤처기업확인서를 발급하도록 규정하고 있고, 벤처기업법 시행규칙 제8조 제4항 의 위임에 따른 중소기업청고시 제2003-12호 벤처기업 확인요령(이하 ‘벤처기업 확인요령’이라 한다)은 창업 후 6개월 이내의 자로서 예비적으로 벤처기업임을 확인받은 자 등을 예비벤처기업이라 하고(제2조 제1호), 지방중소기업청장은 벤처기업의 요건에 해당된다고 확인한 때에는 벤처기업확인서를 발급하되, 예비벤처기업확인서에는 ‘예비벤처기업’임을 명시하고 벤처기업법 제25조 의 규정에 의하여 예비벤처기업임을 확인한다는 취지를 기재하며(제7조), 창업 후 예비벤처기업으로 확인받은 기업이 확인일로부터 6개월이 경과한 경우 지방중소기업청장에게 벤처기업확인서의 재발급을 신청하여야 하고(제9조 제1항 제4호), 재발급한 확인서의 유효기간은 종전 확인서의 유효기간으로 한다(제9조 제2항)고 각 규정하고 있다.

2. 구 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호 괄호규정에서 창업벤처중소기업의 창업일로 보는 ‘벤처기업으로 확인받은 날’은 벤처기업법 제25조 의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 날을 의미한다고 할 것인데, 벤처기업법 제2조의2 제1항 제3호 (다)목 (2) 와 제25조 는 벤처기업의 요건과 확인절차를 규정함에 있어 예비벤처기업과 벤처기업을 구분하지 않고 있으며, 벤처기업 확인요령에서도 예비벤처기업확인은 벤처기업확인과 동일하게 벤처기업법 제25조 의 규정에 의한 것임을 밝히고 있는 점, 벤처기업 확인요령에 의하면 창업 후 예비벤처기업확인서를 발급받은 경우 그로부터 6개월이 경과하기만 하면 벤처기업확인서를 발급받을 수 있고 그 유효기간도 예비벤처기업확인서의 유효기간과 동일하여 예비벤처기업확인을 받은 기업은 폐업을 하지 않는 한 벤처기업확인을 받은 기업으로 당연히 전환된다고 할 수 있는 점 등을 고려하면 벤처기업의 창업을 지원하기 위한 구 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호 , 제120조 제3항 을 적용함에 있어 창업 후 예비벤처기업확인을 받은 기업이 창업 초창기에 사업용 재산을 취득하였음에도 예정된 벤처기업확인을 받기 전이라는 이유로 달리 취급할 필요가 없다고 할 것이므로, 벤처기업으로 확인받은 다음에 사업용 재산을 취득하고 등기한 경우뿐만 아니라 벤처기업확인으로 당연히 전환될 수 있는 예비벤처기업확인 이후 사업용 재산을 취득하고 그에 관한 등기를 마친 다음 실제로 벤처기업확인을 받은 경우에도 위 규정에 따른 취득세 및 등록세의 면제대상이 된다고 봄이 상당하다.

3. 원심은 그 채용 증거를 종합하여, ① 원고가 2005. 4. 1. 법인 설립을 마친 다음 2005. 7. 4. 인천지방중소기업청장에게 자동차부품 개발기술에 관한 신기술기업으로서 벤처기업확인신청을 하자, 인천지방중소기업청장은 중소기업진흥공단으로 하여금 원고에 대한 현장실사 및 적격평가를 실시하도록 한 다음 2005. 8. 3. 원고에게 유효기간을 2005. 8. 3.부터 2007. 8. 2.까지로 한 예비벤처기업확인서를 발급한 사실, ② 원고는 2005. 9. 29. 사업용 재산으로 인천 부평구 청천동 420-4 소재 토지 6,674㎡ 및 건물 7,011.44㎡(이하 이를 합하여 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 취득하고 그에 관한 등기를 마친 사실, ③ 원고가 2006. 3. 3. 인천지방중소기업청장에게 벤처기업확인서의 재발급을 신청하자, 인천지방중소기업청장은 별도의 현장실사나 평가절차 없이 같은 날 원고에게 유효기간을 2005. 8. 3.부터 2007. 8. 2.까지로 한 벤처기업확인서를 재발급한 사실 등을 인정한 다음, 구 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호 , 제120조 제3항 을 적용함에 있어 예비벤처기업확인 후 벤처기업확인까지 받은 경우에는 처음부터 벤처기업 확인을 받은 경우와 실질적으로 다르게 취급할 이유가 없으므로 이 사건에서 원고가 예비벤처기업확인을 받은 날 이후에 사업용 재산으로서 이 사건 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 마친 이상 이는 취득세 및 등록세 등의 감면대상에 해당한다고 판단하였다.

이러한 원심의 판단은 앞서 본 각 규정과 법리에 따른 것으로서 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 위 규정에 관한 법리오해 등으로 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 없다.

4. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.