항소비용은 피고가 부담한다.

피고가 2004.05.01. 원고에 대하여 한 2003년도 귀속 양도소득세 91,351,180원의 감액 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

가. 원고는 국내 거주자로서 1985.08.31. 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 19 ○○아파트 84동 210호(이하 '이 사건 아파트'라 한다)에서 1986. 2. 23.부터 1991. 2. 22. ○○국으로 이민을 갈 때까지 거주하였고, 비거주자로서 1993. 10. 20. 추가로 같은 동 19 ○○아파트 120동 104호를 취득하였다.

나. 원고는 2003. 12. 1. 위와 같이 추가로 취득한 ○○아파트 120동 104호를 양도한 후 다시 같은 달 17. 이 사건 아파트를 양도하면서 피고에게 양도소득세 91,351,180원을 신고납부하였다. 그런데 원고는 2004. 3. 2. 이 사건 아파트의 양도는 비과세 대상인 1세대 1주택의 경우에 해당한다며 위 양도소득세의 감액경정청구를 하였다.

다. 이에 대해 피고는, 거주자로서 1주택을 소유하던 원고가 해외로 이주하여 비거주자가 된 상태에서 추가로 주택을 구입하여 2003. 12. 1. 이를 양도하기까지 장기간 2주택을 보유하다가 추가 구입한 주택을 처분한 이후 이 사건 아파트를 양도하는 것은 '해외이주법에 의한 해외이주로 인한 세대 전원이 출국하는 경우'에 해당하지 않아 양도소득세 과세대상이라는 이유로, 위 감액경정청구에 대하여 국세기본법 제45조의2 제3항에 규정된 기한인 2004. 5. 1.까지 경정여부를 통지하지 아니함으로써 사실상 경정을 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

라. 한편, 국세청은 소득세법 기본통칙 89-12에 "국내에 1주택만을 소유하던 거주자가 해외이민 등으로 세대 전원이 출국함으로써 비거주자가 된 상태에서 국내의 1주택을 양도하는 경우에는 보유기간에 제한 없이 1세대 1주택으로 비과세된다"는 기준을 정하고 있는데, 1주택을 소유하던 거주자가 비거주자가 된 후 추가로 국내에서 주택을 구입하지 않은 경우에는 위 1주택 양도까지의 기간의 장 · 단기를 불문하고 비과세하는 관행을 유지하고 있다.

[인정 근거] 갑 제1호증, 갑 제3, 4호증의 각1, 2. 다툼 없는 사실

2. 처분의 적법 여부

가. 쟁점

이 사건의 쟁점은, 거주자로서 국내에서 1주택을 소유하다가 국외로 이주한 비거주자가 추가로 주택을 취득하여 2주택을 보유하다가 추가로 취득한 주택을 먼저 처분한 다음 나중에 양도하는 당초의 주택에 대하여 1세대 1주택의 양도소득세 비과세규정이 적용되는 것인지 여부이다.

나. 관계법령

소득세법(2004. 1. 29. 법률 제7120호로 개정되어 2005. 1. 30.부터 시행되기 전의것)

○ 제1조 납세의무

① 다음 각호의 1에 해당하는 개인은 이 법에 의하여 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.

1. 국내에 주소를 두거나 1년 이상 거소를 둔 개인(이하 "거주자"라 한다)

2. 거주자가 아닌 자(이하 "비거주자"라 한다)로서 국내원천소득이 있는 개인

○ 제121조 비거주자에 대한 과세방법

① 비거주자에 대하여 과세하는 소득세는 당해 국내원천소득을 종합하여 과세하는 경우와 당해 국내원천소득을 분리하여 과세하는 경우로 구분하여 계산한다.

② 제120조에 규정하는 국내사업장이 있는 비거주자와 제119조 제3호에 규정하는 소득이 있는 비거주자에 대하여는 제119조 제1호 내지 제7호 및 제11호 내지 제13호의 소득(제156조 제1항의 규정에 의하여 원천징수되는 소득을 제외한다)을 종합하여 과세하고, 제119조 제8호 내지 제10호에 규정하는 소득이 있는 비거주자에 대하여는 거주자와 동일한 방법으로 과세한다.

○ 제119조 비거주자의 국내원천소득

비거주자의 국내원천소득은 다음 각호와 같이 구분한다.

8. 국내에서 제공하는 근로의 대가로 받는 퇴직급여로서 대통령령이 정하는 소득

9. 제94조에 규정하는 양도소득(동조 제1항 제3호의 규정에 의한 소득을 제외한다)으로서 대통령령이 정하는 소득. 다만, 그 소득을 발생하게 하는 자산이 국내에 있는 경우에 한한다.

10. 제23조 제1항에 규정하는 산림소득. 다만, 그 소득을 발생하게 하는 자산이 국내에 있는 경우에 한한다.

○ 소득세법 제94조 양도소득의 범위

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

○ 소득세법 제89조 비과세양도소득

다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 인하여 발생하는 소득

2. 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로 인하여 발생하는 소득

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배률을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

소득세법 시행령(2004. 5. 25. 대통령령 제18401호로 개정되기 전의 것)

○ 제154조 1세대 1주택의 범위

① 법 제89조제3호에서 "대통령령이 정하는 1세대 1주택"이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

1. 임대주택법에 의한 건설임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 당해 건설임대주택의 임차일부터 당해 주택의 양도일까지의 거주기간이 5년이상인 경우

2. 다음 각목의 1에 해당하는 경우. 이 경우 가목 및 나목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

가. 주택 및 그 부수토지의 전부 또는 일부가 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률에 의한 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우

나. 삭제 <2002.12.30>

다. 국외이주 기타 재정경제부령이 정하는 경우

소득세법 시행령(2006. 4. 28. 대통령령 제19463호로 개정되기 전의 것)

○ 제154조 1세대1주택의 범위

① 법 제89조제1항제3호에서 "대통령령이 정하는 1세대 1주택"이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다. <개정 1995.12.30, 1998.4.1, 1999.12.31, 2002.10.1, 2002.12.30, 2003.11.20, 2003.12.30, 2005.2.19, 2005.12.31, 2006.2.9>

1. 「임대주택법」에 의한 건설임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 당해 건설임대주택의 임차일부터 당해 주택의 양도일까지의 거주기간이 5년이상인 경우

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

나. 「해외이주법」에 따른 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.

부칙 제3조 (양도소득세에 관한 일반적 적용례) 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

소득세법 시행규칙(2004. 6. 3. 재정경제부령 제383호로 개정되기 전의 것)

○ 제71조 1세대 1주택의 범위

① 영 제154조 제1항 본문에서 규정하는 보유기간의 확인은 당해주택의 등기부등본 또는 토지·건축물대장등본 등에 의한다.

② 영 제154조 제1항 제2호 다목에서 "국외이주 기타 재정경제부령이 정하는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 사유로 당해 주택이 그 보유기간 및 거주기간에 미달하게 되는 경우를 말한다.

1. 해외이주법에 의한 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우

2. 1년 이상 계속하여 국외거주를 필요로 하는 취학 또는 근무상의 형편으로 세대전원이 출국하는 경우

소득세법 시행규칙(2006. 7. 5. 재정경제부령 제512호로 개정되기 전의 것)

○ 제71조1세대1주택의 범위

① 영 제154조제1항 본문에서 규정하는 보유기간의 확인은 당해주택의 등기부등본 또는 토지·건축물대장등본등에 의한다.

② 삭제 <2006.4.10>

다. 판단

(1) 구 소득세법(2004. 1. 29. 법률 제7120호로 개정되어 2005. 1. 30.부터 시행되기 전의 것, 이하'소득세법'이라 한다)은 제3장에서 거주자의 양도소득에 대한 납세의무에 관하여 규정하면서 제89조 제3호로 대통령령이 정하는 1세대 1주택과 이에 부수되는 일정 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 구 소득세법 시행령(2004. 5. 25. 대통령령 제18401호로 개정되기 전의 것. 이하 '시행령'이라 한다) 제154조 제1항은 1세대 1주택이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하"1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시 등 지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 1년 이상인 것)을 말한다고 규정하고 있다.

살피건대, 위와 같이 소득세법 제89조 제3호가 거주자의 양도소득에 대한 납세의무에 관한 장(章)에 규정되어 있고 양도소득세의 비과세대상이 되는 1세대 1주택의 정의(定義)와 범위를 대통령령으로 정하도록 포괄적으로 위임하고 있으며 시행령 제154조 제1항이 1세대의 범위에 관하여 "거주자"가 구성하는 세대로 규정하고 있고, "비거주자"의 1세대 1주택의 양도소득에 대하여 양도소득세 과세 여부는 조세정책상의 문제에 불과하다는 점에서, 특별한 규정이 없는 한 1세대 1주택으로서 양도소득세의 비과세대상이 되기 위하여는 주택의 양도 당시 그 소유자가 거주자이어야 할 것이다.

(2) 그런데 시행령 제154조 제1항 단서 제2호 다목은, 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 1세대가 비과세 요건이 되는 1주택의 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않는 경우를 규정하면서 그 중 하나로 "국외이주 기타 재정경제부령이 정하는 경우"를 들고 있고, 그 위임에 따른 구 소득세법 시행규칙(2004. 6. 3.재정경제부령 제383호로 개정되기 전의 것, 이하 '시행규칙'이라한다) 제71조 제2항 제1호는 "해외이주법에 의한 해외이주로 세대 전원이 출국하는 경우"라고 규정하고 있다. 그렇다면, 앞서 본 바와 같이 시행령 제154조 제1항 본문이 1세대의 범위에 관하여 "거주자"가 구성하는 세대로 정하고 있으면서도 단서에서 그 1세대가 "국외이주"한 경우를 정하고 있는 점에 비추어 볼 때, 이는 주택의 양도 당시 소유자가 국외이주하여 비거주자의 지위에 있는 경우까지 양도소득세 비과세 규정의 적용요건을 확장하고 있다고 보아야 할 것이다.즉 위 시행령 규정은, 거주자가 국내에서 주택을 취득하여 보유하다가 국외이주하여 비거주자가 된 후 국내의 주택을 양도하는 경우 당해 주택의 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있다면, 거주자로서의 보유기간이 3년 미만은 물론이고 3년 이상인 경우에도 양도소득세가 비과세된다고 해석하여야 할 것이며, 이에 관한 별도의 제한 규정이 있음을 관계 법령에서 찾아볼 수 없다.

따라서 위 시행령 규정이 정하고 있는 요건을 충족하기만 하면 특별한 사정이 없는 한 양도소득세가 비과세된다고 하여야 할 것이므로, 이 사건과 같이 주택 1채를 소유하던 거주자가 국외이주하여 비거주자가 된 후 국내의 주택을 추가로 구입하여 2주택을 소유하던 중 최초 취득 주택을 마지막에 양도하는 경우에도 적용된다고 봄이 상당하다.

(3) 이에 대하여 피고는, 위와 같이 1주택을 소유하던 거주자가 국외이주할 경우 당해 주택의 양도소득에 관하여 비과세하는 위 시행령 규정의 근본 취지는 거주자가 해외이주함으로써 부득이 하게 주택을 처분할 수밖에 없는 사정을 고려하여 예외적으로 비과세하는 것이므로, 이 사건과 같이 2주택을 소유하게 된 비거주자에 대하여 비과세혜택을 주는 것은 위 입법취지에 어긋난다고 주장한다.

살피건대, ① 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 엄격하게 해석할 것인 점, ② 1세대 1주택의 양도소득에 대하여 거주자에게만 양도소득세를 비과세할 것인지 혹은 비거주자에게도 비과세할 것인지, 나아가 비거주자에게 비과세하는 경우 어느 정도의 제한을 둘 것인지 등은 조세정책의 문제인 점, ③ 그런데, 관계 법령은 1세대 1주택 비과세 요건으로서 최소한 거주자의 지위에서 국내의 주택을 취득할 것과 비거주자가 된 후 주택을 양도할 때에 국내에 1주택만을 보유하고 있을 것만을 요구하고 있을 뿐 피고가 주장하는 바와 같이 비거주자가 된 후 추가로 주택을 구입하면 비과세 효과가 소멸한다는 등의 제한을 두고 있지는 않는 점, ④ 1세대 1주택의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니하는 취지는, 주택이 국민의 주거생활의 기초가 되는 것이므로 1세대가 국내에 소유하는 1개의 주택을 양도하는 것이 양도소득을 얻거나 투기를 할 목적으로 일시적으로 거주 · 소유하다가 양도한 것이 아니라고 볼 수 있는 일정한 사유가 있는 경우에는 그 양도소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니함으로써 국민의 주거생활의 안정과 거주이전의 자유를 보장하여 주려는 데에 있는 것이고, 거주자가 국외이주한 후 국내의 주택을 양도하는 경우 양도소득세 비과세규정의 적용에 있어 보유기간의 제한을 두지 않는 취지도 그와 같은 경우는 양도소득을 얻거나 투기를 할 목적으로 일시적으로 소유하다가 양도하는 것이 아니라고 볼 수 있기 때문인데, 1주택을 소유하던 거주자가 비거주자가 된 이후에 추가로 국내 주택을 취득한 사정이 곧바로 거주자로서 최초 취득한 주택의 목적을 주거용에서 투기용으로 전환시킨다고 볼 수 없으므로 최초 취득한 주택의 양도에 대해서는 비과세하는 것이 위와 같은 제도의 취지에 부합하는점, ⑤ 국세청은 이 사건 아파트 양도 당시 1주택을 소유하던 거주자가 비거주자가 된 후 새로이 주택을 구입하지 않은 상태에서 위 주택을 양도하는 경우에는 아무리 보유기간이 길다고 하더라도 비과세하는 관행을 유지하고 있었으므로 통상 위 주택의 양도에 대해서는 과세되지 않는다고 생각되어질 터인데, 관계 법령에서 비과세 제한 요건으로 규정되어 있지도 않은 '거주자가 비거주자가 된 후 추가로 주택을 취득하였다는 사정'에 의하여 이미 발생한 비과세 혜택을 뒤집는 것은 부당하다고 보여지는 점, ⑥ 한편 국외이주로 인하여 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지않는다고 규정한 시행령 제154조 제1항 단서 제2호 다목이 2006. 2. 9. "해외이주법에 따른 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우 다만, 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다."고 개정됨으로써, 거주자가 비거주자가 된 이후 2년 이내에 당해 주택을 양도하는 경우에 한하여 비과세되도록 명문으로 제한요건이 신설된 점 등을 고려하면 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

(4) 결국 원고와 같이 국내에서 1주택을 보유하다가 국외로 이주한 비거주자가 추가로 주택을 취득한 이후 최초 구입한 주택을 양도할 당시 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우에는 양도소득세 비과세대상에서 제외할 법령상의 근거가 없어 시행령 제154조 제1항의 1세대 1주택에 해당한다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 피고의 이 사건 거부처분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 처분이 위법함을 전제로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하여야 할 것인바, 이와 결론을 같이 한 제1심 판결은 정당하고 피고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.