아래 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1호증의 1〜2, 을1호증, 을2호증의 1〜2, 을11호증, 을12호증의 1〜2, 을13호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 1977. 1. 1. 이전에 취득하여 보유하고 있던 별지 [표 1] 기재 토지 22필지(이하 이 사건 토지 라 한다)를 1992사업연도(1992. 1. 1. - 12. 31.)에 합계 금 4,641,615,000원에 양도하였다.

"나. 원고는 1993. 3.경 피고(당심에서 경정되기 전에는김포세무서장'이었다. 이하 같다)에게 1992사업년도의 법인세 과세표준 및 세액을 신고하면서, 원고가 이 사건 토지를 2년 이상 원고의 업무용으로 직접 사용하였고 이 사건 토지의 양도가 원고의 업무용 대체고정자산을 취득하기 위한 것으로서 이 사건 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대한 특별부가세는 구 조세감면규제법(1991. 12. 27. 법률 제4451호로 개정되기 전의 것. 이하 조감법 이라 한다) 제67조의13 의 규정에 의한 면제대상이라고 하여 이 사건 토지의 양도에 따른 특별부가세 금 638,585,786원에 대한 면제신청을 하였고, 피고가 이를 받아들임에 따라 원고의 이 사건 토지의 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여 일단 특별부가세가 면제되었다.",다. 피고는 원고가 이 사건 토지의 양도일로부터 3년이 경과한 1995사업연도까지 조감법시행령(1991. 12. 31. 대통령령 제13545호로 개정되기 전의 것. 이하 조감법시행령 이라 한다) 제55조의11 제3항 각호 소정의 대체자산을 취득하지 아니하였고, 다만 1992. 12. 30.에 이 사건 토지의 양도대금으로 특별부가세 면제대상이 되지 않는 임대용 부동산인 서울 강남구 대치동 891의 44 외 3필지 합계 2,164㎡ 및 그 지상의 연면적 16,835.44㎡의 건물(지하 3층, 지상 11층, 이하 한라빌딩 이라 한다)을 대체자산으로 취득하였을 뿐이므로 면제된 위 특별부가세액을 추징하여야 할 경우에 해당한다는 이유로, 조감법 제67조의13 제2항 본문, 제3항 및 조감법시행령 55조의11 제5항 제1호 에 따라 면제된 위 특별부가세액 금 638,586,786원에 이자 상당액 금 309,267,096원을 가산하여 1996. 12. 31. 원고에 대하여 1992사업년도 법인세(특별부가세) 금 947,852,880원을 부과・고지하였다(이하 이 사건 처분 이라 한다).

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

⑴ 피고는 다음과 같은 사유를 들어 피고가 원고에 대하여 위 특별부가세를 추징한 이 사건 처분이 적법하다고 주장한다.

㈎ 이 사건 토지에 대체하여 수익사업용으로 한라빌딩을 취득하기로 하는 내용의 1992. 12. 4.자 원고의 이사회 결의에 비추어 보면, 원고는 이 사건 토지의 양도대금 상당으로 특별부가세 면제대상이 되지 않는 부동산임대용 자산인 한라빌딩을 취득하였을 뿐 이 사건 토지의 양도대금 상당으로 다른 대체 농어민지원시설을 취득한 것이 아니다.

㈏ 원고가 특별부가세 면제신청을 한 다음 1993. 9. 25. 피고에게, 이 사건 토지의 양도대금 상당으로 1993년부터 1995년까지 경기 김포읍 북변리 299의 15 토지 등 합계 금 5,475,000,000원 상당의 대체자산을 취득한다는 내용의 대체자산취득계획서를 제출하였으나 위 계획서에 기재된 대로 대체자산을 전혀 취득하지 아니하였을 뿐만 아니라, 특별부가세를 면제받기 위해서는 해당 사업년도의 과세표준신고서와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서, 취득명세 및 양도계획서등을 제출하여야 하는데, 이 사건 토지의 양도 전 2년과 양도 후 3년 이내에 취득한 대체자산에 대하여 그 취득일 및 지출일이 속하는 사업년도의 법인세 과세표준 및 세액 신고기간 내에 취득명세서 등을 제출한 바 없으므로 이 사건 토지의 양도로 인하여 발생한 소득에 대한 특별부가세의 면제는 배제되어야 한다.

㈐ 설령 원고가 이 사건 토지의 양도 전 2년과 양도 후 3년 이내에 이 사건 토지의 양도대금 상당 이상의 대체자산을 취득하였다고 하더라도, 이 사건 토지 중 별지 [표 1] 순번 12〜22 기재 각 토지(이하 이 사건 제2 토지 라 한다)는 도시계획사업으로 인하여 구거가 대지화한 토지로서 원고가 위 양도 당시 2년 이상 업무용으로 사용하던 토지가 아니고 그 양도는 농어민지원시설을 이전할 목적으로 한 양도가 아니어서 이 사건 제2 토지의 양도에 대하여는 애당초 특별부가세 면제 대상이 되지 아니하므로, 이 사건 처분 중 이 사건 제2 토지의 양도대금에 해당하는 부분은 결과적으로 적법하다.

㈑ 원고가 주장하는 합계 금 10,809,048,145원 상당의 대체취득자산 중 기계장치와 용・배수로 개거(改渠)비용 등은 특별부가세가 면제되는 대체취득자산의 범위에 포함되지 아니하며, 원고가 주장하는 토지와 건물 및 기계장치 합계 금 3,357,355,820원 상당(용・배수로 개거비용을 제외한 것임)의 대체취득자산은 이 사건 토지의 양도대금 상당액으로 취득한 것이 아니고, 또한 위 금 3,357,355,820원 상당의 자산을 취득하기 위하여 이 사건 토지를 양도한 것이라고 볼 수 없으므로 위 금 3,357,355,820원 상당도 특별부가세가 면제되는 대체취득자산이라고 볼 수 없다.

⑵ 이에 대하여 원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

㈎ 조감법시행령 제55조의11 제3항 에 의하면, 업무용 토지등의 양도 전 2년 이내에 취득한 고정자산과 양도 후 3년 이내에 취득한 고정자산을 합하여 특별부가세 면제 여부를 판단하도록 규정하고 있는바, 원고는 이 사건 토지의 양도대금 상당으로 이 사건 토지의 양도 2년 전부터 양도 후 3년 사이에 한라빌딩 취득비용 금 26,326,368,500원 상당을 포함하여 합계 금 32,334,191,570원 상당의 대체자산을 취득하였고, 그 중 부동산임대용 자산인 한라빌딩도 원고가 인가받은 고유 목적 사업에 사용되는 것이므로 특별부가세가 면제되는 대체취득자산의 범위에 포함되며, 설령 한라빌딩 등 부동산임대용 자산이 대체취득자산의 범위에 해당하지 아니한다고 보아 이를 제외하더라도, 원고가 취득한 대체자산이 합계 금 10,809,048,145원 상당에 달하여 대체자산 취득액이 위 양도대금 상당액을 초과하므로 이 사건 처분은 전부 취소되어야 한다.

㈏ 위 금 10,809,048,145원 상당의 대체자산 중에서 용・배수로 개거비용을 특별부가세 면제대상인 대체취득자산의 범위에서 제외하더라도 대체자산 취득액이 합계 금 3,357,355,820원 상당에 달하므로, 이 사건 처분 중 위 금 3,357,355,820원에 해당하는 비율만큼은 일부 취소되어야 한다.

나. 관계법령(…부분은 생략)

조감법 제67조의13 2년이상 업무용으로 사용한 토지등에 대한 특별부가세면제

① 법인이 2년 이상 계속하여 당해 법인의 업무용(…)으로 직접 사용한 토지등으로서 대통령령이 정하는 토지등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다.

② 제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 법인이 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 세액을 추징한다.(…)

1. 대통령령이 정하는 바에 의하여 고정자산을 취득하지 아니한 때

④ 제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 면제신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다.

조감법(1991. 12. 27. 법률 제4451호) 부칙 제19조 양도소득세 등 감면에 관한 특례

⑥ 1992년 1월 1일 현재 2년 이상 계속하여 당해 법인의 업무용…으로 직접 사용한 토지등으로서 그 토지등을 1992년 12월 31일 이전에 양도하거나 그 토지등을 양도하기 전에 다른 고정자산을 취득한 경우에는 종전의 제67조의13 의 규정에 의한다.

(이 부칙 규정에 의하여 1991. 12. 27. 법률 제4451호로 개정된 법률의 적용이 사실상 1년간 유예된 셈이다.)

조감법시행령 제55조의11 2년 이상 업무용으로 사용한 토지 등에 대한 특별부가세 면제

① 법 제67조의13 제1항 의 규정에 의하여 특별부가세가 면제되는 토지등은 다음 각 호의 1에 해당하는 것으로 한다.

1. 법인이 2년 이상 계속하여 가동한 공장(…)에 사용하는 토지등

3. 재무부령이 정하는 농어민지원시설 을 이전할 목적으로 양도하는 경우의 당해 토지등

③ 법 제67조의13 제1항 의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 토지등의 양도가액에 상당하는 금액으로 토지등의 양도일로부터 3년 이내에 다음 각호의 1에 해당하는 고정자산(이하 이 조에서 대체취득자산 이라 한다)을 취득하고 이를 당해 법인의 업무용으로 직접 사용하는 경우에 한한다. 다만, 토지등을 양도하기 전에 업무용으로 직접 사용하는 대체취득자산을 취득한 경우에는 그 취득일로부터 2년 이내에 토지들을 양도하여야 한다.

1. 공장 및 기계장치

3. 제1항 제3호의 경우에는 재무부령이 정하는 농어민지원시설 (1990. 6. 22. 대통령령 제13027호로 개정되기 전의 제55조의11 제3항 은, 법 제67조의13 제1항 의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 토지등의 양도가액에 상당하는 금액으로 토지등의 양도일부터 3년 이내에 토지・건물 또는 기계장치를 취득하고 이를 당해 법인의 업무용으로 직접 사용한 경우에 한한다. 다만, 토지등을 양도하기 전에 업무용으로 직접 사용하는 토지・건물 또는 기계장치를 취득한 경우에는 그 취득일부터 2년 이내에 토지등을 양도하여야 한다. 고 규정하였고, 이 조항은 1990. 6. 22. 대통령령 제13027호로 개정되어 대체취득자산의 종류로서 공장 및 기계장치, 사원용 주택 및 재무부령이 정하는 농어민지원시설로 한정되고, 1990. 12. 31. 대통령령 제13202호로 개정되면서 대체취득자산의 종류에서 사원용주택이 삭제되는 외에는 1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 전문개정되기 전까지 그대로 유지된다.)

④ 법 제67조의13 제1항 의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 토지등의 양도일에 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서에 재무부령이 정하는 양도명세서 및 취득명세(계획)서를 첨부하여 제출하여야 하며, 새로운 대체취득재산의 취득일에 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 취득명세서 및 양도명세(계획)서를 제출하여야 한다.

조감법시행규칙(1994. 4. 13. 재무부령 제1970호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제20조의9 제2항

영 제55조의11 제1항 제3호 및 제3항 제3호에서 재무부령이 정하는 농어민지원시설 이라 함은 …농촌근대화촉진법에 의하여 설립된 농지개량조합…이 소유하는 토지등으로서 법령이나 정관 또는 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 사업용 토지등을 말한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당되는 토지등을 제외한다.

2. 부동산매매사업・부동산임대사업・제조가공사업 및 신용사업용 토지등

나. 판단

위 관계법령의 규정 내용에 의하면, 법인이 법인의 토지등의 양도가액에 상당하는 금액으로 토지등의 양도일 전 2년부터 토지등의 양도일로부터 3년 이내까지 사이에 대체자산을 취득하지 아니한 경우에 추징처분을 할 수 있으므로, 아래에서는 위와 같은 추징요건에 해당하는지 여부에 대하여 살펴보기로 한다(과세처분취소소송에 있어서는 변론종결시까지 제출된 과세표준액 등의 존부 내지 범위에 관한 모든 자료에 의하여 과세처분의 적법 여부를 판단하여야 할 것이고, 이러한 법리는 이 사건 특별부가세 면제액에 대한 추징처분의 위법 여부를 판단함에 있어서도 동일하다고 볼 것이다).

⑴ 사실인정

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 든 증거들과 갑2호증 내지 135호증의 2의 각 기재와 영상 및 증인 강ㅇㅇ의 증언에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

㈎ 원고 조합은 서울ㅇㅇ지역・ㅇㅇ・ㅇㅇ시・ㅇㅇ군 일대의 농경지 12,920ha를 몽리구역으로 하여 1개의 본점과 8개의 지점(출장소)을 두고 농업용 저수지와 도수로(용・배수로)의 축조와 유지・관리, 기타 농업기반의 확충・정비 등을 목적으로 하는 농지개량조합법상의 농지개량조합(법인)으로서, ① 토지(용・배수로용 부지와 농업용수를 관리하는 본・지점 및 양수장의 부지), ② 건물(각 출장소 및 양수장 등), ③ 용・배수로, ④ 기계장치(양수장 및 배수장에 설치된 양수기와 거기서 사용하는 공・기구 및 용・배수로 복구용 중기) 등의 고정자산을 유지・관리하고 있다.

㈏ 원고의 중요한 사업 활동은 농업용수의 원활한 공급을 위한 관개수로와 용・배수로의 신축・유지・관리 사업인데, 특히 토사로 된 수로를 콘크리트 구조물로 개체하는 공사와 택지개발 등으로 기존의 수로가 폐쇄되는 경우 새로운 토지를 취득하여 거기에 수로를 신축하는 공사에 상당한 자금을 투자하고 있다.

㈐ 원고는 택지개발지구에 편입된 지역으로 연결된 도수로의 용도폐지에 따라 수로용 구거로 사용하던 이 사건 토지 중 별지 [표 1] 순번 1〜11 토지와, 구거로 사용하다가 도시계획사업으로 인하여 구거가 대지로 지목변경되거나 환지된 토지들인 이 사건 제2 토지를 주무장관의 승인을 얻어 1992사업연도에 양도가액 합계 금 4,641,615,000원에 양도하였다

㈑ 원고는 이 사건 토지를 양도하고 법정기간 내인 1993. 3. 특별부가세 면제신청서를 제출하였고, 1993. 9. 25.에 피고에게 별지 [표 2]와 같은 출장소용 고정자산을 1993년부터 1995년 사이에 취득할 계획이라는 내용의 대체자산취득계획명세서를 제출하였으나, 원고는 위 계획서에 기재된 자산 중 [표 2] 순번 3 기재 토지 외의 자산은 이를 취득하지 아니하였다.

㈒ 원고는 농어민지원시설을 이전하기 위하여 원고가 보유한 자금(1989년부터 1992년까지의 4년간 원고는 택지개발지구에 편입된 토지의 손실보상금으로 합계 금 41,338,966,514원을 수령하였다)과 이 사건 토지 양도대금 등으로 1990사업연도부터 1995사업연도까지 사이에 별지 [표 3] 기재와 같은 고정자산을 취득하였다(위 기간 동안 임대용을 제외한 토지, 건물 및 기계장치는 합계 금 3,357,355,820원 상당이고, 거기에 용・배수로 개거비용을 포함하면 금 10,809,048,145원 상당이며, 임대용 토지 및 건물은 한라빌딩을 포함하여 합계 28,976,835,750원 상당이다).

⑵ 대체취득자산의 범위에 대하여

㈎ 우선, 조감법시행령 제55조의11 제1항 제3호 및 조감법시행규칙 제20조의9 제2항 단서에 의하면, 부동산임대사업용 토지등을 취득한 경우에는 특별부가세가 면제되는 대체취득자산의 범위에 포함되지 아니하므로, 원고가 1990사업연도부터 1995사업연도까지 취득한 부동산임대용 토지와 건물 합계 금 28,976,835,750원 상당은 대체취득자산의 범위에서 제외하여야 할 것이고, 부동산임대용 자산인 한라빌딩이 원고가 인가받은 고유 목적 사업에 사용된다고 하여 특별부가세가 면제되는 대체취득자산의 범위에 포함된다고는 볼 수 없으며, 따라서 위 금 28,976,835,750원 상당도 대체취득자산에 포함되어야 한다는 원고의 주장 부분은 그 이유 없다.

"㈏ 그런데, 조감법 제57조 가 양도 대상인토지 또는 건물'에 대하여는 이하 토지등 이라 한다는 정의 규정을 두고 있으나 조감법 제67조의13 제1항 은법인이 2년 이상 계속하여 당해 법인의 업무용으로 직접 사용한 대통령령이 정하는 토지등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다.'고 규정하여 대체취득하는 자산을고정자산'이라고만 하고 있을 뿐 토지와 건물에 한정하고 있지 아니한 점, 조감법시행규칙 제20조의9 제2항 은 대체취득하는 농어민지원시설 에 대하여토지등'이라고 규정하고 있으나 여기서의토지등'에 대한 아무런 정의규정이 없는 점, 조감법상의 특별부가세 면제 규정의 취지가 법인이 업무용 토지와 건물을 양도하고 그 양도대금 상당액으로 그 법인의 업무용 고정자산을 취득한 경우에는 특별부가세를 면제하려는 취지로 보이는 점 등에 비추어 보면, 특별부가세 면제요건으로서의 대체취득자산은 그것이 피고 주장과 같이 토지와 건물에 한정된다고 축소해석할 수는 없다고 봄이 상당하다.",㈐ 위 인정사실에 의하면, 원고의 고정자산은 토지와 건물, 용・배수로, 기계장치로 구성되어 있어 있으므로, 이 사건의 경우 원고가 토지와 건물 및 기계장치를 취득함에 있어서 지출한 비용은 특별부가세 면제요건으로서의 대체취득자산의 범위에 포함된다 할 것이고, 원고가 토사로 된 기존 수로를 콘크리트 구조물로 개체하거나 기존 수로가 택지개발로 폐쇄되는 경우 새 토지를 취득하여 거기에 수로를 신축하는 공사에 투입된 용・배수로 개거비용은 모두 새로이 고정자산을 취득하거나 또는 기존 고정자산의 내용연수를 연장시키고 그 가치를 현실적으로 증가시키는 자본적 지출에 해당하므로 그 비용도 대체취득자산에 포함된다고 보아야 할 것이다.

㈑ 그렇다면, 원고가 농어민지원시설을 이전할 목적으로 이 사건 토지를 양도하기 2년 전부터 양도한 후 3년 사이에 취득한 고정자산의 취득가액은 토지, 건물 및 기계장치의 취득비용과 용・배수 개거비용을 모두 합한 위 금 10,809,048,145원 상당이라 할 것이고, 원고의 대체자산 취득액이 이 사건 토지의 양도대금 상당액을 초과하는 것이 분명하므로, 이 사건 처분은 특별한 사정이 없는 한 위법하다 할 것이다.

이 점에 관한 원고의 주장은 이유 있고, 이와 다른 견해에서 선 피고의 주장은 받아들이지 않는다.

⑶ 이 사건 토지의 양도가액과 대체취득자산 취득가액의 연관성에 대한 피고의 주장에 관한 판단

"조감법시행령 제55조의11 제3항 은토지등의 양도가액에 상당하는 금액으로'라고 규정하고 있는 이상 이 사건 토지의 양도가액에 상당하는 금액으로 위에서 본 대체자산을 취득하면 될 뿐 그 취득자금이 반드시 이 사건 토지를 양도한 대금이어야 하는 것은 아니라 할 것이므로, 비록 위 인정사실과 같이 원고가 이 사건 토지의 양도대금 그 자체가 아닌 손실보상금 등이 포함된 예치금으로 대체자산을 취득하였고 이 사건 토지의 양도대금이 한라빌딩을 취득하는 비용의 일부로 사용되었다 하더라도 이로써 원고가 이 사건 토지의 양도가액에 상당하는 금액으로 대체자산을 취득한 것이 아니라고 볼 수는 없다.",따라서, 이 사건 토지의 양도가액과 대체취득자산 사이에 위 조감법시행령 소정의 연관성이 없어 특별부가세 면제대상이 될 수 없다는 취지의 피고의 주장은 그 이유 없다.

⑷ 세액면제의 절차적 요건 구비 여부와 추징처분과의 관계에 대한 피고의 주장에 관한 판단

위에서 본 관계법령의 규정 내용에 의하면, 조감법 제67조의13 제2항 소정의 추징처분은 특별부가세를 면제받은 자가 당초 면제받은 취지에 합당하게 대체고정자산을 취득하지 아니한 것을 요건으로 한 처분으로서 본래의 특별부가세 부과처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 처분이라고 할 것이므로, 추징처분이 조감법상의 추징요건을 갖추지 못하였다면 그 추징처분은 위법한 처분이 되는 것이고, 면제요건을 갖추지 못하여 본래의 부과처분을 할 사유가 있다고 하더라도 그와 같은 사정이 위법한 추징처분을 적법한 것으로 할 사유가 될 수는 없다고 할 것이며, 위 조감법 규정에 의하면 대체자산취득(계획)명세서의 제출은 특별부가세 면제의 절차적 요건으로 볼 여지가 있음은 별론으로 하고, 그 부제출이 추징요건이 된다고 볼 근거는 없으므로, 당초 추징요건에 해당하지 아니하는 합당한 자산의 취득이나 비용의 지출에 대하여 취득명세서를 제출하지 아니하였다 하여 이를 추징요건에 해당하는 것과 동일하게 취급하여 추징처분의 위법 여부를 판단할 수는 없다고 할 것이고, 또한 반드시 대체자산취득계획명세서의 명세대로 대체자산을 취득하여야 한다고 볼 수도 없다( 대법원 1998.8.21. 선고 97누1846 판결 ; 1996.10.15. 선고 96누8109 판결 등 참조).

그렇다면, 설령 원고가 특별부가세 면제신청을 한 다음 피고에게 제출한 대체자산취득계획서에 기재된 대로 대체자산을 취득하지 아니하였다거나 이 사건 토지의 양도 전 2년과 양도 후 3년 이내에 취득한 대체자산에 대하여 그 취득일 및 지출일이 속하는 사업년도의 법인세 과세표준 및 세액 신고기간 내에 취득명세서 등을 제출한 바 없다 하더라도, 위에서 본 대체취득자산의 취득은 그에 대한 취득(계획)명세서 제출 여부와 관계없이 위에서 본 추징요건에 해당하지 아니한다고 할 것이다.

따라서 이 점에 관한 피고의 주장도 이유 없다.

⑸ 이 사건 제2 토지가 양도 당시 비업무용 부동산이었다는 피고의 주장에 관한 판단

위 증거들과 갑136호증의 1 내지 갑 146호증의 2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 이 사건 제2 토지는 취득 이래 2년 이상 원고의 업무용 구거로 직접 사용되어 오다가 몽리지역이 택지개발사업지구에 편입되자 원고의 의사에 관계없이 구거가 대지로 지목변경되거나 환지된 사실을 인정할 수 있는바, 비록 원고가 이를 양도할 당시에는 직접 업무용으로 사용하고 있지 아니하였다 할지라도 위와 같은 지목변경이나 환지 이후 그 양도시까지 사이에 원고가 이 사건 제2 토지를 종전의 사용용도 이외의 다른 용도로 사용하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 적어도 택지개발사업으로 인한 지목변경이나 환지 당시까지는 원고가 2년 이상 계속하여 당해 법인의 업무용으로 직접 사용한 토지등에 해당하므로, 이 사건 제2 토지에 대하여는 특별부가세 감면이 배제되어야 한다는 피고의 주장도 그 이유 없다.

뿐만 아니라, 조감법 제67조의13 제2항 소정의 추징처분은 본래의 특별부가세 부과처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 처분이고 애당초 면제요건을 갖추지 못하여 본래의 부과처분을 할 사유가 있다고 하더라도 그와 같은 사정이 위법한 추징처분을 적법한 것으로 할 사유가 될 수 없음은 위에서 본 바와 같고, 조세소송에서의 처분사유의 변경은 처분(소송물)의 동일성의 범위 내에서만 허용된다 할 것인바, 설령 이 사건 제2 토지가 비업무용 부동산으로서 그 양도에 대하여는 애당초 특별부가세 면제 대상이 되지 아니하였다 하더라도 이를 근거로 피고가 이 사건 제2 토지의 양도에 관하여 특별부가세를 부과할 수 있음은 별론으로 하고, 이 사건 소송절차에 이르러 피고가 이 사건 제2 토지의 양도에 대하여는 애당초 특별부가세 면제 대상이 되지 아니하므로 이 사건 처분 중 이 사건 제2 토지의 양도대금에 해당하는 부분은 적법하다는 주장을 하는 것은 처분(소송물)의 동일성의 범위를 벗어난 것으로서 기본적 사실관계의 동일성을 해치지 아니하는 단순한 처분사유의 변경에 해당한다고 볼 수는 없으므로, 피고의 이 점에 관한 주장은 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고는 특별부가세를 면제받은 취지에 합당하게 대체취득자산을 취득・사용한 것이라고 할 것이므로, 이 사건 토지의 양도에 따른 위 특별부가세의 면제는 전부 그대로 유지되어야 함에도 추징요건에 해당한다고 보아 이를 추징한 이 사건 처분은 위법하다 할 것이므로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1999. 11. 10.

심급 사건

참조조문

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