가. 청구인은 2014.5.20. OOO주식회사(이하 OOO이라 한다)의 주식 173,000주를 양도하고, 구주 배정방식으로 받은 신주인수권 55,850주(이하 “쟁점신주인수권”라 한다)를 포함하여 74,307주를 1년 이상 보유한 주식으로 보아 20% 세율을 적용하고, 나머지 98,693주는 1년 미만 보유주식으로 보아 30%의 세율을 적용하여 양도소득세 신고를 하였다.

나. 감사원은 신주인수권이 발행되어 행사되기까지의 기간을 감안하면 쟁점신주인수권은 취득일로부터 1년 이내에 양도한 경우에 해당하여 30%의 세율 적용대상이라고 하여 처분청에 시정요구하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점신주인수권에 대하여 30%의 세율을 적용하여 2019.12.4. 청구인에게 2014년 귀속 양도소득세 OOO경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2020.1.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 원주식을 1년 이상 보유하였으므로 쟁점신주인수권에 대하여도 1년 이상 보유한 것으로 보아 20%의 세율을 적용하여야 한다.

(1) 청구인은 원주식 보유비율에 따라 쟁점신주인수권을 취득하였고, 신주인수권은 주식에 원래 내재되어 있는 것이고 단지 이사회 결의에 의하여 발현된 것에 불과하므로 원주식을 취득한 지 1년이 경과하였다면 그 주식에 의하여 발생하는 신주인수권도 1년 이상 보유한 것으로 보아야 한다.

(2) 분리형 신주인수권의 가치는 원주에서 분리된 것으로 본질적인 신주인수권의 가치는 당초 OOO원이며 현재 유통되는 신주인수권의 가치는 원주식의 분할된 가격일 뿐이다. 원주식이 OOO이고 신주인수권이 발행되어 신주인수권이 OOO원이면 원주의 가치는 OOO원으로 하락하여 전체적인 가치의 변동이 없다. 그럼에도 신주인수권의 매각가액 OOO원에 대하여 30%의 세율로 과세하면 이익이 없는데 부당한 형식상 이익에 대하여 과세하는 것이다.

현실적으로는 신주가 할인발행되는 것이 관례이므로 신주가 발행되면 원주의 가치는 감소하는 것이 일반적이다. 즉 1주의 가치가 OOO원인데 1주를 20% 할인하여 OOO원에 발행하였다면 2주의 가치는 당초 OOO원에서 OOO원으로 하락되므로 10%가 감액된다. 따라서 신주인수권의 가치는 원주의 가치가 분리되어 신주인수권에 할당 또는 분여된 것으로 신주인수권은 구주와 보유기간, 세율 등은 동일하게 취급되어야 한다.

(3) 신주인수권은 원주분리형과 원주비분리형이 있는바, 원주비분리형은 원주와 같이 매각됨으로 원주보유기간에 따라 20%의 세율이 적용되고 분리형은 이사회 기준일을 신주인수권 발생일로 기준으로 하여 1년 이내로 보아 30%의 세율로 과세하는 것은 과세형평에 어긋난다.

나. 처분청 의견

신주인수권이란 상장법인에서 유상증자를 할 때 기존 주주가 신주를 우선으로 받을 수 있는 권리를 나타내는 시한부 증서이며, 통상 2〜3개월 가량 소요되는 유상증자 진행기간 중 신주배정통지일로부터 신주청약일 전일까지 1개월 정도만 거래 가능한 한시적인 유가증권이다. 「소득세법」제94조 제1항 제3호에서 과세대상으로 신주인수권증서를 포함하여 규정하고 있고 쟁점신주인수권은 발행부터 행사까지 3개월 이내의 한시적인 증권임을 감안하면, 청구인이 신주인수권을 취득한 후 1년 이내에 양도한 것은 명백하다.

따라서 처분청이 주권상장법인의 대주주가 1년 미만 보유한 당해 법인의 주식등을 양도하는 경우로 보아 30%의 양도소득세율을 적용하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점신주인수권을 1년 이내에 양도하였다고 보아 30% 세율을 적용하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2014.1.1. 법률 제12169호로 개정된 것)

제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1〜2. 생략

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 “증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등

제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 50의 범위에서 대통령령으로 인하할 수 있다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 “중소기업”이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등

양도소득 과세표준의 100분의 30

나. 생략

다. 그 밖의 주식등

양도소득 과세표준의 100분의 20

② 제1항 제2호·제3호 및 제11호 가목의 보유기간은 해당 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각각 그 정한 날을 그 자산의 취득일로 본다.

1. 상속받은 자산은 피상속인이 그 자산을 취득한 날

2. 제97조의2 제1항에 해당하는 자산은 증여자가 그 자산을 취득한 날

3. 법인의 합병·분할[물적분할(物的分割)은 제외한다]로 인하여 합병법인, 분할신설법인 또는 분할·합병의 상대방 법인으로부터 새로 주식등을 취득한 경우에는 피합병법인, 분할법인 또는 소멸한 분할·합병의 상대방 법인의 주식등을 취득한 날

(2) 소득세법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25193호로 개정된 것)

제162조(양도 또는 취득의 시기) ①법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구인은 양도일이 속하는 직전 사업연도말 기준 OOO의 보유주식 가치가 OOO억원으로 「소득세법」상 대주주에 해당한다.

(나) 청구인은 2014.5.20. 쟁점신주인수권을 제3자에게 OOO에 양도하고, 양도소득세 신고를 하면서 20%의 양도소득세율을 적용하였다.

(다) 신주인수권은 신주배정통지일로부터 신주청약일 전일까지 약 1개월 정도만 가능한 한시적인 유가증권이므로 쟁점신주인수권은 1년 이내에 양도한 것으로 30%의 양도소득세율 적용대상이다.

(2) 청구인은 쟁점신주인수권의 취득일을 알 수 있는 증거서류를 제출하지 아니하고, 원주식의 취득일(2013.3.21.〜2013.12.4.) 등이 나타난 자료를 제출하고 있다.

(3)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「소득세법」제94조 제1항 제3호에는 주식 이외에도 신주인수권을 양도소득세 과세대상으로 규정하고 있고, 같은 법 제104조 제1항 제11호 가목에는 중소기업 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등에 대하여는 30%의 세율을 적용하도록 규정하고 있는바, 쟁점신주인수권의 신주배정통지일로부터 신주청약일 전일까지의 기간이 통상 1년 이내임에도 청구인은 달리 쟁점신주인수권의 취득일로부터 1년 보유하였음을 알 수 있는 증빙을 제시하지 않고 있으므로 처분청에서 청구인이 양도소득세 과세대상인 쟁점신주인수권을 1년 이내에 양도한 것으로 보아 30%의 세율을 적용하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.