도분 법인세 197,594,670원 및 동 방위세 40,867,560원의 과세

처분은 별지 명세1의 토지중 당해 사업년도 종료일 현재 취

득후 O년이 경과한 토지(제1호～제18호 토지)를 비업무용 토

지로 하되 당해 개별토지의 취득가액을 비업무용 토지의 취

득가액으로 하여 이를 경정하며,

O. 같은 날 과세한 89.1～1O사업년도분 법인세 766,456,310원

및 동 방위세 186,334,590원의 과세처분은 별지 명세O의 토지

를 비업무용 토지에서 제외하고, 나머지 토지중 별지 명세1의

토지를 비업무용 토지로 하되 당해 개별토지의 취득가액을

비업무용 토지의 취득가액으로 하여 이를 경정한다.

제조업 및 여객운수업을 영위하는 청구법인은 광주직할시 서구 OO동 OO 일대의 광주종합정류장 시설지구내의 토지를 85년부터 90년까지의 기간에 걸쳐 공장용지·대지·잡종지등의 토지 76필지 합계 114,O88㎡(34,57O평)를 취득한 사실이 있다.

처분청은 이 건 토지중 취득후 O년이 경과한 토지를 업무와 관련이 없는 비업무용 부동산으로 판정하여 지급이자중 88사업년도(1.1～1O.31, 이하같다)분 454,448,567원과 89사업년도분 1,779,O81,949원을 각각 손금부인하는 등 당해 각 사업년도소득 및 법인세 과세표준을 계산하여 91.3.O 청구법인에게 88사업년도분 법인세 197,594,670원 및 동 방위세 40,867,560원, 89사업년도분 법인세 766,456,310원 및 동 방위세 186,334,590원을 과세하였다.

O. 청구법인 주장과 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 토지는 광주직할시 공용정류장 이설계획에 따라 도시 계획법에 의하여 임의 매수하거나 매수에 불응하는 토지를 토지수용법에 의하여 수용하여 확보한 광주종합정류장 부지로서 그 중앙을 관통하고 있는 생활하수천(극락천)의 수로를 변경시켜야만 정류장시설공사가 가능함에 따라 관할관청에 착공계를 제출(89.1.9)하고 공사를 착공하였으며, 동 공사후 계속하여 정류장 공사를 진행하여 지하 1층, 지상 3층의 정류장시설 공사중 현재 지상 3층 공사가 진행중에 있으므로 이 건 하수도공사의 착공일(89.1.9)부터는 업무용 부동산으로 인정함이 타당하며, 처분청은 업무에 직접사용한 시점을 “준공일”로 보았으나 현실적으로 O년의 유예기간을 초과하는 대규모 건설공사가 일반화되는 추세이므로 90.4.4 개정 법인세법 시행규칙 제18조 제5항이 신설되어 “착공일”을 업무에 사용하는 시점으로 입법·명시하였으며, 이에 따라 국세청장의 해석 역시 개정전 법인세법의 기준(준공일)을 바꾸어 『O년 유예기간내에 건축물등을 착공』하였으면 업무용 부동산으로 인정(국세청 심사결정: 서울 90-316, 90.5.4, 중부 90-5O9, 91.O.OO, 중부 91-O79, 91.7.O6)하도록 하고 있으므로 이 건 토지를 비업무용 부동산으로 인정하여 과세한 것은 부당하다.

(O) 청구법인이 광주종합정류장 부지를 취득하면서 해당필지별 토지대금으로 지급한 금액은 85사업년도 9O3,094,000원, 86사업년도 4,141,835,870원, 87사업년도 806,34O,500원, 89사업년도 13,834,O58,936원으로서 필지별 취득가액을 알 수 있음에도 불구하고 단순히 89.1O.31 현재의 장부가액 합계 19,705,531,306원을 전체 토지면적에서 해당토지가 차지하는 비율에 의하면 안분계산한 필지별 취득가액으로 결정한 것은 부당하며, 따라서 청구법인이 장부에 기장한 해당필지별 실제 취득가액으로 계산하여야 하며,

(3) 청구법인이 OOOO주식회사와 87.O.O4 매매대금 5,750,000,000원에 계약하고 89.O.3에 잔금청산한 토지의 취득시기는 소득세법시행령 제53조의 규정에 의하여 잔금청산일인 89.O.3이 되므로 당해 토지는 비업무용 부동산에 해당하지 아니한다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

국세청장은 법인세법 시행규칙 제18조 제3항에서 비업무용 부동산을 열거하면서 제1호에서 “취득후 6월(건축물 또는 시설물이 없는 토지는 O년)이 경과된 부동산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산”이라고 규정하였고, 국세청 예규(법인 OO601-471O, 89.1O.O6)에서 “업무용 건축물의 신축용으로 취득한 토지가 법인세법 시행규칙 제18조 제3항의 업무에 직접 사용되는 시기는 당해 건축물의 준공일로 하는 것”이라고 하고 있는 바, 정류장 부지내의 하수도공사는 기존하수도의 일부 구간 대체공사(공사준공후 광주직할시에 기부채납대상)로서 업무에 직접 사용할 시설로 인정하기가 어려울 뿐만 아니라 동 공사허가서에 의하면 89.1.9 착공후 같은해 6.O8에 공사를 완료함으로써 착공후 공사를 계속하였는지도 분명치 아니하며, 광주종합정류장 시설의 총공사예정비는 약 540억원(토지대금 제외) 정도인데 그 중 하수도 공사는 O4억원 정도(점유비 4.44%)로서 그 공사비가 미비한 점으로 볼 때, 하수도공사의 착공을 “비업무용 토지를 업무에 직접 사용한 것”으로 인정하기는 어려우며, 또한 지하 1층, 지상 3층인 정류장 시설 본건물(공사예정비는 350억원 정도)은 90.4.17 건축허가를 받아 착공한 것이어서 89.1O.31 현재의 상황에 따른 이 건 과세처분에는 영향을 미칠 수 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구는

(1) 비업무용 토지에 해당하는지 여부의 판정시점이 취득후 O년내에 공사를 “착공한 날”인지 아니면 “준공한 날”인지 여부,

(O) 비업무용 토지의 취득가액이 “필지별 실지취득가액”인지 아니면 전체 토지의 취득가액 합계액을 “면적으로 안분계산한 가액”인지 여부,

(3) 비업무용 토지의 취득시기가 “잔금청산일”인지 아니면 “소유권이전등기원인일”인지 여부를 가리는 데 그 쟁점이 있다.

나. 쟁점 (1)에 대하여 :

청구법인의 정관과 법인등기부등본에 의하면, 청구법인이 버스 운송사업과 자동차정류장 사업을 사업목적으로 하고 있고, 또한 청구법인의 손익계산서에 의하면 85사업년도부터 90사업년도까지 계속하여 매 사업년도 140억원이상의 운송수입을 시현하고 있는등 버스운송사업과 자동차정류장사업을 영위해 온 사실,

전라남도지사가 75.6.11 청구법인에게 자동차정류장 사업면허(제1호)를 한 후 88.8.16 청구법인에게 시외버스공용정류장 위치 및 규모등의 변경인가(관운 33111-5OO0)를 하고, 같은 날 고속버스공용정류장 사업면허 내인가(관운 33111-5O19)를 하면서 본 인가에 따른 시설공사 시행인가를 하여 90.6.30까지 완공하여 같은 해 7.1부터 공용개시하여야 하며, 그 부지는 청구법인이 확보하도록 한 사실,

건설부장관이 같은 해 1O.15 이 건 토지 소재지 일원인 광주직할시 서구 OO동 OOOO 대지 100,795㎡를 도시계획법 제1O조 제1항의 규정에 의하여 광주도시계획시설(자동차정류장)로 결정고시(건설부 고시 제63O)하였고, 광주직할시장이 같은 해 1O.O3일 이 건 토지 일원(100,795㎡)을 자동차 정류장으로 지적승인하는 고시(광주직할시 고시 제136호)를 한 사실이 인정된다.

이러한 정류장 사업추진에 따라 청구법인이 85사업년도중에 공장용지등 O필지 7,OO3㎡를 9O3,094,000원에, 86사업년도중에 공장용지등 16필지 37,173㎡를 4,141,835,870원에, 87사업년도중에 공장용지 1필지 3,554㎡를 806,34O,500원에, 89사업년도중에 공장용지등 36필지 48,1O6㎡를 13,834,O58,936원에 취득하는 한편, 88.1O.31 광주직할시장으로부터 정류장 이전계획 부지내 수로대체시설을 위한 공공하수도 공사허가를 받으면서 동시설물과 토지등을 준공전에 광주직할시에 기부채납하기로 하여 이에 따라 89.1.10 하수도공사(공사도급금액: O,169,940,000원)를 착공하였으나, 변경될 수로가 통과하는 지역에 청구외 OOOO주식회사 소유토지(광주직할시 서구 OO동 OOOO)를 협의매수하지 못하여 같은 해 10.17 현재 공정율 93%의 상태에서 시행청인 광주직할시장의 허가를 얻어 공사를 일시 중지하게되고, 결국 당해 토지를 토지수용법에 의한 수용절차에 따라 90.7.O 중앙토지수용위원회의 수용재결을 거쳐 같은 달 O5일 추가로 증액보상하여 수용한 후 같은 해 8.3 하수도변경공사를 재개하여 같은 달 O3일 공사완료하고, 같은달 O8일 준공검사를 필하게 된 사실이 광주직할시장의 공문(89.10.17자 및 90.8.3자)과 지방토지수용위원회와 중앙토지수용위원회의 재결서에 의하여 인정된다

그 후 청구법인이 90.4.17 광주직할시 서구청장의 정류장 본건물(지하 1층, 지상 3층, 연면적 99,671.8O㎡)에 대한 건축허가를 받아 같은 달 O3일에 공사를 착공하여 현재 진행중인 사실을 인정할 수 있다.

이러한 사실에 대하여 처분청은 이 건 정류장 건물이 준공되지 아니하였다는 이유로 비업무용 부동산으로 보아 관련 지급이자를 손금부인하여 이 건 과세처분을 한 것이다.

이 건에 관련된 법령규정을 살펴보면, 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제1호에서 건축물 또는 시설물이 없는 토지를 취득한 후 O년이 경과된 것으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 것은 비업무용부동산으로 본다고 규정하고 있으며, 이 경우 비업무용 부동산으로 보는 시기는 O년이 경과한 날의 다음날부터 보는 것이므로 당해 기간이 경과한 이후부터의 지급이자는 같은 법 제18조의 3 제1항 제3호의 규정에 의하여 비업무용 부동산 보유에 관련한 지급이자로서 손금불산입하도록 하고 있다.

한편 90.4.4부터 시행되는 동법시행규칙(재무부령 제1818호)의 개정에서는 제18조에 제5항을 신설하여 “업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 때에는 당해 토지를 업무에 직접 사용한 것으로 본다”고 규정하고 동조 제6항에서 소정기한내에 당해 부동산을 업무에 직접 사용하지 아니한 경우에는 당해 부동산을 취득한 날로부터 비업무용 부동산으로 본다고 규정하고 있어 개정전후의 시행규칙 제18조의 규정을 비교하여 보면, 개정된 시행규칙에서는 업무에 직접 사용하는 때를 착공한 때로 보면서 착공하지 아니한 경우에는 일정기간이 경과된 후에 비업무용으로 보는 것이 아니고, 취득당시부터 소급하여 비업무용으로 보도록 규정하고 있음을 알 수 있다.

그렇다면, 첫째, 토지를 업무에 직접 사용하기 위해서는 당해 토지에 건물등이 준공되어야만 비로소 사업목적에 따라 그 사용이 가능한 것이므로 준공한 때가 업무에 직접 사용한 때가 되는 것이며, 따라서 건설의 착공은 다만 업무에 직접 사용하기 위하여 준비단계에 있는 것일 뿐이므로 착공한 때는 업무에 직접 사용한 때가 아니다.

둘째, 개정된 시행규칙 제18조 제5항 규정은 비업무용 부동산으로 보는 시기를 취득시점으로 소급하여 보도록 하여 그 규제를 강화하면서 다만, 착공시점에서도 업무에 사용하는 것으로 보도록 의제하여 업무에 사용하는 시점을 종전보다 완화하여 규정한 것이며, 동 신설조항은 90.4.4이후부터 시행되는 창설적인 규정으로 해석된다.

셋째, 업무에 직접 사용하는 때를 신설규정과 같이 착공한 때로 해석하게 되면 비업무용 부동산으로 보는 시점에 있어 취득후 O년간의 유예기간을 둘 이유가 없으며, 공사에 착공만 하고 중단한 경우에도 개정된 규정에 관계없이 업무에 직접 사용한 것이 되어 불합리하다.

넷째, 이 건 토지가 청구법인의 “업무에 직접 사용”되기 위해서는 이 건 토지위에 건물이 준공되어야만 업무(정류장사업)에 직접 사용할 수 있게 되는 것이고, 그와 같이 위 법조를 해석함이 타당할 것이며 그렇게 보지 아니하면 착공만 하고 공사를 중단하거나 지연시키는 경우와 착공후 설계변경을 하여 준공면적을 줄이는 등 건물이 준공되지 아니하여 업무에 직접 사용할 수 없게 되거나 실제 준공된 건물면적이 적은 경우까지도 착공만으로 당해 토지가 모두 업무용에 직접 사용되는 것으로 보게 되는 결과가 되어 부당하다.

따라서, 이 건 토지는 취득후 O년이 경과한 날까지 정류장 건물이 준공되지 아니하여 업무에 직접 사용되지 아니하고 있으므로 취득후 O년이 경과한 날로부터 비업무용부동산에 해당한다고 보아 관련 지급이자를 손금불산입한 것은 정당하다고 판단된다(선결정례 국심 91서153, 91.5.18, 국심 90서345, 90.6.7 같은 취지임).

다. 쟁점 (O)에 대하여:

처분청은 이 건 비업무용 토지의 취득가액을 계산함에 있어서 당해 토지의 필지별 취득가액을 조사하지 아니하고 전체 토지의 취득가액을 전체 토지의 면적에서 비업무용 토지로 인정한 토지의 면적이 차지하는 비율에 의하여 안분계산하여 과세하였으나, 청구법인이 비치하고 있는 각 개별토지의 매매계약서·장부 및 대금지급영수증등에 의하여 매도인·총매매대금 및 그 지급일이 나타나는 등 그 취득가액이 분명히 구분되어 기장됨으로써 협의에 의한 매수이던, 수용절차에 의한 매수이던 당해 각 개별토지의 실제 취득가액이 확인되는 바, 별지 명세 1의 비업무용 토지도 실제 취득가액이 확인되는 각 개별토지의 취득가액에 의하여 계산하여 비업무용 부동산 관련 지급이자를 손금부인하여야 할 것이며,

따라서, 이 부분은 당초 조사관청이 사실조사를 소홀히 한 잘못이 있다.

라. 쟁점 (3)에 대하여 :

처분청은 청구법인이 취득한 이 건 토지중 청구외 OOOO주식회사로부터 취득한 별지 명세 O의 토지 35,O81㎡의 취득시기를 매매계약체결일로서 등기원인일인 87.O.O4로 보아 O년간의 유예기간을 감안하여 O년이 경과한 날부터 비업무용 부동산에 해당된다고 보았으나, 별지 명세 O의 토지는 청구법인이 87.O.O4 위 OOOO주식회사와 매매대금 5,750,000,000원에 매매계약을 체결하여 계약금 1,000,000,000원을 지급하고, 같은 해 8.1에 중도금 O,500,000,000원을, 88.O.8에 500,000,000원, 같은 해 8.16에 500,000,000원, 89.O.3에 1,O50,000,000원을 각각 지급하고 취득한 사실이 청구법인의 장부 및 증빙서류와 위 법인의 입금표 및 확인서에 의하여 인정되며, 89.O.O7 등록세 및 동 방위세 O07,000,000원을 납부하고, 같은 날 등기비용등 7,3O0,130원을 지출한 사실과 87.O.O4을 소유권이전등기원인(매매)일로 하여 89.O.O8 소유권이전등기를 청구법인 명의로 경료된 사실, 89.3.6 광주직할시 서구청장에게 취득세 115,000,000원을 납부한 사실이 영수증등 증빙서류에 의하여 인정된다.

그렇다면, 위 토지의 취득가액은 6,079,3O0,130원이고 그 취득시기는 법인세법 제17조(손익의 귀속사업년도) 제3항의 규정에 의하여 잔금청산일인 89.O.3이므로 처분청이 등기원인일인 87.O.O4을 취득시기로 오인하여 O년이 경과한 89.O.O4부터 위 토지를 비업무용 부동산으로 본 것은 잘못이라 할 것이다.

따라서, 청구법인이 위 OOOO주식회사로부터 취득한 별지 명세O의 토지는 이 건 과세처분의 대상 사업년도의 종료일 현재 O년이 경과하지 아니한 것으로서 비업무용 부동산에 해당하지 아니한다 할 것이다.

위에서 살펴 본 바와 같이 이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

비업무용 부동산 해당 토지

(단위: 원)

(별지) 명세 O

비업무용 부동산 제외 토지

(청구외 OOOO주식회사로부터의 매입토지)

(단위 : 원)