가. 청구인은 2016.3.2. OOO토지 262.9㎡ 및 건축물 753.3㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득하고 같은 일자에 이 건 부동산의 과세표준을 OOO으로 하여 「지방세법」 제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO(이하 “취득세 등”이라 한다)을 신고․납부하였다.

나. 청구인은 2019.12.23. 이 건 부동산에 대하여 OOO 주거환경개선사업의 최초 사업시행인가일이 2009.11.6.이고 그 이후에 사업시행인가가 변경고시되었다고 하더라도 당초의 사업시행계획 자체가 실효되거나 무효가 된 것으로 것이 아니므로 「지방세특례제한법」 제73조 제1항에 따른 토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 감면 여부를 판단할 때 최초의 사업시행인가일을 기준으로 하여야 하는 것인바, 기 납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2020.2.17. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2020.3.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

이 건 취득세 등 부담여부는 사업시행 실효기간(2015.1.1.부터 2016.7.21.까지) 이내인 2016.3.2. 취득한 이 건 부동산이 지방세법령에 따른 수용 등으로 인한 대체취득 감면대상인지 여부가 주요 쟁점이다.

청구인은 최초의 사업시행 인가고시일(2009.11.6.) 이후인 2016.3.2. 이 건 부동산을 취득하고 취득세 등을 신고․납부하였다. 당초 사업시행인가가 실효된 후 변경인가가 이루어졌다고 할지라도 최초의 사업시행인가의 주요 내용이 처음부터 없었던 것으로 의제할 수 없다. 이는 OOO 주거환경개선사업 사업시행변경인가 고시내용 가운데 “7. 건축물의 대지면적, 건폐율, 용적률, 높이, 용도 등 건축계획에 관한 사항”등의 중요한 인가내용이 변경된 것인바, 이는 당초의 사업시행인가가 무효가 아니라는 것이 입증된다.

결국, 당초의 사업시행인가 고시일(2009.11.9.) 이후 2016.7.22. 사이에 해당 구역의 부동산을 대체취득한 납세자들도 감면대상에서 제외되어서는 아니된다. 이는 토지수용 등으로 인한 대체취득의 감면이라는 입법취지나 최초 사업시행인가일 이후 대체취득한 부동산은 감면대상이라는 믿음으로 취득한 납세자들에 대한 신의성실의 원칙에 비추어 보아도 명백히 감면대상으로 보아야 한다. 따라서 청구인이 사업시행인가 고시일 이후 대체취득한 이 건 부동산은 「지방세특례제한법」 제73조에 따른 감면대상에 해당하는 것으로 보아 기 납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 위법하다.

또한, 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 설립된 정비사업조합에 의하여 수립된 사업시행계획에서 정한 사업시행기간이 도과하였다고 하더라도 유효하게 수립된 사업시행계획 및 그에 기초하여 사업시행기간 내에 이루어진 토지의 매수·수용을 비롯한 사업시행의 법적 효과가 소급하여 그 효력을 상실하여 무효로 된다고 할 수 없는 것(대법원 2016.12.1. 선고 2016두34906 판결, 같은 뜻임)인바, 청구인이 최초의 사업시행인가일 이후 실효기간 중에 취득한 이 건 부동산도 대체취득에 따른 감면에 해당한다.

나.처분청 의견

도시계획사업의 시행자는 도시계획사업의 실시계획인가에서 정한 사업시행기간 내에 수용재결의 신청을 하여야 하고, 그 사업 시행기간 내에 이와같은 취득절차가 선행되지 아니하면 그 도시계획사업의 실시계획인가는 실효되고, 그 후에 실효된 실시계획인가를 변경인가하여 그 시행기간을 연장하였다고 하여 실효된 실시계획의 인가가 효력을 회복하여 소급적으로 유효하게 될 수는 없다고 할 것이다(대법원 1991.11.26. 선고 90누9971 판결, 같은 뜻임). 도시계획사업의 그 사업 시행기간이 종료된 이후 실시계획을 변경고시하였다면 이전 고시는 실효된 것으로 보아야 할 것이며, 변경고시가 새로운 고시로서의 요건을 갖추었다면 해당 고시는 유효할 것으로 보이며(국토교통부 토지정책과-317호, 2017.1.11.), 변경고시가 유효할 경우 변경고시일을 「지방세특례제한법」 제73조에 따른 사업인정고시일로 보아야 하는바, 기 납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 부동산이 「지방세특례제한법」 제73조 제1항에 따른 토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 감면대상인지 여부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 최초 사업시행계획인가일(고시일 : 2009.11.6.) 이후인 2016.3.2. 이 건 부동산을 취득한 것에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) OOO에서 이 건 부동산은 OOO 주거환경개선사업으로 해당 사업의 사업시행계획인정(고시)일은 2009.11.6., 해당 정비사업의 사업시행기간은 사업시행계획인가일부터 2014.12.31.까지로 나타난다.

(나) OOO에서 위 사업시행 인정 이후에 사업시행자가 한국토지주택공사에서 OOO도시공사로 변경되었고, OOO 주거환경개산사업의 사업시행변경인가일은 2016.7.22.이고 사업시행기간은 사업시행변경인가일부터 2020년 3월까지이다.

(다) 토지 등기사항전부증명서(2020.3.23. 발급)에 따르면 이 건 부동산은 2016.2.4. ‘매매’를 원인으로 청구인이 2016.3.2. 전소유자인 지분공유자들로부터 해당 부동산의 지분 전부를 취득하였고, 당초 청구인이 소유한 OOO 토지 313.8㎡는 2017.11.16. ‘수용’으로 2018.1.8. 인천도시공사에게 그 소유권이 이전된 것으로 나타난다.

(라) 처분청은 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제23조 제1항에서 사업인정고시일부터 1년 이내에 재결신청을 하지 아니한 경우에는 사업인정은 그 효력을 상실하도록 규정하고 있으므로 사업인정변경고시일을 이 건 취득세 등 감면의 사업인정고시일로 보아 2020.2.17. 기 납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 거부하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」제73조 제1항에서 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」, 「도시개발법」 등 관계 법령에 따라 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산 등이 매수, 수용 또는 철거된 자가 계약일 또는 해당 사업인정 고시일 이후에 대체취득할 부동산 등에 관한 계약을 체결하거나 건축허가를 받고, 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산 등이 있는 특별시ㆍ광역시ㆍ도 내의 지역 등에서 종전의 부동산 등을 대체할 부동산 등을 취득하였을 때에는 해당 취득세를 면제하도록 규정하고 있다.

(나) 도시계획사업의 시행자는 늦어도 고시된 도시계획사업의 실시계획인가에서 정한 사업시행기간 내에 사법상의 계약에 의하여 도시계획사업에 필요한 타인 소유의 토지를 양수하거나 수용재결의 신청을 하여야 하고, 그 사업시행기간 내에 이와 같은 취득절차가 선행되지 아니하면 그 도시계획사업의 실시계획인가는 실효되고, 그 후에 실효된 실시계획인가를 변경인가하여 그 시행기간을 연장하였다고 하여 실효된 실시계획의 인가가 효력을 회복하여 소급적으로 유효하게 될 수는 없다고 할 것이다(대법원 1991.11.26. 선고 90누9971 판결, 같은 뜻임).

(다) 청구인은 신의성실의 원칙 등에 근거하여 청구인이 최초의 사업시행인가고시일 이후 취득한 이 건 부동산이 「지방세특례제한법」 제73조에 따른 감면대상에 해당한다고 주장하나, 청구인은 사업인정 변경고시일 이전에 이 건 부동산을 취득하였고, 기존의 사업시행 실시계획인가는 그 시행기간의 종료로 인하여 청구인이 이 건 부동산을 취득하기 이전에 이미 실효된 것으로 보는 것이 타당한 점, 지방세법령에 따르면 사업인정고시일 이후에 계약을 체결하고 보상금을 마지막으로 받은 날 등으로부터 1년 이내에 종전의 부동산 등을 대체할 부동산 등을 취득하였을 경우 대체취득에 따른 감면을 적용하는 것인바, 이 건은 청구인이 사업인정고시일 이전에 계약을 체결하고 보상금 수령하기 이전에 이 건 부동산을 취득한 것이므로 이는 대체취득이라기 보다는 사전취득이나 별도의 취득에 해당하는 점 등에 비추어 청구인이 최초의 사업시행인가일 이후 실효기간 중에 취득한 이 건 부동산이 「지방세특례제한법」제73조 제1항에 따른 토지수용 등에 해당되어 대체취득에 대한 감면대상이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 할 것이다.

따라서, 이 건 부동산이 토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 감면대상에 해당되지 않는 것으로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법

제73조(토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 감면) ① 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」, 「도시개발법」 등 관계 법령에 따라 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자( 「관광진흥법」 제55조 제1항에 따른 조성계획의 승인을 받은 자 및 「농어촌정비법」 제56조에 따른 농어촌정비사업 시행자를 포함한다)에게 부동산(선박ㆍ어업권 및 광업권을 포함한다. 이하 이 조에서 “부동산 등”이라 한다)이 매수, 수용 또는 철거된 자(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산 등을 해당 공공사업의 시행자에게 매도한 자 및 같은 법 제78조 제1항부터 제4항까지 및 제81조에 따른 이주대책의 대상이 되는 자를 포함한다)가 계약일 또는 해당 사업인정 고시일(「관광진흥법」에 따른 조성계획 고시일 및 「농어촌정비법」에 따른 개발계획 고시일을 포함한다) 이후에 대체취득할 부동산 등에 관한 계약을 체결하거나 건축허가를 받고, 그 보상금을 마지막으로 받은 날(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에는 취득이 가능한 날을 말하고, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조 제1항에 따라 토지로 보상을 받는 경우에는 해당 토지에 대한 취득이 가능한 날을 말하며, 같은 법 제63조 제6항 및 제7항에 따라 보상금을 채권으로 받는 경우에는 채권상환기간 만료일을 말한다)부터 1년 이내(제6조 제1항에 따른 농지의 경우는 2년 이내)에 다음 각 호의 구분에 따른 지역에서 종전의 부동산 등을 대체할 부동산 등을 취득하였을 때(건축 중인 주택을 분양받는 경우에는 분양계약을 체결한 때를 말한다)에는 그 취득에 대한 취득세를 면제한다. 다만, 새로 취득한 부동산 등의 가액 합계액이 종전의 부동산 등의 가액 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.

1. 농지 외의 부동산 등

가. 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산 등이 있는 특별시ㆍ광역시ㆍ도 내의 지역

나. 가목 외의 지역으로서 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등이 있는 시ㆍ군ㆍ구와 잇닿아 있는 시ㆍ군ㆍ구 내의 지역

다. 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등이 있는 특별시ㆍ광역시ㆍ도와 잇닿아 있는 특별시ㆍ광역시ㆍ도 내의 지역. 다만, 「소득세법」 제104조의2 제1항에 따른 지정지역은 제외한다.

(2) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률

제22조(사업인정의 고시) ① 국토교통부장관은 제20조에 따른 사업인정을 하였을 때에는 지체 없이 그 뜻을 사업시행자, 토지소유자 및 관계인, 관계 시ㆍ도지사에게 통지하고 사업시행자의 성명이나 명칭, 사업의 종류, 사업지역 및 수용하거나 사용할 토지의 세목을 관보에 고시하여야 한다.

제23조(사업인정의 실효) ① 사업시행자가 제22조 제1항에 따른 사업인정의 고시(이하 "사업인정고시"라 한다)가 된 날부터 1년 이내에 제28조 제1항에 따른 재결신청을 하지 아니한 경우에는 사업인정고시가 된 날부터 1년이 되는 날의 다음 날에 사업인정은 그 효력을 상실한다.

(3) 도시 및 주거환경정비법

제28조(사업시행인가) ① 사업시행자(제8조 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 공동시행의 경우를 포함하되, 사업시행자가 시장·군수인 경우를 제외한다)는 정비사업을 시행하고자 하는 경우에는 제30조의 규정에 의한 사업시행계획서(이하 "사업시행계획서"라 한다)에 정관 등과 그 밖에 국토교통부령이 정하는 서류를 첨부하여 시장·군수에게 제출하고 사업시행인가를 받아야 한다. 인가받은 내용을 변경하거나 정비사업을 중지 또는 폐지하고자 하는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장·군수에게 이를 신고하여야 한다.

제40조(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률의 준용) ① 정비구역 안에서 정비사업의 시행을 위한 토지 또는 건축물의 소유권과 그 밖의 권리에 대한 수용 또는 사용에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」을 준용한다. 다만, 정비사업의 시행에 따른 손실보상의 기준 및 절차에 관하여는 대통령령으로 따로 정할 수 있다.

② 제1항의 규정에 의하여 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률을 준용함에 있어서 사업시행인가의 고시(시장·군수가 직접 정비사업을 시행하는 경우에는 제28조 제4항의 규정에 의한 사업시행계획서의 고시를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 있은 때에는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제20조 제1항 및 제22조 제1항의 규정에 의한 사업인정 및 그 고시가 있은 것으로 본다.

③ 제1항의 규정에 의한 수용 또는 사용에 대한 재결의 신청은 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제23조 및 동법 제28조 제1항의 규정에 불구하고 사업시행인가를 할 때 정한 사업시행기간 이내에 이를 행하여야 한다.

④ 대지 또는 건축물을 현물보상하는 경우에는 공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률 제42조의 규정에 불구하고 제52조의 규정에 의한 준공인가 이후에 그 현물보상을 할 수 있다.

(4) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률

제88조(실시계획의 작성 및 인가 등) ① 도시ㆍ군계획시설사업의 시행자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 도시ㆍ군계획시설사업에 관한 실시계획(이하 "실시계획"이라 한다)을 작성하여야 한다.

제91조(실시계획의 고시) 국토교통부장관, 시ㆍ도지사 또는 대도시 시장은 제88조에 따라 실시계획을 작성 또는 변경작성하거나 인가 또는 변경인가한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 내용을 고시하여야 한다.

제95조(토지 등의 수용 및 사용) ① 도시ㆍ군계획시설사업의 시행자는 도시ㆍ군계획시설사업에 필요한 다음 각 호의 물건 또는 권리를 수용하거나 사용할 수 있다.

1. 토지ㆍ건축물 또는 그 토지에 정착된 물건

2. 토지ㆍ건축물 또는 그 토지에 정착된 물건에 관한 소유권 외의 권리

② 도시ㆍ군계획시설사업의 시행자는 사업시행을 위하여 특히 필요하다고 인정되면 도시ㆍ군계획시설에 인접한 다음 각 호의 물건 또는 권리를 일시 사용할 수 있다.

1. 토지ㆍ건축물 또는 그 토지에 정착된 물건

2. 토지ㆍ건축물 또는 그 토지에 정착된 물건에 관한 소유권 외의 권리

제96조(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」의 준용) ① 제95조에 따른 수용 및 사용에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우 외에는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」을 준용한다.

② 제1항에 따라 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」을 준용할 때에 제91조에 따른 실시계획을 고시한 경우에는 같은 법 제20조 제1항과 제22조에 따른 사업인정 및 그 고시가 있었던 것으로 본다. 다만, 재결 신청은 같은 법 제23조 제1항과 제28조 제1항에도 불구하고 실시계획에서 정한 도시ㆍ군계획시설사업의 시행기간에 하여야 한다.