2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2000. 11. 17. 개업하여 소프트웨어 개발업 등을 하는 법인인데, 2002년 제2기 및 2003년 제1기 부가가치세 과세기간에 ① 주식회사 XX(이하 'XX'라 한다)로부터 2002. 10. 8. 공급가액 000원의 세금계산서(이하 '이 사건 제1세금계산서'라 한다)를, 2002. 11. 1. 공급가액 000원의 세금계산서(이하 '이 사건 제2세금계산서'라 한다)를, 2003. 6. 10. 공급가액 000원의 세금계산서(이하 '이 사건 제3세금계산서'라 한다)를, 2003. 6. 30. 공급가액 000원의 세금계산서 (이하 '이 사건 제4세금계산서'라 한다)를, ② 주식회사 OO(이하 'OO'이라 한다)으로부터 2003. 5. 30. 공급가액 000원의 세금계산서(이하 '이 사건 제5세금계산서'라 하고, 이 사건 제1 내지 5세금계산서를 모두 합쳐서 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 각 교부받고, ③ 2002. 11. 4.부터 2002. 11. 30.까지 사이에 주식회사 △△ (이하 '△△'이라 한다)에게 공급가액 합계 000원의 세금계산서 2매를, 2003. 5. 30.부터 2003. 6. 30.까지 사이에 □□의 대표자인 김AA에게 공급가액 합계 000원의 세금계산서 2매를 각 교부하여, 각 그 공급가액을 매입세액 및 매출세액에 포함하여 부가가치세를 신고하는 한편 법인세 신고시 손금 및 익금에 산입하였다.

나. 피고는 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과, 원고가 실물거래 없이 위 각 세금 계산서를 수취하고 발행한 것으로 보아 해당 과세표준을 수정하고 매입세액을 불공제하는 한편 가공자산에 대응하는 감가상각비를 부인하여, 2009. 6. 16. 원고에게 2002년 제2기분 부가가치세 000원, 2003년 제1기분 부가가치세 000원과 2006 사업연도 귀속 법인세 000원, 2007 사업연도 귀속 법인세 000원을 경정 ・ 고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 2. 11. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2011. 2. 10. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 갑 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 아래와 같이 실물거래를 하고 이 사건 세금계산서를 수취하였으므로, 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 수수되었음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다 (원고는, 2005. 4. 11.부터 2005. 7. 15.까지 사이에 ◇◇ 주식회사에게 '응용 소프트웨어 개발 프로젝트' 용역을 실제로 공급하고 공급가액 합계 000원의 세금계산서 4매를 발행하였는데 피고가 이를 가공매출이라고 보고 한 과세처분은 위법하다는 취지로 주장하나, 피고는 이를 가공매출로 보아 해당 과세표준을 수정하여 부가가치세를 환급하였을 뿐 과세처분은 하지 않은 것으로 보일 뿐만 아니라 이는 2005년 제1기 및 2005년 제2기 부가가치세과 관련된 부분으로 이 사건 처분과는 관련이 없으므로 별도로 판단하지 아니 한다).

1) 이 사건 제1세금계산서 관련

원고는 2002. 10. 8. QQQ-Component 개발을 위해 XX로부터 컴퓨터 서버 3대(이하 '이 사건 제1제품'이라 한다)를 000원에 매입하였고, 이를 이용하여 QQQ-Component 개발을 완료하여 2003. 3. 26. 프로그램증을 교부받았으며, 위 000원은 2004. 12. 27.경 □□ 김AA에 대한 매출채권 000원을 XX에 양도함으로써 변제하였다. 한편 이 사건 제1제품은 2007년 6월경 폐기 처분하였다.

2) 이 사건 제2세금계산서 관련

원고는 2002. 11. 1. XX로부터 컴퓨터 하드웨어 및 소프트웨어(이하 '이 사건 제2제품'이라 한다)를 000원에 매입하고 2003. 1. 28. 그 대금 000원을 XX에게 지급하였으며, 이 사건 제2제품 중 일부를 △△에 000원에 매도하였다.

3) 이 사건 제3, 4세금계산서 관련

원고는 XX로부터 2003. 6. 10. 컴퓨터 서버 1대(이하 '이 사건 제3제품' 이라 한다)를 000원에, 2003. 6. 30. 컴퓨터 서버 1대(이하 '이 사건 제4제품'이 라 한다)를 000원에 각 매입하고 그 대금으로 XX에게 2003. 8. 5. 000원, 2003. 10. 24. 000원을 각 지급하였으며, 잔액 000원은 김AA가 XX에 대체결제하였다. 원고는 2003. 6. 30. □□의 김AA에게 이 사건 제3, 4제품을 000원에 매도하였다.

4) 이 사건 제5세금계산서 관련

원고는 OO으로부터 컴퓨터 서버 4대(이하 '이 사건 제5제품'이라 한다)를 000원에 매입하고 대금을 지급하였으며, 위 컴퓨터 서버 중 2대는 원고의 개발용으로 사용하고, 나머지 2대는 □□의 김AA에게 000원에 매도하였다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정 사실

1) 이 사건 제1세금계산서 관련

가) 'QQQ-Component 개발연혁'에는 원고가 2001년 1월 YY 주식회사(이하 'YY'이라 한다)로부터 중고 서버 1대를 기증받아 2002년 1월 시제품 개발을 완료하고, 2002년 10월 이 사건 제1제품을 매입하여 2003년 3월 프로그램등록증을 교부받은 것으로 기재되어 있다.

나) 2002. 9. 9.자 시스템공급계약서에는 XX가 원고에게 이 사건 제1제 품을 계약금액 000원, 납품완료일 2002. 10. 8.로 하여 공급하는 것으로 기재 되어 있다.

다) '프로그램등록증'에는 2003. 3. 26. 프로그램 심의조정위원회 위원장이 원고에게 QQQ-Component 프로그램등록증을 교부한 것으로 기재되어 있다.

라) 원고의 2004. 12. 31.자 '감가상각비 명세서'에는 원고가 이 사건 제1제품을 2002. 10. 18. 취득하여 내용연수 5년, 정률법을 적용하여 감가상각하였는데 전기 말 감가상각누계액은 000원이고, 당기 감가상각비 계상액은 000원으로 기재 되어 있다.

마) YY의 대표이사가 작성한 2009. 4. 21.자 확인서에는 YY은 원고로부터 이 사건 제1제품을 폐기해달라는 요청을 받고 2007년 6월경에 이 사건 제 1제품을 받아 폐기하였다고 기재되어 있다.

바) 2004. 12. 27.자 대체결제합의서에는 XX, □□와 원고는 원고가 XX에 지급해야 할 000원에 대해 □□가 원고에게 지급해야 할 000원으로 대체 지급하는 것으로 상계처리하고 잔금 000원은 □□ 가 원고에게 현금으로 지불하기로 한다고 기재되어 있다.

2) 이 사건 제2세금계산서 관련

가) 2002. 9. 1.자 소프트웨어 패키지 공급계약서에는 XX가 원고에게 이 사건 제2제품을 계약금액 000원, 납품완료일 2002. 10. 25.로 하여 공급하는 것으로 기재되어 있다.

나) 원고는 2003. 1. 28. XX의 국민은행 계좌로 000원을 송금하였다.

다) 원고가 작성한 2003. 8. 12.자, 2004. 11. 16.자, 2005. 5. 10.자, 2007. 3. 8. 자 각 '대외공문에는 △△에게 원고가 납품한 물품(2002. 11. 4.자 000원, 2002. 11. 30.자 000원, 합계 000원)에 대하여 결제할 것을 요청한다고 기재되어 있다.

라) △△ 대표이사 조BB이 작성한 2009. 6. 22.자 대금분할상환확약서에는 △△은 원고로부터 2002년 11월 매입한 서버 및 소프트웨어 제품의 물품대금 000원에 대해 2009년 12월 말까지 50%, 2010년 6월까지 50%를 상환할 것을 확약한다고 기재되어 있다.

마) 원고는 2009. 8. 26. 위 물품대금을 청구채권으로 하여 서울남부지방법원 2009카단9667호로 △△ 소유의 서울 강서구 AA동 0000 AA타운 000호에 대하여 가압류 결정을 받았다.

3) 이 사건 제3, 4세금계산서 관련

가) 원고는 XX의 국민은행 계좌로 2003. 8. 5. 000원, 2003. 10. 24. 000원 합계 000원을 각 송금하였다.

나) 원고의 2003. 12. 31.자 거래처원장에는 XX에 대한 외상매입금 잔액이 000원으로 기재되어 있다.

4) 이 사건 제5세금계산서 관련

가) 2003. 5. 1.자 시스템 공급계약서에는 OO이 원고에게 이 사건 제5제품을 계약금액 000원(VAT 포함), 납품완료일 2003. 5. 30.로 하여 공급하는 것으로 기재되어 있다.

나) 원고는 OO의 중소기업은행 계좌로 2005. 6. 28. 000원, 2005. 7. 1. 000원, 2005. 7. 22. 000원 합계 000원을 각 송금하였다.

5) 이 사건 확인서 관련

이 사건 세무조사 당시 원고의 대표이사인 한CC은 아래와 같은 내용의 확인서(을 제3호증, 이하 '이 사건 확인서'라 한다)를 작성하여 제출하였다.

[인정 근거] 갑 제2, 3, 8호증, 을 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에게 있다고 할 것이나, 과세관청이 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 이에 관하여 합리적으로 수긍할 수 있을 정도의 상당한 증명을 한 경우라면, 이를 다투고 있고 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 세금계산서가 허위가 아니라는 점을 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 참조). 한편 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 과세요건사실을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 서명 ・ 날인되었다거나 혹은 그 내용의 마비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치를 쉽게 부인할 수는 없다(대법원 1998. 5. 22. 선고 98두2928 판결, 대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두 2560 판결 등 참조).

2) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실 및 을 제2, 5, 6, 7, 9, 11, 12, 13, 15, 16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을 종합하면, 이 사건 세금계산서는 실물거래 없이 발행된 허위의 세금계산서라는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 할 것이다. 이에 대하여 원고는 실물거래를 하고 이 사건 세금계산서를 수취하였다고 주장하나, 아래와 같은 사정들에 비추어 볼 때, 갑 제3, 5, 10, 11, 15 내지 18, 20, 21호증의 각 기재, 증인 김KK, 조BB의 각 증언만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

가) 이 사건 확인서 관련

이 사건 확인서에는 원고의 대표이사인 한CC이 가공 매출 ・ 매입이라고 확인한 매입 ・ 매출업체의 상호, 거래일자, 공급가액이 구체적으로 기재되어 있다. 나아가 실물거래 없이 세금계산서를 수수한 사실을 자인하는 내용의 이 사건 확인서가 한CC의 의사에 반하여 작성되었거나 그 내용의 미비 등으로 인하여 입증자료로 삼기 어렵다고 보기 어렵고 달리 위 확인서의 증거가치를 부인할 만한 특별한 사정에 관한 자료가 없다. 한편 이 사건 확인서상 매입 ・ 매출업체들은 그 매입 ・ 매출이 가공임을 전제로 한 과세관청의 부과처분에 대하여 불복하지 않거나 불복한 경우에도 기각되어 모두 가공 매출 ・ 매입으로 확정되었다.

나) 이 사건 제1세금계산서 관련

(1) 원고의 주장에 의하면, 이 사건 제1제품은 공급가액이 2억 원에 이르는데 계약금 등 대금을 전혀 지급하지 않고 인도받았고, 제품을 언도받고도 2년이 넘도록 대금을 전혀 지급하지 않았으며, 그동안 XX는 채권 회수를 위한 아무런 조치를 취하지 않고 있다가 원고로부터 대금을 현금으로 회수하지도 않고 부도위기에 처해 있는 □□에 대한 채권을 양수받아 대금지급에 갈음하였다는 것인데, 이는 일반적인 상거래 관행에 비추어 매우 이례적이다. 이에 대하여 원고는 이 사건 제1제품의 도착이 늦어져서 대금지급이 지연되었고, XX도 □□와 정산해야 할 채무가 있었기 때문에 법적으로 문제가 되지 않는다면 대체결제를 수락하지 않을 이유가 없었다고 주장할 뿐 위와 같은 대금지급에 대하여 수긍할 수 있는 합리적인 설명을 하지 못하고 있다.

(2) 원고의 2004. 12. 31.자 감가상각비 명세서에는 원고가 이 사건 제1제품을 2002. 10. 18. 취득하였다고 기재되어 있는데, 이는 2002. 9. 9.자 시스템공급계약서상 납품완료일인 2002. 10. 8.과 일치하지 않고, 원고가 주장하는(원고의 2011. 12. 19.자 준비서면 참조) 이 사건 제1제품 도착일인 2003년 1월경과도 일치하지 않는다. 뿐만 아니라 원고는 이 사건 제1제품을 사용하여 QQQ-Component 개발을 완료하였다고 주장하는데, 원고의 주장대로라면 이 사건 제1제품의 취득가액은 QQQ-Component 개발 원가에 포함되어 해당 계정에 계상되어야 할 것인데, 이 사건 제1제품은 위 2004. 12.31.자 감가상각비 명세서상 단순한 '집기비품'으로 계상되어 있다. 또한, 위 2004. 12.31.자 감가상각비 명세서상 전기 말 감가상각누계액과 당기 감가상각비 계상액은 일반적으로 인정된 회계원칙에 따라 이 사건 제1제품에 관하여 내용연수 5년, 정률법을 적용하여 감가상각한 금액(전기 말 감가상각누계액 000, 당기 감가상각비 계상액 000원)과는 상당한 차이가 있어 보인다.

다) 이 사건 제2세금계산서 관련

(1) 원고가 XX에게 000원을 송금한 날인 2003. 1. 28. XX가 주식회사 TT에게 000원을 송금하였고, 같은 날 주식회사 TT이 주식회사 DD시스템즈(이하 'DD시스템즈'라 한다. 한편 당시 대한 DD시스템즈의 대표이사인 오EE은 원고의 주주이고, DD시스템즈의 이사인 한CC은 원고의 대표이사, DD시스템즈의 감사인 김FF은 OO의 대표이사였다)에 000원을 송금하였으며, 위 돈이 즉시 현금으로 출금되었는데, 이는 매우 이례적일 뿐만 아니라 정상적인 거래를 가장하기 위한 금융거래로 보인다. 이에 대하여 원고는 원고가 결제한 이 사건 제2제품에 대한 대금이 DD시스템즈에 입금된 것은 이 사건 제2제품의 원개발자인 DD시스템즈에게 판매이익 일부를 지급한 것이 라고 주장하나, 원고가 XX에게 송금한 돈의 대부분이 DD시스템즈에 입금되었을 뿐만 아니라 그것도 주식회사 TT을 거쳐 입금된 점 및 뒤에서 보는 바와 같이 김FF이 2007. 12. 27. 구로세무서에서 조사를 받으면서 DD시스템즈를 중심으로 실물거래 없이 세금계산서를 주고받는 순환거래가 이루어졌다는 취지로 진술한 점에 비추어 볼 때 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 원고는 이 사건 제2제품 중 일부를 △△에 공급하였다고 주장하나, 이에 관한 발주서나 계약서 등을 제출하지 못하고 있으며, 이 사건 제2제품은 공급가액이 000원에 이르는데 계약금 등 대금을 전혀 지급받지 않고 인도하였고, 10년 이 지난 현재까지도 그 대금을 전혀 지급받지 못하였다는 것은 매우 이례적이다. 이에 대하여 원고는 △△에게 계속 대금결제를 독촉하고 △△ 소유의 부동산을 가압류하였다고 주장하고 있을 뿐 별다른 합리적인 설명을 하지 못하고 있을 뿐만 아니라 위 가압류 또한 제품 인도일로부터 약 7년이나 지난 시점에서 이루어졌을 뿐이다.

(3) △△이 원고로부터 000원 상당의 제품을 공급받고 그 대금을 지급하지 않고 있다면, △△의 대차대조표상 매입채무 잔액이 000원 이상이어야 하는데, △△이 과세관청에 신고한 2003년 말 대차대조표상 매입채무 잔액은 000원, 2004년 말 대차대조표상 매입채무 잔액은 000원에 불과하다.

라) 이 사건 제3, 4세금계산서 관련

(1) 원고가 XX에게 000원을 송금한 날인 2003. 8. 5. XX가 □□의 김AA에게 같은 금액을 송금하였고, 같은 날 □□의 김AA는 권GG에게 같은 금액을 송금하였으며, 위 돈은 같은 날 곧바로 현금으로 출금되었다. 마찬가지로 원고가 XX에게 000원을 송금한 날인 2003. 10. 24. XX가 □□의 김AA에게 같은 금액을 송금하였고, 같은 날 김AA는 권GG에게 같은 금액을 송금하였으며, 위 돈 또한 같은 날 곧바로 현금으로 출금되었는데, 이는 매우 이례적인 것으로 보인다. 이에 대하여 원고는 이 사건 제3, 4제품의 대금을 XX에게 지급한 것이고, XX가 □□의 김AA에게, 김AA가 권GG에게 각 위와 같이 송금한 것은 자신과 무관한 것이라고 주장하나, 원고가 XX에게 송금한 돈이 이 사건 제3, 4세금계산서상 공금가액과 일치하지 않을 뿐만 아니라 원고가 XX에게 위 돈을 송금한 날 즉시 같은 금액이 김AA에게 송금되고, 다시 같은 금액이 권GG의 계좌를 통해 현금으로 전액 출금된 점에 비추어 볼 때 위와 같은 일련의 송금 및 출금행위는 정상적인 거래를 가장하기 위한 금융거래로 보인다.

(2) 원고는 이 사건 제3제품을 2003. 6. 10. 000원, 이 사건 제4제품을 2003. 6. 30. 000원 합계 000원에 매수한 다음, □□의 김AA에게 2003. 6. 30. 000원에 매도하였다고 주장하나, 원고는 위 매도와 관련한 발주서나 계약서 등을 제출하지 못하고 있으며, 별다른 사정이 없는데도 계약금 등 대금을 전혀 지급받지 않고 자신이 매수한 제품을 곧바로(같은 날 또는 며칠 후) 000원이나 더 싸게 매도하였다는 것은 매우 이례적이다. 이에 대하여 원고는 계속적으로 거래를 유지하려는 상대방 회사와의 관계를 위해 000원 정도 손해를 보는 일은 충분히 있을 수 있다고 주장하고 있을 뿐 별다른 수긍할 수 있는 합리적인 이유를 제시하지 못하고 있다

(3) 앞서 본 바와 같이 이 사건 제1세금계산서가 실물거래 없이 발행된 허위의 세금계산서라고 보이므로, 원고가 XX에 지급해야 할 이 사건 제1세금계산서상 금액에 대해 □□가 원고에게 지급해야 할 000원(이 사건 제3제품에 대한 대금 000원 및 이 사건 제4제품에 대한 대금 000원 포함)으로 대체 지급하는 것으로 상계처리한다는 취지의 2004. 12. 27.자 대체결제합의서의 내용은 이 를 그대로 믿기 어렵다.

마) 이 사건 제5세금계산서 관련

(1) OO의 대표이사였던 김FF은 2007. 12. 27. 구로세무서에서 조사를 받으면서 'OO은 2001년부터 2003년까지 사이에 코스닥 상장요건을 충족하기 위하여 동종업체(IT 업체)들과 허위의 세금계산서를 주고받았는데, 이는 당시 같은 목적을 가진 동종업체들이 주로 사용했던 방법이다. 당시 IT 업체들이 외형을 부풀리기 위해 전산통합시스템 관련 서버 등 관련 장비 및 용역을 거래내용으로 하여 매입처로부터 실물거래 없이 세금계산서를 수취하고 이를 다시 DD시스템즈에 판매하면, 이후 1~2개 업체에 재판매 과정을 거쳐 최초 매입처에서 매입하는 과정을 거치게 되는데, 결국 실물 없이 순환거래에 참여한 업체끼리 세금계산서만 주고받게 되는 것이다. 이 과정에서 거래명세표상 일부 구성품목의 증감과 거래금액에 약간의 변동이 있게 된다. OO은 원고에게 실물거래 없이 2003년 제1기 부가가치세 과세기간에 공급가액 000원인 세금계산서 1장을 발행하였다'라고 진술하였다.

(2) 원고의 주장에 의하면, 이 사건 제5제품은 공급가액이 000원에 이르는데 계약금 등 대금을 전혀 지급하지 않고 인도받았고, 제품을 인도받고 2년이 지난 후인 2005년 6월경 내지 7월경에 대금을 지급하였다는 것인데, 이는 일반적인 상거래 관행에 비추어 매우 이례적일 뿐만 아니라, 원고가 OO에게 이 사건 제5제품에 대한 대금 000원(VAT 포함)을 송금한 날 곧바로 같은 금액이 현금으로 출금되거나 다른 곳으로 송금되었는데, 이는 정상적인 거래를 가장하기 위한 금융거래로 보인다. 이에 대하여 원고는 OO의 계좌에서 현금으로 출금되거나 다른 곳으로 송금 된 사정은 자신과 무관하다고 주장하나, 원고가 OO에게 송금한 000원은 같은 날 원고가 ◇◇로부터 송금받은 돈이고, OO은 곧바로 위 돈 중 000원을 ◇◇의 대표이사 이HH의 남편인 김KK에게, 000원을 ◇◇의 주주인 이종권의 배우자인 홍LL에게 각 송금하고, 나머지는 모두 현금으로 출금한 점에 비추어 볼 때 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

(3) 원고는 2003. 5. 30. 이 사건 제5제품 중 일부를 □□에 매도한 후 그 매출채권에 대하여 2004. 12. 27.자 대체결제합의서를 통하여 대체결제하였다고 주장하나, 원고는 위 매도와 관련한 발주서나 계약서 등을 제출하지 못하고 있으며, 앞서 본 바와 같이 2004. 12. 27.자 대체결제합의서의 내용은 이를 그대로 믿기 어렵다.

3) 따라서 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 발행된 허위의 세금계산서라고 본 피고의 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.